genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66886736--66887042	71	4.3	68	77	12	239	30	12	11	44	1.78
66886756--66887042	53	5.4	54	74	9	205	31	12	11	45	1.77
66886736--66887001	71	3.7	70	79	9	254	31	12	10	45	1.77
66886739--66887043	35	8.6	35	74	12	191	30	12	11	44	1.78
66898018--66898356	46	7.8	45	71	15	207	32	20	20	25	1.97
66898231--66898428	85	2.3	86	95	2	362	31	21	21	25	1.98
66898237--66898389	43	3.6	43	75	10	170	30	23	21	24	1.99
66899894--66899981	3	29.3	3	75	8	72	29	7	2	60	1.37
66899899--66899981	12	6.6	12	81	8	85	30	8	2	59	1.40
66912503--66912884	44	8.8	46	71	14	134	31	20	21	25	1.98
66912719--66912956	87	2.7	87	93	1	379	30	21	22	25	1.99
66912713--66912955	131	1.9	131	80	3	292	30	21	23	25	1.99
66912544--66912955	44	9.5	44	73	7	267	31	20	21	26	1.98
66912958--66913114	83	1.9	83	81	0	188	35	22	18	24	1.96
66914509--66914596	3	29.3	3	75	8	72	29	7	2	60	1.37
66914514--66914596	12	6.6	12	81	8	85	30	8	2	59	1.40
66920345--66920394	24	2.1	24	88	0	73	22	8	28	42	1.81
66922935--66923016	39	2.1	39	97	0	155	40	12	8	39	1.73
66923261--66923310	26	1.9	26	91	0	82	20	8	30	42	1.80
66928865--66928913	21	2.3	22	79	10	57	20	12	12	55	1.68
66930028--66930087	25	2.5	25	91	5	97	36	3	11	48	1.56
66937242--66937289	17	2.8	17	90	0	69	27	25	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66939831--66939860	16	1.9	16	93	6	53	40	0	6	53	1.27
66947480--66947538	30	2.0	30	86	0	82	33	22	5	38	1.76
66947868--66947939	4	19.5	4	77	16	75	73	0	25	1	0.91
66947859--66947942	7	11.6	7	81	13	91	72	0	26	1	0.92
66947867--66947942	15	5.1	15	77	19	79	73	0	25	1	0.91
66948211--66948268	25	2.3	26	85	11	84	77	0	22	0	0.77
66948356--66948410	14	3.4	16	78	11	51	23	1	5	69	1.19
66948568--66948609	19	2.2	20	86	4	59	42	9	9	38	1.70
66948590--66948628	16	2.4	17	86	4	53	33	10	7	48	1.66
66948590--66948631	17	2.6	16	88	3	57	30	9	7	52	1.61
66948808--66949111	18	17.2	17	74	13	231	30	12	11	44	1.78
66948805--66949112	53	5.8	53	73	10	252	30	12	11	45	1.78
66948808--66949112	35	8.6	35	74	12	191	30	12	11	44	1.78
66949025--66949127	36	2.9	36	81	4	84	33	13	13	39	1.84
66949411--66949469	30	2.0	30	86	0	82	33	22	5	38	1.76
66949800--66949871	4	19.5	4	77	16	75	73	0	25	1	0.91
66949791--66949874	7	11.6	7	81	13	91	72	0	26	1	0.92
66949799--66949874	15	5.1	15	77	19	79	73	0	25	1	0.91
66950142--66950199	26	2.2	26	87	6	82	79	0	20	0	0.74
66950288--66950341	14	3.5	15	80	12	56	24	1	5	68	1.21
66950500--66950541	19	2.2	20	86	4	59	42	9	9	38	1.70
66950522--66950560	16	2.4	17	86	4	53	33	10	7	48	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66950522--66950563	17	2.6	16	88	3	57	30	9	7	52	1.61
66950740--66951043	18	17.2	17	74	13	231	30	12	11	44	1.78
66950737--66951044	53	5.8	53	73	10	252	30	12	11	45	1.78
66950740--66951044	35	8.6	35	74	12	191	30	12	11	44	1.78
66950957--66951059	36	2.9	36	81	4	84	33	13	13	39	1.84
66951343--66951401	30	2.0	30	86	0	82	33	22	5	38	1.76
66951731--66951802	4	19.5	4	77	16	75	73	0	25	1	0.91
66951722--66951805	7	11.6	7	81	13	91	72	0	26	1	0.92
66951730--66951805	15	5.1	15	77	19	79	73	0	25	1	0.91
66952074--66952131	26	2.2	26	87	6	82	79	0	20	0	0.74
66952220--66952274	14	3.4	16	78	11	51	23	1	5	69	1.19
66952433--66952474	19	2.2	20	86	4	59	42	9	9	38	1.70
66952455--66952493	16	2.4	17	86	4	53	33	10	7	48	1.66
66952455--66952496	17	2.6	16	88	3	57	30	9	7	52	1.61
66952673--66952976	18	17.2	17	74	13	231	30	12	11	44	1.78
66952670--66952977	53	5.8	53	73	10	252	30	12	11	45	1.78
66952673--66952977	35	8.6	35	74	12	191	30	12	11	44	1.78
66952890--66952992	36	2.9	36	81	4	84	33	13	13	39	1.84
66953276--66953334	30	2.0	30	86	0	82	33	22	5	38	1.76
66953665--66953736	4	19.5	4	77	16	75	73	0	25	1	0.91
66953656--66953739	7	11.6	7	81	13	91	72	0	26	1	0.92
66953664--66953739	15	5.1	15	77	19	79	73	0	25	1	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66954009--66954063	24	2.2	24	87	9	76	78	0	21	0	0.76
66954152--66954206	14	3.4	16	78	11	51	23	1	5	69	1.19
66954365--66954406	19	2.2	20	86	4	59	42	9	9	38	1.70
66954387--66954425	16	2.4	17	86	4	53	33	10	7	48	1.66
66954387--66954428	17	2.6	16	88	3	57	30	9	7	52	1.61
66954605--66954908	18	17.2	17	74	13	231	30	12	11	44	1.78
66954602--66954909	53	5.8	53	73	10	252	30	12	11	45	1.78
66954605--66954909	35	8.6	35	74	12	191	30	12	11	44	1.78
66954822--66954923	35	2.9	36	81	5	93	32	13	13	40	1.84
66954804--66954927	53	2.3	52	76	6	131	32	12	12	42	1.80
66955391--66955448	27	2.2	26	81	6	64	27	24	5	43	1.75
66961922--66962613	80	8.8	77	81	7	684	28	16	19	35	1.93
66961920--66962658	78	9.4	78	81	9	741	29	16	18	35	1.93
66961944--66962659	159	4.5	157	85	5	854	29	16	19	34	1.94
66962839--66962966	30	4.3	30	76	1	105	32	15	6	46	1.71
66962856--66962964	30	3.7	30	77	1	121	31	14	6	47	1.69
66963313--66963370	4	15.8	4	79	16	63	77	0	18	3	0.91
66963306--66963372	11	5.9	11	82	3	80	76	0	20	2	0.92
66963309--66963396	22	3.9	23	85	10	112	72	0	23	3	0.99
66963629--66963680	20	2.7	19	75	3	59	76	3	19	0	0.93
66963657--66963704	18	2.6	19	83	9	55	79	2	18	0	0.84
66963631--66963705	17	4.3	17	76	14	64	74	2	22	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66964019--66964063	18	2.3	20	85	11	67	42	13	8	35	1.75
66964060--66964103	22	2.1	21	87	8	63	40	11	9	38	1.73
66964244--66964300	18	3.2	18	73	14	55	40	15	8	35	1.79
66964258--66964559	17	17.2	16	72	17	167	31	12	11	44	1.78
66964255--66964560	18	17.3	18	74	11	231	30	12	11	45	1.78
66964275--66964427	53	2.9	52	81	7	182	30	11	9	48	1.72
66964279--66964512	53	4.4	53	74	11	176	32	11	11	44	1.77
66964255--66964559	71	4.3	69	78	10	225	30	12	11	44	1.78
66964333--66964560	124	1.8	124	85	3	325	31	12	11	45	1.77
66964255--66964559	35	8.7	35	75	9	246	30	12	11	44	1.78
66973959--66974014	10	5.3	10	78	19	60	83	1	12	1	0.79
66973960--66974008	18	2.6	17	81	15	53	83	2	12	2	0.82
66973981--66974015	6	6.0	6	86	6	54	80	0	20	0	0.72
66973961--66974020	17	3.6	16	80	13	59	80	1	16	1	0.89
66974993--66975052	24	2.5	24	81	8	68	38	10	23	28	1.87
66975335--66976023	45	15.3	45	86	3	890	27	16	24	31	1.96
66975331--66976023	90	7.7	90	89	1	987	27	16	24	31	1.96
66976139--66976304	44	3.8	41	80	7	154	28	19	23	27	1.98
66976139--66976304	88	1.9	86	81	9	201	28	19	23	27	1.98
66976496--66976579	44	1.9	44	87	4	125	27	21	23	27	1.99
66976496--66976606	44	2.5	44	82	8	120	27	20	22	29	1.99
66976655--66976761	43	2.5	43	80	6	119	33	13	28	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66982803--66982998	69	2.8	69	83	0	239	29	8	3	58	1.45
66992087--66992118	3	10.7	3	93	0	55	62	0	3	34	1.11
66992081--66992118	12	3.1	12	92	3	58	60	0	7	31	1.25
67002840--67002877	20	1.9	19	85	15	51	18	2	0	78	0.86
67010057--67010086	14	2.1	14	93	0	51	60	13	6	20	1.55
67025536--67025585	19	2.5	18	84	15	55	26	2	2	70	1.09
67027775--67027809	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
67028279--67028349	3	23.3	3	74	8	63	30	1	5	61	1.27
67028291--67028352	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
67028286--67028360	23	3.2	23	80	10	64	32	2	9	56	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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