genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  251  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86003410--86003512	43	2.4	43	85	3	136	27	18	26	28	1.98
86007153--86007455	93	3.3	93	84	5	407	21	19	28	30	1.97
86007196--86007462	46	5.8	46	76	10	249	20	19	28	31	1.97
86007149--86007462	46	6.8	45	75	12	219	21	19	28	30	1.97
86013560--86013633	29	2.6	29	86	4	96	24	16	33	25	1.95
86013984--86015020	40	25.9	40	97	0	1950	23	20	27	29	1.98
86016089--86016442	40	8.9	40	89	0	465	24	21	27	26	1.99
86019077--86019246	86	2.0	86	97	1	324	37	14	26	21	1.92
86019673--86019730	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
86020004--86020161	49	3.2	48	93	2	264	30	7	31	31	1.85
86020279--86020357	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
86022196--86022272	31	2.5	31	82	4	93	51	14	14	19	1.75
86022185--86022219	6	5.8	6	87	12	54	48	17	17	17	1.81
86022391--86022450	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
86022727--86022832	27	3.9	27	88	0	140	25	21	17	34	1.96
86022824--86023003	27	6.7	26	78	5	119	30	8	23	37	1.85
86022821--86023009	81	2.3	80	73	3	191	31	8	23	36	1.86
86024954--86025037	6	13.7	6	70	18	57	50	15	15	19	1.79
86024938--86025037	31	3.3	31	76	4	96	51	15	15	19	1.77
86024963--86025038	19	4.1	19	70	14	52	51	14	15	18	1.77
86025160--86025219	27	2.3	26	85	2	75	38	20	18	23	1.93
86025489--86025632	27	5.3	27	86	3	166	24	20	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86025611--86025799	81	2.3	80	72	5	184	31	8	22	36	1.85
86025669--86025793	27	4.6	26	81	5	99	28	9	22	39	1.85
86031910--86031965	15	3.7	15	83	7	78	10	16	12	60	1.58
86031906--86031965	30	2.0	30	90	6	95	10	15	16	58	1.63
86033992--86034051	30	2.0	30	90	0	93	35	8	25	31	1.85
86034474--86034643	46	3.7	46	77	17	190	21	21	28	28	1.99
86034471--86034641	93	1.8	93	92	2	290	21	21	28	28	1.99
86035175--86035204	13	2.3	13	100	0	60	16	0	13	70	1.18
86037545--86037650	37	2.9	37	97	0	194	23	32	19	24	1.98
86037791--86038310	48	10.8	48	98	0	968	30	27	6	35	1.81
86041755--86042122	188	2.0	187	81	6	440	29	16	19	34	1.94
86042221--86042252	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
86042614--86042666	21	2.5	21	84	0	70	20	1	26	50	1.58
86042708--86042784	32	2.5	30	72	8	75	25	3	23	46	1.69
86042763--86042830	21	3.2	21	79	6	66	26	1	22	50	1.58
86043711--86043794	40	2.1	40	86	0	114	25	25	19	30	1.98
86043511--86043785	148	1.9	148	80	1	327	24	19	22	33	1.97
86044175--86044256	41	2.0	41	90	0	128	29	29	15	25	1.96
86046038--86046078	20	2.1	20	86	4	57	19	29	34	17	1.94
86051651--86051880	50	4.7	47	76	9	203	24	30	19	26	1.98
86051651--86051876	100	2.3	97	81	7	253	24	30	19	26	1.98
86056983--86057087	43	2.4	43	85	0	129	27	13	29	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86063969--86064080	24	4.8	23	80	14	115	32	16	21	29	1.96
86068112--86068169	28	2.1	28	100	0	116	27	24	10	37	1.88
86071446--86071499	23	2.3	24	87	3	74	37	16	18	27	1.93
86074339--86074420	27	3.0	27	100	0	164	36	23	7	32	1.82
86077549--86077578	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
86082087--86082201	29	4.0	28	82	4	131	29	14	27	27	1.95
86107599--86107861	40	6.6	39	88	5	302	24	26	22	26	2.00
86107599--86107861	79	3.3	78	84	7	293	24	26	22	26	2.00
86115633--86116596	39	24.6	39	97	1	1733	23	28	22	25	2.00
86117675--86117699	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
86119851--86119927	34	2.3	34	84	2	111	27	23	22	27	1.99
86127162--86127339	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
86127183--86127338	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
86128839--86128884	24	2.0	24	83	12	60	13	17	0	69	1.19
86133777--86133861	41	2.1	41	100	0	170	20	29	32	17	1.95
86135395--86135572	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
86135416--86135571	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
86137072--86137117	24	2.0	24	83	12	60	13	17	0	69	1.19
86143142--86143252	27	4.1	27	87	5	154	37	22	23	16	1.93
86143669--86143707	16	2.4	16	100	0	78	5	25	23	46	1.73
86143669--86143714	8	5.8	8	86	0	65	6	23	21	47	1.74
86148356--86148409	21	2.5	22	75	6	65	68	1	18	11	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86149855--86150005	28	5.4	28	91	1	214	25	12	28	33	1.92
86155542--86155594	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
86170429--86170630	45	4.6	45	90	5	288	22	22	30	24	1.99
86173638--86173702	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
86173634--86173702	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
86175001--86175136	49	2.7	50	86	4	186	24	16	29	29	1.97
86177581--86177707	49	2.6	49	76	9	134	35	3	6	54	1.44
86181854--86182172	47	6.7	47	94	2	523	33	8	28	29	1.87
86184928--86185034	24	4.5	24	89	2	144	28	32	15	22	1.95
86186327--86186360	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
86187435--86187468	16	2.2	16	89	5	52	29	2	14	52	1.56
86188629--86188669	20	2.2	20	86	8	59	36	0	14	48	1.44
86189227--86189341	43	2.7	43	85	5	135	26	16	25	32	1.96
86192853--86192899	20	2.3	20	100	0	94	36	10	19	34	1.86
86192947--86193030	26	3.4	25	88	8	118	27	22	22	27	1.99
86193238--86193328	38	2.7	31	75	22	103	37	16	20	25	1.93
86195607--86195640	14	2.4	14	95	0	59	29	8	52	8	1.62
86199143--86199319	40	4.4	40	87	4	225	25	25	22	25	2.00
86199733--86200194	233	2.0	233	99	0	915	25	23	12	37	1.91
86206552--86206767	40	5.4	40	91	2	303	26	25	22	25	2.00
86213769--86213943	40	4.4	40	86	5	223	26	26	21	25	2.00
86213769--86213943	79	2.2	79	84	5	221	26	26	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86217896--86217979	26	3.4	25	85	8	100	29	22	21	26	1.99
86232765--86233164	200	2.0	200	98	0	764	25	23	16	35	1.94
86234349--86234465	27	4.3	27	93	3	180	32	30	12	23	1.92
86234349--86234465	55	2.1	55	93	0	198	32	30	12	23	1.92
86238395--86238664	40	6.8	40	93	0	423	24	28	22	23	1.99
86240891--86241342	47	9.5	47	93	2	687	29	30	8	31	1.87
86245290--86245411	43	2.8	44	82	4	151	27	18	23	31	1.97
86245296--86245436	43	3.3	42	75	16	146	29	16	23	31	1.96
86247274--86247495	46	4.8	46	84	7	288	22	20	28	28	1.98
86257628--86258662	516	2.0	516	95	0	1874	34	11	20	33	1.89
86259683--86259714	16	2.0	16	100	0	64	31	0	31	37	1.58
86266041--86266134	28	3.2	27	71	21	82	26	29	18	25	1.98
86266038--86266173	60	2.2	60	79	13	154	28	27	16	26	1.97
86266923--86266989	33	2.0	33	100	0	134	46	20	14	17	1.84
86268758--86268796	17	2.3	17	86	8	53	69	0	10	20	1.17
86271967--86272026	30	2.0	30	87	6	86	40	6	25	28	1.80
86285621--86285788	40	4.3	40	84	3	189	23	22	30	23	1.99
86285643--86285823	77	2.3	79	79	3	188	24	22	29	23	1.99
86289472--86289546	37	2.0	38	86	2	107	26	40	0	33	1.57
86296544--86296618	36	2.1	36	94	0	132	22	18	4	54	1.60
86299264--86299440	49	3.6	49	89	2	239	26	16	27	29	1.97
86299209--86299453	49	4.9	49	79	6	233	26	17	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86303537--86303600	17	3.7	17	83	4	74	20	6	1	71	1.15
86303544--86303590	12	4.0	12	86	2	60	17	6	2	74	1.12
86303553--86303590	6	6.3	6	90	0	58	15	2	2	78	0.97
86303544--86303612	35	1.9	37	85	5	97	21	4	2	71	1.17
86318859--86318901	22	1.9	23	90	4	70	20	6	53	18	1.67
86323575--86323655	40	2.0	40	85	0	108	32	17	16	34	1.92
86324309--86324347	15	2.5	15	87	4	51	7	20	0	71	1.10
86327461--86328317	47	18.2	47	99	0	1696	32	8	31	27	1.86
86330318--86330553	40	5.9	40	91	0	373	23	23	28	23	1.99
86335983--86336178	40	4.9	40	91	0	311	21	23	30	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297