genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70399212--70399409	43	4.7	42	79	9	208	34	25	16	23	1.95
70407122--70407153	8	4.0	8	100	0	64	25	0	0	75	0.81
70407246--70407336	47	1.9	47	93	0	155	30	5	13	50	1.64
70407684--70407733	13	4.2	13	78	19	63	26	0	4	70	1.05
70407666--70407735	22	3.2	22	95	4	124	27	1	2	68	1.12
70411358--70411401	23	1.9	23	85	0	61	38	2	2	56	1.24
70411902--70411958	16	3.6	16	90	0	78	31	0	35	33	1.58
70411929--70411962	16	2.1	16	94	0	59	41	0	38	20	1.53
70412204--70412238	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
70418270--70418491	107	2.1	107	95	0	399	32	18	19	28	1.96
70421344--70421389	13	3.5	13	82	14	51	0	17	4	78	0.91
70421824--70421894	1	71.0	1	77	0	70	0	1	9	88	0.57
70421822--70421895	18	4.1	18	89	8	107	0	1	12	86	0.63
70421822--70421895	17	4.1	18	81	11	89	0	1	12	86	0.63
70421831--70421895	25	2.6	24	88	11	96	0	0	12	87	0.54
70424729--70424946	107	2.0	107	96	0	400	31	19	20	29	1.97
70426879--70426915	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
70426923--70426982	22	2.8	22	85	5	70	51	0	0	48	1.00
70428006--70428041	17	2.1	18	89	5	56	55	0	2	41	1.14
70434275--70434454	47	3.8	49	79	15	200	28	28	21	21	1.98
70434283--70434454	94	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
70447646--70447680	18	2.1	17	89	10	54	45	0	17	37	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70454901--70455392	176	2.8	176	92	1	806	29	18	22	29	1.97
70461674--70461721	21	2.3	20	79	10	51	43	4	4	47	1.41
70461696--70461751	28	1.9	30	85	7	80	44	0	1	53	1.11
70461831--70461877	19	2.6	18	86	6	67	14	2	4	78	0.99
70461819--70461876	19	2.8	22	77	17	61	17	1	5	75	1.06
70465308--70465352	22	2.0	22	82	8	54	53	2	0	44	1.13
70466360--70466391	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
70466360--70466390	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
70469426--70469536	47	2.4	47	84	6	154	35	21	16	27	1.94
70481526--70481571	19	2.4	18	82	10	56	69	0	6	23	1.11
70495926--70496003	39	2.0	39	94	0	138	35	15	3	44	1.65
70504000--70504150	28	5.4	28	90	1	205	34	27	11	26	1.91
70509076--70509108	14	2.4	14	90	10	50	60	0	0	39	0.97
70509256--70509298	9	4.8	9	94	0	68	27	11	0	60	1.31
70512998--70513067	4	17.5	4	80	0	68	45	17	2	34	1.63
70513001--70513887	6	147.2	6	96	1	1643	49	16	0	33	1.48
70513001--70514200	8	150.9	8	71	1	256	49	19	0	30	1.51
70513881--70514228	4	88.8	4	83	5	406	50	28	0	20	1.54
70518519--70518550	9	3.4	9	91	8	55	0	9	0	90	0.45
70518519--70518551	10	3.4	10	95	4	59	0	9	0	90	0.44
70520390--70520437	25	2.0	24	84	8	62	25	0	8	66	1.19
70525493--70525804	46	6.6	49	74	10	188	28	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70528772--70528899	47	2.8	44	81	11	141	21	29	19	28	1.98
70536202--70536305	40	2.6	40	85	10	142	25	22	26	25	2.00
70543512--70543607	40	2.4	40	85	11	135	23	22	29	23	1.99
70544186--70544586	201	2.0	200	99	0	793	37	9	20	31	1.86
70546740--70547050	46	6.6	46	71	11	186	22	29	18	28	1.98
70548156--70548243	27	3.3	25	74	13	86	39	26	7	26	1.83
70548228--70549348	27	41.6	24	81	8	498	33	21	21	23	1.97
70548228--70549366	54	21.1	54	89	0	1600	33	21	21	24	1.97
70548237--70549348	81	13.7	81	91	0	1661	33	21	21	23	1.98
70548237--70549348	135	8.2	135	94	0	1701	33	21	21	23	1.98
70549793--70549857	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
70550016--70550091	27	2.8	26	84	5	107	18	21	21	39	1.93
70550243--70550322	31	2.6	31	93	0	133	21	16	13	48	1.80
70550243--70550336	6	15.3	6	72	16	68	21	15	13	48	1.80
70551872--70551900	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
70562513--70562557	21	2.1	21	100	0	90	28	20	8	42	1.82
70566215--70566358	72	2.0	72	90	2	227	24	11	20	43	1.84
70578602--70578708	56	1.9	56	94	0	187	35	18	22	23	1.96
70579519--70579552	17	2.0	17	88	11	52	29	8	11	50	1.69
70580953--70580998	23	2.0	23	95	0	83	28	4	17	50	1.65
70582537--70582619	28	3.1	27	87	5	114	21	22	19	36	1.95
70582537--70582644	27	4.0	27	85	4	121	22	23	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70582537--70582644	54	2.0	54	83	3	137	22	23	18	36	1.95
70583552--70583666	43	2.7	42	82	5	142	30	16	23	29	1.96
70585131--70585171	17	2.4	17	91	0	64	17	26	31	24	1.97
70597503--70597594	42	2.2	43	82	2	105	34	23	14	27	1.93
70599327--70599432	42	2.5	42	78	9	117	31	23	16	28	1.97
70599327--70599479	43	3.6	44	76	14	133	31	24	16	26	1.97
70606477--70606634	43	3.7	41	81	7	165	31	27	18	23	1.97
70606477--70606634	86	1.8	85	83	4	210	31	27	18	23	1.97
70608190--70608222	16	2.0	17	94	5	59	33	0	24	42	1.55
70610087--70610136	18	2.6	19	84	6	57	56	4	2	38	1.30
70612751--70613161	47	8.8	47	91	4	697	29	29	17	22	1.97
70613042--70613209	46	3.6	46	77	12	173	29	27	20	22	1.98
70615240--70615485	123	2.0	123	98	0	474	37	18	21	21	1.94
70615810--70615994	40	4.6	40	95	1	318	26	28	22	22	1.99
70631193--70631341	40	3.7	41	90	5	234	25	27	22	24	2.00
70634293--70634342	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
70634304--70634351	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
70636834--70636907	38	2.0	36	89	5	112	18	22	31	27	1.98
70639487--70639520	17	2.0	17	88	0	50	47	11	17	23	1.81
70640911--70640971	30	2.0	30	93	0	104	24	24	11	39	1.88
70661903--70661945	20	2.2	20	100	0	86	18	13	16	51	1.77
70665279--70665324	19	2.4	19	77	0	56	15	36	28	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70666892--70667031	51	2.7	51	81	4	158	29	29	15	25	1.96
70667041--70667172	52	2.6	52	84	2	169	34	27	13	25	1.93
70666987--70667174	50	3.7	50	80	2	169	32	26	16	25	1.96
70677533--70677690	43	3.7	42	79	9	160	31	24	18	25	1.98
70677536--70677694	86	1.9	85	84	6	214	32	24	18	25	1.97
70680622--70680653	16	1.9	17	93	6	57	25	0	18	56	1.42
70683228--70683389	48	3.5	44	80	10	157	30	28	15	25	1.96
70683184--70683347	90	1.8	90	84	2	222	28	25	17	29	1.97
70683179--70683389	90	2.3	90	80	3	219	29	27	16	26	1.97
70683312--70683441	48	2.7	49	81	2	138	30	28	16	24	1.97
70690610--70690638	5	6.0	5	92	8	51	20	0	0	79	0.74
70692856--70692943	29	3.1	29	77	8	99	28	32	13	25	1.94
70694282--70694465	49	3.7	49	79	2	215	28	26	19	26	1.98
70694283--70694470	100	1.9	100	90	0	304	28	26	19	25	1.99
70697173--70697348	56	3.1	56	99	0	343	45	9	22	22	1.80
70698795--70699310	47	10.6	47	84	9	642	33	7	29	28	1.86
70698937--70699034	31	3.2	31	69	21	96	35	6	29	28	1.81
70698932--70699058	62	2.0	62	96	0	236	33	6	31	28	1.82
70698885--70699197	109	3.0	109	89	7	474	33	7	30	29	1.85
70698932--70699011	15	5.2	15	69	21	67	35	5	32	27	1.79
70698836--70699150	156	2.0	158	94	2	562	33	6	29	29	1.84
70698795--70699197	205	2.0	204	93	2	693	33	7	29	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70698994--70699310	143	2.2	141	88	4	494	33	8	30	28	1.86
70698795--70699248	252	1.8	252	92	1	777	33	8	29	28	1.86
70704898--70704959	32	1.9	32	83	0	79	43	37	0	19	1.51
70705485--70705628	41	3.5	41	91	0	227	20	22	20	35	1.96
70705485--70705661	41	4.4	41	85	6	218	19	22	22	36	1.95
70714835--70715134	47	6.4	47	74	12	187	25	30	18	25	1.98
70714835--70715139	94	3.3	94	78	13	290	25	30	18	25	1.98
70719065--70719244	88	2.0	88	89	0	270	23	24	31	21	1.98
70719516--70719598	42	2.0	42	80	0	94	21	28	26	22	1.99
70731398--70731496	50	2.0	50	97	0	189	33	17	10	39	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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