genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14691034--14691068	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14691230--14691324	45	2.1	44	88	5	138	32	27	4	35	1.76
14691305--14691372	16	4.2	16	92	0	109	36	35	0	27	1.58
14699124--14699157	18	2.0	17	88	11	52	61	0	0	38	0.96
14707261--14707324	30	2.1	30	85	5	85	21	7	23	46	1.77
14707672--14707704	15	2.1	17	88	11	52	63	0	6	30	1.18
14708945--14709008	30	2.1	31	91	2	103	26	26	6	40	1.79
14708955--14709002	15	3.2	15	71	11	53	27	22	8	41	1.82
14713579--14713669	30	3.0	30	91	3	148	26	23	6	43	1.78
14713588--14713665	15	5.2	15	67	11	61	26	21	7	43	1.80
14714908--14714949	22	1.9	22	85	0	57	45	2	4	47	1.36
14716516--14716547	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
14716987--14717080	19	4.5	22	81	9	67	42	15	4	37	1.67
14717000--14717097	19	4.9	19	84	5	106	40	15	5	38	1.69
14717016--14717106	38	2.5	37	85	7	123	39	14	6	39	1.72
14719061--14719571	112	4.6	112	85	7	697	26	17	15	40	1.89
14719061--14719467	216	1.9	216	94	2	719	24	17	15	43	1.87
14719290--14719591	115	2.6	114	83	6	353	26	17	15	40	1.89
14719402--14719614	115	1.8	112	81	7	255	27	18	15	38	1.91
14720343--14720383	20	2.0	21	85	4	57	24	4	2	68	1.22
14724289--14724332	22	2.0	22	86	4	63	43	2	2	52	1.26
14724299--14724370	23	3.2	23	71	23	62	40	2	2	54	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14736792--14736829	12	3.0	13	78	21	53	65	0	2	31	1.06
14740546--14741098	271	2.0	271	93	0	953	45	15	14	25	1.83
14744644--14744668	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
14748344--14748393	18	2.8	18	87	0	73	40	22	10	28	1.86
14748344--14748395	27	1.9	27	92	7	88	40	23	9	26	1.85
14748344--14748401	9	6.4	9	78	7	64	41	22	8	27	1.83
14748343--14748401	27	2.2	27	84	6	84	42	22	8	27	1.82
14752087--14752138	26	2.0	26	100	0	104	11	19	15	53	1.71
14755260--14755321	26	2.3	27	88	2	90	35	0	1	62	1.05
14758886--14758922	18	2.0	19	89	5	58	48	5	0	45	1.25
14786309--14786359	19	2.6	19	84	9	59	13	0	37	49	1.43
14787592--14787653	24	2.9	21	75	15	56	33	16	8	41	1.77
14789699--14789746	23	2.1	23	100	0	96	35	16	14	33	1.89
14791879--14791905	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
14792498--14792945	109	4.1	109	94	1	785	32	17	16	33	1.93
14803192--14803255	32	2.0	32	100	0	128	50	15	12	21	1.77
14805409--14805447	21	1.9	20	89	5	60	20	2	5	71	1.17
14805399--14805456	21	2.8	20	71	5	53	29	1	3	65	1.19
14810422--14810506	34	2.5	33	87	9	118	14	11	28	45	1.79
14811278--14811311	17	2.1	17	89	10	54	32	0	32	35	1.58
14814625--14814656	14	2.2	15	94	5	57	78	3	6	12	1.06
14814788--14814865	29	2.6	29	77	4	75	51	15	11	21	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14818526--14818564	16	2.4	16	83	8	53	38	5	2	53	1.37
14818773--14818830	30	1.9	30	82	6	73	53	5	3	37	1.40
14819808--14819897	43	2.1	43	93	0	153	24	30	28	16	1.97
14822150--14822263	41	2.8	41	90	0	183	30	23	20	25	1.98
14827169--14827320	71	2.1	70	86	4	207	42	15	9	32	1.79
14827303--14827382	35	2.3	35	80	0	88	41	16	7	35	1.76
14827767--14827954	41	4.6	41	83	6	229	34	23	17	24	1.96
14827774--14827954	82	2.2	83	88	3	278	34	23	17	24	1.95
14834685--14834806	25	4.9	25	83	2	138	31	18	29	19	1.96
14834669--14834807	75	1.9	74	85	7	192	30	18	28	21	1.97
14840954--14841010	24	2.4	24	84	0	69	49	8	3	38	1.51
14841029--14841097	35	2.0	35	94	5	122	26	17	13	43	1.85
14846561--14846659	40	2.5	41	80	6	105	24	28	26	21	1.99
14846803--14846850	17	2.8	17	87	3	60	54	0	0	45	0.99
14846797--14846850	18	3.1	18	83	5	65	53	0	0	46	1.00
14848143--14848192	15	3.2	15	76	18	57	46	10	8	36	1.67
14848142--14848192	16	3.2	16	78	10	50	45	9	7	37	1.67
14848144--14848228	32	2.6	33	80	9	95	49	9	9	31	1.67
14848538--14848583	16	2.8	16	80	3	56	67	0	6	26	1.15
14848740--14848792	21	2.6	21	80	11	65	0	24	0	75	0.80
14848949--14848990	16	2.7	16	85	10	52	0	4	11	83	0.79
14849065--14849113	7	7.3	7	90	9	84	0	14	0	85	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14849065--14849119	20	2.8	20	97	0	101	0	16	0	83	0.64
14849069--14849138	3	26.0	3	83	11	66	0	22	0	77	0.78
14849075--14849134	7	7.6	8	89	10	65	0	21	0	78	0.75
14849511--14849605	29	3.3	29	85	2	120	42	4	20	33	1.71
14849605--14849635	8	3.9	8	95	0	53	16	0	6	77	0.97
14849782--14850689	162	5.7	162	91	4	1436	34	19	17	28	1.94
14849788--14850689	80	11.3	80	91	5	1391	35	19	17	27	1.94
14849807--14850689	239	3.7	239	91	4	1397	34	20	17	27	1.95
14855559--14855601	8	5.4	8	91	0	50	53	2	16	27	1.55
14855564--14855603	4	10.0	4	88	0	62	52	0	20	27	1.46
14858137--14858182	16	2.8	16	86	3	65	69	0	4	26	1.07
14858130--14858185	11	5.2	11	78	8	53	67	0	3	28	1.07
14858336--14858386	10	5.1	10	79	9	59	0	23	0	76	0.79
14858336--14858387	21	2.6	19	82	8	68	0	25	0	75	0.81
14858326--14858386	9	7.0	9	73	23	51	0	21	0	78	0.75
14858546--14858582	6	6.7	6	88	11	53	0	0	10	89	0.49
14858532--14858579	12	4.2	11	78	7	51	0	6	10	83	0.81
14858546--14858582	17	2.3	16	86	13	58	0	0	10	89	0.49
14858653--14858684	15	2.1	15	94	0	55	0	15	0	84	0.63
14858749--14858794	22	2.1	22	84	8	58	0	36	0	63	0.95
14859054--14859158	29	3.6	29	78	5	95	39	3	20	36	1.71
14859153--14859183	16	1.9	16	93	0	53	16	0	3	80	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14859516--14859545	15	2.0	15	93	0	51	6	23	20	50	1.71
14859623--14859649	7	3.9	7	100	0	54	0	55	0	44	0.99
14860582--14860618	19	1.9	19	94	0	65	32	18	18	29	1.96
14862504--14862812	119	2.6	118	86	4	422	45	1	5	48	1.33
14862756--14862790	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14862756--14862810	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
14863026--14863077	16	3.2	16	94	0	95	38	34	0	26	1.57
14863680--14864019	176	1.9	178	89	6	526	40	12	16	30	1.86
14863855--14864213	105	3.4	106	91	5	563	38	14	15	30	1.88
14867239--14867393	58	2.7	58	100	0	310	29	23	16	30	1.96
14867374--14867403	14	2.1	14	100	0	60	20	16	20	43	1.88
14868602--14868910	119	2.6	118	86	4	422	45	1	5	48	1.33
14868854--14868888	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14868854--14868908	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
14870524--14870737	95	2.2	97	87	2	299	38	16	2	42	1.63
14878949--14878993	23	1.9	24	90	4	74	24	15	17	42	1.88
14882689--14882737	23	2.0	24	84	7	64	42	0	2	55	1.11
14896640--14896676	1	37.0	1	94	0	65	0	0	2	97	0.18
14896642--14896679	18	2.1	18	100	0	76	0	0	5	94	0.30
14900641--14900683	8	5.4	8	91	0	50	53	2	16	27	1.55
14900646--14900685	4	10.0	4	88	0	62	52	0	20	27	1.46
14903217--14903262	16	2.8	16	86	3	65	69	0	4	26	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14903210--14903265	11	5.2	11	78	8	53	67	0	3	28	1.07
14903404--14903463	7	8.1	7	75	14	50	0	21	0	78	0.75
14903404--14903462	14	4.1	15	76	10	61	0	22	0	77	0.76
14903413--14903467	9	5.9	9	75	8	56	0	21	0	78	0.76
14903417--14903468	21	2.6	21	80	14	65	0	25	0	75	0.81
14903410--14903464	29	1.9	28	85	10	76	0	21	0	78	0.76
14903627--14903663	6	6.7	6	88	11	53	0	0	10	89	0.49
14903613--14903660	12	4.2	11	78	7	51	0	6	10	83	0.81
14903627--14903663	17	2.3	16	86	13	58	0	0	10	89	0.49
14903733--14903764	15	2.1	15	94	0	55	0	15	0	84	0.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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