genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25220124--25220170	23	2.0	23	95	0	85	27	14	29	27	1.96
25222270--25222308	20	2.0	20	85	10	53	51	0	0	48	1.00
25231099--25231230	43	3.1	43	80	2	122	31	23	18	27	1.97
25231601--25231651	21	2.4	21	86	0	66	1	43	17	37	1.61
25232180--25232542	113	3.2	114	90	1	552	27	26	21	24	1.99
25232601--25232626	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
25245371--25245431	27	2.3	27	94	5	106	24	34	19	21	1.96
25245628--25245704	9	8.4	9	82	2	100	40	27	9	23	1.84
25246082--25246150	27	2.6	27	88	0	93	20	21	28	28	1.98
25249105--25249193	46	2.0	45	91	4	144	28	25	13	32	1.94
25250160--25250193	9	3.9	9	84	7	52	2	17	0	79	0.86
25250160--25250193	17	2.0	17	94	0	59	2	17	0	79	0.86
25250202--25250274	5	14.6	5	76	20	64	54	4	1	39	1.28
25250203--25250245	19	2.3	19	92	8	70	55	0	2	41	1.12
25250209--25250273	24	2.7	24	80	9	69	56	4	1	36	1.29
25251510--25252398	443	2.0	443	97	0	1697	26	19	24	29	1.99
25252834--25252930	33	2.9	33	79	10	99	26	17	36	19	1.94
25259140--25259178	21	1.9	20	85	15	53	38	15	17	28	1.91
25259967--25260012	23	2.0	23	82	0	56	41	13	21	23	1.88
25262313--25262427	39	2.8	42	83	5	112	30	24	22	22	1.99
25262328--25262462	39	3.4	40	85	5	166	30	22	22	24	1.99
25262328--25262476	40	3.7	38	80	11	147	31	22	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25262443--25262894	154	2.9	154	87	3	601	32	18	22	26	1.97
25262718--25262813	40	2.4	40	84	6	122	31	19	22	26	1.98
25262748--25262824	40	1.9	40	89	5	120	31	20	23	24	1.98
25263003--25263046	14	3.1	14	83	6	54	15	0	31	52	1.44
25263219--25263424	7	29.4	7	75	3	119	20	1	32	46	1.60
25264075--25264117	22	1.9	23	90	4	70	41	4	23	30	1.74
25266349--25266388	6	6.7	6	97	0	53	25	0	7	67	1.16
25266349--25266388	12	3.3	12	92	0	62	25	0	7	67	1.16
25270209--25270280	38	1.9	36	83	13	92	31	1	1	65	1.10
25270209--25270273	19	3.3	18	79	12	67	27	1	1	69	1.07
25270216--25270273	9	6.1	9	75	11	53	27	0	1	70	0.97
25271543--25271586	21	2.2	20	84	12	54	20	2	4	72	1.13
25274211--25274263	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
25275426--25275529	54	1.9	54	86	0	145	29	7	9	52	1.62
25277552--25277640	18	5.0	17	69	20	58	40	1	1	57	1.13
25292495--25292609	41	2.8	41	82	5	117	29	22	16	31	1.96
25297286--25297311	13	2.0	13	100	0	52	53	15	7	23	1.67
25297481--25297533	25	2.1	25	100	0	106	45	11	11	32	1.76
25303503--25303540	20	1.9	20	88	0	58	44	2	2	50	1.30
25303503--25303547	20	2.3	20	84	3	56	51	2	2	44	1.26
25303535--25303612	10	7.3	10	69	18	50	62	1	0	35	1.03
25304685--25304725	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25310213--25310237	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
25311219--25311252	17	1.9	18	88	5	52	55	0	11	32	1.36
25312759--25312811	25	2.1	25	85	0	70	20	30	24	24	1.99
25315002--25315077	23	3.3	23	86	0	116	21	22	27	28	1.99
25317648--25317705	25	2.3	24	80	11	64	27	20	27	24	1.99
25317817--25317900	25	3.3	25	77	6	80	32	21	27	19	1.97
25318204--25318242	22	1.9	20	85	15	53	53	12	0	33	1.39
25322325--25322391	25	2.7	25	79	9	75	22	20	26	29	1.99
25322853--25322889	14	2.6	15	83	12	51	43	13	2	40	1.58
25323705--25324009	69	4.4	69	75	10	203	22	21	19	36	1.95
25323877--25324033	70	2.3	69	80	6	174	22	21	17	38	1.93
25337940--25338007	31	2.2	31	84	5	84	32	13	8	45	1.74
25338322--25338382	29	2.1	30	81	3	70	52	3	0	44	1.17
25345406--25345706	88	3.4	87	88	3	433	37	22	9	30	1.87
25345739--25345786	19	2.6	18	80	9	51	60	0	2	37	1.09
25345775--25345817	18	2.3	18	88	11	61	53	0	2	44	1.13
25345749--25345809	26	2.3	26	83	5	79	55	0	1	42	1.09
25346044--25346113	29	2.4	29	88	4	97	32	7	2	57	1.41
25346070--25346151	19	4.3	18	75	10	74	29	4	1	64	1.22
25346061--25346124	29	2.2	29	88	0	92	34	3	1	60	1.22
25346107--25346157	19	2.7	19	79	11	59	27	3	0	68	1.07
25346069--25346179	36	3.0	38	73	17	90	34	3	0	61	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25347378--25347407	15	2.0	15	100	0	60	40	13	6	40	1.71
25347514--25347603	40	2.3	40	82	5	103	23	26	15	34	1.95
25348749--25348778	12	2.5	12	94	0	51	66	13	0	20	1.24
25350343--25351061	44	16.1	44	71	8	351	28	18	21	31	1.97
25350343--25351061	179	4.0	179	91	0	1134	28	18	21	31	1.97
25350405--25351056	46	14.5	46	70	10	312	28	18	21	31	1.97
25354745--25354791	9	5.2	9	81	0	58	42	21	6	29	1.77
25354873--25354901	6	4.8	6	100	0	58	17	0	17	65	1.27
25354873--25354914	18	2.2	20	87	8	61	21	0	11	66	1.23
25362128--25362181	24	2.2	24	90	0	81	16	25	7	50	1.71
25367008--25367050	21	2.0	23	81	9	54	32	11	11	44	1.77
25369159--25369194	16	2.2	16	100	0	72	27	0	5	66	1.13
25369159--25369199	8	5.0	8	87	3	55	34	0	4	60	1.18
25370798--25370845	12	3.8	12	76	17	53	25	0	4	70	1.04
25370780--25370843	26	2.5	24	80	9	65	28	0	3	68	1.04
25384713--25384744	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
25384839--25385080	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
25384839--25385088	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
25387684--25387932	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
25387683--25387932	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
25388027--25388058	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
25393767--25393820	19	2.6	21	77	17	58	31	0	12	55	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25410207--25410274	19	3.5	19	74	9	66	29	1	4	64	1.21
25410247--25410287	21	2.0	21	90	4	66	24	0	4	70	1.06
25410811--25410881	27	2.8	25	73	21	67	43	1	5	49	1.35
25418897--25418935	14	2.9	14	96	3	71	56	0	0	43	0.99
25418904--25418945	14	2.7	16	89	10	61	52	0	2	45	1.13
25419207--25419263	28	2.0	28	81	18	66	49	7	5	38	1.53
25423477--25423505	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
25428872--25428928	30	1.9	30	82	13	73	54	3	1	40	1.28
25431626--25431679	20	2.6	21	77	17	58	33	0	11	55	1.35
25433799--25433834	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
25434073--25434107	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25433964--25434276	157	2.0	159	92	1	531	44	3	4	47	1.39
25434245--25434432	61	3.1	61	68	17	183	48	6	1	43	1.38
25434208--25434505	120	2.5	120	92	4	485	49	4	2	42	1.37
25434329--25434380	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
25434502--25434729	92	2.5	92	82	8	225	46	3	4	45	1.40
25476243--25476324	21	3.7	21	68	29	53	63	0	13	23	1.29
25476241--25476320	27	3.2	26	72	20	89	62	0	12	25	1.30
25476232--25476469	48	5.1	47	83	9	274	63	0	13	23	1.35
25476248--25476331	26	3.4	27	71	25	94	63	0	15	21	1.31
25476264--25476519	22	11.1	23	72	20	144	62	0	13	23	1.35
25476267--25476348	26	3.3	25	68	31	68	59	1	14	24	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25476260--25476492	93	2.5	93	82	8	287	61	0	13	24	1.35
25476267--25476392	21	5.5	21	68	19	74	63	0	11	24	1.32
25476456--25476513	5	10.6	5	80	14	62	60	1	18	18	1.45
25476459--25476508	17	2.9	17	84	3	64	58	2	20	20	1.50
25476451--25476510	23	2.7	23	89	7	88	56	1	18	23	1.50
25476782--25476830	22	2.1	25	85	11	68	61	0	12	26	1.31
25476920--25477036	5	21.4	5	72	19	67	52	0	17	29	1.46
25476891--25476931	19	2.1	20	86	4	57	73	0	7	19	1.07
25476936--25477028	18	5.3	18	76	13	79	51	0	17	31	1.45
25476919--25477048	52	2.5	53	84	10	169	51	0	17	30	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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