genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85281219--85281309	46	2.0	46	97	0	173	39	13	27	19	1.89
85281522--85281744	40	5.6	40	83	4	220	25	22	26	25	2.00
85289648--85289851	40	5.1	39	81	9	184	25	23	26	24	2.00
85289648--85289832	79	2.3	81	82	9	220	25	23	27	24	2.00
85292639--85292748	52	2.1	52	94	0	193	14	40	4	40	1.66
85295103--85295276	43	4.0	43	74	12	151	24	15	25	33	1.95
85296258--85296307	6	8.3	6	80	8	57	52	12	16	20	1.75
85296284--85296363	31	2.6	31	83	0	97	50	12	16	21	1.78
85296799--85297503	27	26.1	27	84	1	797	40	8	20	30	1.81
85296799--85297482	81	8.4	81	89	1	888	40	8	20	30	1.81
85297486--85297706	27	8.2	27	79	4	180	29	8	21	40	1.83
85296811--85297605	81	9.8	81	84	3	282	39	8	20	32	1.82
85297557--85297706	27	5.6	27	87	0	194	29	8	22	40	1.82
85300136--85300290	43	3.6	43	90	1	222	29	15	24	30	1.96
85300733--85300824	33	2.8	33	84	0	112	39	17	20	22	1.93
85322833--85322861	12	2.4	12	100	0	58	24	41	27	6	1.80
85323969--85324227	45	5.8	45	85	0	322	25	22	10	41	1.86
85324537--85324561	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
85349337--85349414	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
85349367--85350042	174	3.9	174	98	0	1307	29	14	25	30	1.95
85352564--85352682	45	2.6	47	79	14	133	32	17	26	22	1.96
85352649--85352878	50	4.8	49	70	14	169	27	18	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85353999--85354423	85	5.0	85	100	0	850	35	16	20	28	1.94
85354522--85355288	383	2.0	383	100	0	1534	33	9	20	35	1.86
85357089--85357130	15	2.8	16	76	23	54	14	9	16	59	1.60
85359681--85359849	47	3.6	47	74	15	145	29	18	27	24	1.98
85359731--85359850	50	2.5	48	78	16	126	29	17	30	23	1.97
85359827--85359949	47	2.6	47	83	7	142	26	17	29	26	1.98
85362414--85362510	40	2.4	40	80	0	104	31	26	16	24	1.96
85372218--85372379	47	3.5	46	81	8	175	24	29	17	28	1.98
85378594--85378881	40	7.2	40	89	4	431	27	29	20	22	1.99
85383574--85383664	42	2.2	42	95	0	164	34	20	13	31	1.91
85383812--85383881	25	2.8	25	89	4	97	25	24	25	24	2.00
85385848--85385919	17	3.9	18	77	17	69	26	18	6	48	1.73
85391702--85391770	27	2.6	28	82	13	83	26	23	20	30	1.98
85391714--85391777	27	2.4	27	84	5	85	23	23	17	35	1.95
85391832--85391966	27	4.9	27	75	12	87	32	8	18	40	1.80
85391919--85391976	27	2.1	27	93	0	98	31	13	22	32	1.93
85394215--85395668	727	2.0	727	100	0	2908	33	12	19	33	1.90
85404283--85404375	46	2.0	46	100	0	186	21	31	15	32	1.94
85407077--85407118	21	2.0	21	85	4	57	23	14	9	52	1.71
85408317--85408362	24	1.9	24	86	0	65	54	26	8	10	1.64
85425945--85426068	40	3.1	40	91	2	187	27	28	24	20	1.99
85429221--85429414	49	3.9	50	75	5	189	27	19	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85434406--85434594	49	3.8	49	77	4	171	25	20	24	28	1.99
85434411--85434594	51	3.7	49	78	4	197	26	20	25	28	1.99
85442236--85442277	22	1.9	22	85	9	59	52	16	0	30	1.44
85445264--85445315	26	2.0	26	81	7	61	50	3	0	46	1.20
85447216--85447324	6	17.8	6	77	14	107	47	16	18	17	1.83
85447216--85447345	31	4.2	31	74	15	110	49	15	17	17	1.80
85447230--85447324	37	2.6	37	87	0	145	47	16	18	16	1.83
85447230--85447345	25	4.7	25	77	11	98	49	15	18	17	1.80
85447582--85447937	27	13.2	27	85	1	444	40	7	22	30	1.80
85447582--85447937	108	3.3	108	91	1	561	40	7	22	30	1.80
85447782--85448059	27	10.3	26	78	6	135	35	7	20	36	1.81
85447582--85448062	54	8.9	54	78	5	310	37	7	21	33	1.81
85450655--85450693	18	2.2	17	86	4	51	46	7	12	33	1.71
85451098--85451757	37	18.3	37	75	8	522	35	19	15	29	1.93
85451237--85451757	73	7.1	73	76	6	457	35	19	15	30	1.92
85454612--85454645	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
85463809--85463949	40	3.5	40	86	4	189	27	26	21	24	1.99
85466991--85467140	48	3.1	47	83	3	183	27	24	20	28	1.99
85470473--85470643	49	3.5	49	80	7	163	28	21	26	23	1.99
85472493--85472663	49	3.5	49	80	7	163	28	21	26	23	1.99
85473894--85473923	7	4.3	7	95	0	51	3	26	60	10	1.45
85478117--85478157	19	2.2	19	91	8	66	31	9	7	51	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85479880--85479915	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
85480277--85480367	45	2.0	45	87	4	130	35	24	12	28	1.91
85499556--85499726	45	3.9	45	86	3	224	24	30	22	22	1.99
85505816--85506000	92	2.0	92	98	0	361	36	27	4	31	1.78
85512651--85512688	16	2.3	17	90	4	60	73	2	0	23	0.95
85520673--85520708	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
85520683--85520742	16	3.8	16	86	0	75	40	0	30	30	1.57
85520720--85520811	45	2.1	44	83	6	114	35	5	25	33	1.79
85521070--85521116	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
85520954--85521490	120	4.5	121	95	0	886	50	5	2	42	1.37
85521215--85521249	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
85521241--85521270	16	1.9	15	93	6	51	50	10	0	40	1.36
85521472--85521639	47	3.7	46	70	18	143	47	3	3	45	1.37
85521487--85521663	91	1.9	92	88	4	254	49	3	2	44	1.33
85521628--85521666	17	2.5	15	84	12	51	58	0	0	41	0.98
85520978--85521621	360	1.8	353	84	9	836	49	5	2	42	1.38
85525333--85525505	3	57.7	3	100	0	346	0	32	0	67	0.91
85531937--85532102	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
85535870--85535973	42	2.4	44	75	4	104	25	15	22	37	1.93
85535846--85536004	43	3.7	43	73	7	135	25	16	24	32	1.96
85556486--85556536	26	1.9	27	92	4	86	39	1	3	54	1.30
85556519--85556581	21	2.8	22	72	18	67	36	0	4	58	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85556535--85556583	23	2.2	23	85	7	66	36	0	6	57	1.24
85556563--85556643	30	2.7	30	71	23	80	39	1	1	58	1.14
85556833--85556878	19	2.5	18	85	3	65	56	0	2	41	1.11
85559490--85559546	30	1.9	30	92	0	96	33	8	28	29	1.87
85562871--85562911	19	2.2	19	91	8	66	31	9	7	51	1.62
85562876--85562917	20	2.1	20	86	8	59	30	7	7	54	1.54
85564365--85564407	21	2.0	21	100	0	86	37	27	11	23	1.89
85581858--85582041	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
85581858--85582041	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
85581910--85582074	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
85582720--85582813	47	2.0	47	93	0	161	41	15	21	21	1.90
85589846--85590029	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
85589846--85590029	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
85589898--85590062	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
85604206--85604254	25	2.0	24	84	4	62	28	20	28	22	1.98
85608090--85608161	26	2.8	26	81	6	94	38	8	18	34	1.80
85608988--85609028	17	2.4	17	87	4	55	43	4	2	48	1.37
85610701--85610741	18	2.1	21	86	13	61	17	17	0	65	1.27
85625363--85625396	16	2.1	17	88	5	52	35	26	0	38	1.57
85626452--85626494	19	2.1	19	83	12	50	53	4	0	41	1.21
85632724--85632765	16	2.7	16	78	14	52	57	0	0	42	0.99
85632755--85632781	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85632721--85632770	25	2.0	26	84	11	68	58	0	0	42	0.98
85652579--85652870	147	2.0	147	98	0	566	36	11	20	30	1.88
85656858--85657078	40	5.6	40	80	2	241	25	23	25	24	2.00
85664099--85664310	40	5.3	40	83	1	248	24	23	26	25	2.00
85665672--85666169	46	10.8	46	84	0	638	40	15	23	20	1.91
85665690--85666169	92	5.2	92	95	0	809	40	15	23	21	1.91
85667744--85667774	15	2.1	15	93	0	53	29	0	6	64	1.18
85668329--85668425	49	2.0	49	91	0	158	37	13	17	31	1.89
85672545--85672591	23	2.0	23	84	8	60	38	4	14	42	1.66
85677599--85677690	44	2.1	44	95	0	166	32	23	17	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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