genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  201  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68267484--68267618	43	3.2	42	71	15	107	29	25	17	26	1.98
68267499--68267621	43	2.9	42	77	10	115	29	26	20	24	1.99
68267821--68267845	8	3.1	8	100	0	50	24	24	12	40	1.88
68272092--68272219	42	3.0	42	80	6	150	30	12	25	31	1.93
68272092--68272197	43	2.5	42	84	7	142	31	13	25	30	1.93
68274145--68274191	17	2.7	19	75	18	50	42	19	17	21	1.89
68276013--68276050	20	1.9	20	94	0	67	52	7	10	28	1.64
68286719--68286768	22	2.3	22	82	6	57	24	12	28	36	1.91
68295076--68295181	53	2.0	53	98	0	203	23	11	28	36	1.89
68295585--68295632	23	2.1	23	96	0	87	47	12	20	18	1.81
68297640--68297695	29	2.0	29	82	10	71	32	8	25	33	1.87
68299009--68299217	104	2.0	105	86	2	296	32	21	23	22	1.98
68309134--68309260	46	2.8	46	85	2	166	21	19	30	28	1.98
68317294--68317469	40	4.4	40	89	3	241	25	27	22	25	2.00
68324525--68325283	40	19.0	40	89	3	1170	27	27	20	24	1.99
68324525--68325283	80	9.5	80	94	2	1310	27	27	20	24	1.99
68329327--68329414	45	1.9	46	84	6	117	27	20	14	37	1.92
68338532--68338603	37	2.0	36	94	2	126	30	19	18	31	1.95
68338597--68338779	40	4.6	38	76	9	145	26	28	20	24	1.99
68338625--68338728	39	2.6	40	90	1	165	25	28	21	25	1.99
68338625--68338781	79	2.0	80	82	6	194	25	28	21	24	1.99
68340536--68340607	36	2.0	36	91	0	117	16	26	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68348348--68348435	28	3.2	28	82	8	108	23	15	34	26	1.95
68349668--68349705	18	2.2	18	85	4	51	44	10	18	26	1.82
68363329--68363630	27	11.2	27	86	1	390	30	22	5	40	1.77
68363329--68363630	81	3.7	81	87	0	435	30	22	5	40	1.77
68363866--68363917	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
68364136--68364203	25	2.7	25	77	8	75	20	16	13	50	1.78
68364169--68364240	37	1.9	37	85	0	99	18	18	16	47	1.83
68364137--68364326	62	3.1	62	84	0	245	19	16	14	50	1.79
68364201--68364249	25	2.0	25	91	0	80	20	20	16	42	1.89
68364248--68364274	12	2.2	12	100	0	54	18	0	14	66	1.25
68364258--68364311	25	2.2	25	86	0	72	18	16	14	50	1.79
68364199--68364411	87	2.4	87	84	0	273	19	15	14	50	1.77
68364270--68364352	25	3.3	25	79	0	85	20	19	13	46	1.82
68364136--68364450	149	2.1	149	91	0	504	19	15	13	50	1.77
68364348--68364414	25	2.7	25	90	0	107	17	11	14	55	1.69
68364282--68364427	62	2.4	62	86	0	202	19	14	13	52	1.75
68364282--68364448	62	2.7	62	84	0	181	19	15	13	51	1.76
68368024--68368137	56	2.0	56	98	0	219	32	8	25	33	1.87
68368704--68368907	27	7.5	26	87	4	219	25	15	28	30	1.96
68368703--68368907	54	3.8	54	83	2	250	25	15	28	30	1.96
68368704--68368907	109	1.9	108	88	3	311	25	15	28	30	1.96
68378552--68378729	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68378553--68378708	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
68378549--68378729	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
68386864--68387502	322	2.0	322	96	0	1188	30	26	17	25	1.97
68391291--68391468	27	6.6	27	82	5	171	29	28	15	26	1.96
68391312--68391467	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
68395617--68395652	10	3.6	10	88	0	54	22	30	13	33	1.93
68395618--68395664	20	2.3	20	85	0	67	23	23	17	36	1.95
68399919--68400156	47	5.0	47	75	10	176	31	11	29	27	1.92
68400319--68400470	37	4.1	37	88	0	223	21	20	32	25	1.97
68401757--68401924	40	4.2	39	86	3	210	25	21	27	25	1.99
68401742--68401937	40	4.9	40	85	2	189	24	21	27	26	1.99
68410097--68410157	31	2.0	31	100	0	122	65	6	11	16	1.44
68412502--68412537	10	3.6	10	88	0	54	22	30	13	33	1.93
68412503--68412549	20	2.3	20	85	0	67	23	23	17	36	1.95
68422323--68422393	29	2.4	29	86	4	90	25	32	14	28	1.94
68422376--68422408	15	2.2	15	94	0	57	18	42	18	21	1.89
68429206--68429395	49	3.9	48	76	6	184	28	24	20	26	1.99
68429206--68429389	100	1.8	100	90	0	296	29	24	19	26	1.98
68431856--68431911	15	3.7	15	74	25	64	62	10	14	12	1.55
68434027--68434216	49	3.9	48	76	6	184	28	24	20	26	1.99
68434027--68434210	100	1.8	100	90	0	296	29	24	19	26	1.98
68439131--68439348	39	5.5	39	90	1	312	19	22	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68444023--68444068	23	2.0	23	95	0	83	45	10	0	43	1.39
68448346--68448435	46	2.0	46	97	0	171	44	24	14	16	1.85
68448773--68448996	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
68448773--68448996	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
68448773--68448996	123	1.8	119	89	3	349	25	26	23	24	2.00
68452392--68452475	42	2.0	42	95	0	150	27	27	15	29	1.96
68455721--68455889	85	2.0	85	100	0	338	33	18	17	30	1.94
68456334--68456424	45	2.0	45	100	0	182	31	15	6	46	1.71
68457176--68457399	40	5.6	40	84	6	292	25	26	23	23	2.00
68457176--68457399	83	2.8	80	86	5	292	25	26	23	23	2.00
68462276--68462930	49	13.6	49	93	2	1123	29	28	8	32	1.87
68467657--68467687	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
68467655--68467693	20	2.0	20	84	0	51	35	23	0	41	1.55
68467880--68468130	55	4.7	54	80	7	257	22	25	17	35	1.95
68467925--68468127	108	1.9	110	86	4	295	23	26	17	32	1.97
68469008--68469207	27	7.4	27	83	1	231	37	19	18	24	1.94
68469859--68469910	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
68484849--68485044	27	7.3	27	80	2	187	36	17	19	26	1.94
68484857--68485044	54	3.5	54	88	0	259	36	17	20	26	1.94
68484876--68485044	81	2.1	81	84	0	221	36	18	19	26	1.95
68485407--68485452	19	2.4	19	92	0	74	32	19	34	13	1.90
68491700--68491748	11	4.5	11	77	10	55	8	4	51	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68491688--68491748	22	2.7	23	80	7	72	11	3	49	36	1.55
68502379--68502559	43	4.2	43	83	8	190	28	25	23	22	1.99
68502397--68502689	86	3.4	85	76	6	241	30	25	22	21	1.99
68502379--68502601	43	5.2	43	79	8	134	27	25	24	21	1.99
68502618--68502702	44	1.9	44	83	4	109	38	25	16	18	1.92
68502575--68503020	157	2.8	157	99	0	883	31	23	21	23	1.98
68502775--68502859	44	1.9	44	83	4	109	38	25	16	18	1.92
68502931--68503093	44	3.8	42	78	6	146	33	26	19	21	1.97
68502986--68503109	44	2.9	44	83	7	146	29	32	18	19	1.96
68503416--68503467	21	2.5	21	93	0	86	1	50	21	26	1.59
68509038--68509174	9	14.6	9	72	8	103	32	2	20	45	1.63
68509042--68509174	57	2.3	57	85	0	167	31	2	20	45	1.63
68511079--68511134	25	2.2	26	78	9	62	53	1	7	37	1.39
68512534--68512610	22	3.6	22	76	15	72	44	31	0	24	1.54
68513744--68513769	7	3.7	7	100	0	52	57	26	0	15	1.38
68513788--68513869	35	2.3	35	83	4	94	47	24	2	25	1.64
68513945--68514326	124	3.1	123	83	2	446	24	23	21	31	1.98
68513923--68514326	41	9.9	41	84	3	436	23	23	21	30	1.99
68514772--68514869	42	2.3	42	83	0	124	29	15	19	35	1.92
68514978--68515039	24	2.6	24	85	10	74	25	24	16	33	1.95
68517762--68517939	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
68517763--68517918	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68517759--68517939	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
68525825--68526002	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
68525826--68525981	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
68525822--68526002	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
68530267--68530317	22	2.3	22	83	6	68	15	29	31	23	1.95
68530362--68530437	38	2.0	38	100	0	152	15	28	15	39	1.89
68532529--68532597	35	2.0	35	97	0	129	31	18	2	46	1.64
68532591--68532628	19	2.0	20	89	5	60	44	13	2	39	1.57
68535109--68535262	44	3.5	43	74	12	125	31	24	18	25	1.97
68535056--68535220	45	3.7	43	74	11	127	26	21	21	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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