genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75853226--75853354	27	4.8	27	83	6	163	32	17	24	26	1.96
75853226--75853354	54	2.4	54	84	7	181	32	17	24	26	1.96
75853600--75853651	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
75853870--75854077	6	33.7	6	72	18	124	18	16	14	50	1.78
75853870--75854021	25	6.6	25	70	21	93	19	17	13	48	1.80
75853893--75853974	37	2.2	37	82	8	112	19	18	14	47	1.82
75853871--75853992	62	2.0	62	91	0	199	18	18	13	49	1.80
75853873--75854058	87	2.1	87	91	2	293	18	17	15	49	1.80
75857850--75858056	53	3.9	52	76	6	191	20	24	16	38	1.93
75861670--75861836	43	3.9	42	75	5	129	25	18	22	32	1.97
75873167--75873284	43	2.8	42	73	14	107	23	19	26	30	1.98
75876688--75876871	40	4.5	39	73	13	140	26	17	25	30	1.97
75878611--75878772	42	3.8	42	80	3	182	28	22	16	32	1.96
75887531--75887683	42	3.7	41	82	8	193	31	24	13	30	1.94
75890020--75890114	27	3.5	27	84	2	120	29	8	21	41	1.82
75890414--75890478	28	2.3	29	91	2	105	27	32	15	24	1.95
75890414--75890498	29	3.0	29	85	10	106	27	31	15	25	1.95
75895132--75895358	39	5.8	40	83	7	270	26	23	19	30	1.98
75895132--75895358	78	2.9	78	86	4	298	26	23	19	30	1.98
75900754--75900937	46	4.0	46	78	0	197	27	16	23	31	1.96
75900754--75900930	92	1.9	92	84	0	237	27	16	23	32	1.96
75903314--75903562	40	6.2	40	93	3	383	27	28	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75909734--75909775	21	2.0	21	86	9	59	38	4	0	57	1.20
75910651--75910689	18	2.2	18	86	9	53	38	12	12	35	1.82
75910737--75910766	15	1.9	16	93	6	53	33	6	13	46	1.69
75912622--75912673	14	3.3	15	81	13	61	50	0	0	50	1.00
75913475--75913533	30	2.0	30	89	0	91	28	5	10	55	1.54
75913617--75913656	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
75913658--75913690	11	2.8	12	86	9	50	63	0	0	36	0.95
75914039--75914105	17	3.9	17	70	16	57	32	5	4	56	1.43
75918206--75918269	21	3.0	21	81	0	65	48	20	6	25	1.72
75923118--75923256	59	2.3	60	82	3	156	46	13	14	25	1.81
75923509--75923552	18	2.4	18	96	3	79	45	0	11	43	1.40
75925223--75925262	20	1.9	22	85	10	57	52	15	12	20	1.74
75927371--75927396	13	2.0	13	100	0	52	23	38	23	15	1.92
75930655--75931134	27	17.6	27	97	1	474	30	29	14	25	1.95
75930655--75931134	54	8.8	54	96	1	852	30	29	14	25	1.95
75930655--75931134	82	5.9	82	97	1	874	30	29	14	25	1.95
75940224--75940399	27	6.5	27	84	3	210	27	14	27	30	1.95
75940225--75940380	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
75940221--75940399	82	2.2	81	83	3	234	27	14	27	30	1.95
75947873--75948050	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
75947874--75948029	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
75947870--75948050	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75948648--75948936	144	2.0	144	100	0	578	31	21	17	28	1.96
75953471--75953556	42	2.0	42	95	0	154	37	24	6	31	1.82
75954122--75954279	40	3.9	41	80	4	167	31	25	17	25	1.97
75954128--75954279	81	1.9	81	83	0	196	32	25	17	25	1.97
75959618--75959681	27	2.4	26	84	7	83	40	23	6	29	1.79
75959691--75959764	27	2.7	27	89	0	121	28	24	8	39	1.84
75963145--75963183	12	3.2	12	88	0	60	7	23	43	25	1.80
75963133--75963183	24	2.1	25	85	3	68	7	23	41	27	1.82
75964194--75964336	40	3.5	40	81	1	151	32	26	16	24	1.96
75969893--75969929	18	2.1	19	90	10	60	35	27	8	29	1.85
75974475--75974525	25	2.0	25	96	0	93	37	25	7	29	1.84
75974485--75974537	25	2.1	25	82	0	61	39	22	7	30	1.82
75976156--75976192	18	2.1	19	90	10	60	35	27	8	29	1.85
75978871--75978910	21	1.9	21	89	0	62	40	2	20	37	1.66
75981307--75981433	59	2.2	59	95	1	238	44	22	3	29	1.69
75981338--75981430	29	3.2	29	67	19	84	43	23	2	31	1.66
75984480--75984904	56	7.6	55	85	4	521	33	23	15	28	1.95
75984480--75984904	112	3.8	112	87	1	620	33	23	15	28	1.95
75984478--75984904	168	2.5	168	88	2	617	33	23	15	28	1.95
75986895--75987190	148	2.0	148	98	0	574	35	20	6	37	1.78
75988428--75988723	51	5.9	49	84	2	331	29	25	18	26	1.98
75992028--75992215	48	3.9	47	76	6	171	23	29	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75995655--75995733	31	2.5	31	97	0	149	25	26	18	29	1.98
75995951--75996047	26	3.8	26	93	1	162	25	23	24	25	2.00
75995951--75996047	51	1.9	51	95	4	178	25	23	24	25	2.00
75996847--75996930	27	3.1	27	84	3	107	21	22	21	34	1.97
75996992--75997099	27	3.9	27	78	13	103	31	8	18	41	1.80
75996989--75997158	54	3.1	54	81	5	166	32	9	18	40	1.82
75997041--75997178	27	5.1	27	80	7	122	29	7	21	42	1.79
75997198--75997258	26	2.3	26	85	0	86	39	11	19	29	1.87
75997214--75997323	27	4.1	27	82	3	116	40	10	22	25	1.86
76000093--76000152	29	2.1	29	96	0	111	26	15	23	35	1.94
76007419--76007473	29	2.0	29	89	7	87	29	12	21	36	1.91
76016308--76016340	15	2.2	15	100	0	66	24	18	12	45	1.83
76016507--76016629	38	3.2	38	85	2	156	33	26	20	19	1.96
76018801--76018930	40	3.3	39	85	3	170	23	21	28	26	1.99
76025794--76025867	36	2.1	35	90	5	121	32	13	22	29	1.92
76030921--76031078	56	2.8	56	86	5	205	34	25	13	25	1.93
76031698--76031727	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
76033031--76033300	48	5.6	48	82	1	301	25	29	17	28	1.97
76033031--76033310	96	2.9	94	86	8	363	25	29	16	28	1.97
76036110--76036136	9	3.0	9	100	0	54	55	0	11	33	1.35
76036843--76036874	16	1.9	17	93	6	57	31	9	15	43	1.78
76038537--76038633	27	3.7	26	79	4	95	42	23	7	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76038558--76038691	27	4.9	27	75	15	107	37	25	8	29	1.85
76038531--76038706	54	3.3	53	75	8	151	39	24	6	28	1.81
76038683--76038986	27	11.2	27	86	2	367	29	19	8	42	1.81
76038683--76038986	54	5.6	54	88	1	430	29	19	8	42	1.81
76039319--76039353	19	1.9	18	88	11	54	20	11	14	54	1.70
76041121--76041163	19	2.2	19	91	4	68	23	39	25	11	1.88
76041129--76041171	19	2.2	20	95	4	79	20	32	27	18	1.96
76046305--76046407	40	2.6	40	78	9	102	25	29	21	24	1.99
76058820--76058874	27	2.0	27	92	0	92	34	20	1	43	1.62
76061109--76061187	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
76061356--76061434	25	3.3	25	64	16	67	31	29	3	35	1.75
76061306--76061937	47	13.4	47	95	0	1066	29	29	8	33	1.86
76069149--76069178	14	2.1	15	93	6	53	30	0	20	50	1.49
76069870--76070002	43	3.1	42	77	12	155	27	15	24	32	1.96
76069845--76070002	84	1.9	84	89	0	244	27	16	24	31	1.96
76070172--76070215	19	2.3	18	84	7	52	47	2	15	34	1.58
76074339--76074412	33	2.3	32	85	2	94	31	13	28	27	1.94
76102147--76102219	36	2.0	36	94	0	128	36	16	8	38	1.79
76111695--76111724	12	2.5	12	100	0	60	16	23	33	26	1.96
76112562--76112646	35	2.4	35	86	3	100	45	24	10	18	1.81
76118863--76119016	67	2.2	67	85	4	200	29	22	29	19	1.98
76118947--76118997	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76119243--76119493	27	9.3	27	80	5	224	24	18	18	38	1.93
76119243--76119491	54	4.6	54	83	2	248	24	18	18	38	1.93
76119246--76119488	81	3.0	80	85	3	299	24	18	18	37	1.94
76119475--76119740	27	9.9	27	82	5	180	32	10	20	36	1.86
76119403--76119521	54	2.2	54	80	5	125	26	15	20	36	1.93
76119512--76119761	27	9.3	27	85	0	250	30	10	20	38	1.86
76122159--76122320	35	4.6	35	77	6	159	42	27	12	17	1.85
76132352--76132404	21	2.5	21	87	6	81	16	32	26	24	1.97
76132475--76132515	21	2.0	21	100	0	82	19	17	24	39	1.92
76140880--76140938	6	11.2	5	78	21	59	76	0	5	18	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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