genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  228  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77811857--77811916	15	3.9	16	87	8	90	81	0	18	0	0.69
77811840--77811916	29	2.6	30	88	9	115	81	0	18	0	0.68
77812813--77813224	44	9.4	44	70	9	286	30	16	24	28	1.96
77812813--77813224	132	3.1	132	89	0	637	30	16	24	28	1.96
77813199--77813291	44	2.1	44	87	0	132	35	15	24	24	1.94
77813278--77813988	205	3.5	205	94	0	1244	30	19	21	28	1.98
77814086--77814177	45	2.0	45	91	0	148	31	15	29	23	1.95
77814512--77814609	19	5.2	19	91	7	155	36	10	17	35	1.84
77814503--77814587	36	2.4	35	85	14	113	37	10	15	36	1.82
77814518--77814588	36	2.0	36	100	0	142	38	11	14	36	1.81
77824693--77824814	62	2.0	62	98	0	235	31	15	22	30	1.95
77825550--77825594	15	3.2	14	90	9	58	60	0	13	26	1.34
77825550--77825589	15	2.7	15	96	3	73	60	0	15	25	1.35
77826500--77826615	58	2.0	57	83	8	146	32	13	18	34	1.91
77829263--77829367	43	2.4	43	87	3	140	20	14	28	36	1.92
77829397--77829521	63	2.0	63	96	0	232	23	17	23	36	1.95
77838760--77838814	22	2.5	21	85	11	67	27	0	23	49	1.51
77838940--77838973	16	2.2	16	89	5	52	47	0	11	41	1.40
77838933--77839015	19	4.5	19	79	11	100	38	0	16	44	1.48
77839389--77839421	7	4.7	7	100	0	66	57	12	0	30	1.35
77839562--77840241	126	5.4	126	95	0	1119	35	17	17	28	1.93
77842773--77842813	18	2.3	18	86	0	55	43	7	26	21	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77844457--77844591	48	2.8	47	84	6	157	53	5	8	31	1.56
77844760--77844798	20	2.0	19	85	5	51	46	0	17	35	1.49
77845695--77845732	18	2.1	18	85	9	51	36	2	0	60	1.11
77848615--77848680	29	2.2	30	89	5	107	22	37	24	15	1.92
77848634--77848679	16	3.1	16	69	18	53	26	36	21	15	1.93
77849374--77849538	47	3.5	47	83	8	194	22	29	18	30	1.97
77849365--77849541	94	1.9	94	88	2	266	22	29	18	29	1.98
77850085--77850113	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
77852362--77852419	30	1.9	30	85	0	80	27	25	12	34	1.91
77858230--77858532	67	4.5	67	78	6	292	35	15	20	27	1.93
77859647--77859685	17	2.3	17	86	0	51	25	30	17	25	1.97
77859929--77860002	34	2.2	34	90	2	114	33	9	20	36	1.85
77862394--77862444	25	2.0	27	84	7	70	50	1	9	37	1.47
77867200--77867377	27	6.6	27	83	5	180	28	28	15	26	1.96
77867221--77867376	82	1.9	81	85	6	217	28	28	16	26	1.97
77869290--77869462	46	3.7	45	75	13	172	20	19	27	32	1.97
77869287--77869457	93	1.8	93	88	5	265	20	19	28	31	1.97
77869687--77869724	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
77871886--77871949	32	2.0	32	87	6	94	31	14	31	23	1.94
77877269--77877306	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
77884367--77884462	29	3.3	29	91	1	149	31	29	13	26	1.94
77884677--77884713	16	2.3	16	90	0	56	10	24	16	48	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77887925--77887971	23	2.0	23	88	8	69	27	19	10	42	1.84
77891025--77891362	130	2.6	130	85	6	429	36	19	16	26	1.93
77896064--77896095	12	2.7	12	95	0	55	28	50	15	6	1.68
77905349--77905400	21	2.4	22	83	6	61	23	5	3	67	1.29
77907466--77907498	17	1.9	17	93	0	57	21	36	27	15	1.93
77908773--77908851	39	2.0	39	92	0	131	44	8	12	34	1.74
77911609--77912647	130	8.0	130	98	0	1981	36	20	17	25	1.94
77917349--77917380	12	2.7	12	95	0	55	28	50	15	6	1.68
77926634--77926685	21	2.4	22	83	6	61	23	5	3	67	1.29
77928751--77928783	17	1.9	17	93	0	57	21	36	27	15	1.93
77932261--77932341	42	1.9	43	89	2	128	24	22	11	41	1.86
77940246--77940326	42	1.9	42	85	5	110	19	34	23	22	1.96
77941845--77941882	20	2.0	20	89	5	60	39	26	10	23	1.87
77948481--77948543	29	2.1	30	82	2	74	50	7	12	28	1.68
77962877--77962907	8	3.9	8	100	0	62	38	25	25	9	1.86
77963151--77963207	27	2.2	26	83	3	69	42	22	7	28	1.80
77963159--77963222	26	2.4	27	86	2	85	37	26	9	26	1.87
77963328--77963412	28	3.1	28	85	6	104	22	23	21	32	1.98
77965526--77965750	40	5.7	40	86	5	287	24	21	28	26	1.99
77965526--77965783	119	2.2	119	81	8	285	24	21	27	26	1.99
77970148--77970198	23	2.2	23	100	0	102	17	17	7	56	1.63
77972035--77972434	200	2.0	200	99	0	791	32	22	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77972413--77972558	40	3.7	40	84	7	181	26	27	22	23	2.00
77992138--77992179	18	2.4	18	84	4	59	42	9	11	35	1.74
77992468--77992493	13	2.0	13	100	0	52	23	7	38	30	1.83
77994703--77994739	15	2.5	15	95	0	65	40	13	0	45	1.43
77997810--77997983	55	3.2	54	80	8	210	34	18	24	21	1.96
78004881--78004911	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
78007746--78007930	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
78007727--78007930	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
78009060--78009291	56	4.1	56	98	0	446	22	21	9	45	1.81
78027740--78027789	26	1.9	26	100	0	100	32	10	20	38	1.85
78043086--78043146	20	3.1	20	74	21	58	73	6	18	1	1.12
78049717--78049892	49	3.6	50	79	9	186	26	31	17	24	1.97
78049717--78050074	46	7.6	49	76	11	279	24	30	17	27	1.97
78049717--78050076	140	2.5	142	79	11	391	25	30	17	26	1.97
78056820--78056983	46	3.5	47	82	8	201	29	16	28	25	1.97
78056820--78057074	47	5.5	46	77	11	207	29	16	28	25	1.97
78056820--78057074	140	1.8	140	83	5	336	29	16	28	25	1.97
78059287--78059314	13	2.2	13	100	0	56	14	39	17	28	1.89
78060335--78060650	46	6.7	46	75	12	202	25	28	18	28	1.98
78060476--78060697	46	4.8	46	79	10	179	22	28	20	28	1.98
78060335--78060698	46	7.7	47	70	14	173	23	28	19	28	1.98
78062135--78062197	25	2.5	25	80	12	67	23	23	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78062148--78062197	26	2.0	25	88	4	73	28	20	22	30	1.98
78065062--78065187	40	3.2	40	100	0	252	48	10	11	29	1.73
78065481--78065698	47	4.7	45	75	18	153	25	31	17	24	1.97
78065481--78065795	94	3.4	93	77	6	325	25	31	18	25	1.98
78066927--78066951	9	2.8	9	100	0	50	80	0	0	20	0.72
78076517--78076681	47	3.6	44	78	9	145	24	30	21	23	1.99
78078253--78078299	23	2.0	23	100	0	94	27	21	21	29	1.98
78083642--78083675	17	2.0	17	94	0	59	44	0	20	35	1.52
78084160--78084584	3	141.7	3	68	14	173	27	7	3	61	1.38
78084323--78084476	41	4.0	36	72	18	121	29	9	0	61	1.32
78084463--78084502	14	3.2	13	83	16	57	30	5	2	62	1.29
78084347--78084584	44	5.4	43	72	17	145	27	7	0	63	1.27
78084487--78084580	22	4.5	21	74	13	70	25	5	1	68	1.18
78085418--78085584	83	2.0	83	100	0	334	38	19	8	34	1.82
78088524--78088555	9	3.7	9	95	4	57	21	21	12	43	1.86
78096598--78096935	88	3.8	86	85	3	453	32	22	23	22	1.98
78096598--78096935	176	1.9	176	88	2	509	32	22	23	22	1.98
78096607--78096942	44	7.6	44	62	12	127	33	21	23	22	1.98
78098576--78098971	3	133.3	3	68	14	137	27	7	3	61	1.38
78098790--78098952	25	6.4	25	69	19	86	25	7	0	66	1.22
78098860--78098899	14	3.2	13	83	16	57	30	5	2	62	1.29
78098857--78098898	20	2.1	20	86	0	57	30	4	2	61	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78098877--78098954	29	2.7	29	77	20	90	24	6	0	69	1.12
78098808--78098967	37	4.2	37	73	16	114	26	6	0	65	1.22
78098903--78098952	23	2.1	25	85	7	68	22	6	0	72	1.07
78107217--78107350	39	3.4	39	89	6	207	23	23	24	28	2.00
78109032--78109156	49	2.6	49	80	0	133	29	28	13	28	1.94
78111057--78111131	8	9.4	8	79	5	80	53	22	18	5	1.65
78111057--78111127	24	3.0	24	93	0	115	52	23	18	5	1.67
78111350--78111461	29	4.0	27	72	14	91	26	15	33	25	1.95
78113170--78113306	46	3.0	45	74	13	127	32	19	25	21	1.97
78120694--78120855	46	3.5	45	77	12	193	30	20	25	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297