genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2582--2628	2	23.5	2	95	0	85	0	48	0	51	1.00
3212--3251	20	2.1	19	85	4	53	52	2	0	45	1.14
3561--3654	43	2.2	44	90	3	147	52	12	6	28	1.64
3677--3716	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
8301--8393	43	2.2	44	90	3	145	52	12	6	27	1.64
10317--10351	17	2.1	17	100	0	70	28	0	42	28	1.56
10631--10666	18	2.0	18	88	0	54	33	25	5	36	1.79
11890--12112	118	1.9	113	87	4	320	27	12	13	45	1.80
13834--13879	21	2.2	21	84	0	56	6	13	8	71	1.29
15873--15907	5	6.8	5	87	6	52	5	17	0	77	0.96
20774--20798	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
25052--25098	23	2.0	24	83	4	60	31	27	0	40	1.57
25240--25276	6	6.2	6	90	0	56	51	10	0	37	1.37
26176--26220	4	11.2	4	81	9	56	0	24	0	75	0.80
27385--27483	23	4.3	23	94	0	180	32	26	21	20	1.97
27710--27748	18	2.2	17	86	4	51	43	20	0	35	1.52
31941--32091	25	6.3	24	82	8	159	37	21	25	15	1.92
31985--32091	25	4.3	25	91	1	171	37	23	24	14	1.93
33082--33149	5	13.8	5	72	20	54	57	2	0	39	1.14
33078--33114	16	2.3	16	95	0	65	59	0	0	40	0.97
33077--33108	8	4.0	8	91	0	55	59	0	0	40	0.97
41510--41641	27	4.8	27	72	11	90	60	18	3	18	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41509--41592	26	3.2	25	75	12	80	61	19	2	16	1.44
41622--41780	28	5.7	28	74	11	130	52	17	11	18	1.73
41635--41782	56	2.6	56	74	12	144	51	17	12	18	1.76
41913--42012	28	3.7	27	76	9	98	58	15	3	24	1.51
42018--42098	29	2.8	28	81	10	101	50	11	14	23	1.75
43339--43407	34	2.0	34	97	0	129	44	15	8	30	1.77
48891--48950	32	1.9	31	89	3	93	5	10	16	68	1.35
49406--49508	34	3.0	34	91	0	179	45	18	8	27	1.78
52224--52275	23	2.3	23	90	9	81	38	21	7	32	1.82
56438--56526	47	1.9	46	90	2	142	40	14	23	21	1.90
57150--57184	6	5.8	6	93	0	52	62	0	20	17	1.32
57339--57397	26	2.3	26	84	0	73	37	10	16	35	1.83
61355--61393	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
69364--69696	102	3.3	102	93	0	567	20	20	28	30	1.98
81926--81983	30	1.9	30	83	13	75	43	5	1	50	1.35
93121--93173	13	4.1	13	85	0	79	35	28	7	28	1.84
94606--94646	2	20.5	2	94	0	73	0	2	46	51	1.14
102129--102195	30	2.2	30	81	5	82	10	17	43	28	1.82
104416--104849	220	2.0	217	91	3	701	38	13	12	34	1.83
117360--117399	20	2.0	20	100	0	80	30	20	10	40	1.85
117706--117762	4	13.8	4	78	7	60	0	24	3	71	1.01
117697--117771	25	2.9	25	82	4	87	0	28	2	69	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117703--117742	17	2.4	17	79	4	55	0	27	0	72	0.85
117721--117787	29	2.2	30	84	5	82	1	25	2	70	1.10
122902--123013	50	2.2	50	81	6	129	35	23	20	20	1.96
125710--125773	32	2.0	32	90	0	101	39	9	14	37	1.78
131958--132132	85	2.0	87	84	2	228	32	6	21	40	1.79
145384--145624	118	2.0	119	99	0	475	25	21	17	34	1.95
151021--151130	22	4.6	24	81	11	113	40	17	23	18	1.90
151027--151118	22	4.0	22	81	12	114	41	17	23	17	1.90
152083--152115	11	3.2	11	91	8	52	60	0	0	39	0.97
168862--168886	5	5.0	5	100	0	50	0	40	0	60	0.97
174149--174209	31	2.0	31	83	6	79	34	11	11	42	1.77
176444--176548	51	2.1	51	98	0	201	33	14	9	42	1.78
182121--182149	4	7.2	4	100	0	58	48	24	0	27	1.51
203981--204006	11	2.4	11	100	0	52	42	0	11	46	1.40
208097--208121	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
221621--221673	13	4.1	13	80	0	70	37	26	7	28	1.83
221621--221681	26	2.4	26	83	2	70	37	24	8	29	1.84
241882--241919	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
259569--259598	6	5.0	6	100	0	60	0	83	0	16	0.65
271849--271910	29	2.1	30	84	3	81	33	17	11	37	1.86
275316--275340	9	2.8	9	100	0	50	0	12	68	20	1.21
285505--285567	23	2.7	23	85	9	83	31	1	0	66	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285520--285572	23	2.3	23	93	3	90	35	0	0	64	0.94
290671--290705	18	1.9	18	88	0	52	25	5	0	68	1.11
291699--291734	5	7.2	5	100	0	72	19	61	19	0	1.35
301387--301413	14	1.9	14	100	0	54	51	3	0	44	1.19
307275--307407	67	2.0	67	98	0	257	25	14	18	42	1.88
310379--310662	145	2.0	143	95	1	505	23	16	13	46	1.83
328062--328087	4	6.5	4	100	0	52	0	23	0	76	0.78
334665--334734	5	14.0	5	88	5	106	37	2	21	38	1.68
335812--335859	13	3.7	13	76	20	55	37	4	18	39	1.70
335994--336032	21	1.9	20	89	5	60	48	0	0	51	1.00
336320--336353	16	2.1	16	94	0	59	44	5	14	35	1.70
337836--337883	16	2.9	16	72	6	51	35	4	4	56	1.38
345982--346069	30	2.9	30	91	0	140	34	35	3	27	1.74
346261--346301	11	3.7	11	84	12	57	21	48	0	29	1.50
348915--348954	13	3.5	11	84	15	55	42	0	0	57	0.98
348883--348995	30	3.8	30	73	20	94	40	2	0	56	1.13
348885--348970	40	2.1	42	89	8	133	37	3	0	59	1.15
348926--348982	29	2.0	29	86	10	82	36	1	0	61	1.07
350577--350628	3	16.7	3	82	7	52	30	3	1	63	1.23
350713--350737	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
352851--352894	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
355434--355463	8	3.6	8	91	8	51	73	13	0	13	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
357615--358391	88	8.9	88	90	2	1038	28	22	23	25	1.99
357831--357964	43	3.1	41	63	22	94	27	20	24	26	1.99
358141--358438	86	3.4	84	82	5	226	30	23	22	24	1.99
360223--360249	14	1.9	14	100	0	54	40	0	7	51	1.30
362873--362921	22	2.2	22	96	0	89	32	0	44	22	1.53
363116--363203	30	2.9	30	86	0	122	28	4	34	32	1.78
365151--365290	71	2.0	72	88	1	210	45	6	21	26	1.75
371411--371436	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
377146--377179	5	6.8	5	93	0	59	0	20	0	79	0.73
406282--406401	40	3.0	40	77	12	95	20	30	26	22	1.99
408655--408711	30	1.9	29	89	3	87	28	12	22	36	1.90
410248--410336	31	2.9	31	76	1	99	44	6	11	37	1.67
430384--430439	28	2.0	28	86	6	78	28	10	14	46	1.78
430698--430737	13	3.1	13	81	0	53	35	7	22	35	1.82
432799--432863	31	2.1	31	82	5	78	44	12	10	32	1.76
437735--437774	20	2.0	20	85	9	55	45	7	0	47	1.31
462371--462440	36	1.9	37	82	8	90	35	0	7	57	1.26
462410--462457	23	2.0	24	88	12	71	35	0	6	58	1.23
470746--470788	18	2.4	19	80	11	54	39	9	2	48	1.48
476112--476174	25	2.6	25	82	5	67	47	4	7	39	1.54
476224--476333	3	36.7	3	74	17	86	63	3	3	29	1.28
480977--481323	123	2.8	123	95	0	606	30	17	20	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
483250--483364	51	2.3	50	87	3	167	42	0	26	29	1.61
483334--483384	22	2.3	22	93	0	93	39	0	31	29	1.57
486438--486474	19	1.9	19	88	0	56	70	0	2	27	1.01
510746--510822	33	2.3	34	82	8	95	25	25	1	46	1.60
510746--510822	11	6.9	11	72	21	63	25	25	1	46	1.60
510784--510881	51	1.9	51	83	8	128	26	23	2	47	1.62
517917--517974	22	2.7	21	81	5	80	62	3	3	31	1.29
517894--517964	22	3.0	23	78	15	67	57	4	1	36	1.27
518371--518427	28	2.0	30	82	6	73	52	1	1	43	1.21
522948--523004	28	2.0	28	86	0	78	40	26	1	31	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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