genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98401354--98401435	28	2.9	28	90	0	137	31	28	9	30	1.89
98401449--98401659	40	5.6	40	68	16	144	32	29	16	21	1.95
98401421--98401655	108	2.2	108	100	0	470	32	28	16	22	1.96
98402420--98402452	9	3.7	9	88	12	50	30	24	0	45	1.53
98408031--98408937	94	9.7	94	99	0	1764	26	19	26	27	1.99
98416373--98416498	49	2.6	49	82	2	146	22	26	21	29	1.99
98418231--98418362	50	2.7	49	84	1	165	24	31	18	25	1.98
98421910--98422175	48	5.6	48	71	9	186	27	18	24	29	1.98
98424965--98425048	40	2.1	40	84	4	107	33	26	16	23	1.96
98429384--98429459	19	3.7	21	86	6	75	39	19	7	32	1.81
98429411--98429508	19	5.2	19	90	7	155	35	16	9	38	1.80
98429411--98429508	36	2.6	37	88	9	144	35	16	9	38	1.80
98431264--98431297	14	2.4	14	90	0	50	52	11	11	23	1.70
98433199--98433228	15	2.0	15	93	0	51	16	13	0	70	1.18
98438677--98438740	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
98438954--98439030	24	3.1	26	90	9	133	27	19	19	33	1.96
98438934--98439030	49	1.9	51	89	8	155	26	21	20	30	1.98
98439088--98439144	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
98439076--98439146	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
98439081--98439135	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
98440389--98440465	27	2.9	27	77	11	77	23	20	19	36	1.95
98440506--98440762	27	9.4	27	79	3	174	34	7	19	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98440514--98440720	81	2.5	81	81	3	227	31	7	18	42	1.78
98440713--98440847	55	2.5	55	85	1	182	42	9	20	27	1.82
98440713--98440848	27	5.0	27	83	1	173	42	10	19	27	1.84
98440842--98440920	27	2.9	27	96	0	140	39	3	29	27	1.74
98440915--98441004	27	3.3	27	84	3	110	31	11	16	41	1.83
98440934--98441013	27	2.9	27	83	5	90	33	11	15	40	1.82
98443001--98443045	23	1.9	23	82	13	56	57	17	4	20	1.56
98444715--98444760	3	15.3	3	86	0	65	30	2	4	63	1.26
98447028--98447179	78	2.0	77	93	1	259	25	18	12	43	1.85
98447550--98447706	45	3.4	45	83	4	190	40	8	3	47	1.52
98451493--98451543	24	2.1	24	92	0	84	50	13	21	13	1.76
98451640--98451676	19	1.9	19	94	0	65	32	10	32	24	1.90
98451754--98451872	29	4.2	28	76	8	116	30	14	28	26	1.95
98453747--98453777	15	2.1	15	93	0	53	22	29	19	29	1.98
98468712--98469298	294	2.0	294	98	0	1147	28	12	26	32	1.93
98479840--98480017	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
98490315--98490376	31	2.0	31	90	0	97	24	17	22	35	1.95
98493082--98493267	20	9.3	20	68	9	83	36	15	30	18	1.92
98493081--98493283	40	5.1	40	79	4	205	35	15	29	19	1.93
98497250--98497324	28	2.6	29	81	10	73	41	1	1	56	1.16
98497272--98497320	22	2.3	22	86	6	66	38	0	0	61	0.96
98497311--98497343	16	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98501959--98502017	29	2.0	29	90	6	93	30	23	13	32	1.93
98509943--98509988	20	2.4	19	85	7	65	41	2	21	32	1.65
98516841--98516868	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
98518600--98518658	31	1.9	31	89	3	93	33	6	15	44	1.73
98523126--98523310	40	4.6	40	88	1	235	22	17	27	33	1.96
98523950--98524063	56	2.0	56	93	0	192	24	5	27	42	1.76
98530118--98530222	40	2.6	40	93	0	183	21	18	26	33	1.96
98530118--98530236	40	2.9	41	88	5	170	22	16	26	33	1.96
98534326--98534399	25	3.0	25	80	7	71	37	9	17	35	1.82
98544457--98544567	27	4.1	27	82	5	127	36	21	25	17	1.95
98544460--98544565	54	2.0	53	84	1	140	35	20	25	17	1.95
98545969--98546022	25	2.2	25	89	0	81	18	33	7	40	1.78
98550151--98550450	150	2.0	150	99	0	591	35	12	24	28	1.91
98551877--98551988	55	2.0	55	96	0	206	38	17	11	32	1.86
98552181--98552394	47	4.6	47	89	1	304	32	8	30	28	1.87
98553565--98553779	111	1.9	110	88	3	324	29	20	22	27	1.98
98559853--98559877	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
98560427--98560604	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
98560428--98560583	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
98560424--98560604	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
98560509--98560615	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
98564334--98564445	27	4.2	26	82	2	107	37	21	23	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98564859--98564889	15	2.1	15	100	0	62	6	19	22	51	1.69
98565848--98565903	24	2.3	24	93	3	94	19	37	3	39	1.69
98565848--98565910	24	2.6	24	89	2	90	17	41	3	38	1.65
98567986--98568129	27	5.3	27	79	10	125	39	22	8	29	1.83
98567962--98568129	81	2.1	80	81	7	189	39	23	8	28	1.83
98567962--98568131	54	3.2	53	78	10	175	39	22	8	28	1.84
98568108--98568595	27	18.2	27	87	2	606	30	21	7	39	1.81
98567986--98568587	54	11.2	52	82	7	379	32	21	7	37	1.83
98568108--98568595	54	9.1	54	88	1	676	30	21	7	39	1.81
98568832--98568883	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
98569101--98569169	6	11.2	6	73	17	61	17	18	15	47	1.82
98569101--98569169	31	2.2	31	92	0	111	17	18	15	47	1.82
98575945--98576022	27	2.9	27	86	0	102	32	21	21	24	1.98
98576271--98576342	22	3.3	22	82	0	81	15	29	22	33	1.94
98576484--98576535	27	1.9	27	88	7	79	17	25	26	30	1.97
98577727--98577944	56	3.9	56	90	0	337	27	13	24	33	1.94
98586783--98586826	16	2.6	17	80	20	65	75	2	11	11	1.15
98603898--98603942	23	2.0	23	95	0	81	26	17	11	44	1.82
98606655--98606698	12	3.7	12	78	0	52	11	29	34	25	1.91
98607346--98607839	41	12.1	41	77	6	360	35	14	27	22	1.93
98607402--98607810	163	2.5	165	80	5	463	36	14	27	21	1.92
98607402--98607797	122	3.2	122	80	5	415	36	14	27	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98607460--98607839	122	3.1	122	79	8	285	35	14	27	22	1.93
98619947--98620015	34	2.0	34	94	0	120	39	15	13	31	1.86
98624918--98624994	27	2.9	27	80	0	91	32	18	22	27	1.97
98626275--98626423	48	2.9	51	81	6	162	40	16	10	32	1.82
98626326--98626450	27	4.6	27	79	10	148	42	16	7	33	1.76
98626322--98626450	53	2.4	54	82	10	165	41	17	8	33	1.79
98627077--98627124	22	2.2	22	81	7	53	22	25	16	35	1.95
98629675--98629699	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
98630856--98631101	27	9.1	27	80	6	237	38	20	9	31	1.84
98630862--98631062	82	2.5	82	84	5	248	38	17	9	33	1.82
98631178--98631252	34	2.2	35	85	7	100	24	13	22	40	1.90
98631492--98631553	22	2.8	22	82	0	79	17	22	22	37	1.94
98631673--98631751	22	3.6	23	76	6	65	21	20	16	41	1.90
98634970--98635060	27	3.3	27	83	4	103	36	18	17	27	1.94
98642545--98642703	39	4.1	39	93	0	246	27	20	23	29	1.98
98649956--98650104	75	2.0	75	86	2	210	27	21	22	28	1.99
98651579--98651622	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
98651700--98651820	43	2.9	42	82	4	145	28	27	16	27	1.97
98660297--98660469	75	2.3	75	78	0	175	27	19	24	28	1.99
98666152--98666197	20	2.2	22	84	7	60	45	2	6	45	1.41
98666533--98666628	3	34.7	3	71	14	64	29	2	4	64	1.23
98666530--98666591	21	2.8	22	82	7	81	25	4	3	66	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98666541--98666645	11	9.3	11	72	10	77	27	1	3	66	1.19
98666533--98666628	14	6.9	14	71	12	74	29	2	4	64	1.23
98666696--98666746	25	2.0	26	85	11	70	33	0	1	64	1.05
98682409--98682482	11	7.3	11	65	17	52	37	12	20	29	1.89
98682409--98682482	20	3.7	20	94	0	121	37	12	20	29	1.89
98682532--98682664	25	5.3	26	88	8	181	28	19	21	30	1.98
98682531--98682664	51	2.7	49	85	8	175	28	20	21	29	1.98
98687223--98687260	3	13.0	3	84	15	53	31	2	0	65	1.06
98689345--98689393	20	2.5	20	100	0	98	22	36	28	12	1.90
98689345--98689417	20	3.7	20	88	3	94	24	32	28	13	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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