genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62599043--62599112	31	2.2	31	97	2	131	44	14	2	38	1.60
62601288--62601428	51	2.8	50	88	5	212	35	14	17	33	1.89
62601271--62601436	51	3.3	50	84	6	201	35	13	15	34	1.87
62603929--62604114	100	1.9	100	96	0	345	25	24	17	31	1.97
62612639--62612722	42	2.0	42	95	0	150	53	8	5	32	1.55
62612662--62612727	19	3.3	19	70	18	53	59	4	3	33	1.33
62613062--62613102	20	2.0	20	95	0	73	26	9	7	56	1.58
62615864--62616020	43	3.7	42	71	7	120	22	17	26	33	1.96
62618543--62618807	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
62618510--62618807	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
62618739--62618816	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
62625859--62625972	27	4.2	27	80	4	106	35	19	23	21	1.95
62625914--62625966	28	1.9	27	92	3	88	37	11	24	26	1.89
62629555--62629668	27	4.2	27	80	4	106	35	19	23	21	1.95
62629610--62629662	28	1.9	27	92	3	88	37	11	24	26	1.89
62631175--62631278	51	2.1	50	88	1	154	25	38	20	15	1.91
62638947--62639097	28	5.4	28	92	1	223	33	28	11	25	1.92
62639547--62639573	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
62647291--62647556	28	9.5	28	95	0	453	34	26	11	27	1.91
62648005--62648034	14	2.1	14	93	0	51	40	0	10	50	1.36
62654001--62654181	101	1.8	99	86	2	263	29	24	19	25	1.98
62653988--62654206	51	4.4	51	83	2	246	29	23	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62656652--62656693	15	2.8	15	85	0	57	52	14	19	14	1.75
62659920--62660127	38	5.0	38	71	21	157	30	26	14	28	1.95
62659965--62660097	47	2.8	47	82	7	137	31	25	13	29	1.94
62663406--62663743	50	6.9	50	82	6	395	27	16	30	25	1.97
62668841--62668954	39	2.9	39	84	2	131	21	22	30	25	1.99
62670515--62670546	14	2.3	14	94	0	55	56	3	0	40	1.15
62675595--62675646	26	2.0	26	100	0	104	34	23	7	34	1.83
62677794--62677838	14	3.0	15	84	9	56	57	11	22	8	1.60
62678569--62678626	22	2.8	21	76	7	64	24	3	5	67	1.27
62678582--62678626	22	2.1	22	87	4	65	22	2	4	71	1.15
62678741--62678821	33	2.6	30	78	9	90	38	7	1	53	1.37
62678724--62678814	31	2.9	31	74	11	85	38	7	1	52	1.37
62678976--62679048	29	2.5	29	75	16	71	36	2	2	57	1.27
62690296--62690374	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
62690493--62690834	47	7.2	47	91	2	540	28	30	8	31	1.87
62690493--62690834	143	2.4	143	92	0	567	28	30	8	31	1.87
62690493--62690834	96	3.6	96	90	3	539	28	30	8	31	1.87
62696078--62696156	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
62697799--62698042	57	4.2	57	89	2	346	19	16	33	30	1.94
62697833--62697987	29	5.4	29	70	6	136	16	16	36	30	1.92
62697858--62698012	28	5.5	28	70	6	123	18	20	32	29	1.96
62699446--62699485	17	2.2	18	91	8	64	37	5	5	52	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62701147--62701362	40	5.5	40	88	3	280	24	28	24	22	1.99
62704066--62704093	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
62705509--62705914	40	10.2	40	90	0	625	24	21	25	28	1.99
62709914--62709992	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
62713501--62713556	17	3.2	17	76	11	51	82	5	5	7	0.96
62714660--62714851	64	3.0	64	92	0	312	31	18	12	37	1.88
62724466--62724570	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
62724426--62724570	40	3.7	40	81	12	165	24	23	27	24	2.00
62724427--62724589	40	4.1	39	79	10	100	25	23	28	23	2.00
62724426--62724576	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
62725584--62726091	180	2.8	179	85	3	632	29	17	25	27	1.97
62726154--62726248	43	2.2	45	84	3	131	30	13	25	30	1.94
62725783--62726417	323	2.0	323	87	0	930	30	15	26	28	1.96
62726091--62726494	176	2.3	176	83	4	505	29	14	25	29	1.95
62728954--62729059	50	2.1	50	82	0	122	25	17	16	39	1.91
62729390--62729477	46	1.9	46	97	0	167	30	19	17	32	1.94
62738207--62738333	48	2.6	48	83	0	164	24	28	19	27	1.99
62738077--62738322	130	1.9	130	85	1	341	24	29	19	26	1.98
62744264--62744552	148	2.0	147	98	0	560	40	14	11	33	1.82
62744810--62744986	87	2.0	87	97	0	336	32	22	11	32	1.90
62745451--62745581	48	2.7	48	96	0	235	29	29	7	33	1.85
62757685--62757779	45	2.1	45	92	0	154	30	13	36	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62758046--62758508	232	2.0	232	91	2	761	23	15	28	32	1.95
62761640--62761669	11	2.7	11	100	0	60	40	23	0	36	1.55
62761603--62761717	59	1.9	59	96	0	212	33	26	5	35	1.79
62761651--62761786	41	3.0	48	83	14	205	31	26	5	36	1.80
62762242--62762564	67	4.8	66	95	1	522	20	32	17	29	1.95
62765680--62765747	34	2.0	34	100	0	136	32	23	5	38	1.79
62766327--62766601	138	2.0	138	97	0	523	30	22	8	39	1.82
62773194--62773513	157	2.0	157	98	0	615	31	12	18	37	1.88
62781841--62782124	43	6.7	43	82	3	310	29	25	19	25	1.98
62782533--62782578	21	2.2	21	92	0	74	2	43	17	36	1.61
62787031--62787147	9	13.2	9	74	10	73	34	0	17	47	1.54
62787046--62787132	36	2.5	36	94	3	151	34	1	17	47	1.55
62793205--62793468	46	5.8	46	96	1	451	32	28	17	21	1.96
62794111--62794165	27	2.0	27	96	0	101	38	0	12	49	1.41
62794489--62794535	14	3.3	14	87	3	67	48	0	0	51	1.00
62794327--62794971	177	3.7	175	82	10	786	50	5	9	34	1.58
62794666--62794726	15	4.3	13	76	15	50	52	0	0	47	1.00
62794667--62794718	14	3.4	16	76	15	65	48	0	0	51	1.00
62794669--62794728	29	2.1	29	96	0	111	50	0	0	50	1.00
62794678--62794726	15	3.3	15	82	5	73	55	0	0	44	0.99
62799117--62799200	43	1.9	44	85	7	118	30	5	27	35	1.81
62799804--62799945	7	19.7	7	72	16	112	47	37	2	12	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62799841--62799945	37	2.9	34	79	14	104	49	35	2	12	1.55
62800374--62800490	41	2.9	41	87	2	155	19	18	20	41	1.91
62801673--62801850	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
62801694--62801849	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
62802332--62802358	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
62806427--62806464	18	2.1	18	90	9	60	57	2	5	34	1.35
62809657--62809690	17	2.0	17	100	0	68	29	5	23	41	1.78
62813036--62813138	41	2.5	42	84	6	129	31	29	15	24	1.96
62814507--62814776	48	5.6	48	84	1	310	28	30	16	24	1.96
62826209--62826345	50	2.7	51	82	4	145	29	13	27	29	1.94
62826903--62827255	180	2.0	181	85	2	485	37	10	18	32	1.85
62826940--62827291	182	1.9	179	83	4	447	36	11	19	32	1.87
62830265--62830678	48	8.6	48	87	2	546	28	29	15	25	1.96
62832699--62832831	45	3.0	44	80	9	148	33	27	14	24	1.94
62833412--62833442	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
62836306--62836353	13	3.7	13	94	0	78	29	37	22	10	1.88
62837370--62837531	42	3.8	42	85	1	207	26	23	16	33	1.96
62837373--62837531	85	1.9	84	86	1	228	26	23	16	33	1.96
62844996--62845133	41	3.4	40	81	7	154	34	26	14	24	1.94
62848965--62849169	46	4.4	46	80	9	193	28	17	30	23	1.97
62848973--62849169	93	2.1	93	82	10	233	28	17	30	23	1.97
62848973--62849182	47	4.5	46	80	8	203	28	17	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62856222--62856254	13	2.6	13	95	4	59	42	0	18	39	1.50
62856559--62856605	23	2.0	23	100	0	94	17	31	29	21	1.96
62856582--62856690	46	2.3	47	83	9	134	27	21	29	22	1.99
62856582--62856733	47	3.3	47	78	9	132	26	20	29	23	1.99
62862369--62862433	3	21.7	3	100	0	130	33	0	0	66	0.92
62863165--62863216	13	4.2	12	80	14	61	48	0	9	42	1.36
62866486--62866657	46	3.7	48	81	11	180	24	29	19	26	1.99
62875590--62875809	50	4.6	47	75	12	182	25	31	16	25	1.97
62876968--62877054	3	29.3	3	68	23	51	31	2	4	62	1.28
62876969--62877031	27	2.3	28	78	10	76	26	3	4	65	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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