genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95106805--95107217	10	41.2	10	72	20	95	19	3	19	57	1.55
95106853--95107395	5	109.8	5	72	20	341	20	3	18	57	1.55
95106892--95107395	65	7.6	65	81	10	483	20	3	18	57	1.55
95108517--95108778	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
95118582--95118633	20	2.6	20	93	0	86	21	36	28	13	1.91
95118910--95119030	39	3.1	39	81	0	152	35	13	9	42	1.76
95118954--95119017	18	3.4	18	73	12	65	39	15	3	42	1.63
95120416--95120472	20	2.8	20	76	15	62	54	0	3	42	1.17
95126511--95126646	39	3.5	39	79	0	155	38	13	8	39	1.74
95126799--95126890	44	2.1	44	85	4	123	35	21	20	21	1.96
95127870--95127932	20	2.8	23	74	18	60	55	1	3	39	1.25
95131676--95131705	14	2.1	14	93	0	51	56	6	0	36	1.26
95133336--95133431	40	2.4	40	98	0	183	25	27	25	22	2.00
95134495--95134613	59	2.0	59	96	0	220	41	22	16	19	1.90
95146435--95146567	47	2.9	45	77	11	126	24	30	19	24	1.98
95156299--95156478	40	4.6	40	81	11	187	26	21	27	25	1.99
95156347--95156511	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
95159270--95159367	44	2.3	42	86	8	135	22	20	26	30	1.98
95161819--95161930	29	3.9	30	77	8	117	26	32	15	25	1.95
95161826--95161936	58	1.9	57	83	5	143	27	31	14	27	1.95
95162011--95162056	19	2.5	19	85	3	67	19	36	15	28	1.92
95167753--95168000	25	10.0	25	78	3	214	25	18	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95167818--95167862	14	3.4	14	76	17	51	20	17	22	40	1.92
95167759--95168000	74	3.3	73	82	6	274	24	18	23	33	1.97
95171837--95171885	22	2.2	22	88	0	71	44	6	20	28	1.75
95175357--95175404	12	4.0	11	79	15	51	72	0	6	20	1.05
95175357--95175404	24	2.0	25	87	4	71	72	0	6	20	1.05
95182991--95183173	79	2.3	81	83	7	223	25	28	22	23	1.99
95182970--95183173	40	5.1	39	78	11	200	25	28	22	24	1.99
95184301--95184420	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
95200173--95200350	27	6.6	27	81	5	171	29	28	15	26	1.96
95200194--95200349	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
95204200--95204305	54	2.0	54	98	0	203	33	31	19	16	1.94
95204444--95204635	96	2.0	96	94	0	339	33	27	20	18	1.96
95208357--95208534	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
95208378--95208533	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
95217440--95217479	21	2.0	19	85	9	53	40	0	17	42	1.49
95217491--95217538	19	2.4	20	79	6	62	62	0	4	33	1.14
95217713--95217740	6	4.7	6	100	0	56	14	14	17	53	1.73
95217728--95217835	48	2.3	48	93	1	182	15	19	23	41	1.89
95217952--95218154	72	2.8	71	79	6	194	35	12	15	35	1.85
95217964--95218154	18	10.6	18	77	10	167	35	12	16	36	1.86
95217952--95218247	18	16.1	18	73	11	161	35	12	16	36	1.86
95218879--95218918	20	2.1	19	86	9	55	17	52	20	10	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95220410--95220516	5	20.2	5	78	19	103	20	2	0	75	0.98
95220422--95220516	6	16.3	6	76	14	83	20	3	1	75	0.99
95224799--95225158	47	7.6	47	90	3	544	27	29	8	34	1.87
95224799--95225158	96	3.8	96	88	5	543	27	29	8	34	1.87
95224813--95225158	143	2.4	142	89	5	527	27	29	8	33	1.87
95226606--95226725	56	2.1	56	93	0	204	22	25	9	43	1.82
95233864--95234033	40	4.3	40	92	0	243	26	27	21	24	1.99
95233864--95234086	40	5.6	39	86	3	241	26	27	21	25	1.99
95234018--95234095	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
95241812--95242034	40	5.6	39	85	3	241	26	27	20	24	1.99
95241812--95242034	120	1.9	119	81	6	272	26	27	20	24	1.99
95250143--95250211	21	3.3	21	87	0	93	39	15	27	17	1.90
95250143--95250233	42	2.2	42	79	0	101	40	15	26	17	1.89
95252043--95252122	39	2.1	39	85	4	108	43	30	12	13	1.81
95254127--95254262	48	2.8	48	82	0	146	28	32	16	22	1.95
95257166--95257220	21	2.5	22	88	2	76	16	36	29	18	1.92
95266004--95266080	27	2.9	27	92	0	118	36	19	18	25	1.94
95266069--95266242	27	6.5	26	82	2	186	22	18	19	39	1.92
95266069--95266242	81	2.2	80	84	3	233	22	18	19	39	1.92
95270955--95271053	27	3.7	27	85	4	121	41	18	8	32	1.79
95271044--95271130	27	3.3	25	85	9	111	37	19	20	21	1.94
95271123--95271244	27	4.2	27	75	15	109	41	18	18	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95271089--95271199	35	3.2	35	90	2	170	44	19	16	19	1.87
95271034--95271274	124	2.0	122	84	3	313	41	17	18	22	1.91
95271183--95271302	60	2.0	59	83	4	152	37	15	20	27	1.92
95271132--95271304	87	2.0	88	81	4	206	38	16	19	24	1.92
95271641--95271700	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
95271847--95271916	25	2.8	25	91	0	113	18	21	12	47	1.82
95271819--95271916	31	3.4	30	73	16	89	20	18	12	48	1.79
95273873--95273970	27	3.6	27	85	0	142	39	21	9	29	1.84
95273958--95274199	27	8.7	27	81	10	247	38	18	19	23	1.93
95274009--95274085	35	2.2	35	90	0	118	45	22	14	18	1.85
95273989--95274112	62	2.0	62	90	0	194	41	20	17	20	1.91
95273953--95274139	89	2.1	89	89	1	284	40	18	18	22	1.92
95274052--95274222	81	2.1	80	86	4	236	37	18	18	25	1.93
95274044--95274238	54	3.6	53	81	8	214	37	17	19	25	1.93
95274050--95274222	27	6.4	26	83	9	145	36	18	19	25	1.94
95274756--95274834	31	2.5	31	87	0	113	18	17	13	49	1.80
95274756--95274846	6	14.8	6	73	13	69	18	17	13	50	1.78
95279109--95279264	39	3.9	39	89	5	215	26	21	26	25	2.00
95279069--95279292	79	2.8	81	82	9	264	25	22	26	25	2.00
95279069--95279292	40	5.7	40	86	5	269	25	22	26	25	2.00
95279122--95279325	79	2.6	79	84	5	209	26	21	26	25	1.99
95281147--95281269	56	2.2	56	89	0	183	29	17	20	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95281163--95281312	56	2.7	54	85	8	178	29	16	22	31	1.96
95286541--95286713	46	3.7	46	77	13	192	22	20	27	29	1.99
95286538--95286708	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99
95292099--95292323	40	5.6	40	87	3	317	22	23	27	26	2.00
95292099--95292323	83	2.8	80	88	4	344	22	23	27	26	2.00
95300262--95300446	40	4.6	40	83	8	232	23	23	27	25	2.00
95300266--95300446	83	2.2	80	90	3	274	22	23	28	25	2.00
95304516--95304544	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
95325031--95325341	49	6.6	46	72	8	173	27	19	28	24	1.98
95325214--95325386	49	3.6	49	78	3	163	26	19	28	25	1.98
95328735--95328782	25	1.9	25	86	0	69	27	16	20	35	1.94
95328751--95328873	50	2.5	50	86	0	165	25	13	24	37	1.91
95328767--95328855	25	3.6	25	76	8	92	22	11	25	40	1.87
95332538--95332713	46	3.8	46	78	5	203	22	21	28	28	1.99
95332534--95332705	93	1.8	93	92	2	292	22	21	29	27	1.99
95344608--95344646	20	2.0	20	89	0	60	30	2	0	66	1.05
95344695--95344739	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
95346667--95346723	24	2.4	24	87	0	78	47	7	5	40	1.53
95346679--95346730	24	2.2	24	85	0	68	51	3	3	40	1.38
95346801--95346846	19	2.3	20	88	7	76	45	15	15	23	1.84
95354302--95354356	16	3.2	16	82	10	56	23	7	10	58	1.57
95358268--95358338	36	2.0	36	94	2	126	16	47	2	32	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95358442--95358494	21	2.5	22	81	9	74	37	41	13	7	1.72
95358856--95358886	16	1.9	16	93	0	53	12	16	16	54	1.71
95358965--95359055	45	2.0	45	91	0	146	32	14	12	40	1.83
95359057--95359131	38	2.0	37	87	5	107	33	9	9	48	1.68
95359122--95359202	42	1.9	42	90	7	128	33	18	8	39	1.81
95359237--95359436	90	2.2	90	99	0	391	33	10	10	46	1.72
95359245--95359317	36	2.0	36	91	0	119	32	9	9	47	1.68
95359335--95359407	36	2.0	36	91	0	119	32	9	9	47	1.68
95359281--95359389	54	2.0	54	85	7	150	34	9	10	45	1.70
95359377--95359488	61	1.9	58	85	5	152	33	12	9	44	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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