genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11010019--11010230	75	2.8	75	83	0	271	29	16	19	33	1.95
11015382--11015438	15	3.8	15	72	9	53	47	15	19	17	1.83
11015355--11015437	30	2.7	30	77	3	85	55	14	15	14	1.70
11020425--11020462	16	2.4	16	86	8	51	50	0	0	50	1.00
11020735--11020786	16	3.4	15	76	10	52	57	5	1	34	1.33
11020731--11020787	30	1.9	29	89	3	87	56	5	1	36	1.32
11028352--11028438	40	2.2	40	97	0	165	25	20	29	24	1.99
11028425--11028476	26	2.0	26	81	7	61	26	19	25	28	1.98
11028444--11028760	40	7.9	40	91	1	492	27	21	28	23	1.99
11031045--11031112	29	2.3	29	89	0	100	32	22	20	25	1.98
11032935--11033027	46	2.0	46	93	0	159	25	17	23	33	1.96
11034741--11034803	30	2.1	30	100	0	126	46	9	12	31	1.74
11035256--11035281	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
11035336--11035513	41	4.4	41	88	2	252	37	23	21	17	1.94
11035670--11035721	7	7.4	7	80	0	50	25	0	25	50	1.50
11035759--11035864	7	15.1	7	72	7	81	19	0	40	39	1.52
11036137--11036181	14	3.2	14	81	12	65	24	0	26	48	1.51
11036528--11036641	57	2.0	57	98	0	219	48	1	7	42	1.40
11047835--11047987	28	5.5	28	90	4	231	32	29	13	24	1.93
11047835--11047987	83	1.8	83	90	2	245	32	29	13	24	1.93
11047834--11048012	56	3.2	55	87	2	232	32	30	12	24	1.93
11054342--11054463	9	12.9	9	75	10	109	45	19	1	32	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11054353--11054430	39	2.0	39	89	0	120	44	19	1	34	1.59
11054342--11054459	57	2.1	57	86	0	164	46	19	1	32	1.60
11059682--11059848	40	4.2	40	83	8	207	28	26	18	26	1.98
11059715--11059900	40	4.7	40	84	5	207	26	27	20	24	1.99
11063749--11063992	43	5.7	43	90	0	389	24	33	17	24	1.96
11071819--11071875	28	2.0	28	96	0	105	45	24	19	10	1.81
11080025--11080287	40	6.7	40	88	6	351	25	27	21	25	1.99
11080025--11080287	79	3.3	79	87	6	349	25	27	21	25	1.99
11088223--11088486	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
11103566--11103620	4	13.8	4	100	0	110	50	23	0	25	1.49
11114978--11115048	31	2.3	31	90	0	106	25	36	29	8	1.85
11121413--11121538	41	3.0	43	73	13	107	31	25	17	25	1.97
11123101--11123157	27	2.1	25	84	15	69	35	5	28	31	1.79
11133328--11133448	27	4.5	27	81	0	152	34	18	22	24	1.96
11133328--11133495	54	3.1	53	76	11	146	30	19	22	27	1.98
11148633--11148731	43	2.3	42	84	1	126	24	14	26	35	1.93
11153587--11153611	13	1.9	13	100	0	50	32	0	16	52	1.44
11159807--11159963	43	3.7	43	86	4	210	26	19	24	29	1.98
11161513--11161738	41	5.6	40	88	2	292	22	22	26	28	1.99
11165445--11165474	14	2.1	14	93	0	51	50	6	0	43	1.28
11172648--11172722	31	2.4	31	90	0	114	24	29	17	29	1.97
11174879--11174907	2	14.5	2	100	0	58	0	0	51	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11177359--11177437	24	3.3	24	87	0	104	27	8	26	36	1.86
11187974--11188064	44	2.1	44	95	0	164	31	19	19	28	1.97
11192442--11192488	21	2.2	22	85	11	62	40	51	4	4	1.41
11192826--11192873	22	2.2	22	85	7	62	29	18	25	27	1.98
11193030--11193151	41	3.0	41	87	2	174	29	27	19	22	1.98
11193760--11193813	24	2.2	24	90	0	90	35	3	40	20	1.70
11194797--11194826	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
11195924--11196230	27	11.4	27	80	7	266	30	8	18	42	1.79
11196220--11196298	27	2.9	27	78	0	86	27	18	18	34	1.95
11199318--11199434	43	2.8	42	79	5	128	33	27	15	23	1.95
11203024--11203049	13	2.0	13	100	0	52	30	0	46	23	1.53
11212301--11212332	7	4.6	7	96	0	55	31	3	15	50	1.60
11218049--11218323	47	5.7	49	88	5	384	32	9	29	28	1.88
11218049--11218323	96	2.9	95	89	4	378	32	9	29	28	1.88
11224626--11224702	27	2.9	27	82	3	93	32	12	25	28	1.93
11224811--11224890	26	3.0	26	77	1	88	32	7	27	32	1.85
11224820--11224921	27	3.8	27	75	1	89	31	9	30	28	1.89
11232794--11232830	17	2.1	19	90	10	60	21	37	24	16	1.93
11236242--11236307	30	2.2	30	86	0	96	28	15	18	37	1.91
11246438--11246481	17	2.6	17	89	3	63	20	38	27	13	1.90
11253009--11253034	13	2.0	13	100	0	52	46	30	0	23	1.53
11260716--11260771	28	2.0	28	96	0	103	30	28	1	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11260941--11260975	7	5.0	7	96	0	61	0	25	0	74	0.82
11264485--11264535	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
11265168--11265533	49	7.7	47	69	16	179	25	19	29	25	1.98
11265353--11265533	98	1.9	97	83	3	238	27	19	27	24	1.99
11265216--11265531	142	2.2	139	80	8	334	25	19	29	25	1.98
11268544--11268632	13	6.7	13	74	14	74	43	2	20	33	1.64
11268544--11268632	40	2.2	40	91	0	151	43	2	20	33	1.64
11268565--11268630	27	2.4	28	82	12	84	46	1	16	34	1.56
11271328--11271363	17	2.2	17	90	5	56	55	0	16	27	1.42
11271991--11272035	18	2.5	18	85	7	56	44	0	6	48	1.29
11273482--11273564	30	2.8	30	70	7	87	26	16	28	27	1.97
11274455--11274551	49	2.0	49	86	8	135	44	16	15	23	1.86
11276306--11276528	110	2.0	110	96	0	410	20	15	24	39	1.91
11280925--11280972	24	2.0	25	87	4	71	33	25	16	25	1.96
11284952--11285088	46	3.0	46	86	2	186	25	30	8	35	1.85
11285092--11286055	47	20.4	47	97	0	1748	25	31	12	30	1.92
11300545--11300678	68	2.0	68	96	0	250	30	23	21	24	1.99
11300779--11300878	50	2.0	50	98	0	191	32	10	25	33	1.89
11301189--11301581	197	2.0	197	97	0	741	18	10	28	42	1.84
11302562--11302789	40	5.7	40	90	3	343	25	22	27	24	2.00
11302562--11302822	120	2.2	119	86	4	357	26	22	26	23	2.00
11302562--11302828	80	3.4	79	88	4	335	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11321938--11322068	66	1.9	69	80	12	153	35	14	29	21	1.93
11324311--11324344	16	2.1	17	88	5	52	35	20	5	38	1.77
11329819--11329864	20	2.3	20	96	0	83	43	2	50	4	1.34
11340170--11340214	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
11340756--11340911	57	2.7	58	75	15	153	28	17	22	32	1.96
11351569--11351871	40	7.6	40	90	2	396	24	20	28	27	1.99
11358645--11358770	43	2.9	42	79	6	119	33	27	16	22	1.95
11366342--11366506	43	3.9	43	76	6	122	32	24	15	27	1.95
11368350--11368391	19	2.3	19	84	12	52	11	16	7	64	1.48
11371394--11371753	47	7.7	45	72	12	194	27	21	28	22	1.99
11371397--11371757	94	3.9	92	78	12	344	27	21	28	22	1.99
11374054--11374237	68	2.7	68	88	5	223	32	14	28	24	1.94
11377874--11378082	38	5.0	38	71	18	148	29	25	15	29	1.96
11377926--11378052	48	2.7	48	86	1	166	29	23	15	30	1.96
11382757--11382827	35	2.0	35	91	0	115	39	7	28	25	1.82
11387555--11387597	22	2.0	22	85	0	59	9	27	32	30	1.88
11391167--11391218	27	1.9	27	88	7	79	21	19	25	34	1.96
11392202--11392239	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
11394186--11394361	40	4.4	39	87	5	183	25	19	27	27	1.99
11394139--11394363	80	2.8	78	81	4	243	24	20	28	27	1.99
11394214--11394396	79	2.3	80	81	1	217	25	20	27	26	1.99
11399764--11399881	55	2.1	55	84	0	146	19	26	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11401716--11401743	13	2.2	13	100	0	56	17	35	32	14	1.90
11410386--11410555	46	3.7	45	75	10	173	28	29	20	21	1.98
11412962--11413022	15	4.0	16	85	8	83	59	14	14	11	1.62
11415962--11416131	46	3.7	45	74	7	162	31	29	18	21	1.97
11415970--11416140	93	1.8	93	88	0	261	29	29	19	22	1.98
11416063--11416148	46	1.9	45	83	4	111	32	29	16	22	1.95
11428168--11428310	44	3.4	42	75	15	125	29	15	24	30	1.95
11428210--11428327	44	2.7	44	76	1	130	25	16	26	32	1.96
11431505--11431565	30	2.0	30	83	0	77	31	21	6	40	1.78
11434625--11434685	32	1.9	32	100	0	122	32	9	18	39	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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