genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  242  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82506843--82507084	27	9.0	27	92	0	358	35	19	21	23	1.96
82507288--82507357	25	2.8	25	86	0	95	28	24	21	25	1.99
82509560--82509616	27	2.2	25	78	9	62	54	12	22	10	1.68
82511533--82511611	28	2.8	28	74	0	77	35	20	20	24	1.96
82518747--82519011	40	6.7	40	90	1	356	26	27	22	23	1.99
82526963--82527947	40	24.6	40	96	0	1310	25	25	22	26	2.00
82527011--82527918	80	11.4	80	97	0	1665	25	25	22	26	2.00
82527011--82527918	120	7.6	120	98	0	1665	25	25	22	26	2.00
82528551--82528643	48	1.9	48	97	0	177	24	22	22	30	1.99
82530079--82530286	53	3.9	54	79	8	217	22	24	17	35	1.95
82530090--82530278	55	3.5	54	79	9	199	21	24	18	35	1.96
82531102--82531159	30	1.9	31	92	3	100	31	25	8	34	1.86
82536307--82536413	42	2.5	42	78	13	128	28	21	16	33	1.95
82536292--82536413	43	2.9	41	77	7	127	27	22	16	32	1.96
82538975--82539025	25	2.0	25	100	0	102	23	11	23	41	1.87
82552179--82552318	51	2.7	51	83	4	158	27	27	18	26	1.98
82552330--82552508	50	3.5	50	90	1	259	32	28	13	25	1.93
82561631--82561862	40	5.8	40	85	3	315	25	29	21	23	1.99
82561631--82561862	80	2.9	80	90	1	367	25	29	21	23	1.99
82561602--82561861	120	2.2	120	85	2	353	26	28	21	23	1.99
82569589--82569802	103	2.1	103	93	0	374	37	8	17	35	1.81
82571180--82571367	67	2.8	67	95	0	324	28	17	32	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82574855--82574936	43	1.9	42	85	7	112	32	21	17	28	1.96
82574865--82574958	42	2.2	43	82	1	109	31	22	15	29	1.95
82575850--82576037	94	2.0	95	94	1	333	37	12	15	34	1.86
82576280--82576304	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
82576358--82576557	100	2.0	100	100	0	400	24	29	17	30	1.97
82584717--82584831	44	2.7	43	76	9	126	33	24	14	26	1.94
82593794--82593900	40	2.7	39	76	16	112	33	16	2	46	1.62
82598728--82598776	17	2.8	18	84	6	64	40	6	18	34	1.75
82599773--82599814	21	2.0	21	85	0	57	38	11	4	45	1.62
82600078--82600110	7	4.9	7	96	3	59	57	0	0	42	0.98
82601228--82601326	28	3.6	28	85	8	116	30	19	26	24	1.98
82601281--82601343	26	2.4	26	89	5	92	33	14	26	25	1.94
82601396--82601459	27	2.4	27	89	0	92	28	15	21	34	1.94
82601387--82601486	27	3.7	27	78	7	89	31	16	22	31	1.95
82604658--82604836	27	6.6	27	81	8	175	26	13	29	30	1.94
82604655--82604836	82	2.2	81	84	3	249	26	14	28	30	1.95
82608662--82608847	37	5.1	37	83	3	189	38	29	15	17	1.90
82608692--82608833	74	1.9	74	88	2	214	39	27	15	17	1.90
82620175--82620366	40	4.8	40	89	1	199	27	27	21	23	1.99
82620174--82620365	80	2.4	80	83	3	226	28	27	21	22	1.99
82622973--82623044	34	2.1	34	82	10	85	34	23	13	27	1.93
82626743--82627011	47	5.7	47	77	12	223	24	32	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82626743--82627033	48	6.1	47	73	14	183	23	32	19	25	1.97
82632734--82632791	21	2.8	21	86	2	73	31	15	25	27	1.96
82638166--82638231	35	1.9	34	84	6	89	33	7	13	45	1.72
82641319--82641401	38	2.2	38	82	6	105	33	33	19	13	1.90
82641329--82641401	19	3.8	18	75	10	65	35	34	16	13	1.88
82642242--82642277	12	2.9	12	91	4	54	55	0	19	25	1.43
82653960--82654021	21	2.8	22	85	11	83	38	0	0	61	0.96
82653969--82654029	21	2.9	21	85	11	88	42	0	0	57	0.98
82653963--82654032	21	3.3	20	79	16	79	45	0	0	54	0.99
82654064--82654134	29	2.4	28	78	19	74	40	0	1	57	1.07
82654132--82654164	14	2.3	15	94	5	59	36	0	6	57	1.23
82654138--82654185	25	2.0	25	87	4	71	41	0	2	56	1.11
82654220--82654254	11	2.8	13	83	16	56	37	0	0	62	0.95
82654213--82654276	31	1.9	34	84	15	89	39	0	0	60	0.97
82653971--82654270	135	2.2	134	79	6	354	40	2	2	55	1.25
82654252--82654301	12	3.7	13	76	23	50	48	0	0	52	1.00
82654223--82654307	31	2.8	31	77	16	88	42	0	1	56	1.07
82659494--82659562	17	4.0	16	74	7	57	42	1	1	55	1.18
82659671--82659794	18	6.9	18	66	18	62	41	1	2	54	1.23
82659617--82659767	71	2.1	72	93	2	259	42	1	3	51	1.31
82659680--82659720	20	2.0	20	85	0	55	53	0	0	46	1.00
82659853--82659908	20	2.8	20	68	10	51	50	3	12	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82660363--82660429	18	3.8	17	75	21	59	43	1	0	55	1.09
82660354--82660429	36	2.1	34	86	11	100	40	1	0	57	1.07
82660353--82660427	17	4.4	17	76	14	57	42	1	0	56	1.08
82660361--82660428	15	4.2	15	76	21	66	42	1	0	55	1.08
82660354--82660476	19	6.4	19	68	24	62	40	4	0	55	1.19
82660640--82660735	20	4.9	20	74	19	96	58	1	0	40	1.05
82660658--82660735	35	2.2	32	85	14	102	58	1	0	39	1.06
82660656--82660713	13	4.8	13	71	28	56	58	1	0	39	1.08
82660690--82660735	21	2.1	21	92	8	74	58	2	0	39	1.10
82660817--82660893	34	2.2	35	86	6	102	71	2	15	10	1.24
82660808--82660896	35	2.4	37	80	14	112	71	2	14	11	1.22
82679394--82679447	24	2.2	24	83	6	65	18	24	24	33	1.97
82679608--82679645	20	1.9	20	94	0	67	31	2	23	42	1.68
82679611--82679661	20	2.5	20	84	6	59	33	5	19	41	1.76
82688586--82688710	45	2.8	45	88	2	180	27	27	24	21	1.99
82688703--82688873	38	4.5	38	90	0	243	30	26	21	21	1.98
82688726--82688873	38	3.9	38	92	1	244	30	26	22	20	1.98
82689170--82689303	45	3.1	44	82	9	177	28	29	17	25	1.97
82690698--82691010	38	8.3	38	90	0	493	32	25	21	20	1.98
82699152--82699275	45	2.8	44	85	4	167	28	27	23	20	1.99
82699268--82699467	38	5.3	38	90	0	292	32	25	21	21	1.98
82699268--82699503	114	2.1	114	82	3	278	31	25	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82699773--82699907	43	3.1	44	79	6	166	30	28	14	25	1.95
82707298--82707365	29	2.3	29	80	5	75	29	32	11	26	1.92
82707468--82707546	29	2.7	30	80	13	101	29	30	16	24	1.96
82721148--82721196	21	2.3	21	89	6	73	34	28	22	14	1.93
82723796--82723893	27	3.5	28	87	5	110	25	12	28	33	1.92
82723824--82723893	27	2.5	28	95	2	124	27	12	28	31	1.93
82723824--82723908	27	3.0	27	87	5	98	30	11	24	32	1.91
82725453--82725721	46	5.7	48	76	12	170	21	29	19	28	1.98
82725453--82725578	50	2.7	46	83	11	141	20	30	20	28	1.98
82726065--82726121	30	1.9	29	89	3	87	28	26	14	31	1.94
82728388--82728610	40	5.6	40	86	3	236	24	20	28	26	1.99
82728463--82728645	79	2.3	80	81	1	217	25	20	28	25	1.99
82735899--82736121	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
82735974--82736156	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
82742055--82742218	42	3.7	42	86	8	204	28	27	14	29	1.95
82742138--82742308	47	3.6	48	85	6	206	29	27	15	27	1.96
82742090--82742308	91	2.4	94	83	9	256	30	26	14	28	1.95
82742099--82742308	95	2.3	94	83	8	245	29	27	15	28	1.96
82742337--82742547	31	6.8	31	97	0	395	23	28	21	26	1.99
82745296--82745331	17	2.1	17	89	0	54	22	0	0	77	0.76
82745296--82745373	20	3.8	20	73	15	70	21	5	0	73	1.03
82745319--82745380	33	1.9	33	84	12	85	20	8	0	70	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82745296--82745384	6	15.0	6	73	13	60	21	5	0	73	1.04
82745290--82745384	11	8.1	11	73	20	61	20	6	0	73	1.04
82748123--82748231	43	2.6	43	82	4	141	24	18	26	30	1.98
82748322--82748350	13	2.2	13	100	0	58	37	13	13	34	1.85
82748802--82748845	23	2.0	22	86	4	61	25	4	15	54	1.60
82750550--82750601	19	2.7	20	82	17	65	13	17	28	40	1.87
82752729--82752868	70	2.0	69	91	1	226	36	5	16	42	1.70
82766661--82766744	40	2.1	40	93	0	141	30	25	25	19	1.98
82770265--82770349	42	2.0	42	100	0	170	21	14	9	55	1.67
82774261--82774286	13	2.0	13	100	0	52	38	0	23	38	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297