genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76140893--76140938	15	3.1	14	87	12	65	76	0	4	19	0.96
76140881--76140938	20	2.8	21	86	7	91	75	0	5	18	0.98
76150913--76150978	30	2.2	30	88	0	105	21	25	30	22	1.99
76153972--76154015	20	2.2	20	100	0	88	43	22	4	29	1.73
76156314--76156376	32	2.0	32	93	0	108	26	28	3	41	1.71
76166593--76166656	32	2.0	32	93	0	110	26	35	7	29	1.85
76192288--76192368	40	2.0	40	97	0	153	25	25	12	35	1.91
76198558--76198658	27	3.7	27	86	0	139	28	8	21	40	1.83
76198561--76198719	54	2.9	54	78	5	169	31	8	22	38	1.83
76198562--76198712	81	1.9	81	83	5	198	31	7	21	39	1.82
76198561--76198712	27	5.7	26	75	12	128	30	7	21	39	1.82
76199231--76199349	27	4.4	26	71	15	98	33	6	21	37	1.80
76203503--76203536	18	1.9	18	94	5	61	14	26	11	47	1.79
76204560--76204594	15	2.4	15	85	4	54	48	14	0	37	1.44
76205497--76205576	27	3.0	27	83	5	99	32	20	26	21	1.97
76206588--76206712	65	1.9	65	98	0	241	36	26	16	21	1.94
76209431--76209540	42	2.6	41	81	5	121	30	16	25	28	1.97
76211291--76211382	42	2.2	42	82	5	105	27	22	20	29	1.99
76211291--76211429	43	3.3	43	76	9	115	28	23	19	28	1.98
76213014--76213039	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
76222371--76222592	40	5.6	40	91	1	322	26	25	23	24	2.00
76229554--76229775	40	5.6	40	94	1	358	25	27	24	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76232340--76232379	21	1.9	21	94	0	71	42	22	10	25	1.84
76235315--76235488	50	3.7	47	81	11	205	24	31	17	26	1.97
76235315--76235488	47	3.7	49	84	9	204	24	31	17	26	1.97
76240189--76240234	20	2.3	20	85	3	67	21	17	32	28	1.96
76245633--76245666	17	2.0	17	88	0	50	23	23	2	50	1.63
76248531--76248565	6	5.8	6	93	0	52	0	45	0	54	0.99
76249992--76250030	20	2.0	20	85	5	53	41	7	23	28	1.82
76250859--76250997	40	3.5	41	79	7	142	25	12	27	34	1.92
76250857--76251038	81	2.2	81	80	3	197	25	13	26	34	1.93
76252575--76252627	20	2.7	19	80	8	52	71	7	15	5	1.27
76263307--76263337	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
76263304--76263343	20	2.0	20	90	0	62	37	20	0	42	1.52
76263577--76263776	108	1.8	110	91	4	334	21	25	19	34	1.96
76263529--76263783	55	4.8	54	81	7	274	21	24	18	36	1.95
76307838--76308010	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
76307835--76308005	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
76318837--76319009	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
76318834--76319004	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
76324822--76324924	27	3.8	26	85	3	134	29	23	17	30	1.97
76324910--76325133	27	8.3	26	71	11	130	32	11	18	37	1.86
76324908--76325148	54	4.5	52	76	6	189	34	10	17	37	1.85
76324962--76325148	81	2.3	81	85	3	250	34	11	17	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76325362--76325398	17	2.1	18	90	5	58	18	40	24	16	1.90
76337098--76337213	43	2.7	43	83	0	151	40	24	12	22	1.89
76345920--76345947	14	2.0	14	100	0	56	14	0	14	71	1.15
76347806--76347838	15	2.2	15	94	0	57	42	27	3	27	1.70
76352147--76352199	23	2.3	22	80	6	52	28	1	22	47	1.62
76355992--76356162	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
76355984--76356159	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
76356582--76356641	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
76365721--76365776	28	2.0	28	100	0	112	46	17	7	28	1.75
76366497--76366625	44	3.0	43	78	8	136	33	25	17	24	1.96
76367720--76367744	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
76373026--76373158	50	2.7	50	90	1	196	29	28	17	24	1.97
76400714--76400777	30	2.1	30	83	11	78	35	6	6	51	1.52
76406404--76406756	176	2.0	176	100	0	706	38	14	26	21	1.91
76410949--76411096	43	3.5	43	88	3	203	26	27	14	31	1.95
76416407--76416569	85	1.9	84	81	5	193	26	19	25	28	1.99
76420612--76420710	42	2.3	42	86	5	137	31	23	18	27	1.97
76420601--76420765	43	3.8	44	75	13	148	32	24	16	26	1.96
76422027--76422129	53	1.9	53	94	0	179	29	7	24	38	1.83
76427461--76427675	46	4.6	46	82	4	225	31	19	24	24	1.98
76441248--76441317	30	2.3	30	97	0	131	8	41	22	27	1.83
76442785--76443092	153	2.0	153	100	0	616	36	9	18	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76445783--76445951	48	3.6	48	75	9	166	28	17	27	26	1.97
76451548--76451627	22	3.3	22	66	21	61	46	23	11	18	1.81
76451523--76451627	51	2.1	51	98	0	201	45	25	10	18	1.81
76453462--76453687	40	5.6	40	95	2	384	22	23	26	26	2.00
76456866--76456898	12	2.8	12	100	0	66	18	24	33	24	1.97
76462377--76462485	40	2.7	40	92	0	173	15	12	25	45	1.82
76468887--76468923	19	1.9	19	100	0	74	24	10	21	43	1.84
76475778--76475819	18	2.3	18	84	8	50	76	4	16	2	1.07
76476441--76476478	20	1.9	19	89	5	58	31	0	10	57	1.32
76484641--76484791	70	2.2	65	80	13	189	27	9	7	55	1.59
76490986--76491051	11	5.9	10	75	20	51	33	0	6	60	1.21
76490997--76491052	11	4.9	11	79	14	60	33	0	3	62	1.12
76505770--76505807	20	2.0	19	90	10	60	52	21	23	2	1.59
76508151--76508193	22	2.0	22	90	9	70	20	13	27	37	1.91
76510291--76510607	49	6.7	47	74	11	211	27	19	28	23	1.99
76510291--76510560	93	2.9	94	78	11	279	27	20	29	23	1.99
76522842--76523198	191	1.9	191	91	0	588	43	3	15	37	1.65
76524619--76525171	286	1.9	282	87	3	797	28	21	15	34	1.94
76527304--76527381	37	2.1	37	92	0	129	41	25	12	20	1.88
76539335--76539492	51	3.1	51	89	0	235	18	27	32	21	1.96
76541607--76541643	12	2.7	14	88	12	51	54	0	8	37	1.30
76546427--76546470	22	2.0	22	91	4	72	36	43	11	9	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76547529--76547569	18	2.2	20	86	8	59	7	12	29	51	1.66
76548229--76548610	191	2.0	191	100	0	764	53	10	15	20	1.70
76552351--76552440	44	2.0	44	97	0	171	36	23	13	26	1.92
76554426--76554470	20	2.2	20	92	0	72	31	2	4	62	1.27
76557124--76557155	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
76557933--76558119	79	2.4	77	81	10	211	45	9	16	28	1.78
76559725--76559814	45	2.0	45	97	0	171	32	11	14	42	1.81
76565950--76565983	18	1.9	17	94	5	59	47	14	11	26	1.79
76569105--76569155	18	2.9	17	77	13	50	21	11	0	66	1.23
76570063--76570283	89	2.4	89	83	8	261	41	19	10	29	1.84
76570110--76570340	89	2.6	87	82	7	243	38	20	10	30	1.86
76570453--76570583	10	13.8	9	68	15	50	59	3	3	34	1.28
76570482--76570595	30	3.9	28	71	13	79	61	3	2	32	1.27
76570538--76570602	20	3.2	20	68	12	60	64	3	3	29	1.23
76570522--76570602	10	8.0	10	67	17	51	66	2	3	27	1.21
76570767--76570904	9	15.2	9	69	14	54	31	4	1	62	1.24
76570783--76570859	10	8.0	9	72	15	57	25	6	1	66	1.24
76570797--76570856	31	1.9	31	83	6	77	23	8	1	66	1.28
76570842--76570904	28	2.2	29	81	13	78	36	1	1	60	1.16
76574201--76574286	44	2.0	44	90	0	136	37	23	10	29	1.88
76575729--76575897	43	4.0	42	78	8	162	23	17	26	33	1.96
76577865--76577889	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76622747--76622795	24	2.0	24	96	0	89	36	12	2	48	1.52
76623562--76623598	18	2.1	18	94	0	65	21	2	24	51	1.61
76630638--76630676	20	2.0	19	90	5	60	12	30	15	41	1.85
76630642--76630696	20	2.8	20	81	13	53	14	30	20	34	1.92
76634736--76634911	46	3.8	46	77	12	198	21	19	28	30	1.98
76634733--76634903	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
76643548--76643769	46	4.8	46	83	9	299	29	29	20	20	1.98
76643602--76643772	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	20	1.98
76646160--76646248	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
76646160--76646239	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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