genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5555013--5555082	19	3.7	19	74	0	77	45	7	4	42	1.51
5555418--5555448	16	1.9	16	93	0	53	67	0	3	29	1.06
5561916--5562033	43	2.8	42	79	6	148	30	23	18	27	1.98
5561916--5562075	43	3.7	43	78	8	146	30	23	19	27	1.98
5568983--5569071	43	2.1	43	100	0	178	41	20	6	31	1.78
5569582--5569719	42	3.2	42	84	7	145	31	26	18	24	1.97
5569582--5569719	44	3.2	42	81	9	129	31	26	18	24	1.97
5573082--5573145	21	3.0	21	93	0	110	15	26	18	39	1.91
5573488--5573798	77	4.0	77	99	0	613	24	14	19	41	1.89
5581429--5581620	40	4.8	40	90	1	253	23	23	27	24	2.00
5581425--5581646	80	2.8	79	83	7	279	26	23	26	23	2.00
5581429--5581646	40	5.5	40	87	4	234	25	24	26	23	2.00
5584042--5584490	225	2.0	226	87	3	641	32	14	19	33	1.91
5598452--5598543	43	2.2	42	82	3	114	27	18	22	31	1.97
5603113--5603224	57	2.0	57	94	0	197	33	15	21	29	1.94
5603635--5603708	38	1.9	38	94	0	130	28	21	29	20	1.98
5605337--5605554	40	5.5	40	88	2	264	24	23	27	24	2.00
5606245--5606476	56	4.1	56	98	0	446	45	9	21	22	1.81
5613114--5613401	56	5.1	56	99	0	558	46	8	22	22	1.79
5614288--5616287	963	2.1	963	93	1	3386	32	14	20	31	1.93
5616530--5616654	46	2.7	47	84	10	159	29	20	28	21	1.98
5619364--5619433	28	2.5	28	92	0	122	18	18	42	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5619523--5619572	23	2.2	23	96	0	91	14	36	26	24	1.93
5625912--5626134	46	4.8	48	79	6	244	22	30	19	27	1.98
5625912--5626175	46	5.7	45	76	10	201	23	28	19	29	1.98
5634696--5634755	25	2.3	27	80	11	72	38	1	5	55	1.32
5635706--5635737	5	6.2	5	92	7	55	0	21	0	78	0.76
5635706--5635761	15	3.6	16	80	7	62	3	26	0	69	1.04
5639511--5639874	40	9.1	40	95	0	602	30	19	27	22	1.98
5648999--5649181	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
5649035--5649216	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
5654490--5654946	94	4.9	93	83	7	554	27	20	29	22	1.99
5654490--5654952	47	9.9	45	74	12	366	28	20	28	22	1.99
5665875--5666120	40	6.2	40	92	0	402	22	21	26	29	1.99
5669575--5669746	40	4.3	40	86	6	199	26	27	20	25	1.99
5669575--5669799	80	2.8	79	83	6	267	25	27	21	24	1.99
5669577--5669792	119	1.8	120	83	7	287	25	26	21	25	1.99
5669575--5669799	79	2.8	79	82	5	247	25	27	21	24	1.99
5674627--5674987	47	7.7	45	73	17	194	28	21	27	22	1.99
5674630--5674987	94	3.8	92	79	11	381	28	21	27	22	1.99
5674627--5674988	141	2.6	136	80	9	374	28	21	27	22	1.99
5677939--5678082	24	6.0	24	72	11	91	22	21	20	36	1.96
5677949--5678053	23	4.5	24	70	17	67	20	20	20	39	1.93
5678122--5678174	27	2.0	27	100	0	106	26	22	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5687526--5687673	43	3.5	42	74	10	140	27	18	26	28	1.98
5694008--5694082	25	3.0	25	74	18	66	30	17	25	26	1.97
5695116--5695221	27	4.0	26	85	6	122	37	20	22	18	1.94
5695525--5695603	27	3.0	26	81	5	86	35	20	22	21	1.96
5695831--5695945	27	4.3	27	88	0	158	26	20	18	34	1.96
5719877--5719911	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
5719978--5720014	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
5720058--5720107	26	2.0	26	84	4	66	48	4	4	44	1.40
5720095--5720131	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
5719986--5720135	31	5.2	28	64	20	76	48	4	3	44	1.38
5720114--5720281	47	3.7	46	72	18	161	46	2	2	47	1.33
5720173--5720315	44	3.2	43	71	20	139	48	2	2	46	1.25
5720139--5720354	91	2.4	91	91	0	342	45	3	2	48	1.33
5720195--5720339	47	3.2	45	71	16	136	48	2	2	46	1.28
5726420--5726782	40	9.1	40	85	3	500	28	26	20	25	1.99
5726420--5726801	80	4.8	80	91	1	554	27	25	20	25	1.99
5727783--5727828	24	1.9	24	82	8	58	43	23	6	26	1.78
5728177--5728204	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
5728956--5729167	28	7.5	28	67	15	130	17	18	33	29	1.95
5728983--5729180	29	7.0	28	69	3	144	18	18	33	29	1.95
5728954--5729181	57	4.0	57	92	0	375	18	17	34	29	1.94
5734135--5734198	28	2.3	28	80	0	65	32	14	25	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5734152--5734213	28	2.2	28	82	0	79	38	9	20	30	1.85
5741042--5741092	21	2.5	21	90	3	77	50	9	1	37	1.47
5741625--5741653	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
5743179--5743229	21	2.5	21	90	3	77	50	9	1	37	1.47
5743762--5743790	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
5744687--5744722	18	2.0	18	100	0	72	44	22	11	22	1.84
5747551--5747618	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
5747440--5747767	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	29	1.95
5747720--5747798	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
5749829--5749868	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
5750618--5750651	16	2.0	18	88	11	54	44	17	2	35	1.64
5752883--5752924	22	1.9	22	95	0	75	19	23	9	47	1.78
5755004--5755158	42	3.7	41	81	3	175	30	16	25	27	1.96
5759201--5759327	40	3.2	40	97	0	236	28	25	22	22	1.99
5760089--5760144	19	3.1	19	72	15	64	42	17	7	32	1.77
5761612--5761663	28	2.0	25	85	11	68	13	23	25	38	1.91
5761811--5761863	28	1.9	27	84	3	70	22	20	30	26	1.98
5761824--5761887	32	2.0	33	87	3	94	25	20	28	26	1.99
5767285--5767435	42	3.6	42	83	5	187	32	15	23	29	1.95
5773435--5773481	19	2.5	19	89	6	69	59	6	4	29	1.41
5784938--5784982	23	2.0	22	83	16	56	46	2	0	51	1.13
5784995--5785020	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5785040--5785116	29	2.7	27	82	10	73	53	1	1	44	1.17
5786031--5786072	17	2.5	17	81	14	59	19	4	0	76	0.96
5786038--5786072	15	2.2	17	90	10	56	20	5	0	74	1.02
5786771--5786904	64	2.1	64	98	0	259	35	10	17	36	1.85
5791489--5791526	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
5791754--5791780	9	3.0	9	100	0	54	44	0	11	44	1.39
5795197--5795272	40	1.9	40	88	0	116	21	15	30	32	1.94
5795277--5795345	28	2.5	28	82	0	84	28	7	30	33	1.84
5803327--5803558	56	4.1	56	98	0	446	45	9	21	22	1.81
5813857--5813919	27	2.3	27	97	0	117	19	30	22	28	1.98
5815746--5815865	44	2.6	44	84	6	141	27	30	18	23	1.97
5815744--5815967	49	4.8	45	75	11	159	25	29	18	25	1.98
5815744--5815958	93	2.3	94	83	7	251	25	29	19	26	1.98
5816611--5816661	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
5826037--5826082	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
5826049--5826092	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
5829664--5829829	43	3.9	43	85	1	199	24	15	28	31	1.95
5829760--5829856	43	2.3	43	83	0	122	26	18	25	28	1.98
5829663--5829856	86	2.3	85	78	4	201	25	15	27	30	1.96
5830218--5830244	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
5842861--5843147	40	7.2	40	92	2	456	26	26	22	24	2.00
5844332--5844358	14	1.9	14	100	0	54	0	22	0	77	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5844286--5844406	53	2.2	55	92	2	201	15	22	10	51	1.74
5866264--5866446	40	4.6	40	81	10	214	25	27	22	24	2.00
5866264--5866446	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
5869671--5870032	46	7.8	46	77	16	372	21	19	29	29	1.98
5869668--5870025	93	3.8	93	98	0	673	21	19	29	29	1.98
5871553--5871676	39	3.2	39	81	11	146	26	27	20	25	1.99
5871569--5871679	39	2.8	40	86	5	163	25	28	22	23	1.99
5872814--5872938	54	2.3	55	91	2	198	15	21	10	52	1.72
5876030--5876228	45	4.4	46	74	10	185	23	28	21	27	1.99
5876030--5876228	91	2.2	91	88	3	285	23	28	21	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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