genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91182544--91182601	25	2.3	25	84	0	71	46	13	18	20	1.83
91182576--91182635	31	1.9	31	96	0	111	48	13	16	21	1.80
91183527--91183962	27	16.2	27	85	4	522	24	21	20	33	1.97
91185019--91185090	27	2.7	27	80	8	101	33	22	6	37	1.81
91185080--91185236	27	5.8	27	87	3	199	40	24	9	26	1.85
91185136--91185252	27	4.3	27	85	2	94	40	21	12	25	1.89
91186090--91186182	38	2.4	38	98	0	177	16	13	44	25	1.85
91189746--91189838	27	3.4	27	76	4	98	33	10	18	37	1.85
91189837--91190034	27	7.3	27	83	2	218	41	6	21	29	1.78
91189837--91190034	81	2.4	81	91	0	306	41	6	21	29	1.78
91189908--91190054	54	2.7	53	75	12	145	41	7	19	31	1.79
91190077--91190224	27	5.5	27	83	4	174	29	8	18	43	1.80
91192143--91192233	6	14.8	6	70	17	62	46	14	18	20	1.84
91192157--91192224	25	2.7	25	90	0	109	47	13	19	20	1.82
91192152--91192256	31	3.6	30	78	16	103	49	12	18	20	1.79
91192393--91192449	27	2.2	26	90	3	87	36	21	24	17	1.94
91193134--91193590	27	17.0	27	86	2	546	25	20	20	34	1.96
91193502--91193604	27	3.8	27	82	8	120	28	10	21	39	1.86
91193603--91193743	27	5.2	27	90	1	212	41	5	21	31	1.77
91193603--91193799	54	3.7	54	83	3	227	42	6	22	29	1.77
91193603--91193799	81	2.4	81	86	2	254	42	6	22	29	1.77
91193603--91193777	27	6.5	26	81	6	172	43	5	21	29	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91193787--91193973	27	6.6	28	72	16	111	31	10	17	41	1.82
91193967--91194136	27	6.3	25	81	8	142	31	8	20	40	1.83
91193852--91194101	129	1.9	129	84	7	328	30	9	19	40	1.82
91193985--91194136	27	5.6	27	87	0	223	30	9	20	39	1.84
91195760--91195791	5	6.2	5	92	7	55	0	21	0	78	0.76
91195760--91195815	15	3.6	16	80	7	62	3	26	0	69	1.04
91199409--91199566	45	3.5	44	81	4	183	34	29	14	20	1.93
91203081--91203142	26	2.3	26	86	2	79	35	24	8	32	1.85
91203250--91203356	28	3.9	28	90	4	157	19	21	21	37	1.95
91203248--91203364	55	2.1	55	84	6	157	18	21	22	37	1.94
91203248--91203384	55	2.5	55	81	5	143	19	20	20	39	1.93
91206330--91206366	18	2.1	18	100	0	74	21	5	40	32	1.76
91214571--91214686	19	5.9	18	70	21	74	43	0	4	51	1.21
91214591--91214715	29	4.2	29	75	15	130	45	0	2	52	1.14
91214605--91214656	22	2.3	23	90	3	79	44	0	5	50	1.26
91214571--91214686	61	1.9	62	94	1	207	43	0	4	51	1.21
91214593--91214708	15	7.7	15	68	18	62	45	0	2	51	1.14
91214988--91215289	9	34.7	9	79	10	315	45	21	0	32	1.59
91215079--91215124	22	2.1	22	100	0	92	41	28	0	30	1.56
91222796--91222921	46	2.7	46	90	2	182	30	26	21	22	1.99
91223344--91223403	30	2.0	30	90	0	93	31	25	8	35	1.85
91225430--91225489	30	2.0	30	90	6	95	58	16	15	10	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91225430--91225489	15	4.0	15	80	8	77	58	16	15	10	1.63
91231592--91231646	27	2.0	27	89	0	83	40	25	5	29	1.78
91231601--91231732	27	4.9	27	80	5	133	37	21	9	30	1.86
91231601--91231782	81	2.2	81	77	3	188	37	23	9	30	1.86
91231601--91231780	27	6.7	27	77	5	123	37	23	8	30	1.85
91231767--91231906	27	5.2	27	85	1	165	36	20	20	23	1.95
91231767--91231905	54	2.6	54	85	0	188	35	20	20	23	1.95
91232175--91232234	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
91232357--91232440	6	13.7	6	70	18	57	19	15	15	50	1.79
91232357--91232456	31	3.3	30	76	6	94	19	15	15	51	1.77
91234379--91234433	27	2.0	27	89	0	83	40	25	5	29	1.78
91234388--91234519	27	4.9	27	80	5	133	37	21	9	30	1.86
91234388--91234569	81	2.2	81	77	3	188	37	23	9	30	1.86
91234388--91234567	27	6.7	27	77	5	123	37	23	8	30	1.85
91234549--91234692	27	5.3	27	84	3	173	37	20	19	22	1.94
91234964--91235023	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
91235142--91235220	31	2.5	31	81	4	97	18	15	13	51	1.76
91235195--91235229	6	5.8	6	87	12	54	17	17	17	48	1.81
91237284--91237357	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
91240118--91240314	40	4.9	40	85	0	241	24	26	22	25	2.00
91240135--91240393	40	6.5	40	79	5	135	24	26	23	25	2.00
91240133--91240393	80	3.3	80	80	5	208	24	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91240133--91240393	120	2.2	120	79	4	276	24	26	23	25	2.00
91240699--91240777	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
91246728--91246780	26	2.0	26	96	0	97	50	7	5	35	1.54
91247524--91247691	46	3.6	45	74	17	148	31	29	19	20	1.97
91247523--91247695	93	1.9	93	88	2	267	30	30	19	20	1.97
91251327--91251427	43	2.3	43	86	3	132	28	25	18	26	1.98
91252801--91252833	16	2.1	16	100	0	66	39	24	12	24	1.89
91257334--91257403	34	2.1	34	100	0	140	21	20	11	47	1.81
91268034--91268074	18	2.4	17	91	4	64	85	0	9	4	0.73
91268715--91268816	51	2.0	51	98	0	195	36	11	8	43	1.73
91269292--91269329	19	2.0	19	100	0	76	31	26	10	31	1.90
91269405--91269430	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
91271432--91271485	24	2.2	24	83	6	65	20	24	16	38	1.92
91271452--91271495	19	2.3	19	96	0	79	20	20	18	40	1.91
91275465--91275688	88	2.6	88	88	5	328	28	17	26	27	1.98
91275650--91276283	44	14.4	44	86	4	794	29	16	31	22	1.96
91283679--91283800	48	2.5	48	81	6	140	31	18	22	27	1.97
91283826--91284060	42	5.5	42	74	9	174	27	16	24	31	1.96
91283909--91284061	43	3.6	43	75	8	159	28	17	24	30	1.97
91283866--91284060	85	2.3	85	86	1	266	27	16	24	31	1.96
91289686--91289839	47	3.3	47	75	15	156	30	18	29	21	1.97
91300388--91300518	22	5.9	22	92	1	181	25	25	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91311726--91311787	25	2.4	27	78	10	67	37	1	6	54	1.36
91312606--91312663	25	2.7	19	71	26	53	48	12	18	20	1.80
91312599--91312656	25	2.3	25	84	0	71	46	13	18	20	1.83
91312631--91312690	31	1.9	31	96	0	111	48	13	16	21	1.80
91312835--91312932	27	3.8	27	74	15	71	35	20	23	20	1.96
91313582--91314044	27	17.2	27	87	2	567	24	21	20	33	1.97
91315101--91315172	27	2.7	27	80	8	101	33	22	6	37	1.81
91315162--91315318	27	5.8	27	87	3	199	40	24	9	26	1.85
91315218--91315334	27	4.3	27	85	2	94	40	21	12	25	1.89
91316172--91316264	38	2.4	38	98	0	177	16	13	44	25	1.85
91319871--91319963	27	3.4	27	79	4	107	32	10	19	37	1.86
91319962--91320159	27	7.3	27	83	0	207	42	7	21	29	1.79
91319962--91320159	81	2.4	81	88	1	281	42	7	21	29	1.79
91319994--91320179	81	2.3	81	87	1	239	42	6	19	30	1.78
91320202--91320349	27	5.5	27	83	4	174	29	8	18	43	1.80
91322267--91322357	6	14.8	6	70	17	62	46	14	18	20	1.84
91322281--91322348	25	2.7	25	90	0	109	47	13	19	20	1.82
91322276--91322367	31	3.2	30	76	17	95	47	11	19	20	1.81
91322517--91322573	27	2.2	26	90	3	87	36	21	24	17	1.94
91323257--91323830	27	21.3	27	90	1	563	25	17	20	35	1.95
91323839--91324037	27	7.4	27	87	1	247	42	6	22	29	1.78
91323839--91324037	54	3.7	54	89	0	283	42	6	22	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91324025--91324193	29	6.0	28	71	15	107	31	10	15	41	1.82
91324205--91324374	27	6.3	25	81	8	142	31	8	20	40	1.83
91324223--91324374	27	5.6	27	87	0	223	30	9	20	39	1.84
91325998--91326029	5	6.2	5	92	7	55	0	21	0	78	0.76
91325998--91326053	15	3.6	16	80	7	62	3	26	0	69	1.04
91329647--91329804	45	3.5	44	81	5	183	34	31	13	20	1.92
91333485--91333573	27	3.2	28	88	3	137	19	23	21	35	1.95
91333485--91333597	27	4.2	27	86	3	131	19	22	20	38	1.94
91333487--91333593	55	2.0	54	85	5	144	20	21	19	38	1.94
91336539--91336575	18	2.1	18	100	0	74	21	5	40	32	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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