genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3801023--3801080	17	3.4	17	69	21	57	53	1	5	39	1.33
3801011--3801116	35	3.1	35	94	2	180	54	3	4	36	1.39
3801042--3801100	18	3.3	18	69	21	61	57	3	5	33	1.37
3804282--3804344	26	2.4	26	86	5	83	41	12	11	34	1.79
3804925--3804983	25	2.4	25	85	0	82	44	27	18	10	1.82
3810463--3810540	37	2.1	37	92	4	131	33	14	24	28	1.94
3810852--3810880	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
3812984--3813124	40	3.5	40	85	4	185	24	25	24	25	2.00
3818050--3818210	82	2.0	82	100	0	322	24	18	9	46	1.80
3820751--3821013	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
3820751--3821013	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
3820945--3821022	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
3828697--3829968	40	31.8	40	98	0	2373	22	26	18	32	1.97
3833115--3833177	6	10.5	6	98	0	117	15	1	0	82	0.74
3839551--3839619	12	5.7	12	84	8	95	75	4	5	14	1.15
3841950--3842043	40	2.3	40	85	3	127	23	21	26	28	1.99
3849853--3850037	40	4.7	40	81	7	200	24	21	27	26	1.99
3849853--3850037	79	2.3	81	82	7	218	24	21	27	26	1.99
3849906--3850070	79	2.1	79	82	6	192	25	20	27	26	1.99
3852099--3852262	45	3.7	45	88	6	228	24	23	28	24	2.00
3855553--3855763	46	4.5	46	81	8	205	23	28	17	30	1.97
3857897--3858041	42	3.4	44	79	4	134	25	17	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3857899--3858045	43	3.4	42	78	4	116	25	17	25	31	1.97
3862369--3862480	40	2.8	38	76	15	100	32	22	19	25	1.98
3863126--3863215	36	2.5	36	94	5	155	17	0	37	44	1.49
3863158--3863219	21	3.2	21	65	30	57	25	0	35	38	1.56
3863219--3863307	7	12.3	7	72	7	52	24	1	40	33	1.63
3863204--3863282	29	2.8	28	84	9	97	26	1	36	35	1.65
3863746--3863779	13	2.6	13	90	0	59	23	38	0	38	1.55
3866915--3867539	243	2.6	242	98	0	1205	35	16	14	33	1.90
3867564--3867719	9	16.3	9	74	11	132	45	22	0	31	1.57
3867570--3867684	39	2.9	39	96	0	203	46	21	0	31	1.52
3867600--3867717	30	3.7	30	67	16	94	45	23	0	29	1.59
3867564--3867719	48	3.3	47	78	5	152	45	22	0	31	1.57
3873732--3874000	43	6.2	43	86	3	326	27	30	17	24	1.97
3873740--3873986	85	2.9	84	84	6	325	25	30	17	25	1.97
3873743--3873978	128	1.8	128	91	0	391	27	30	16	25	1.97
3886104--3886146	22	2.0	22	81	9	52	13	20	20	44	1.86
3887065--3888062	23	44.1	23	73	10	619	37	23	7	31	1.83
3887065--3887512	229	2.0	229	92	1	747	37	23	6	31	1.82
3887478--3887636	62	2.6	62	100	0	318	35	21	12	30	1.91
3888989--3889204	23	9.4	23	77	10	210	39	23	5	31	1.76
3889041--3889097	22	2.5	23	77	8	64	47	22	1	28	1.61
3889001--3889166	91	1.8	91	85	5	237	40	23	4	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3895254--3895332	30	2.4	36	71	24	98	25	51	2	20	1.59
3895264--3895346	30	2.8	30	94	0	139	27	51	3	16	1.61
3898005--3898217	3	71.7	3	66	18	72	28	7	3	60	1.41
3898119--3898177	22	2.7	22	76	7	57	27	5	1	66	1.22
3902014--3902108	35	2.7	35	79	11	95	42	2	4	51	1.33
3904717--3904826	26	4.2	26	95	0	184	36	24	5	33	1.79
3909382--3909440	30	2.0	30	83	12	77	38	35	11	13	1.82
3922098--3922614	206	2.5	206	89	2	770	31	19	20	28	1.97
3922913--3922971	30	2.0	30	83	12	77	38	35	11	13	1.82
3926384--3926502	49	2.4	48	76	4	121	31	21	11	36	1.89
3927428--3927475	20	2.5	20	86	3	62	33	2	8	56	1.41
3932936--3932974	20	2.0	20	94	0	69	28	20	5	46	1.72
3937261--3937290	14	2.1	14	93	0	51	3	0	13	83	0.77
3937592--3937688	24	4.3	22	64	21	58	29	6	5	58	1.44
3939782--3939817	17	2.1	17	89	0	54	13	8	0	77	0.98
3940838--3940893	21	2.7	21	85	0	76	26	7	35	30	1.83
3941003--3941058	18	3.1	18	72	23	55	55	3	1	39	1.28
3948546--3948653	44	2.5	43	82	7	121	25	29	20	24	1.99
3952476--3952526	10	5.0	10	85	4	75	68	1	9	19	1.27
3952474--3952526	21	2.6	21	87	3	81	67	1	9	20	1.28
3959840--3961043	213	5.7	213	83	3	1406	29	15	19	35	1.93
3959840--3961043	639	1.9	637	83	5	1590	29	15	19	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3962190--3962274	42	2.0	42	97	0	161	25	22	14	37	1.92
3964752--3965026	3	93.0	3	68	14	67	60	4	6	28	1.42
3964882--3964915	14	2.4	14	85	14	52	76	0	2	20	0.92
3964846--3964945	52	1.9	51	82	6	121	64	2	7	27	1.30
3965062--3965106	21	2.1	21	87	0	63	64	0	6	28	1.19
3968018--3968055	20	1.9	20	89	10	60	63	0	0	36	0.95
3968501--3968549	20	2.5	20	82	0	53	55	6	8	30	1.54
3971743--3972082	86	4.0	86	82	6	404	45	10	10	33	1.72
3971743--3972082	172	2.0	172	84	4	445	45	10	10	33	1.72
3972265--3972308	22	2.0	23	86	4	63	65	2	0	31	1.05
3972264--3972313	22	2.4	21	77	9	57	66	2	0	32	1.03
3972267--3972335	32	2.3	33	83	14	87	60	2	0	36	1.11
3973060--3973111	23	2.3	23	93	0	86	38	0	11	50	1.39
3973069--3973124	13	4.5	13	80	13	73	39	0	12	48	1.41
3983871--3983915	22	2.0	22	95	0	81	20	31	13	35	1.91
3983997--3984088	12	7.8	12	69	6	53	32	2	1	64	1.13
3984036--3984236	27	7.1	27	70	21	103	33	3	2	60	1.27
3984118--3984187	26	2.5	27	77	13	70	31	2	2	62	1.24
3984146--3984234	18	4.8	17	74	16	63	34	1	2	61	1.15
3984141--3984229	25	3.6	25	78	13	87	34	1	2	61	1.15
3984206--3984255	19	2.7	19	87	9	68	36	2	2	60	1.20
3984062--3984236	3	56.3	3	65	26	55	33	4	2	60	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3984248--3984281	14	2.5	14	85	4	52	32	11	0	55	1.36
3984301--3984350	24	2.0	25	88	3	75	34	2	0	64	1.05
3985908--3986048	71	2.0	71	88	0	210	24	24	19	32	1.97
3987222--3987305	26	3.2	26	96	0	150	36	22	5	34	1.79
3990573--3990634	5	12.4	5	100	0	124	59	0	0	40	0.97
3995618--3995646	12	2.4	12	100	0	58	51	6	0	41	1.28
3997540--3998260	132	5.5	132	93	0	1131	29	26	16	27	1.97
3997455--3998260	264	3.0	264	90	1	1170	29	26	16	28	1.97
3997455--3998261	44	18.3	44	75	7	706	29	26	16	28	1.97
4008138--4008201	31	2.1	31	100	0	128	20	20	3	56	1.56
4010803--4010834	13	2.5	13	94	0	55	75	3	6	15	1.14
4019822--4020361	214	2.5	213	89	1	814	31	15	20	32	1.94
4022191--4022248	16	3.4	16	83	11	62	13	6	5	74	1.20
4023449--4023495	22	2.2	21	84	3	58	12	23	10	53	1.70
4028519--4028575	26	2.2	26	100	0	114	36	7	35	21	1.80
4034186--4034313	64	2.0	64	98	0	247	44	3	4	47	1.39
4036396--4036464	12	6.3	11	77	12	63	62	4	0	33	1.15
4036392--4036465	22	3.3	22	81	12	80	63	4	0	32	1.13
4043930--4044968	213	4.9	210	83	4	1170	30	15	19	34	1.93
4043930--4044968	426	2.5	423	84	4	1323	30	15	19	34	1.93
4046647--4046681	17	2.0	18	88	5	54	34	0	2	62	1.10
4046856--4046889	18	1.9	17	88	5	50	52	0	2	44	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4047819--4047844	6	4.3	6	100	0	52	0	61	0	38	0.96
4047941--4047991	25	2.0	25	92	0	84	5	35	3	54	1.43
4052941--4053080	68	2.1	68	100	0	280	40	12	18	28	1.88
4053392--4053418	14	1.9	14	100	0	54	40	22	0	37	1.54
4072971--4073080	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
4093655--4093701	15	3.3	15	80	16	55	23	23	10	42	1.85
4094345--4094467	59	2.1	59	95	0	219	38	19	20	21	1.94
4101857--4102544	206	3.3	205	89	0	1034	31	18	20	29	1.96
4104184--4104435	3	82.0	3	66	24	93	33	3	1	61	1.19
4104184--4104428	17	13.3	19	69	21	82	33	2	1	62	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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