genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  234  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79879728--79879873	51	2.9	50	82	4	170	25	19	25	30	1.98
79884129--79884228	52	1.9	52	97	0	191	32	16	16	36	1.90
79884872--79884928	30	1.9	30	92	0	96	40	7	21	31	1.80
79885226--79885279	27	2.0	27	85	0	72	40	5	14	38	1.70
79890697--79890753	30	1.9	30	88	0	87	40	5	21	33	1.75
79891051--79891104	27	2.0	27	85	0	72	40	5	14	38	1.70
79896912--79896972	18	3.4	18	80	8	70	40	3	40	14	1.62
79896907--79896976	18	3.9	17	77	17	61	42	4	40	12	1.63
79905341--79905437	29	3.4	29	87	7	135	27	16	27	27	1.97
79906510--79906544	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
79914626--79914787	46	3.5	45	83	9	186	27	19	30	23	1.98
79916002--79916042	22	1.9	22	95	5	75	14	43	24	17	1.86
79921363--79921403	21	2.0	21	85	9	57	56	12	2	29	1.49
79928137--79928206	21	3.2	21	68	18	61	41	27	14	17	1.87
79928124--79928221	45	2.2	44	90	3	153	38	26	13	21	1.90
79932820--79933202	193	2.0	192	94	1	678	22	22	23	30	1.99
79942314--79942566	40	6.5	40	89	5	376	23	28	24	24	2.00
79942314--79942566	116	2.2	116	89	7	386	23	28	24	24	2.00
79942328--79942566	76	3.1	76	89	6	354	24	28	23	23	2.00
79944826--79944919	23	3.6	26	79	16	97	28	20	10	40	1.86
79944897--79945230	27	12.3	27	74	8	212	39	20	8	31	1.83
79944897--79945118	81	2.8	81	87	3	297	40	21	7	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79945260--79945347	27	3.3	27	85	3	106	37	18	25	19	1.94
79946140--79946327	26	7.3	26	84	2	231	30	21	21	27	1.98
79946140--79946309	52	3.3	51	90	5	272	28	22	21	27	1.99
79946533--79946611	31	2.5	31	93	2	131	26	17	27	27	1.98
79947347--79947715	48	7.7	48	81	3	368	27	19	29	23	1.98
79947335--79947718	144	2.7	144	84	4	472	27	19	29	23	1.98
79953142--79953192	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
79955619--79955697	37	2.1	37	88	0	113	25	32	18	22	1.97
79955816--79956210	47	8.4	47	96	0	691	29	29	8	32	1.87
79969359--79969536	43	4.2	43	77	6	184	32	23	14	29	1.94
79971626--79971671	21	2.2	21	84	3	58	28	15	34	21	1.94
79973313--79973531	49	4.5	50	77	14	176	28	18	27	25	1.98
79973166--79973531	48	7.7	47	71	15	195	28	18	27	24	1.98
79985741--79985819	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
79985938--79986253	49	6.6	49	91	3	491	30	29	7	32	1.84
79991822--79991868	24	2.0	24	87	8	69	27	19	27	25	1.99
79997275--79997452	20	8.9	20	80	3	180	38	22	21	17	1.93
79997275--79997452	39	4.5	40	82	3	180	38	22	21	17	1.93
79997275--79997446	59	2.9	60	80	3	186	37	23	22	16	1.94
79998173--79998207	16	2.2	16	90	10	54	8	20	17	54	1.68
80002132--80002265	27	5.0	26	88	4	142	38	20	23	17	1.93
80002152--80002265	27	4.2	27	89	4	151	36	22	23	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80003641--80003722	24	3.4	23	86	9	119	18	36	6	39	1.75
80009644--80009754	27	4.1	27	80	9	129	37	21	23	17	1.93
80009646--80009751	54	2.0	54	88	1	160	38	19	23	17	1.93
80010495--80010681	94	2.0	94	93	2	322	34	22	17	26	1.96
80011229--80011307	24	3.3	23	86	8	113	20	36	5	37	1.75
80011740--80011804	34	1.9	34	83	0	85	33	21	23	21	1.97
80011992--80012163	20	8.7	20	87	2	240	39	22	22	16	1.92
80011992--80012163	39	4.3	40	86	2	240	39	22	22	16	1.92
80011992--80012163	59	2.9	59	90	0	254	39	22	22	16	1.92
80011958--80012163	79	2.6	79	85	2	270	38	21	22	17	1.93
80011967--80012163	20	9.9	20	84	2	227	38	21	22	16	1.93
80021740--80021856	43	2.7	43	86	0	162	33	14	23	29	1.94
80026902--80026979	37	2.1	37	90	0	120	24	30	19	25	1.98
80027098--80027459	49	7.6	47	91	3	544	29	30	7	32	1.85
80027098--80027459	96	3.8	96	90	3	561	29	30	7	32	1.85
80031278--80031307	15	2.0	15	100	0	60	53	6	20	20	1.67
80031286--80031333	25	1.9	25	91	0	78	50	12	25	12	1.75
80038414--80038443	13	2.3	13	94	0	51	13	33	33	20	1.91
80054526--80054558	14	2.2	16	89	10	52	54	6	6	33	1.50
80068354--80068432	41	1.9	41	94	0	140	26	29	21	22	1.99
80068692--80069003	27	11.6	26	75	13	165	32	9	18	38	1.84
80068692--80068826	55	2.5	54	80	11	150	33	11	16	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80068670--80069011	54	6.3	53	73	11	232	32	9	19	38	1.83
80068746--80069011	81	3.3	80	77	8	238	32	8	19	39	1.82
80069000--80069091	27	3.4	27	90	0	139	29	19	16	34	1.94
80069000--80069103	54	1.9	54	86	0	145	29	20	17	32	1.95
80079921--80080076	27	5.8	27	77	11	142	36	21	22	19	1.95
80079963--80080076	54	2.1	54	96	0	210	37	24	21	16	1.93
80095527--80095733	27	7.6	27	92	3	333	27	12	28	31	1.93
80095527--80095733	55	3.8	55	96	0	360	27	12	28	31	1.93
80099364--80099451	40	2.2	40	87	4	124	26	27	22	23	2.00
80120220--80120274	27	2.0	27	92	0	92	36	16	5	41	1.71
80122934--80123086	26	5.9	26	93	0	243	33	5	24	36	1.78
80124198--80124261	26	2.4	26	84	5	74	32	25	12	29	1.92
80124366--80124560	27	7.2	27	85	8	272	17	24	23	34	1.96
80124366--80124560	54	3.6	54	97	1	365	17	24	23	34	1.96
80128137--80128168	15	2.1	15	94	0	55	28	6	6	59	1.46
80130886--80130931	24	2.0	24	91	4	76	13	23	28	34	1.92
80135591--80135941	47	7.4	47	95	1	603	29	29	7	32	1.86
80148757--80148908	65	2.3	65	82	2	180	24	21	19	34	1.97
80148957--80149064	26	4.2	26	89	0	144	26	15	17	39	1.90
80150834--80150990	27	5.8	27	90	0	224	30	24	7	38	1.82
80150809--80151054	54	4.6	54	79	2	215	34	24	7	33	1.83
80150834--80151017	27	6.8	28	87	2	110	30	23	7	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80150821--80151019	81	2.5	81	79	3	213	33	23	7	35	1.83
80151010--80151164	53	2.9	54	86	3	215	41	23	9	26	1.84
80151012--80151415	27	15.0	27	81	3	325	38	20	15	25	1.92
80153818--80154197	27	14.1	27	78	4	158	37	21	7	33	1.82
80153832--80154012	54	3.4	54	86	0	175	32	22	7	37	1.83
80153832--80154012	81	2.2	80	83	0	227	32	22	7	37	1.83
80153865--80154013	54	2.8	54	91	1	228	30	21	8	39	1.82
80154000--80154159	53	3.0	53	80	3	160	41	23	6	28	1.78
80154005--80154172	80	2.1	81	86	3	232	42	21	7	29	1.79
80154032--80154197	53	3.1	54	77	6	167	41	21	7	29	1.81
80154201--80154497	27	11.0	27	85	0	380	35	18	20	25	1.95
80154699--80154781	25	3.4	24	82	9	96	31	22	20	25	1.98
80154698--80154793	25	3.9	25	77	14	92	30	23	19	26	1.98
80154699--80154793	50	1.9	50	80	8	113	30	24	20	25	1.98
80158685--80158902	39	5.5	39	87	1	303	17	22	28	31	1.97
80172689--80172713	11	2.3	11	100	0	50	60	8	0	32	1.26
80174638--80174662	13	1.9	13	100	0	50	0	40	36	24	1.55
80193207--80193470	40	6.6	40	90	0	402	25	26	21	25	2.00
80193848--80194030	79	2.3	81	81	7	205	25	27	22	25	2.00
80193846--80194030	40	4.6	41	78	10	204	25	27	22	24	2.00
80203371--80203512	75	1.9	75	91	2	232	40	9	19	30	1.83
80204594--80204668	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80204722--80204949	40	5.7	40	86	0	296	23	21	28	26	1.99
80204722--80204962	120	2.0	119	86	2	331	23	21	28	26	1.99
80209166--80209265	47	2.1	47	84	0	128	35	9	28	28	1.87
80209472--80209580	37	2.9	37	93	0	182	22	18	31	27	1.97
80210761--80210872	58	1.9	58	88	0	170	21	25	33	20	1.97
80216750--80217061	40	7.8	40	92	0	507	27	22	25	25	2.00
80220370--80220402	14	2.4	14	100	0	66	27	0	12	60	1.32
80226729--80226798	25	2.8	25	88	0	104	25	22	24	27	2.00
80226829--80226859	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
80227607--80227684	27	2.9	26	77	11	86	23	16	21	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297