genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27809709--27809980	46	5.8	47	82	8	265	26	20	30	22	1.98
27809705--27809976	140	1.9	141	85	5	372	26	19	30	22	1.98
27813496--27813678	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
27813497--27813680	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
27813549--27813713	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
27821671--27821854	40	4.6	39	80	9	194	24	23	27	25	2.00
27821723--27821887	79	2.1	79	83	6	201	25	22	27	24	2.00
27825978--27826033	28	2.0	28	92	0	94	19	33	19	26	1.96
27829928--27830047	48	2.5	48	82	2	145	27	21	15	35	1.93
27834212--27834325	48	2.4	46	80	2	120	29	21	14	34	1.93
27842626--27842849	46	4.7	47	75	13	158	28	18	29	24	1.98
27846887--27846964	41	1.9	41	89	0	120	14	37	23	25	1.92
27848573--27848634	30	2.1	30	81	6	72	29	22	11	37	1.89
27851273--27851413	40	3.5	40	86	4	162	24	19	29	25	1.99
27859000--27859146	40	3.7	40	86	2	190	25	21	27	25	1.99
27862688--27862755	27	2.5	27	85	0	91	38	17	17	26	1.92
27882645--27882673	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
27900440--27900635	50	3.9	50	80	4	191	22	27	21	28	1.99
27901025--27901082	30	1.9	30	85	0	80	31	24	8	36	1.85
27916762--27916799	3	12.7	3	88	0	58	34	0	28	36	1.58
27917068--27917097	16	1.9	16	93	6	53	66	0	0	33	0.92
27927766--27927988	50	4.3	50	83	4	223	22	27	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27934756--27934937	50	3.7	50	84	2	215	21	27	23	26	1.99
27936446--27936515	37	1.9	36	88	8	106	25	18	14	41	1.88
27937982--27938046	34	1.9	34	81	6	78	24	20	27	27	1.99
27944835--27944865	16	1.9	16	93	0	53	9	6	9	74	1.23
27946936--27946981	24	1.9	24	86	0	65	45	0	2	52	1.13
27947176--27947226	13	3.9	13	78	0	66	35	29	7	27	1.85
27947342--27947463	23	5.3	23	83	0	163	31	26	20	22	1.98
27947342--27947463	46	2.7	46	90	0	190	31	26	20	22	1.98
27953142--27953202	23	2.8	21	79	16	70	34	1	14	49	1.54
27953387--27953433	21	2.3	21	85	10	62	36	0	8	55	1.31
27953655--27953747	44	2.1	44	90	6	143	35	26	4	33	1.76
27953729--27953768	16	2.5	16	91	0	62	30	25	7	37	1.83
27956489--27956523	17	1.9	19	88	11	56	51	5	28	14	1.65
27958403--27958484	42	2.0	42	87	4	121	26	23	3	46	1.69
27978219--27978271	27	2.0	27	84	0	70	39	9	9	41	1.70
27991018--27991792	396	2.0	396	97	0	1464	38	16	14	31	1.88
27995907--27995936	15	2.0	15	93	0	51	20	23	16	40	1.91
28007100--28007163	25	2.6	25	78	7	69	20	25	25	29	1.99
28010274--28010416	45	3.2	45	83	4	137	41	15	21	21	1.90
28010337--28010438	45	2.3	45	87	0	141	42	17	20	19	1.90
28011559--28011651	46	2.0	46	85	0	123	36	15	12	35	1.85
28030713--28030749	13	2.8	13	83	0	56	16	13	8	62	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28032399--28032444	19	2.5	19	85	3	58	30	23	23	21	1.99
28033678--28033715	19	2.0	19	94	0	67	31	2	15	50	1.58
28037434--28037477	21	2.1	21	86	0	61	9	22	40	27	1.84
28037733--28037775	18	2.4	18	92	0	68	46	9	27	16	1.77
28037825--28037900	30	2.5	30	77	8	82	9	9	43	38	1.69
28039604--28039660	11	5.2	11	79	14	64	47	1	31	19	1.60
28040230--28040282	21	2.5	21	93	0	88	28	26	7	37	1.83
28040587--28040615	6	4.8	6	100	0	58	51	0	13	34	1.42
28043180--28043222	22	2.0	22	81	9	52	27	11	4	55	1.55
28049575--28049613	20	1.9	21	89	5	62	25	0	0	74	0.82
28049578--28049652	15	5.5	13	73	17	55	36	2	1	60	1.20
28049588--28049652	29	2.3	28	83	2	76	38	3	1	56	1.24
28051168--28051198	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
28051670--28051702	16	2.1	16	100	0	66	36	6	33	24	1.80
28052120--28052159	16	2.5	16	83	0	53	40	2	30	27	1.70
28052139--28052227	44	2.0	46	91	4	146	28	4	30	37	1.77
28052139--28052244	39	2.5	44	82	11	123	30	3	30	35	1.75
28052371--28052483	26	4.2	26	63	23	63	50	3	1	44	1.29
28052391--28052507	18	7.0	17	66	21	59	52	2	1	42	1.25
28056878--28056911	17	2.0	17	88	11	52	29	23	2	44	1.68
28058663--28058711	24	2.0	24	88	0	71	14	6	2	77	1.05
28064253--28064299	17	2.8	17	80	6	51	29	12	14	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28069477--28070297	153	5.4	153	88	4	1129	30	9	7	52	1.60
28072164--28072401	42	5.6	42	76	9	198	33	24	18	23	1.97
28072164--28072401	85	2.8	85	86	1	300	33	24	18	23	1.97
28072377--28072427	26	2.0	26	92	0	84	23	33	25	17	1.96
28073837--28073885	25	2.0	24	100	0	89	28	32	8	28	1.86
28078853--28078903	15	3.5	15	69	15	52	33	13	3	49	1.61
28083796--28083905	53	2.1	54	86	5	152	36	11	23	28	1.90
28084078--28084133	29	2.0	28	85	3	76	32	21	21	25	1.98
28088716--28088791	26	3.0	26	90	1	118	35	9	22	32	1.86
28106209--28106235	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
28107315--28107431	42	2.7	43	81	12	125	24	19	28	27	1.99
28110450--28110486	19	2.0	19	89	5	58	21	2	13	62	1.44
28110442--28110490	23	2.1	24	81	11	57	22	4	14	59	1.52
28114110--28114250	41	3.3	41	80	8	149	35	9	1	53	1.43
28117652--28117694	21	2.0	21	86	8	61	55	0	4	39	1.20
28118783--28118809	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
28119890--28120030	42	3.3	43	77	9	137	25	16	26	31	1.96
28119880--28120037	43	3.7	43	79	3	147	25	15	25	32	1.96
28133339--28133523	96	1.9	96	91	0	298	35	14	16	34	1.89
28139736--28139830	25	3.8	25	70	20	81	24	20	25	30	1.98
28142653--28142694	22	1.9	22	85	0	57	42	19	23	14	1.87
28143405--28143447	11	3.8	11	80	17	52	67	4	0	27	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28152453--28152489	19	1.9	19	94	0	65	29	5	5	59	1.42
28152496--28152548	10	5.4	10	75	4	54	22	7	0	69	1.13
28152564--28152630	9	7.6	9	71	15	59	37	1	0	61	1.05
28154207--28154256	19	2.6	19	90	6	75	24	30	20	26	1.98
28166182--28166366	102	1.8	101	83	3	248	40	0	39	20	1.56
28168797--28168825	15	1.9	15	100	0	58	20	31	0	48	1.50
28170789--28170834	22	2.0	23	87	4	67	17	23	21	36	1.94
28170947--28171070	30	4.1	30	77	8	117	29	18	12	38	1.88
28187773--28188177	206	2.0	206	90	0	648	31	21	12	34	1.91
28188166--28188211	22	2.1	22	84	8	58	39	26	0	34	1.57
28189124--28189155	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
28196825--28196936	38	2.9	39	83	2	154	44	9	8	37	1.67
28197739--28197837	42	2.4	42	91	0	153	19	28	27	25	1.98
28210960--28211198	46	5.5	44	77	14	219	34	14	22	28	1.93
28210907--28211071	52	3.2	52	77	11	198	35	13	23	27	1.93
28211035--28211107	36	2.0	36	94	0	128	36	13	20	28	1.91
28210989--28211153	82	2.0	82	95	0	294	35	13	21	29	1.92
28210960--28211196	128	1.9	124	87	5	350	34	14	22	28	1.93
28214189--28214278	27	3.3	27	80	11	112	22	24	31	22	1.99
28214365--28214403	10	3.8	10	80	6	51	74	0	25	0	0.82
28214523--28214547	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
28214546--28214604	3	19.7	3	100	0	118	0	0	32	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28214604--28214884	140	2.0	140	100	0	562	37	4	12	45	1.63
28219858--28220324	154	3.0	159	71	17	493	28	10	9	51	1.68
28219858--28220335	158	3.1	157	71	17	513	28	10	9	51	1.68
28220700--28220762	23	2.8	24	88	9	89	0	30	0	69	0.88
28220699--28220769	23	3.5	19	77	22	65	0	29	0	70	0.88
28220725--28220849	36	3.3	39	79	14	143	0	28	0	71	0.92
28220742--28220929	10	18.8	10	74	12	111	0	29	0	69	0.92
28220747--28220889	50	2.8	52	88	6	211	0	29	0	69	0.93
28220762--28220861	6	17.2	6	72	13	50	1	27	0	72	0.92
28220861--28220920	5	12.4	5	77	7	61	0	35	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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