Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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This is table  27  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Percent
Indels
Score
A
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Entropy
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100
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1.98
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1.98
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2.3
15
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0
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0
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3
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1
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2.0
20
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1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
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0
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0.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9498701--9498727
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17
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1.90
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2
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0
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19
2.2
21
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58
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2
2
26
1.12
9527367--9527427
28
2.2
27
80
13
70
63
1
3
31
1.20
9529131--9529223
48
1.9
48
82
8
118
39
26
13
19
1.89
9532925--9532964
5
8.6
5
84
15
59
60
0
0
40
0.97
9532925--9532964
9
4.3
10
81
18
59
60
0
0
40
0.97
9532918--9532964
17
2.7
18
90
9
71
57
2
0
40
1.11
9532929--9532998
28
2.5
28
78
15
74
54
1
1
42
1.18
9537754--9538231
108
4.5
107
86
3
657
32
16
15
35
1.91
9550411--9550458
16
2.9
16
90
6
69
50
2
0
47
1.12
9550688--9550740
23
2.3
23
90
0
79
24
16
16
41
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9550812--9550838
14
1.9
14
100
0
54
37
0
0
62
0.95
9553882--9553971
20
4.6
20
67
22
66
61
0
1
37
1.04
9553897--9553922
11
2.4
11
100
0
52
61
0
0
38
0.96
9553882--9553972
30
3.1
29
82
7
121
61
0
1
37
1.03
9553906--9553981
17
4.7
17
69
18
63
60
0
1
38
1.05
9559753--9559791
18
2.0
20
90
9
64
48
0
0
51
1.00
9582040--9582139
29
3.6
29
71
18
77
54
0
2
44
1.11
9599993--9600026
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
9602827--9602867
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
9604773--9604806
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
9606948--9607019
36
2.0
36
97
0
135
20
29
11
38
1.87
9607600--9607634
2
18.0
2
88
5
54
0
48
0
51
1.00
9610335--9610377
3
14.3
3
100
0
86
34
0
0
65
0.93
9621088--9621125
19
2.1
19
90
5
60
23
10
10
55
1.65
9622544--9622603
30
2.0
30
93
0
102
56
16
3
23
1.55
9645200--9645232
9
3.6
9
92
8
57
9
0
3
87
0.63
9645200--9645232
10
3.4
10
87
4
50
9
0
3
87
0.63
9645218--9645255
15
2.5
15
84
12
51
5
0
15
78
0.91
9663818--9663871
25
2.2
25
82
0
63
46
1
0
51
1.11
9664488--9664517
16
1.9
15
93
6
51
56
0
3
40
1.16
9665890--9665920
16
1.9
16
93
0
53
51
0
9
38
1.35
9666879--9666922
16
2.6
17
83
16
56
25
9
25
40
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9668214--9668270
3
19.7
3
92
7
100
70
0
0
29
0.88
9672695--9672734
3
14.7
3
80
19
52
75
0
0
25
0.81
9672693--9672731
5
7.4
5
97
2
60
76
0
0
23
0.78
9673533--9673628
22
4.3
23
86
4
133
14
2
37
45
1.57
9673538--9673623
45
1.9
45
88
4
129
16
2
37
44
1.60
9676203--9676242
16
2.3
18
87
8
57
20
15
25
40
1.90
9679546--9679790
55
4.5
54
86
4
300
22
24
18
35
1.96
9679776--9680602
47
17.6
47
99
0
1618
25
27
12
34
1.92
9688382--9688543
84
1.9
84
100
0
324
37
17
19
25
1.94
9695258--9695351
21
4.4
21
68
10
66
28
24
31
14
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297