genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22200804--22200906	43	2.4	43	98	0	197	22	16	34	26	1.95
22200888--22200961	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
22201322--22201458	40	3.4	39	82	7	132	27	21	26	24	1.99
22201322--22201471	80	1.9	80	84	2	203	27	21	26	24	1.99
22204520--22204783	40	6.6	40	87	6	349	25	22	27	24	2.00
22204520--22204816	159	1.9	159	82	6	379	26	22	26	24	2.00
22206667--22206736	32	2.2	32	100	0	140	35	7	12	44	1.70
22206923--22207014	39	2.3	39	84	3	121	27	23	27	21	1.99
22206877--22207065	40	4.7	40	78	8	154	24	23	27	24	2.00
22206997--22207151	40	3.9	40	83	0	184	24	21	28	25	1.99
22210485--22211009	47	11.1	47	94	1	879	31	8	30	29	1.88
22210485--22211009	190	2.8	190	93	0	901	31	8	30	29	1.88
22211128--22211206	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
22213930--22214083	27	5.7	27	89	0	236	37	18	19	25	1.94
22216936--22217134	27	7.4	27	82	2	211	36	19	19	25	1.95
22216936--22217135	81	2.5	80	85	4	249	36	19	19	25	1.95
22217787--22217837	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
22223205--22223373	47	3.6	47	84	3	221	28	30	7	32	1.85
22223205--22223373	49	3.6	49	84	6	224	28	30	7	32	1.85
22231251--22231350	50	2.0	50	96	0	182	33	19	21	27	1.97
22232504--22232925	48	8.8	48	78	8	412	28	18	27	25	1.98
22232504--22232882	144	2.6	143	89	3	530	27	18	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22232517--22232925	144	2.8	141	82	11	488	28	18	27	25	1.98
22235288--22235344	30	1.9	30	89	3	89	31	14	24	29	1.94
22235675--22235848	46	3.7	46	82	7	185	25	20	31	22	1.98
22238278--22238449	46	3.7	46	77	14	192	28	27	22	21	1.99
22238283--22238453	93	1.8	93	92	2	290	28	28	22	21	1.99
22238873--22238932	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
22242022--22242080	30	2.0	30	86	0	82	32	15	25	27	1.95
22242422--22242587	46	3.6	44	77	11	156	27	19	28	24	1.98
22244368--22244446	34	2.3	35	84	6	99	48	15	6	30	1.70
22245225--22245289	29	2.2	29	81	13	71	24	15	4	55	1.59
22246244--22246296	27	1.9	28	88	3	81	37	22	13	26	1.91
22250406--22250461	19	3.1	19	72	15	64	32	7	17	42	1.77
22250404--22250470	35	2.0	35	88	5	102	31	5	14	47	1.69
22251223--22251389	40	4.2	40	92	0	271	23	22	24	29	1.99
22258116--22258171	19	3.1	19	72	15	64	32	7	17	42	1.77
22258114--22258180	35	2.0	35	88	5	102	31	5	14	47	1.69
22258933--22259179	40	6.2	40	99	0	476	21	22	27	29	1.99
22265686--22265741	19	3.1	19	72	15	64	32	7	17	42	1.77
22265685--22265750	35	1.9	35	87	6	100	31	6	15	46	1.70
22266503--22266708	40	5.2	40	95	0	358	23	22	24	28	1.99
22270235--22270332	44	2.3	43	83	5	126	28	18	25	27	1.98
22278146--22278330	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22278146--22278330	40	4.7	40	82	7	225	25	27	22	24	2.00
22278428--22278529	52	2.0	52	96	3	190	30	20	17	31	1.96
22279513--22279652	74	1.9	74	92	0	235	26	20	18	35	1.95
22279911--22279943	17	1.9	17	93	0	57	57	9	12	21	1.62
22280102--22280302	100	2.0	100	86	1	278	13	24	21	40	1.89
22280477--22280511	15	2.3	15	90	0	61	17	20	2	60	1.49
22282262--22282428	83	2.0	83	97	0	316	23	8	29	37	1.85
22282672--22282696	13	1.9	13	100	0	50	28	40	16	16	1.89
22283131--22283282	27	5.6	27	87	1	207	40	21	8	29	1.83
22283131--22283367	81	2.9	81	82	2	253	38	21	9	30	1.85
22283131--22283355	54	4.2	53	77	6	204	39	21	9	30	1.85
22283131--22283390	27	9.6	27	79	3	152	38	22	9	30	1.85
22283375--22283541	27	6.3	27	80	2	176	33	19	21	25	1.97
22285691--22285812	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
22285663--22285919	47	5.4	47	89	3	365	26	30	9	33	1.88
22288526--22288585	22	2.7	22	84	5	68	21	21	21	35	1.96
22288744--22288845	27	3.8	27	84	5	125	18	24	21	35	1.96
22288744--22288845	54	1.9	53	85	2	141	18	24	21	35	1.96
22290427--22290451	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
22290997--22291175	27	6.6	27	80	6	182	28	14	27	29	1.95
22290995--22291175	82	2.2	81	79	4	204	28	14	27	29	1.95
22292807--22292851	19	2.4	19	96	3	83	51	0	20	28	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22292862--22292916	26	2.1	26	93	0	92	50	10	5	32	1.60
22295801--22295985	79	2.3	80	82	7	216	24	22	28	24	2.00
22295801--22295985	40	4.7	40	82	6	216	24	22	28	24	2.00
22295854--22296018	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
22300863--22300988	48	2.7	49	80	14	140	26	28	18	26	1.98
22307552--22307722	45	3.7	45	78	12	179	24	30	18	25	1.98
22307502--22307719	45	4.7	47	77	13	175	25	30	17	26	1.98
22315718--22315779	28	2.2	28	94	0	106	22	30	25	20	1.98
22320633--22320783	27	5.6	27	73	7	112	34	11	21	31	1.90
22320660--22320772	53	2.1	54	82	8	133	37	11	21	30	1.89
22320693--22320795	54	1.9	53	84	5	136	33	11	19	34	1.88
22322627--22322793	90	1.9	90	81	5	203	29	19	23	26	1.98
22322671--22322829	42	3.6	42	71	12	122	26	22	25	25	2.00
22324543--22324733	77	2.5	78	81	6	192	30	25	21	22	1.99
22324538--22324704	38	4.3	38	83	2	190	32	25	20	21	1.97
22324575--22324733	38	4.1	39	84	6	155	30	23	22	23	1.99
22328866--22328974	57	1.9	58	84	1	148	26	28	19	25	1.99
22329128--22329478	43	8.2	43	93	0	558	32	33	22	11	1.89
22330317--22330583	131	2.0	133	95	3	484	34	20	14	29	1.93
22331182--22331332	38	3.9	38	86	1	203	32	23	22	21	1.98
22331184--22331368	38	4.8	38	82	6	176	30	24	22	22	1.99
22331174--22331368	76	2.5	78	82	5	200	31	24	21	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22335500--22335608	57	1.9	58	84	1	148	26	28	19	25	1.99
22335762--22336112	43	8.2	43	93	0	558	32	33	22	11	1.89
22337671--22337903	38	6.1	38	83	5	272	32	24	21	22	1.98
22337679--22337905	114	2.0	116	85	5	309	31	23	21	23	1.98
22351026--22351107	40	2.0	40	80	2	92	36	29	17	17	1.92
22351059--22351275	39	5.5	39	89	1	283	30	26	22	20	1.98
22358317--22358437	40	3.0	40	89	5	167	25	27	23	23	2.00
22358410--22358464	27	2.0	27	100	0	110	32	30	18	18	1.95
22359372--22359462	40	2.3	40	92	3	148	24	19	27	28	1.99
22364972--22365071	50	2.0	50	100	0	200	28	20	24	28	1.99
22373570--22373610	18	2.3	18	95	0	73	48	9	2	39	1.49
22379118--22379155	20	1.9	20	88	0	58	36	21	18	23	1.95
22380227--22380259	14	2.3	15	89	5	50	42	9	3	45	1.51
22381055--22381092	19	2.0	19	100	0	76	26	26	5	42	1.76
22394239--22394433	42	4.6	43	76	9	170	25	17	26	30	1.98
22398307--22398361	28	2.0	28	100	0	110	43	12	14	29	1.82
22403009--22403191	40	4.6	40	81	8	171	25	21	26	25	2.00
22403006--22403157	80	1.9	80	89	5	236	25	21	26	27	1.99
22403009--22403191	80	2.3	80	84	8	223	25	21	26	25	2.00
22406233--22406358	27	4.7	27	75	5	112	34	17	21	26	1.96
22406240--22406342	54	1.9	54	87	0	152	35	17	19	27	1.94
22406902--22407037	27	5.0	26	80	7	137	20	22	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22406902--22407036	55	2.5	54	80	7	148	20	22	18	37	1.94
22407082--22407169	44	2.0	44	90	0	140	18	12	35	34	1.88
22407199--22407323	6	20.3	6	71	16	87	20	17	13	48	1.81
22407205--22407263	25	2.4	25	88	0	82	22	16	13	47	1.82
22407222--22407302	31	2.6	31	90	0	126	20	18	14	45	1.85
22421521--22421559	20	1.9	21	89	5	62	15	5	0	79	0.90
22426941--22427033	47	2.0	47	91	0	150	24	15	11	48	1.78
22431940--22432017	38	2.1	38	97	0	147	26	32	19	21	1.97
22434671--22434722	25	2.1	25	89	3	79	25	19	23	32	1.97
22434768--22434830	21	3.0	21	83	4	74	28	15	14	41	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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