genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19641975--19642032	28	2.1	28	83	0	71	34	5	10	50	1.59
19643693--19643825	66	2.0	66	100	0	266	47	7	13	31	1.71
19646086--19646142	28	2.1	27	87	9	80	29	26	22	21	1.99
19646090--19646150	28	2.2	28	85	5	79	31	24	21	22	1.98
19646501--19646619	27	4.4	27	79	8	134	26	21	19	33	1.97
19646517--19646622	54	2.0	54	90	3	169	24	19	20	34	1.96
19647850--19647875	12	2.2	12	100	0	52	65	0	34	0	0.93
19652523--19652923	200	2.0	200	99	0	793	28	21	13	35	1.92
19653653--19653776	27	4.6	27	93	2	149	30	29	13	26	1.94
19653653--19653776	55	2.3	54	91	1	194	30	29	13	26	1.94
19657476--19657801	40	8.2	40	92	3	523	29	25	21	24	1.99
19659222--19659249	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
19659835--19659954	48	2.5	48	85	2	154	27	22	15	35	1.94
19661829--19661859	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
19662375--19662403	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
19675975--19676157	79	2.3	80	83	7	221	26	28	21	23	1.99
19675954--19676157	40	5.1	40	80	8	229	25	28	21	24	1.99
19681592--19682115	47	11.0	47	80	12	521	31	11	29	27	1.92
19681664--19681739	22	3.3	22	65	28	59	30	13	31	25	1.93
19681738--19681860	62	2.0	62	98	0	237	32	10	29	27	1.90
19681691--19681907	109	2.0	109	92	0	362	31	11	29	27	1.92
19681888--19682014	25	5.3	25	62	24	76	31	11	29	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19681613--19681993	203	1.9	202	90	2	611	31	12	29	26	1.92
19681961--19682036	22	3.3	22	67	22	66	31	13	30	25	1.93
19682281--19682392	37	3.0	37	90	0	161	21	19	33	25	1.97
19684432--19684648	95	2.4	85	80	14	290	30	23	15	29	1.96
19684465--19684698	48	4.9	48	87	1	328	32	21	14	31	1.94
19684465--19684687	95	2.3	95	96	0	401	31	21	15	30	1.94
19688534--19688718	79	2.3	82	82	7	220	24	28	22	24	2.00
19688515--19688718	40	5.1	40	80	8	220	24	27	22	25	2.00
19694067--19694186	46	2.6	47	85	2	152	26	22	15	35	1.93
19704768--19704869	42	2.4	43	81	6	118	28	21	19	30	1.98
19708460--19708621	46	3.5	45	76	8	164	29	30	19	20	1.97
19711617--19711700	38	2.2	38	91	0	141	29	26	14	29	1.95
19711672--19711838	48	3.5	48	85	1	237	32	21	13	32	1.92
19714212--19714275	32	2.0	32	100	0	128	50	9	9	31	1.66
19722756--19722833	37	2.1	38	87	2	113	26	29	17	25	1.98
19722952--19723078	47	2.7	47	83	2	157	27	31	9	31	1.88
19727893--19727925	16	2.1	16	100	0	66	36	0	48	15	1.45
19739793--19740224	40	10.8	40	83	3	539	27	28	20	23	1.99
19739793--19740223	120	3.6	120	91	1	607	27	28	20	23	1.99
19743831--19743858	13	2.2	13	100	0	56	25	28	32	14	1.94
19748437--19748660	48	4.8	48	75	7	217	27	25	20	25	1.99
19751454--19751680	41	5.6	41	80	8	243	24	17	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19751454--19751680	81	2.8	81	87	2	314	24	17	24	33	1.97
19751454--19751675	40	5.5	40	80	5	259	23	18	24	33	1.97
19761166--19761309	40	3.6	40	83	5	148	24	17	25	32	1.97
19764684--19764742	22	2.7	22	78	0	55	32	22	23	22	1.98
19765091--19765284	27	7.2	26	82	6	156	30	8	23	37	1.84
19765091--19765284	54	3.6	53	76	9	185	30	8	23	37	1.84
19765091--19765277	81	2.3	81	81	3	216	32	8	21	38	1.82
19770862--19771310	27	16.6	27	86	0	601	39	20	9	30	1.84
19770862--19771310	54	8.3	54	91	0	673	39	20	9	30	1.84
19770856--19771364	108	4.7	108	88	2	619	39	21	9	30	1.84
19770862--19771365	27	18.7	27	80	6	488	39	20	9	30	1.84
19770942--19771419	27	17.7	26	80	6	130	39	20	8	30	1.82
19771411--19771652	27	9.0	27	86	4	235	36	19	20	23	1.95
19771411--19771647	54	4.4	54	86	4	277	36	19	20	23	1.95
19771409--19771647	81	3.0	79	88	4	327	36	19	20	23	1.95
19771930--19771989	27	2.3	26	82	2	66	23	20	20	36	1.95
19772107--19772321	6	34.8	6	70	15	145	19	18	13	48	1.80
19772107--19772309	31	6.5	31	80	10	182	19	18	13	48	1.81
19772133--19772301	25	6.8	24	82	8	100	18	18	14	47	1.82
19778872--19779542	54	12.4	54	80	7	596	40	19	8	30	1.82
19778866--19779542	81	8.4	81	80	5	602	40	19	9	30	1.83
19778872--19779545	27	25.0	26	78	8	449	40	19	8	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19783259--19783370	56	2.0	56	98	0	215	23	15	17	43	1.87
19787424--19787629	45	4.6	45	87	3	276	24	27	24	24	2.00
19795151--19795278	45	2.8	45	88	2	186	25	26	22	25	2.00
19802983--19803335	40	8.8	41	84	7	404	23	22	28	25	1.99
19802983--19803354	120	3.1	118	84	4	460	23	21	28	26	1.99
19802983--19803334	80	4.4	80	90	2	467	23	22	28	25	1.99
19806609--19806648	21	2.0	20	85	5	53	32	2	5	60	1.32
19807412--19807462	26	2.0	26	100	0	102	41	15	15	27	1.88
19808432--19808548	60	2.0	60	100	0	234	34	13	25	26	1.93
19809076--19809249	46	3.8	46	77	10	192	22	19	28	29	1.98
19812186--19812256	15	4.7	15	78	5	81	11	19	12	56	1.66
19812177--19812258	30	2.7	30	81	10	96	10	19	15	53	1.71
19814496--19814671	46	3.8	46	78	11	198	21	21	27	28	1.99
19814492--19814664	93	1.9	93	92	2	294	21	21	28	27	1.99
19816370--19816412	20	2.2	20	91	0	68	39	20	25	13	1.90
19816370--19816436	20	3.4	20	79	4	64	41	23	20	13	1.88
19818837--19818906	35	2.0	35	100	0	140	31	22	5	40	1.78
19823869--19823903	17	2.1	16	90	10	61	17	31	37	11	1.85
19830999--19831054	27	2.1	27	96	0	103	23	8	7	60	1.51
19835122--19835181	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
19835143--19835206	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
19847830--19847999	46	3.7	46	74	10	157	22	17	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19852075--19852427	48	7.4	48	96	0	652	35	5	28	30	1.81
19858345--19858380	16	2.2	16	95	0	63	25	5	11	58	1.54
19860254--19860424	46	3.7	44	86	7	166	26	19	29	23	1.98
19860299--19860468	48	3.6	47	83	7	188	28	17	30	24	1.97
19867135--19867175	21	2.0	21	85	0	55	31	24	29	14	1.95
19869080--19869113	12	2.9	12	91	4	52	11	0	5	82	0.83
19872012--19872044	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
19876389--19876509	40	3.0	40	92	0	197	29	29	19	21	1.97
19876389--19876569	40	4.5	40	84	4	195	28	28	20	23	1.99
19884578--19884700	40	3.1	40	97	0	228	28	29	20	21	1.98
19884568--19884758	80	2.4	80	82	3	224	28	26	21	23	1.99
19884554--19884774	40	5.5	40	86	2	169	27	25	22	25	2.00
19885953--19885978	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
19888955--19889065	27	4.2	26	86	5	141	36	21	25	16	1.94
19890436--19890488	24	2.2	24	93	0	88	20	41	3	33	1.70
19893123--19893260	55	2.5	54	78	1	150	36	20	21	21	1.95
19893218--19893325	53	2.0	53	83	0	135	37	15	25	20	1.92
19906679--19906719	22	1.9	21	90	5	64	9	36	29	24	1.87
19919331--19919422	45	2.0	46	85	8	123	31	25	15	28	1.95
19921278--19921350	28	2.6	28	91	0	110	31	15	20	32	1.93
19925189--19925341	77	2.0	77	93	0	261	33	5	21	39	1.76
19931128--19931269	25	5.7	25	79	5	171	38	28	16	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19931129--19931280	50	3.1	50	94	0	270	39	27	14	18	1.90
19932610--19932793	49	3.7	49	83	2	242	28	26	19	26	1.98
19932611--19932798	100	1.9	100	96	0	349	28	26	19	25	1.99
19934395--19934597	27	7.6	27	80	7	119	30	7	18	42	1.79
19934395--19934597	54	3.8	54	74	7	162	30	7	18	42	1.79
19934582--19934662	27	3.0	27	94	0	135	27	23	19	29	1.98
19937458--19937523	25	2.6	25	80	0	87	42	22	13	21	1.88
19937969--19938232	81	3.3	81	79	6	241	31	9	16	42	1.80
19937942--19938233	27	10.8	27	77	7	198	32	9	16	41	1.80
19938219--19938319	27	3.7	27	82	0	121	28	17	15	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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