genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19047464--19047741	134	2.1	132	89	3	423	28	18	23	29	1.98
19046264--19047835	783	2.0	783	99	0	3126	27	19	23	29	1.98
19047697--19048663	132	7.3	132	97	0	1686	28	16	25	30	1.96
19047687--19048634	44	21.6	45	71	7	516	27	16	25	30	1.97
19047697--19048663	395	2.4	395	95	0	1702	28	16	25	30	1.96
19050768--19050819	15	3.5	15	81	7	61	28	9	0	61	1.27
19055207--19055328	43	2.8	43	76	14	117	31	28	18	22	1.97
19056231--19056280	3	18.0	3	80	15	63	34	0	0	66	0.92
19064739--19065281	50	10.9	50	74	2	390	22	20	23	32	1.98
19064722--19065292	100	5.7	99	86	2	683	22	20	24	32	1.98
19066300--19066364	6	10.8	6	81	6	51	12	7	9	70	1.33
19066314--19066375	30	2.1	30	84	0	79	11	4	8	75	1.16
19066402--19066458	20	2.8	20	84	5	71	10	7	1	80	0.96
19066402--19066459	28	2.1	28	87	6	82	10	6	1	81	0.95
19070659--19070859	102	2.0	102	93	0	348	30	28	20	19	1.97
19070763--19070899	42	3.5	41	77	17	173	33	27	18	20	1.96
19070761--19070934	75	2.3	75	97	0	330	32	28	20	18	1.96
19070624--19070964	177	1.9	177	93	0	583	30	28	20	20	1.98
19079179--19079212	6	5.5	6	96	3	59	0	14	0	85	0.60
19079282--19079325	18	2.4	19	81	11	56	22	9	2	65	1.32
19079955--19080081	61	2.1	61	83	0	155	39	4	20	35	1.74
19083814--19083862	25	2.0	25	83	0	62	38	6	0	55	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19090818--19091359	272	2.0	273	96	0	1005	40	13	13	32	1.84
19095821--19095861	18	2.3	18	88	12	59	36	0	19	43	1.51
19095978--19096006	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
19096094--19096168	23	3.3	23	88	0	105	18	20	26	34	1.95
19104387--19104420	15	2.3	14	90	10	50	58	0	0	41	0.98
19112275--19112309	18	1.9	18	88	0	52	42	45	2	8	1.49
19112440--19112479	9	4.4	9	87	0	62	27	7	22	42	1.80
19120839--19120869	14	2.1	14	94	5	53	58	0	0	41	0.98
19120839--19120869	5	6.4	5	92	7	55	58	0	0	41	0.98
19124849--19124896	18	2.8	17	81	12	53	43	4	2	50	1.33
19124831--19124901	17	4.1	16	72	15	52	46	2	2	47	1.31
19126406--19126430	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
19126844--19126939	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
19127247--19127306	29	2.1	27	82	11	68	25	6	1	66	1.25
19132891--19132986	31	3.1	31	92	3	165	32	9	12	45	1.74
19134041--19134084	23	2.0	22	86	4	61	61	2	2	34	1.21
19134482--19134511	15	1.9	16	93	6	53	6	6	13	73	1.24
19135391--19135452	22	2.7	22	76	18	65	66	0	32	1	1.02
19135395--19135441	21	2.3	21	85	10	62	65	0	31	2	1.04
19136236--19136282	16	3.2	16	66	27	50	36	4	14	44	1.65
19136229--19136282	27	2.0	27	100	0	108	33	3	18	44	1.67
19136233--19136293	27	2.3	27	88	5	88	36	3	19	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19138276--19138314	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
19140711--19140763	21	2.6	20	82	11	63	56	0	3	39	1.17
19140828--19140899	19	3.7	19	77	17	60	61	1	1	36	1.14
19140835--19140899	9	6.7	10	76	13	57	60	0	1	38	1.07
19141750--19141779	12	2.6	12	94	5	53	13	6	0	80	0.91
19142193--19142253	27	2.3	27	91	0	95	27	36	8	27	1.85
19148735--19148768	15	2.3	14	90	10	50	41	0	0	58	0.98
19150153--19150198	6	7.7	6	95	0	83	47	2	50	0	1.13
19152168--19152193	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
19152284--19152321	14	2.9	13	92	7	60	7	13	5	73	1.22
19152410--19152454	23	2.0	23	82	8	56	40	0	6	53	1.27
19153263--19153364	50	2.0	49	100	0	186	19	9	15	54	1.68
19153507--19153544	20	1.9	20	94	0	67	50	5	10	34	1.59
19156960--19157012	28	1.9	28	92	3	90	58	20	7	13	1.59
19166902--19166927	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
19175621--19175650	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
19175660--19175703	22	2.0	22	95	0	79	36	11	18	34	1.86
19175761--19175803	19	2.2	19	91	4	68	51	9	9	30	1.65
19178882--19178958	32	2.4	32	82	8	95	37	11	9	41	1.73
19179767--19179812	20	2.2	20	85	11	58	63	2	0	34	1.07
19191145--19191174	13	2.4	13	94	5	53	26	16	10	46	1.78
19198000--19198048	26	1.9	25	83	4	62	30	2	0	67	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19197981--19198034	17	3.2	17	73	19	58	24	3	1	70	1.13
19200640--19200768	64	2.0	66	84	3	172	40	4	9	45	1.57
19201060--19201090	12	2.7	12	95	5	55	58	0	12	29	1.35
19207692--19207750	19	3.2	18	81	13	59	42	0	5	52	1.23
19209214--19209266	3	17.3	3	84	11	63	32	5	0	62	1.19
19222078--19222283	41	4.9	41	73	8	153	28	18	22	30	1.98
19221945--19222274	129	2.5	128	86	3	421	29	19	22	29	1.98
19222122--19222600	175	2.7	176	84	6	574	31	18	21	29	1.97
19221945--19222598	44	14.8	43	70	12	215	31	18	21	29	1.97
19222335--19222511	98	1.8	98	87	4	268	32	19	19	28	1.96
19222604--19223147	44	12.7	44	79	10	504	31	21	23	22	1.99
19222604--19223147	84	6.4	82	78	9	438	31	21	23	22	1.99
19222613--19223114	131	3.9	130	81	6	490	31	21	24	22	1.99
19224505--19224543	12	3.5	11	86	13	53	30	5	0	64	1.15
19224506--19224543	15	2.5	15	87	12	51	31	5	0	63	1.17
19226760--19226813	18	3.2	16	82	12	63	66	0	0	33	0.92
19226932--19226965	13	2.7	13	90	4	52	32	2	64	0	1.08
19229242--19229302	15	3.9	15	74	19	61	59	6	21	13	1.57
19229239--19229310	33	2.2	33	89	0	117	55	8	18	18	1.66
19229419--19229484	21	3.1	21	88	0	96	57	7	27	7	1.53
19230213--19230259	24	2.0	24	86	0	67	42	10	29	17	1.82
19231943--19232018	40	1.9	39	84	12	102	63	1	1	34	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19233020--19233060	20	2.0	21	85	4	57	58	2	9	29	1.43
19233249--19233297	24	2.0	24	100	0	98	46	0	8	44	1.33
19233252--19233303	24	2.1	24	89	3	77	46	3	9	40	1.55
19233492--19233523	16	2.0	16	93	0	55	40	6	34	18	1.76
19233817--19233855	15	2.5	16	87	8	62	61	0	2	35	1.10
19236205--19236365	51	3.2	50	89	2	243	27	23	15	33	1.95
19238794--19239070	46	6.0	46	86	0	374	34	9	26	29	1.88
19238794--19239070	92	3.0	92	92	0	428	34	9	26	29	1.88
19239250--19239428	51	3.5	51	92	0	288	29	22	15	32	1.94
19243602--19243666	28	2.3	28	89	0	103	9	33	10	46	1.71
19255216--19255474	33	7.7	32	69	25	151	20	20	27	32	1.97
19255293--19255372	27	2.6	31	85	12	105	17	21	28	32	1.96
19255216--19255518	102	3.0	101	90	1	453	21	19	27	32	1.97
19255465--19255606	69	2.1	69	97	0	266	22	19	25	32	1.98
19262853--19263082	33	6.6	33	72	21	166	21	19	26	32	1.97
19262926--19263007	27	2.7	30	85	12	107	17	20	30	31	1.95
19262851--19263082	102	2.2	106	91	4	373	21	19	27	32	1.97
19262951--19263163	75	2.8	76	87	4	306	23	18	25	31	1.97
19262988--19263125	33	3.5	39	73	18	126	23	16	25	34	1.96
19271120--19271163	22	2.0	22	86	0	61	65	0	0	34	0.93
19271168--19271201	9	3.7	9	88	4	50	8	26	0	64	1.22
19273673--19273728	29	1.9	29	88	0	85	25	10	28	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19276121--19276482	138	2.6	137	81	7	396	26	11	12	50	1.72
19277470--19277606	62	2.2	61	78	6	159	37	7	8	46	1.63
19288038--19288091	14	3.8	14	80	4	54	37	9	12	40	1.76
19289179--19289228	24	2.0	25	88	11	77	42	0	0	58	0.98
19298471--19298995	17	29.8	17	69	13	217	43	11	11	33	1.76
19298654--19298829	18	9.8	18	67	20	84	39	11	14	35	1.82
19298708--19298794	35	2.5	35	88	5	122	44	12	12	29	1.79
19298728--19298974	36	6.8	36	74	11	152	42	10	12	34	1.78
19298761--19298941	38	4.7	39	74	11	128	40	9	12	37	1.76
19299329--19299392	9	6.8	9	77	11	58	0	20	0	79	0.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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