genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95662098--95662253	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
95662094--95662274	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
95669399--95669668	48	5.6	48	84	1	335	27	28	17	26	1.98
95669399--95669668	144	1.9	145	85	2	382	27	28	17	26	1.98
95673318--95673543	97	2.4	96	79	6	257	26	29	15	27	1.96
95673318--95673591	94	2.9	93	77	10	274	26	29	16	28	1.97
95676141--95676165	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
95676803--95676835	14	2.4	14	95	5	59	39	6	0	54	1.25
95676903--95676934	16	1.9	17	93	6	57	31	0	3	65	1.08
95685900--95685937	15	2.5	15	100	0	76	34	15	0	50	1.45
95689156--95689192	19	1.9	19	94	0	65	45	2	16	35	1.61
95689516--95689540	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
95689849--95689877	14	2.0	15	93	6	51	68	6	20	3	1.27
95690739--95690778	13	2.9	14	85	7	55	62	0	10	27	1.27
95692387--95692494	26	4.2	26	93	0	180	33	7	23	36	1.83
95699949--95700146	43	4.6	43	88	0	279	26	16	27	29	1.97
95699949--95700146	86	2.3	86	91	0	315	26	16	27	29	1.97
95699949--95700176	86	2.7	86	87	1	278	26	15	26	31	1.96
95700135--95700285	56	2.7	56	90	2	232	27	13	25	33	1.94
95700234--95700324	43	2.1	43	87	0	128	27	12	26	34	1.92
95700177--95700383	99	2.1	99	81	1	245	26	14	26	33	1.94
95702328--95702421	25	3.8	25	90	1	136	25	23	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95703103--95703204	27	3.8	27	72	14	84	24	19	18	37	1.94
95703211--95703263	27	2.0	27	84	0	70	37	15	13	33	1.86
95703221--95703306	27	3.1	27	81	8	102	37	9	13	39	1.78
95703221--95703301	29	2.9	28	85	7	103	35	9	13	40	1.78
95711199--95711229	7	4.4	7	100	0	62	12	45	12	29	1.80
95720019--95720196	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
95720040--95720195	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
95728209--95728386	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
95728230--95728385	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
95752039--95752134	48	2.0	48	95	0	174	28	5	23	42	1.75
95753220--95753272	26	2.0	26	100	0	106	15	18	18	47	1.83
95756052--95756185	68	2.0	68	86	0	187	30	16	25	27	1.97
95774095--95774151	30	1.9	30	82	7	71	50	12	5	31	1.62
95775649--95775705	3	19.7	3	77	13	57	5	26	0	68	1.11
95775649--95775707	20	2.9	19	75	14	57	5	25	0	69	1.09
95778121--95778180	30	2.0	30	96	0	111	16	21	3	58	1.53
95779351--95779392	9	4.6	9	80	16	50	76	2	21	0	0.90
95780520--95780592	18	3.7	18	74	25	76	52	1	24	21	1.55
95780506--95780591	42	2.0	42	95	0	154	50	3	23	23	1.65
95780510--95780577	21	3.2	21	69	29	54	48	4	25	22	1.69
95780565--95780622	20	3.1	19	82	9	66	50	0	25	24	1.50
95781090--95781183	21	4.6	20	72	6	71	37	18	24	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95781082--95781172	41	2.2	41	84	0	110	39	18	25	16	1.91
95781172--95781236	21	3.1	21	63	8	51	44	18	18	18	1.87
95782055--95782089	17	2.1	17	100	0	70	71	11	5	11	1.30
95783522--95783811	118	2.5	118	89	0	438	35	16	16	31	1.91
95788374--95788405	15	2.1	15	100	0	64	43	18	12	25	1.85
95789545--95789579	17	2.1	16	89	5	52	37	5	0	57	1.23
95804003--95804027	12	2.1	12	100	0	50	36	0	24	40	1.55
95808257--95808281	12	2.1	12	100	0	50	36	0	24	40	1.55
95811382--95811446	21	3.2	21	74	12	82	12	26	21	40	1.88
95811364--95811452	39	2.3	39	100	0	178	13	24	23	38	1.91
95816448--95816511	32	2.0	32	100	0	128	31	12	21	34	1.91
95816996--95817566	70	8.2	70	80	0	460	26	18	26	28	1.98
95816996--95817520	210	2.5	209	79	1	530	26	18	26	28	1.98
95817053--95817566	210	2.4	210	80	1	539	26	18	26	29	1.98
95818853--95818987	40	3.4	40	80	4	137	38	17	24	20	1.93
95820106--95820356	70	3.6	70	77	3	182	27	17	24	30	1.97
95821119--95821157	21	2.0	21	85	10	55	38	7	12	41	1.72
95822791--95822958	46	3.6	44	78	10	151	25	30	17	26	1.97
95826251--95826372	23	5.2	23	75	9	104	29	19	23	27	1.98
95826269--95826372	23	4.4	24	77	9	106	31	18	24	25	1.97
95830869--95830905	18	2.1	17	90	5	56	35	0	18	45	1.50
95832272--95832312	3	13.7	3	89	0	64	31	36	2	29	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95833733--95834014	72	3.9	71	88	4	395	54	15	7	23	1.66
95834449--95834510	18	3.4	18	90	0	97	35	11	16	37	1.84
95834784--95834815	16	2.0	16	100	0	64	43	6	12	37	1.68
95836224--95836426	41	4.9	41	91	0	307	31	23	24	21	1.99
95837452--95837490	19	2.1	19	90	4	62	46	2	2	48	1.29
95840346--95840374	12	2.3	13	94	5	51	89	0	10	0	0.48
95841726--95841832	43	2.5	43	89	6	155	23	18	28	29	1.98
95844715--95844755	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
95844718--95844757	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
95844775--95844842	9	7.6	9	86	0	91	26	8	20	44	1.81
95844775--95844843	36	1.9	36	90	0	111	26	8	20	44	1.80
95846065--95846122	31	1.9	30	89	3	89	37	0	1	60	1.07
95855443--95855650	91	2.3	91	89	2	310	45	3	3	47	1.37
95855475--95855618	47	3.1	46	64	25	106	43	2	4	50	1.33
95855483--95855625	44	3.2	43	66	21	105	45	2	3	48	1.31
95855667--95855700	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
95855667--95855705	17	2.4	16	87	8	53	43	5	0	51	1.24
95855671--95855710	17	2.3	18	83	12	57	47	5	0	47	1.24
95855798--95855839	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
95855789--95855830	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
95855766--95856076	154	2.0	153	93	2	489	48	4	3	44	1.39
95855939--95855973	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95856206--95856244	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
95856219--95856275	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
95858061--95858331	130	2.1	132	84	4	352	32	19	15	31	1.94
95870245--95870388	44	3.3	43	64	9	103	27	21	18	31	1.97
95870207--95870401	87	2.2	87	97	0	363	29	21	20	29	1.98
95870295--95870624	132	2.5	134	90	3	508	30	20	24	25	1.99
95879428--95879464	18	2.1	18	100	0	74	29	16	10	43	1.82
95880932--95880959	11	2.5	11	100	0	56	39	0	25	35	1.56
95881366--95881528	76	2.1	76	90	2	256	34	13	26	25	1.93
95881885--95882024	40	3.6	38	78	14	133	27	21	19	31	1.97
95881708--95882175	194	2.4	193	85	4	604	29	19	19	30	1.97
95882329--95882428	50	2.0	50	100	0	200	38	2	10	50	1.48
95882471--95882515	22	2.1	21	83	4	54	28	0	24	46	1.53
95882475--95882508	15	2.3	15	90	5	52	29	0	23	47	1.52
95882554--95882630	7	10.9	7	81	2	55	22	0	33	44	1.53
95882554--95882629	14	5.4	14	77	1	71	22	0	32	44	1.53
95898060--95898147	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
95899799--95899931	67	2.0	67	86	0	185	26	21	15	36	1.93
95899816--95899964	67	2.2	68	81	3	194	26	22	14	35	1.93
95905321--95905353	10	3.4	10	87	4	50	54	0	24	21	1.45
95918405--95918705	97	3.0	98	76	11	311	44	1	12	42	1.50
95918496--95918688	106	1.8	105	82	1	251	43	1	10	44	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95923461--95923538	26	2.9	26	74	23	72	55	0	1	43	1.08
95923471--95923520	16	3.2	16	70	18	52	52	0	0	48	1.00
95926848--95926873	11	2.4	11	100	0	52	26	0	7	65	1.20
95927215--95927314	42	2.4	42	82	0	137	25	19	18	38	1.93
95928280--95928325	23	2.0	23	100	0	92	26	17	13	43	1.85
95971618--95971660	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
95976782--95977522	247	3.0	247	92	0	1200	37	14	11	35	1.83
95979038--95979071	17	1.9	18	88	5	52	41	0	8	50	1.34
95986099--95986162	15	4.0	15	73	23	51	46	0	20	32	1.51
95988983--95989025	9	4.8	9	85	0	59	62	0	9	27	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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