genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28530007--28530100	29	3.2	29	95	0	170	17	23	38	21	1.93
28570753--28570870	47	2.5	47	87	2	166	27	30	8	33	1.87
28572319--28572414	48	2.0	48	91	0	156	27	32	5	35	1.79
28579675--28579750	25	3.1	24	81	9	82	30	18	23	27	1.98
28584649--28584698	23	2.2	23	100	0	100	38	26	28	8	1.84
28589079--28589149	21	3.3	22	75	7	58	42	18	16	22	1.89
28589553--28589631	28	2.7	29	84	5	97	54	8	12	24	1.66
28591031--28591072	22	2.0	21	85	4	57	45	4	0	50	1.23
28594516--28594564	22	2.2	21	79	10	53	44	2	2	51	1.24
28594534--28594579	10	4.4	11	84	15	62	32	0	0	67	0.91
28594526--28594569	22	2.0	22	95	0	79	40	0	2	56	1.11
28594527--28594578	10	5.1	10	84	11	61	36	0	1	61	1.07
28603748--28603785	19	2.1	18	85	14	51	55	5	2	36	1.37
28603768--28603817	7	7.0	7	79	2	55	52	2	0	46	1.12
28612565--28612599	16	2.2	16	94	0	61	74	2	0	22	0.95
28613270--28613310	22	1.9	21	85	5	55	26	2	17	53	1.56
28619148--28619234	40	2.2	39	77	2	93	51	6	19	21	1.70
28621175--28621471	40	7.4	40	79	11	297	25	22	26	25	2.00
28621175--28621448	85	3.4	85	88	7	387	24	22	27	25	2.00
28621243--28621479	76	3.0	76	91	5	348	25	21	25	27	1.99
28624953--28625079	45	2.9	45	83	8	147	22	29	23	24	1.99
28625396--28625627	43	5.4	43	88	1	315	30	31	23	14	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28625599--28625682	38	2.2	38	89	0	132	30	27	21	20	1.98
28633589--28633830	132	1.8	132	90	1	387	33	17	18	30	1.94
28637139--28637171	17	1.9	17	100	0	66	48	0	3	48	1.17
28644615--28644657	21	2.0	21	81	9	50	44	4	16	34	1.68
28648895--28648923	15	1.9	15	100	0	58	0	0	86	13	0.58
28648898--28648925	14	2.0	14	100	0	56	0	0	85	14	0.59
28652919--28652960	1	42.0	1	100	0	84	100	0	0	0	0.00
28654532--28654564	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
28654845--28655072	46	5.0	46	89	0	312	20	24	14	40	1.90
28659573--28659610	19	2.0	20	89	5	60	34	0	18	47	1.49
28661806--28661980	46	3.8	44	78	11	174	21	20	28	29	1.98
28661802--28661973	93	1.8	93	90	2	274	21	20	29	27	1.98
28668231--28668325	40	2.4	40	82	3	122	37	34	14	12	1.84
28674333--28674427	40	2.4	40	82	3	113	37	36	12	12	1.82
28677799--28677841	22	2.0	22	81	9	52	30	2	2	65	1.18
28702951--28703002	25	2.1	25	100	0	104	32	11	11	44	1.77
28707437--28707675	47	5.1	47	90	0	361	32	10	29	27	1.89
28707794--28707872	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
28714194--28714220	14	1.9	14	100	0	54	37	7	11	44	1.68
28719716--28719760	13	3.5	13	75	0	54	46	8	13	31	1.74
28719709--28719764	26	2.2	26	96	0	103	48	7	19	25	1.74
28719746--28719884	68	2.0	70	92	4	237	48	5	11	35	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28720027--28720051	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28737220--28737439	40	5.6	40	84	4	268	24	24	27	24	2.00
28744590--28744682	48	1.9	48	100	0	186	38	12	21	26	1.90
28744813--28745032	40	5.6	40	82	4	259	25	22	26	25	2.00
28745672--28745765	46	2.0	46	93	0	161	37	7	24	30	1.83
28754265--28754299	16	2.2	16	89	0	52	48	17	22	11	1.79
28763295--28763355	14	4.4	14	77	8	70	50	0	0	49	1.00
28763304--28763358	28	2.0	27	92	3	92	52	0	0	47	1.00
28765023--28765058	18	2.0	18	100	0	72	27	5	33	33	1.80
28764988--28765093	53	2.0	53	90	0	167	30	9	26	33	1.88
28765045--28765128	34	2.4	36	84	5	102	32	11	26	29	1.92
28772437--28772602	35	4.7	35	81	0	197	31	10	24	33	1.90
28784086--28784110	13	1.9	13	100	0	50	56	16	0	28	1.41
28786062--28786182	43	2.8	43	80	12	140	23	18	26	32	1.97
28786022--28786182	43	3.8	42	79	11	139	23	18	25	32	1.97
28795467--28795601	55	2.5	55	76	2	128	28	30	23	17	1.97
28796093--28796139	23	2.0	23	83	0	58	23	36	8	31	1.85
28797501--28797544	17	2.6	16	86	13	54	25	2	2	70	1.10
28807866--28807907	22	1.9	22	85	9	59	26	7	21	45	1.77
28819450--28819752	40	7.6	40	89	3	380	27	28	20	24	1.99
28827433--28827820	40	9.7	40	97	0	722	22	28	19	29	1.98
28833028--28833072	2	22.5	2	95	0	81	0	46	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28836379--28836428	21	2.4	21	89	0	82	24	40	16	20	1.91
28839191--28839296	46	2.3	46	91	0	176	22	19	26	31	1.98
28841812--28841880	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
28841803--28841890	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
28856906--28856936	16	1.9	16	93	0	53	29	38	9	22	1.86
28859359--28859388	5	5.8	5	96	4	51	43	0	0	56	0.99
28880850--28881001	67	2.2	68	80	10	177	32	16	29	21	1.95
28884771--28885905	50	22.9	50	98	0	1997	37	4	25	32	1.77
28886055--28886162	37	2.9	38	93	4	184	24	19	31	25	1.98
28889279--28889358	40	2.0	40	97	0	151	18	20	18	42	1.89
28889643--28889682	21	1.9	21	100	0	80	15	5	40	40	1.68
28892493--28892677	40	4.7	40	82	7	218	23	22	28	25	2.00
28892493--28892675	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
28892494--28892710	79	2.7	78	79	12	237	25	22	27	24	2.00
28898979--28899161	78	2.3	81	83	6	232	24	22	27	25	2.00
28898978--28899161	40	4.7	40	83	8	225	24	22	27	25	2.00
28910502--28910704	40	5.1	40	80	8	220	25	22	27	25	2.00
28910502--28910658	79	2.0	80	86	6	221	24	22	28	25	2.00
28910506--28910683	79	2.2	80	83	6	211	25	21	27	25	2.00
28910555--28910718	79	2.1	78	82	5	197	26	21	27	25	1.99
28915773--28915935	40	4.1	40	90	2	240	26	26	22	25	2.00
28922722--28923071	174	2.0	174	98	0	682	40	18	14	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28932981--28933207	43	5.3	43	85	0	247	22	19	29	27	1.98
28932981--28933205	86	2.6	86	83	1	272	23	20	29	27	1.98
28939781--28939816	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
28939768--28939808	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
28939931--28940065	39	3.4	38	74	8	110	28	28	19	24	1.98
28939967--28940066	38	2.5	41	73	14	102	29	28	19	24	1.98
28940305--28940343	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
28941615--28941665	5	10.0	5	91	4	84	58	0	0	41	0.98
28946515--28946660	74	2.0	74	97	0	274	26	24	8	40	1.83
28964172--28964272	40	2.5	40	93	1	168	24	23	25	25	2.00
28968282--28968458	44	3.8	45	72	11	153	25	28	17	28	1.97
28973438--28973477	20	2.0	20	90	4	64	55	7	7	30	1.56
28987837--28987895	30	2.0	30	83	6	75	38	18	0	42	1.51
29000945--29001274	42	7.8	42	84	2	394	32	24	18	24	1.97
29000948--29001267	125	2.5	126	84	2	410	32	24	18	24	1.97
29007877--29008064	42	4.5	42	88	0	268	31	25	20	22	1.98
29013984--29014255	46	5.8	46	77	12	227	26	20	30	21	1.98
29014082--29014255	98	1.8	94	86	9	253	25	20	32	22	1.98
29020277--29020431	39	4.0	39	92	0	247	26	21	26	25	1.99
29020268--29020459	78	2.5	78	84	2	199	27	21	27	24	1.99
29036892--29037004	6	18.3	6	67	18	63	47	15	17	19	1.82
29036906--29037004	25	3.7	25	78	15	108	47	15	18	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29036934--29037004	31	2.3	31	95	0	124	49	15	15	19	1.80
29037406--29037709	27	11.3	27	91	0	455	23	22	20	34	1.97
29037695--29037792	27	3.6	27	82	5	92	28	6	21	43	1.76
29037722--29037819	27	3.6	27	80	0	106	27	6	20	45	1.74
29037722--29037833	54	2.1	54	83	3	136	27	6	21	44	1.76
29037827--29038173	27	12.8	27	87	0	505	40	7	22	29	1.81
29038183--29038338	27	5.8	27	79	6	145	28	7	21	42	1.80
29038179--29038331	81	1.9	81	83	4	191	28	7	22	41	1.80
29040342--29040454	57	2.0	57	98	0	217	38	24	6	30	1.80
29041116--29041215	48	2.1	49	98	1	193	55	10	25	10	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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