genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  244  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83211967--83212114	38	3.8	37	80	10	145	33	25	20	20	1.97
83211999--83212127	38	3.4	38	86	0	150	32	24	20	22	1.98
83215671--83215987	47	6.7	47	96	0	544	29	30	7	32	1.86
83215721--83215799	25	3.3	25	62	16	67	31	27	5	35	1.79
83216005--83216037	15	2.2	15	100	0	66	27	27	12	33	1.92
83215945--83216099	75	2.0	77	92	4	262	30	29	7	32	1.85
83216017--83216116	31	3.2	31	64	25	84	31	29	6	34	1.81
83216047--83216077	15	2.1	15	100	0	62	32	32	0	35	1.58
83220125--83220275	40	3.8	40	83	0	185	25	27	21	24	1.99
83220249--83220298	23	2.2	23	100	0	100	26	26	22	26	2.00
83220209--83220338	63	2.1	63	94	2	226	26	27	21	24	1.99
83220272--83220392	40	3.0	40	96	0	224	25	28	21	23	1.99
83220170--83220378	103	2.0	103	91	1	339	25	26	22	24	2.00
83237180--83237241	27	2.3	28	83	5	74	35	17	22	24	1.95
83239308--83239426	47	2.5	47	95	0	211	24	18	26	30	1.98
83252783--83253024	40	6.1	40	96	1	427	23	20	27	28	1.99
83252797--83253051	40	6.5	40	92	3	205	25	20	26	27	1.99
83253063--83253162	28	3.5	28	78	8	103	21	17	30	32	1.95
83256976--83257871	47	19.1	47	97	0	1666	32	12	29	25	1.92
83257848--83257935	46	1.9	46	85	0	122	31	9	32	26	1.87
83259801--83259833	12	2.8	12	95	0	57	30	33	33	3	1.73
83261769--83261836	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83261658--83261985	174	1.9	174	95	0	593	31	24	14	30	1.94
83261938--83262016	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
83263958--83264137	40	4.5	40	99	0	351	25	29	21	23	1.99
83274071--83274141	19	3.8	19	72	10	65	46	12	19	21	1.83
83274054--83274132	37	2.1	37	88	0	113	49	12	17	20	1.79
83274109--83274157	25	2.0	25	83	0	62	44	8	22	24	1.79
83274499--83274563	22	3.0	22	77	8	69	30	20	26	23	1.98
83274953--83275219	27	9.9	27	82	5	290	27	20	16	35	1.94
83288950--83289093	46	3.1	45	74	21	129	28	29	20	22	1.98
83291462--83291550	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
83291462--83291541	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
83291473--83291550	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
83294484--83294655	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
83294476--83294651	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
83302647--83302699	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
83315489--83315870	191	2.0	191	100	0	764	24	27	14	34	1.94
83324782--83324810	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
83325109--83325173	21	3.2	21	70	12	55	66	3	1	29	1.16
83332692--83332954	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
83340644--83340906	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
83365825--83365927	46	2.2	46	85	3	134	27	24	14	33	1.94
83365808--83365927	48	2.5	48	82	2	145	28	22	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83384042--83384099	15	3.9	15	79	0	71	58	12	17	12	1.63
83385785--83385967	100	1.8	98	82	4	233	30	27	16	26	1.97
83388831--83389001	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
83388823--83388998	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
83393468--83393593	43	3.0	43	83	1	146	29	29	19	21	1.98
83393479--83393593	42	2.7	43	83	1	142	30	28	20	20	1.98
83396364--83396419	15	3.8	15	76	2	60	55	12	17	14	1.69
83400288--83400373	43	2.0	43	83	0	109	27	30	22	19	1.98
83402249--83402337	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
83402249--83402328	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
83402260--83402337	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
83408782--83408867	43	2.0	43	86	0	118	29	31	20	18	1.97
83411667--83411724	15	3.9	15	81	0	71	55	15	18	10	1.68
83414215--83414262	24	2.0	24	95	0	87	37	22	4	35	1.74
83415624--83415749	43	3.0	43	84	1	146	27	29	21	21	1.98
83415635--83415749	42	2.7	43	84	1	142	28	28	21	20	1.98
83423444--83423764	162	2.0	160	95	2	581	20	18	34	26	1.95
83423805--83423868	32	2.0	33	84	9	87	23	20	28	28	1.99
83443987--83444025	20	2.0	20	89	0	60	30	46	5	17	1.70
83447968--83448138	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
83447963--83448135	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
83448559--83448618	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83455548--83455719	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
83455541--83455716	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
83458980--83459004	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
83469046--83469088	20	2.0	22	86	8	63	30	4	11	53	1.57
83473399--83473535	39	3.5	40	85	6	165	23	28	23	24	2.00
83473562--83473629	34	2.0	34	97	0	127	35	19	2	42	1.66
83492536--83492593	30	1.9	30	86	13	84	17	29	31	22	1.96
83498459--83498536	38	2.1	38	100	0	156	47	15	2	34	1.59
83500425--83500502	38	2.1	38	100	0	156	47	15	2	34	1.59
83502251--83502304	22	2.5	22	96	0	99	29	25	29	14	1.95
83524789--83525013	40	5.6	40	85	2	290	23	27	24	25	2.00
83524753--83525013	80	3.3	80	83	3	312	23	26	24	25	2.00
83534836--83534886	22	2.3	22	80	6	59	39	0	45	15	1.47
83543293--83543324	15	2.1	15	100	0	64	25	28	0	46	1.53
83550983--83551012	11	2.7	11	100	0	60	40	6	33	20	1.78
83554564--83554629	33	2.0	33	100	0	132	42	9	6	42	1.61
83562051--83562083	17	2.0	17	88	5	50	39	15	9	36	1.79
83564366--83564421	24	2.3	24	81	6	60	35	26	19	17	1.94
83572778--83572833	27	2.1	27	100	0	112	58	7	10	23	1.56
83578037--83578086	25	2.0	25	92	0	82	36	36	4	24	1.74
83589762--83589793	16	2.0	16	93	0	55	25	34	6	34	1.81
83591988--83592026	20	2.0	20	94	0	69	33	20	5	41	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83601464--83602051	293	2.0	293	100	0	1176	33	22	15	28	1.95
83606422--83606497	32	2.3	33	77	6	84	21	28	18	31	1.97
83607047--83607085	21	1.9	20	84	5	51	46	20	2	30	1.64
83611275--83611307	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
83613840--83613893	6	8.8	6	87	4	72	79	1	3	14	0.95
83623583--83623615	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
83627575--83627779	43	4.9	43	92	1	296	24	20	29	24	1.99
83635482--83635712	83	2.8	80	85	7	279	25	21	27	24	1.99
83635489--83635712	40	5.5	40	87	6	290	25	22	28	24	2.00
83641731--83641850	41	2.9	41	94	0	213	25	30	22	21	1.99
83642147--83642430	27	10.5	27	77	9	140	29	7	19	43	1.78
83642253--83642430	54	3.3	54	83	2	182	31	6	19	42	1.77
83642254--83642405	81	1.9	80	86	1	214	29	6	19	44	1.76
83642364--83642430	26	2.5	27	82	4	82	31	7	16	44	1.75
83642419--83642496	27	2.9	27	90	0	111	32	23	14	30	1.94
83650690--83650863	49	3.7	49	83	5	198	24	29	19	25	1.98
83651457--83651495	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
83667133--83667296	38	4.3	38	91	0	256	23	21	25	30	1.99
83667289--83667421	45	3.0	45	91	2	214	22	21	27	28	1.99
83675808--83675875	25	2.7	25	77	8	84	22	29	13	35	1.92
83675894--83675923	15	2.0	15	93	0	51	46	30	0	23	1.52
83678839--83678892	25	2.2	25	100	0	108	18	25	20	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83682420--83682515	27	3.6	26	72	13	79	20	4	17	57	1.57
83682421--83682476	26	2.2	26	83	0	67	19	3	16	60	1.49
83683433--83683473	5	8.0	5	89	5	64	39	19	0	41	1.52
83686250--83686332	43	1.9	43	87	0	121	21	18	30	30	1.97
83688648--83688682	12	2.9	12	91	0	52	71	2	20	5	1.19
83693667--83693717	27	1.9	26	88	4	75	17	31	19	31	1.95
83718229--83719148	40	23.0	40	98	0	1727	27	27	22	22	1.99
83720452--83720580	46	2.8	46	91	0	204	31	29	20	19	1.97
83720460--83720599	46	3.0	45	85	4	122	30	29	20	20	1.97
83724373--83724540	40	4.2	40	90	0	248	27	30	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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