genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66808577--66808625	14	3.5	14	72	10	55	61	8	12	18	1.55
66808578--66808638	28	2.2	28	97	2	115	57	9	13	19	1.63
66820711--66820772	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
66829619--66829780	40	4.1	39	86	6	209	24	23	27	25	2.00
66829619--66829780	80	2.0	80	88	4	238	24	23	27	25	2.00
66835920--66835956	3	12.7	3	94	5	67	32	0	0	67	0.91
66844746--66844867	33	3.7	33	93	0	208	27	25	13	34	1.93
66858318--66858394	36	2.2	35	95	2	136	33	24	7	33	1.84
66859530--66859770	48	5.1	48	73	11	192	27	23	19	29	1.98
66868705--66868771	28	2.4	28	87	9	93	32	25	13	28	1.93
66877470--66877521	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
66904281--66904316	7	5.1	7	100	0	72	30	27	13	27	1.94
66905517--66905594	41	1.9	41	97	0	147	17	21	38	21	1.93
66913442--66913511	25	2.8	25	97	0	131	25	24	25	24	2.00
66913724--66913854	27	4.9	27	80	3	156	28	22	16	33	1.95
66913724--66913854	54	2.4	54	87	0	190	28	22	16	33	1.95
66913839--66914145	27	11.4	27	87	3	395	29	10	21	38	1.86
66914149--66914207	27	2.2	27	90	0	91	37	1	20	40	1.63
66913854--66914182	81	4.1	81	86	2	232	31	9	20	39	1.84
66914323--66914477	27	5.7	27	90	0	238	41	8	21	28	1.82
66916682--66916764	44	2.0	44	83	7	109	25	15	27	31	1.96
66918264--66918448	92	2.0	92	100	0	370	32	16	17	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66920354--66920732	189	2.0	188	94	4	674	31	17	23	27	1.97
66933644--66933887	80	3.0	80	86	4	323	22	22	28	27	1.99
66933644--66933887	120	2.0	120	87	4	350	22	22	28	27	1.99
66933644--66933862	40	5.5	40	91	1	332	22	22	28	26	1.99
66934860--66934896	18	2.1	18	100	0	74	32	18	10	37	1.86
66941698--66941895	40	4.9	40	90	2	274	23	22	27	26	1.99
66946990--66947070	26	3.2	26	79	10	96	43	14	19	22	1.88
66950856--66951039	79	2.3	82	82	7	227	24	21	27	26	1.99
66950856--66951039	40	4.6	40	83	6	223	24	21	27	26	1.99
66950908--66951072	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
66962117--66962207	24	3.9	24	75	13	73	30	17	21	29	1.96
66962155--66962207	22	2.3	23	81	9	56	30	18	20	30	1.97
66962117--66962240	46	2.7	46	79	6	133	30	16	22	29	1.96
66965733--66965811	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
66965989--66966448	51	9.0	51	99	0	902	31	25	7	34	1.85
66973793--66973871	22	3.3	24	78	8	90	31	17	24	26	1.97
66973800--66973904	22	4.6	22	75	12	86	35	18	20	26	1.95
66973793--66973915	23	5.3	23	70	14	74	32	18	21	26	1.97
66976928--66977054	46	2.8	46	86	2	166	20	30	20	28	1.98
66986873--66986976	13	8.1	12	70	20	52	5	22	1	70	1.19
66986879--66986974	39	2.3	45	80	10	114	5	21	2	70	1.17
66986897--66986961	30	2.2	29	83	2	76	6	21	1	70	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66986917--66986975	20	3.0	20	78	14	68	3	25	1	69	1.13
66991199--66991265	30	2.2	30	86	5	91	28	13	28	29	1.94
66992737--66992783	20	2.3	21	85	3	60	21	25	21	31	1.98
66992815--66992847	12	2.8	12	86	4	50	36	3	9	51	1.49
66995193--66995763	286	2.0	285	95	0	1034	25	29	12	32	1.92
66996824--66996868	12	3.8	12	81	0	54	8	24	0	66	1.20
66996819--66996868	24	2.1	24	84	0	64	14	24	0	62	1.32
66996942--66996987	15	3.1	14	84	12	56	4	17	2	76	1.06
66996942--66997004	10	5.9	11	73	17	53	3	15	3	77	1.02
66996960--66997004	16	3.0	15	87	6	56	0	15	4	80	0.87
66997922--66998067	79	1.9	75	81	5	175	36	11	8	43	1.71
66999571--66999667	30	3.2	30	77	2	106	28	15	26	28	1.96
67004280--67004327	20	2.4	20	71	0	51	20	27	20	31	1.98
67007360--67007399	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
67007643--67007690	20	2.4	20	71	0	51	22	29	16	31	1.96
67008073--67008110	19	2.0	19	90	10	60	36	5	5	52	1.47
67008090--67008131	22	2.0	22	85	4	59	33	2	7	57	1.39
67007776--67008207	216	2.0	216	99	0	846	31	10	14	43	1.80
67013030--67013126	30	3.2	31	73	11	94	27	16	27	27	1.97
67013716--67013783	21	3.2	21	68	0	64	57	8	23	10	1.60
67013701--67013782	42	2.0	42	92	0	137	53	7	25	13	1.65
67013794--67013843	18	2.8	18	90	0	82	60	0	28	12	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67015479--67015526	20	2.4	20	71	0	51	22	29	16	31	1.96
67016132--67016185	27	2.0	27	96	0	99	22	24	14	38	1.91
67017989--67018077	42	2.1	42	89	0	133	57	6	22	13	1.60
67018089--67018138	18	2.8	18	87	0	73	62	0	26	12	1.30
67023767--67024274	254	2.0	254	98	0	980	31	18	17	31	1.95
67024338--67024405	21	3.2	20	80	12	66	75	4	19	1	1.06
67024349--67024405	5	11.0	5	77	17	55	75	3	19	1	1.04
67024485--67024555	30	2.4	31	81	11	85	61	2	23	11	1.42
67026633--67026729	30	3.2	30	79	2	115	27	26	16	28	1.97
67026797--67026954	85	1.9	85	100	0	316	32	10	9	48	1.69
67027377--67027453	15	5.3	15	73	6	77	28	0	28	42	1.56
67027371--67027443	14	5.1	14	73	6	74	27	0	32	39	1.57
67027371--67027459	29	3.1	29	96	0	160	28	0	30	41	1.56
67033333--67033379	18	2.5	18	80	16	51	57	0	29	12	1.36
67041040--67041166	43	3.0	44	75	11	138	31	24	18	25	1.97
67050355--67050525	46	3.7	45	76	7	164	23	28	19	28	1.98
67050356--67050534	94	1.9	93	82	4	225	25	28	17	28	1.98
67055089--67056817	869	2.0	868	89	1	2689	32	19	10	38	1.85
67058223--67058267	10	4.4	10	80	5	54	42	22	22	13	1.88
67059363--67059407	16	2.7	17	83	13	58	6	17	0	75	1.01
67059361--67059417	22	2.5	23	83	10	73	7	19	0	73	1.05
67063348--67063473	48	2.7	46	87	5	171	27	32	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67070949--67071073	66	1.9	66	98	0	241	42	12	7	37	1.71
67071819--67071985	46	3.5	46	75	12	156	28	28	16	25	1.97
67073049--67073132	21	3.9	22	72	13	68	38	25	19	17	1.93
67073339--67073422	28	3.0	28	87	1	114	47	28	3	20	1.66
67081040--67081997	47	20.4	47	98	0	1805	32	10	31	25	1.89
67085486--67085609	48	2.6	47	88	2	167	25	32	17	24	1.97
67087536--67087569	18	1.9	18	94	5	61	44	5	11	38	1.65
67096842--67096881	21	1.9	21	100	0	80	30	30	5	35	1.79
67101147--67101217	34	2.1	34	91	0	115	42	26	11	19	1.85
67101147--67101201	18	3.2	17	70	19	51	43	27	9	20	1.81
67102017--67102099	43	1.9	43	87	4	123	26	31	20	21	1.98
67104319--67104363	22	2.0	22	83	8	56	57	0	4	37	1.19
67104901--67104965	32	2.0	32	100	0	130	26	12	18	43	1.85
67113466--67113523	30	1.9	30	85	0	80	32	10	25	31	1.89
67115585--67115764	48	3.7	48	80	5	193	22	30	21	25	1.99
67115585--67115764	96	1.9	97	84	5	249	22	30	21	25	1.99
67122767--67122843	28	2.8	28	81	0	100	31	11	27	29	1.92
67125322--67125497	37	4.8	37	85	6	207	27	17	28	27	1.97
67125469--67125792	42	7.3	42	75	14	258	28	15	25	30	1.96
67125492--67125677	48	3.9	48	89	1	275	30	15	23	30	1.95
67131237--67131268	11	2.9	11	95	0	55	81	6	3	9	0.97
67131404--67131435	9	3.4	9	91	8	55	90	0	9	0	0.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67131404--67131437	10	3.5	10	96	4	61	88	0	11	0	0.52
67132458--67132543	18	4.6	18	71	7	64	73	3	17	5	1.18
67132454--67132543	6	14.7	6	70	12	58	73	3	17	5	1.17
67132504--67132541	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
67132440--67132541	12	8.0	12	68	26	50	71	2	17	7	1.22
67132505--67132555	21	2.4	21	74	6	50	74	1	17	5	1.11
67132558--67132620	33	1.9	33	84	12	85	55	6	25	12	1.60
67138052--67138127	40	1.9	40	86	0	107	19	15	31	32	1.94
67143960--67144009	25	2.0	25	88	7	75	40	0	20	40	1.52
67146097--67146273	40	4.4	40	81	4	207	27	27	21	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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