genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66121205--66121243	21	1.9	19	90	10	60	38	7	30	23	1.83
66124571--66124609	13	2.9	13	84	3	51	20	10	33	35	1.86
66124567--66124616	14	3.6	14	71	15	50	16	12	36	36	1.85
66124779--66124816	17	2.1	18	85	9	51	44	0	0	55	0.99
66125825--66125861	20	1.9	18	89	10	56	56	2	5	35	1.36
66126238--66126269	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
66127534--66128006	97	4.9	98	94	2	785	20	22	25	31	1.98
66140691--66140728	3	12.7	3	94	0	67	63	0	2	34	1.09
66140685--66140725	12	3.3	12	93	3	64	60	0	7	31	1.24
66142518--66142592	29	2.5	29	84	4	96	46	16	13	24	1.82
66144312--66144460	37	4.0	37	87	0	217	51	10	16	20	1.74
66144516--66144570	27	1.9	27	82	10	65	36	5	3	54	1.41
66152620--66152728	37	2.9	37	87	2	139	50	10	18	21	1.75
66155469--66156001	158	3.5	152	82	6	608	44	8	17	30	1.78
66158057--66158098	21	2.0	20	86	4	57	50	2	14	33	1.56
66158057--66158110	19	2.7	21	85	5	67	46	3	14	35	1.63
66168506--66168552	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
66171385--66171418	18	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
66172993--66173028	15	2.3	15	90	4	54	36	0	5	58	1.22
66173386--66173453	30	2.2	30	82	12	86	36	1	13	48	1.51
66186564--66186603	20	2.0	20	85	9	55	50	32	7	10	1.64
66188018--66188097	28	2.9	27	75	17	74	26	5	2	66	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66191762--66191825	3	21.0	3	96	3	119	65	1	0	32	1.02
66192004--66192042	12	3.3	12	80	20	55	76	0	0	23	0.78
66192004--66192051	23	2.1	22	92	3	78	79	0	0	20	0.74
66192009--66192049	20	2.1	19	95	4	73	78	0	0	21	0.76
66192004--66192046	13	3.5	13	75	18	56	76	0	0	23	0.78
66192004--66192050	20	2.3	21	85	14	71	78	0	0	21	0.75
66193763--66193825	13	4.8	13	80	0	63	49	0	9	41	1.35
66194051--66194111	19	3.1	19	81	9	70	50	0	1	47	1.10
66195365--66195408	22	2.0	22	90	0	70	11	15	25	47	1.79
66196530--66196636	55	1.9	55	98	0	205	46	7	21	24	1.77
66208777--66208925	72	2.1	72	100	0	298	42	22	11	22	1.85
66210361--66210484	42	3.0	41	76	16	130	38	4	1	54	1.31
66211933--66212004	30	2.3	32	79	11	96	37	8	4	50	1.52
66215064--66215105	15	2.8	15	96	0	75	54	14	4	26	1.59
66221316--66221357	8	5.1	8	78	16	50	78	0	2	19	0.86
66222908--66223076	89	1.9	87	83	4	214	36	14	10	39	1.80
66223178--66223251	20	3.7	19	80	7	69	66	2	2	28	1.19
66230316--66230394	33	2.4	33	97	0	149	49	12	10	27	1.73
66242763--66242787	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
66245329--66245358	15	2.0	15	100	0	60	40	6	0	53	1.27
66245352--66245413	26	2.4	27	78	10	67	62	9	0	27	1.26
66250204--66250258	20	2.8	20	80	5	58	36	3	1	58	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66250653--66250711	31	1.9	31	86	6	84	35	11	8	44	1.72
66252512--66252539	12	2.3	12	100	0	56	64	0	0	35	0.94
66254504--66254807	156	1.9	157	80	5	348	26	11	12	48	1.76
66259250--66259293	19	2.3	19	80	7	54	68	4	2	25	1.20
66267336--66267371	18	2.1	18	90	10	58	61	2	0	36	1.11
66270075--66270107	15	2.1	15	94	5	57	75	0	0	24	0.80
66273592--66273633	12	3.5	12	80	6	50	23	0	0	76	0.79
66302458--66302599	76	1.9	75	86	1	203	42	12	7	37	1.72
66312487--66312511	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
66329008--66329063	28	2.0	28	86	10	80	28	7	5	58	1.46
66332894--66332935	13	3.3	13	84	12	52	69	2	11	16	1.29
66345071--66345161	23	4.1	23	70	11	91	21	26	6	45	1.76
66345058--66345141	42	2.0	42	95	0	150	23	21	9	45	1.81
66349573--66349653	42	1.9	42	92	0	135	20	22	11	45	1.82
66354031--66354141	40	2.8	40	95	1	197	37	24	23	14	1.92
66354251--66354755	228	2.2	228	81	3	572	31	18	23	26	1.97
66354232--66354909	113	5.9	113	77	6	582	31	18	23	26	1.98
66355349--66355516	81	2.1	80	81	8	189	26	1	27	44	1.65
66355914--66355954	15	2.9	15	82	10	50	4	0	43	51	1.23
66356699--66356786	44	2.0	44	90	0	140	25	15	22	36	1.94
66358236--66358271	16	2.2	16	95	0	63	27	11	2	58	1.46
66358659--66358717	13	4.5	13	83	8	66	42	8	1	47	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66358835--66358954	52	2.4	49	78	16	131	39	3	3	54	1.34
66358998--66359063	13	5.1	13	87	7	89	42	9	1	46	1.44
66359090--66359360	9	31.4	9	70	14	187	43	20	2	33	1.65
66359114--66359371	16	15.1	16	72	15	105	45	20	2	32	1.64
66358475--66359140	339	2.0	342	89	5	1028	41	8	2	47	1.47
66359118--66359356	43	5.6	43	73	11	188	45	20	2	31	1.65
66359114--66359356	34	7.4	32	68	20	139	45	20	2	31	1.64
66359141--66359368	25	8.8	25	71	10	136	44	20	2	32	1.66
66362299--66362352	26	2.1	26	96	0	99	42	14	9	33	1.78
66364903--66364959	21	2.7	21	88	0	87	36	19	40	3	1.69
66364945--66364983	12	3.2	12	88	0	60	41	15	38	5	1.69
66365418--66365540	42	2.9	43	83	10	164	24	24	20	30	1.98
66368570--66368633	13	4.9	13	76	3	58	32	7	21	37	1.83
66370481--66370538	20	3.0	18	80	12	62	39	0	3	56	1.16
66370498--66370538	19	2.2	19	86	8	57	34	0	2	63	1.08
66371098--66371180	41	2.0	41	100	0	166	19	21	18	40	1.91
66372629--66372681	27	2.0	25	82	7	61	35	9	0	54	1.33
66376444--66376886	51	8.8	50	77	3	370	29	15	25	29	1.96
66376444--66376892	102	4.4	101	85	3	512	29	15	25	29	1.96
66377790--66377837	5	9.6	5	77	8	53	39	2	33	25	1.67
66377796--66377838	15	2.9	15	83	13	61	39	2	32	25	1.69
66380026--66380084	21	2.8	21	89	0	91	25	35	10	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66381201--66381270	35	2.0	35	83	5	88	38	27	20	14	1.91
66392270--66392330	28	2.1	29	87	3	88	14	14	1	68	1.28
66394622--66394674	27	2.0	25	82	7	61	35	9	0	54	1.33
66396331--66396387	21	3.0	19	74	20	57	59	3	1	35	1.25
66396683--66396709	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
66396678--66396709	14	2.1	16	88	11	50	31	0	0	68	0.90
66398597--66398661	21	3.3	21	65	30	61	56	10	3	29	1.48
66398590--66398669	38	2.1	38	100	0	160	53	10	2	33	1.48
66410221--66410272	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
66410166--66410508	120	2.9	120	97	0	659	41	2	6	49	1.41
66410470--66410511	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
66410461--66410502	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
66410656--66410746	45	2.0	44	85	2	119	35	27	5	31	1.80
66410725--66410778	16	3.4	16	92	0	81	35	33	0	31	1.58
66411405--66411460	15	3.7	15	79	13	60	58	0	5	35	1.21
66412565--66412611	25	2.0	24	84	12	62	38	2	0	59	1.09
66426098--66426150	21	2.7	19	86	11	79	33	13	15	37	1.86
66426098--66426176	19	3.7	22	77	14	60	34	10	17	37	1.84
66434701--66434794	3	31.3	3	76	8	84	60	2	7	29	1.36
66436534--66437064	88	6.1	87	87	3	608	24	24	22	28	1.99
66436824--66437050	44	5.2	44	65	10	149	24	22	24	29	1.99
66436534--66437054	264	2.0	261	85	4	708	25	24	22	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66436534--66437064	176	3.0	176	83	3	671	24	24	22	28	1.99
66438299--66438354	16	3.3	16	77	18	60	8	16	0	75	1.05
66443695--66443779	12	6.8	12	81	7	89	58	2	8	30	1.40
66443695--66443785	3	30.3	3	76	8	78	60	2	7	29	1.36
66453883--66453932	19	2.7	20	82	17	63	34	0	0	66	0.92
66453878--66453973	23	4.0	24	70	18	76	34	2	0	63	1.06
66454576--66454633	24	2.4	24	82	0	71	44	24	5	25	1.74
66455161--66455200	22	1.9	21	85	10	55	55	0	2	42	1.13
66455882--66455921	19	2.2	18	86	8	55	47	0	2	50	1.14
66456377--66456418	21	2.0	21	85	0	57	38	7	9	45	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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