genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89079505--89079638	67	2.0	66	91	1	214	55	2	5	35	1.37
89082201--89082373	93	1.9	93	91	0	283	29	30	19	21	1.97
89082194--89082369	46	3.8	46	75	10	178	30	29	18	21	1.97
89084755--89084840	30	3.0	28	81	13	95	60	16	12	10	1.59
89084752--89084831	15	5.4	15	78	15	78	62	13	13	10	1.54
89084752--89084840	15	6.0	15	75	18	71	60	15	13	10	1.58
89091924--89091967	22	1.9	23	81	9	54	54	18	0	27	1.44
89091968--89092247	105	2.7	104	87	3	375	28	22	17	31	1.97
89098636--89098986	27	13.0	27	83	3	429	26	20	10	42	1.85
89098992--89099244	27	9.4	27	85	0	317	34	18	20	25	1.96
89098983--89099244	54	4.9	54	89	1	355	34	19	20	25	1.96
89099444--89099521	27	2.9	26	84	3	84	21	19	21	37	1.95
89099614--89099672	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
89099812--89099885	27	2.8	26	82	10	87	17	24	22	35	1.95
89100003--89100195	6	31.8	6	70	19	116	21	16	12	49	1.79
89100037--89100195	30	5.5	30	75	10	141	21	16	12	49	1.78
89100007--89100195	91	2.1	91	83	7	221	21	16	13	49	1.79
89102213--89102400	27	7.0	27	79	8	188	28	20	9	40	1.84
89102213--89102400	54	3.5	54	81	4	218	28	20	9	40	1.84
89102396--89102660	27	9.8	27	85	0	323	33	19	20	26	1.96
89102860--89102942	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
89103245--89103326	27	3.1	27	85	5	96	14	20	26	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89103444--89103630	6	30.8	6	72	18	147	19	17	15	47	1.83
89103505--89103571	25	2.8	24	90	2	98	16	19	16	47	1.82
89103444--89103630	85	2.2	85	94	0	320	19	17	15	47	1.83
89104533--89104594	27	2.3	27	91	0	97	35	16	22	25	1.94
89106088--89106112	13	1.9	13	100	0	50	8	28	40	24	1.83
89116546--89116647	42	2.4	43	81	6	118	28	23	18	29	1.98
89122561--89122676	54	2.1	54	83	0	142	18	17	32	31	1.94
89122595--89122681	27	3.2	27	77	3	86	18	17	32	32	1.94
89130238--89130284	10	4.6	10	80	12	51	36	2	0	61	1.08
89139387--89139439	23	2.3	23	83	0	61	30	28	15	26	1.96
89139602--89139719	53	2.2	54	83	6	150	33	10	29	26	1.89
89139602--89139728	27	4.7	27	80	1	130	32	11	29	26	1.91
89143887--89143958	37	1.9	37	94	0	126	18	12	33	36	1.88
89146310--89146351	20	2.1	20	100	0	84	38	9	21	30	1.85
89149606--89149659	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
89153136--89153196	6	10.0	6	78	16	63	49	16	14	19	1.80
89153139--89153220	31	2.6	31	88	3	110	52	14	13	19	1.74
89153357--89153458	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
89153617--89153680	22	2.9	21	73	13	58	35	23	20	20	1.96
89154108--89154517	27	15.3	27	89	0	581	25	23	20	31	1.98
89154338--89154869	27	19.7	27	78	7	189	29	12	20	37	1.89
89154503--89154869	54	6.8	54	76	3	276	31	7	20	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89154148--89154869	81	8.9	80	81	5	318	28	15	20	36	1.93
89154503--89154869	27	13.6	27	73	6	219	31	7	20	40	1.80
89156575--89156656	26	3.2	26	94	0	146	31	6	25	36	1.81
89158276--89158432	54	2.9	53	90	2	226	18	23	22	35	1.95
89158276--89158432	27	5.9	27	85	5	187	18	23	22	35	1.95
89167194--89167350	27	5.8	28	75	10	130	39	19	9	31	1.84
89167207--89167353	54	2.7	53	77	10	154	39	21	9	29	1.85
89168980--89169053	34	2.2	34	85	4	96	31	27	13	28	1.94
89169108--89169172	27	2.4	27	89	5	96	23	26	12	38	1.90
89169236--89169409	31	5.5	31	84	5	208	25	28	17	28	1.98
89169402--89169514	33	3.5	33	87	4	158	26	23	12	37	1.91
89171197--89171246	11	4.5	11	80	14	66	60	2	0	38	1.09
89171194--89171243	23	2.3	21	89	6	73	60	2	0	38	1.09
89175963--89176163	38	5.3	38	95	0	339	18	21	25	33	1.96
89176148--89176181	13	2.6	13	90	0	50	23	11	20	44	1.84
89176110--89176219	51	2.2	51	91	0	175	19	19	24	37	1.94
89176161--89176381	38	5.8	38	87	3	282	20	20	25	33	1.97
89176072--89176252	89	2.0	89	90	2	283	19	20	24	34	1.96
89176034--89176381	127	2.8	127	86	8	463	19	20	25	33	1.97
89175996--89176317	165	2.0	165	96	0	599	18	21	25	34	1.96
89175963--89176360	203	2.0	203	93	0	679	19	21	25	34	1.96
89181875--89181908	13	2.6	13	90	0	50	23	11	20	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89181842--89181946	51	2.1	51	88	0	156	20	20	22	37	1.95
89181888--89182049	38	4.3	38	92	1	227	18	19	25	36	1.95
89183827--89184156	48	6.9	47	79	7	306	24	29	20	26	1.99
89183826--89184157	144	2.3	144	84	3	443	24	29	19	26	1.99
89190257--89190301	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
89195303--89195431	47	2.8	45	82	12	147	24	29	16	29	1.96
89196744--89196831	42	2.1	42	93	0	149	20	25	35	19	1.96
89196744--89196850	42	2.5	42	83	5	128	20	25	36	17	1.94
89197848--89197891	7	6.1	7	80	15	54	25	2	0	72	0.96
89200571--89200633	31	2.0	31	81	6	74	47	1	0	50	1.10
89202455--89202516	28	2.2	28	91	0	97	25	29	24	20	1.99
89203999--89204178	31	5.8	31	86	2	245	28	26	16	28	1.97
89207945--89207986	16	2.6	16	81	11	50	45	4	4	45	1.45
89208670--89208697	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
89214451--89214576	61	2.0	63	89	3	193	42	8	23	25	1.83
89215386--89216326	261	3.6	259	81	6	919	36	18	11	32	1.87
89222107--89222151	19	2.3	20	81	14	58	6	4	24	64	1.37
89241976--89242025	25	2.0	25	100	0	100	48	28	0	24	1.52
89242077--89242141	32	2.0	32	100	0	130	40	12	12	35	1.80
89247932--89247995	20	2.9	22	81	13	87	71	1	0	26	0.94
89248268--89248346	31	2.6	30	74	11	72	39	15	5	40	1.69
89249671--89249768	19	5.2	18	77	10	90	65	0	6	28	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89249671--89249768	38	2.6	37	80	3	115	65	0	6	28	1.16
89249713--89249759	6	7.5	6	81	9	58	76	0	0	23	0.78
89250719--89250766	20	2.3	20	85	7	60	58	6	2	33	1.35
89251869--89251976	53	2.0	53	87	0	153	37	11	13	37	1.81
89252314--89252369	25	2.2	25	84	12	71	37	16	5	41	1.71
89264221--89264305	39	2.2	39	100	0	170	25	23	29	21	1.99
89268897--89269020	52	2.4	53	83	2	144	27	16	26	29	1.97
89273927--89274144	79	2.7	80	81	7	239	25	27	22	24	2.00
89273941--89274144	40	5.1	40	82	7	245	25	27	22	24	2.00
89281942--89282245	40	7.7	40	90	4	431	26	27	21	24	1.99
89285145--89285171	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
89294041--89294949	56	16.2	56	99	0	1791	28	30	19	21	1.97
89295132--89296211	40	27.0	40	99	0	2106	25	30	24	19	1.98
89301451--89301600	67	2.2	67	79	8	162	32	18	28	21	1.96
89301475--89301658	67	2.8	64	76	8	185	29	17	29	22	1.97
89303650--89303680	4	7.8	4	100	0	62	25	0	22	51	1.48
89310428--89310610	92	2.0	87	92	5	303	36	15	21	26	1.93
89314134--89314231	28	3.5	28	69	5	90	26	34	20	18	1.95
89314134--89314259	56	2.2	56	92	0	216	28	31	19	19	1.97
89314161--89314259	28	3.5	28	74	10	112	30	28	19	22	1.98
89314441--89314560	40	3.0	40	91	0	186	29	30	21	18	1.97
89315349--89315570	111	2.0	111	98	0	426	36	21	15	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89325909--89325962	27	2.0	27	92	0	90	46	18	18	16	1.85
89333978--89334179	40	5.1	39	85	4	246	24	22	26	26	2.00
89333968--89334179	80	2.7	80	85	3	311	25	22	25	26	2.00
89335606--89335789	48	3.8	48	86	1	208	29	15	28	25	1.96
89335606--89335881	96	2.9	94	78	10	246	28	15	28	27	1.96
89335669--89335971	48	6.6	49	75	12	151	28	16	27	28	1.97
89335761--89335968	42	4.7	43	78	10	161	27	15	26	30	1.96
89337683--89337727	20	2.2	21	92	4	74	17	33	33	15	1.92
89340392--89340441	23	2.2	23	100	0	100	30	16	34	20	1.94
89342438--89342974	269	2.0	269	98	0	1038	36	11	20	31	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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