genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14952117--14952352	26	9.1	26	75	3	170	19	16	27	37	1.92
14952117--14952310	52	3.7	52	81	1	201	18	17	26	37	1.93
14952939--14953003	27	2.4	28	78	19	68	41	3	18	36	1.66
14954539--14954563	9	2.8	9	100	0	50	12	36	24	28	1.91
14954548--14954632	28	3.0	28	83	6	91	25	31	15	27	1.95
14954673--14954752	40	2.0	40	90	0	124	26	28	20	25	1.99
14967526--14967551	9	2.9	9	100	0	52	34	23	19	23	1.96
14972551--14972744	40	4.9	40	94	0	327	26	22	28	22	1.99
14972551--14972771	80	2.8	80	88	2	331	27	23	27	21	1.99
14974166--14974241	29	2.6	29	97	0	143	15	30	39	14	1.88
14974188--14974249	17	3.9	17	72	20	71	14	32	40	12	1.84
14976112--14976329	40	5.5	40	86	2	253	23	23	27	26	2.00
14983485--14983583	43	2.3	43	98	0	189	23	15	35	26	1.94
14983569--14983642	29	2.6	29	87	8	98	27	16	31	25	1.96
14983954--14984269	40	7.9	40	82	4	318	25	22	27	25	2.00
14983954--14984254	80	3.8	80	86	3	358	24	22	27	24	2.00
14987959--14988114	39	4.0	39	79	4	161	30	3	19	46	1.66
14987959--14988114	78	2.0	79	86	6	219	30	3	19	46	1.66
14987968--14988137	78	2.2	79	82	5	202	32	4	18	44	1.70
14988783--14988832	19	2.5	20	90	6	84	24	22	20	34	1.97
14990381--14990422	21	2.0	21	90	0	66	38	11	0	50	1.40
14990451--14990626	94	1.9	94	85	2	246	38	15	7	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14990308--14990644	94	3.7	90	70	14	235	35	17	6	39	1.77
14990584--14990773	69	2.8	69	83	5	242	38	16	7	37	1.76
14990994--14991305	69	4.5	70	82	6	343	37	17	7	38	1.77
14990999--14991305	138	2.2	140	83	4	379	37	17	7	37	1.77
14990584--14991743	532	2.2	532	97	0	2207	35	17	7	39	1.77
14991526--14991744	69	3.2	70	85	5	286	34	19	5	40	1.74
14991744--14991955	93	2.3	93	89	4	313	33	20	7	39	1.81
14996019--14996049	1	31.0	1	93	0	53	3	96	0	0	0.21
14998363--14998418	29	2.0	28	82	10	69	48	16	7	28	1.72
15001702--15001757	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
15001691--15001757	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
15001807--15001902	24	4.0	24	86	4	131	31	20	20	27	1.98
15002179--15002250	36	2.0	36	94	0	126	18	20	31	29	1.96
15009979--15010034	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
15009969--15010034	20	3.3	20	93	0	114	34	10	21	33	1.88
15010084--15010237	24	6.4	24	90	0	218	29	19	22	28	1.98
15011327--15011382	27	2.1	27	86	6	78	32	21	23	23	1.98
15027530--15027574	22	2.0	22	95	0	81	20	11	13	55	1.68
15039484--15039532	18	2.7	18	77	0	62	44	24	6	24	1.76
15045205--15045290	43	2.0	43	100	0	172	23	27	9	39	1.85
15051161--15052071	130	7.0	130	100	0	1822	25	21	9	43	1.83
15055112--15055283	79	2.2	79	82	3	211	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15055059--15055281	40	5.6	39	80	8	200	25	21	27	25	1.99
15055139--15055316	79	2.2	80	81	2	198	24	21	28	24	1.99
15068671--15068737	26	2.5	27	78	7	73	34	25	13	26	1.93
15068639--15068765	28	4.6	27	75	7	105	29	25	14	29	1.95
15072854--15072885	15	2.1	16	94	5	57	62	0	0	37	0.95
15072852--15072885	16	2.1	16	88	0	50	61	0	0	38	0.96
15082845--15083003	79	2.0	79	97	0	300	41	10	24	23	1.86
15086007--15086299	50	5.8	50	80	2	300	26	17	25	31	1.97
15086057--15086287	101	2.3	99	84	1	300	27	18	24	29	1.98
15086020--15086333	150	2.1	153	83	4	404	26	16	26	30	1.97
15090305--15090461	48	3.2	48	78	7	158	23	26	19	30	1.98
15105959--15106024	33	2.0	33	100	0	132	24	21	15	39	1.91
15110693--15110740	25	1.9	25	83	8	62	29	29	14	27	1.95
15111683--15111750	17	3.8	17	71	17	57	47	19	1	32	1.58
15111683--15111761	17	4.5	17	68	14	52	50	18	1	29	1.55
15112373--15112401	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
15112748--15112906	28	5.6	28	73	10	126	50	7	18	23	1.72
15112749--15112942	29	6.8	28	73	7	131	48	8	18	24	1.75
15112747--15112913	58	2.9	57	77	9	178	50	7	17	23	1.72
15118131--15118181	20	2.5	22	72	18	56	33	5	17	43	1.73
15124257--15124326	20	3.5	20	73	5	54	37	8	10	44	1.69
15126468--15126495	13	2.2	13	100	0	56	46	7	17	28	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15128074--15128100	13	2.1	13	100	0	54	40	29	22	7	1.81
15128914--15129023	49	2.2	49	85	3	150	22	28	20	28	1.99
15129043--15129163	46	2.6	46	82	2	143	24	28	16	29	1.97
15134348--15134410	31	2.0	31	96	0	117	34	15	12	36	1.86
15135474--15135510	13	2.8	13	87	4	56	45	0	0	54	1.00
15135638--15135670	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
15136766--15136807	20	2.0	21	90	4	68	54	2	0	42	1.13
15137334--15137877	270	2.0	272	94	1	959	33	13	17	34	1.90
15139556--15139634	41	1.9	41	100	0	158	22	12	25	39	1.89
15150399--15150432	18	1.9	18	88	5	52	17	11	26	44	1.83
15155030--15155090	25	2.4	25	88	2	86	54	0	8	37	1.31
15163888--15163941	27	2.0	27	100	0	108	18	11	14	55	1.68
15166687--15166730	22	2.0	22	95	0	79	54	20	0	25	1.45
15170663--15170724	26	2.4	25	76	10	63	53	1	1	43	1.20
15170960--15170986	14	1.9	14	100	0	54	33	14	7	44	1.73
15171281--15171404	54	2.3	55	78	7	135	38	8	5	47	1.57
15171322--15171598	137	2.0	137	94	0	482	33	10	9	45	1.72
15178370--15178476	43	2.5	43	86	1	144	26	14	24	35	1.93
15178380--15178524	43	3.4	43	78	6	125	27	15	23	33	1.95
15186898--15187075	47	3.8	47	82	5	164	32	28	18	20	1.96
15202755--15202787	16	2.1	16	100	0	66	75	0	0	24	0.80
15204796--15204830	5	7.0	5	100	0	70	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15205609--15205689	40	2.0	40	85	0	108	35	9	16	38	1.81
15205902--15206008	45	2.4	45	90	3	162	22	18	17	41	1.91
15205879--15206006	45	2.6	51	75	17	137	22	20	17	39	1.93
15210220--15210395	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
15210217--15210388	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
15211954--15211987	16	2.1	16	100	0	68	32	5	11	50	1.63
15214333--15214388	5	11.2	5	100	0	112	39	0	0	60	0.97
15214416--15214503	41	2.1	41	97	0	167	63	9	22	4	1.42
15215212--15215300	40	2.2	40	84	2	108	37	8	14	39	1.78
15215503--15215527	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
15215505--15215611	45	2.4	45	87	3	153	21	18	18	41	1.91
15215595--15215629	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
15224742--15224783	12	3.3	13	83	9	52	16	9	0	73	1.08
15226025--15226067	22	2.0	22	86	8	63	48	4	27	18	1.68
15232228--15232265	3	12.7	3	94	0	67	0	34	0	65	0.93
15241398--15241446	20	2.4	20	80	10	55	40	22	26	10	1.86
15245143--15245168	12	2.2	12	100	0	52	50	0	7	42	1.31
15249920--15249952	17	1.9	17	100	0	66	33	18	0	48	1.48
15252836--15253055	108	2.0	110	91	7	358	52	4	11	31	1.56
15254300--15254329	15	2.1	15	93	6	53	33	30	16	20	1.94
15259662--15259691	15	2.0	15	93	0	51	0	23	6	70	1.11
15260637--15260716	40	2.0	40	87	0	115	16	13	32	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15267348--15267452	27	3.9	27	82	9	126	34	21	24	19	1.96
15267558--15267631	26	2.8	26	85	4	85	31	10	22	35	1.89
15269074--15269155	26	3.2	26	96	0	146	35	24	7	32	1.83
15269518--15269577	28	2.1	28	100	0	120	36	20	23	20	1.95
15272484--15272555	22	3.2	22	65	7	54	29	11	16	43	1.82
15276656--15276716	18	2.9	22	67	23	58	32	1	0	65	1.02
15276747--15276805	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
15276776--15276835	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
15282029--15282110	41	2.0	41	95	0	146	17	19	26	36	1.94
15287091--15287252	69	2.3	69	90	0	243	29	14	27	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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