genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17085638--17086052	205	2.0	205	100	0	830	23	28	12	34	1.92
17090456--17090523	22	3.3	21	84	8	86	39	19	11	29	1.87
17095329--17095428	40	2.5	40	77	6	103	23	30	16	31	1.96
17105659--17105701	17	2.4	18	88	7	61	62	0	0	37	0.95
17108534--17108571	19	2.1	18	90	5	58	57	7	0	34	1.28
17109023--17109057	18	1.9	18	100	0	70	0	11	8	80	0.92
17114566--17114870	146	2.1	142	80	6	326	43	10	8	37	1.70
17114858--17114891	14	2.3	15	90	5	52	47	0	2	50	1.16
17114566--17114890	147	2.2	142	78	7	341	44	9	8	38	1.67
17115118--17115161	19	2.3	19	84	7	54	43	0	0	56	0.99
17116347--17116377	5	6.2	5	92	0	53	77	0	3	19	0.90
17117777--17117846	31	2.3	31	80	5	79	40	11	12	35	1.80
17141067--17141116	25	2.0	25	84	0	64	36	20	18	26	1.95
17141442--17141491	25	2.0	25	84	0	64	36	20	18	26	1.95
17140941--17141579	125	5.1	125	95	0	1136	34	20	19	25	1.96
17144068--17144486	109	3.8	109	82	4	468	30	17	18	34	1.94
17145289--17145426	56	2.5	56	82	5	190	28	19	26	25	1.99
17145974--17146020	21	2.2	21	96	0	85	38	4	4	53	1.40
17145886--17146132	110	2.2	110	94	0	431	31	5	11	51	1.60
17146085--17146126	21	2.0	21	100	0	84	33	4	4	57	1.41
17146088--17146137	21	2.5	20	90	6	75	30	6	4	60	1.39
17146185--17146218	18	1.9	17	88	5	50	26	0	11	61	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17146906--17146970	30	2.3	27	84	7	76	52	0	3	44	1.16
17148443--17148534	21	4.4	21	78	8	98	17	21	25	35	1.95
17148443--17148534	44	2.2	41	82	7	105	17	21	25	35	1.95
17149870--17149924	8	6.8	8	76	12	58	36	0	1	61	1.06
17150125--17150165	13	3.2	13	86	3	57	70	0	29	0	0.87
17151426--17151460	12	2.9	12	91	0	52	17	25	17	40	1.90
17151391--17151510	57	2.1	58	88	1	179	19	23	20	37	1.94
17156871--17156940	19	3.6	21	79	9	69	38	2	2	55	1.29
17156871--17156949	20	4.1	20	78	4	63	40	2	2	54	1.27
17157105--17157461	41	8.7	41	87	3	493	16	20	30	32	1.95
17157806--17157865	22	2.7	24	75	12	56	26	1	28	43	1.65
17157837--17157921	35	2.4	36	84	2	109	23	2	28	45	1.65
17158321--17158361	21	1.9	22	85	5	57	21	0	39	39	1.54
17162439--17162481	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
17162650--17162682	9	3.8	9	88	8	50	30	3	0	66	1.06
17162698--17162876	86	2.1	86	94	2	315	40	7	0	51	1.31
17162656--17162897	133	1.8	133	88	0	376	39	7	0	52	1.36
17162828--17162926	16	6.2	16	63	19	55	38	3	5	53	1.38
17162834--17162862	13	2.1	14	93	6	51	31	3	0	65	1.09
17162656--17162897	47	5.3	46	80	10	293	39	7	0	52	1.36
17166531--17166579	24	2.0	24	96	0	89	24	12	26	36	1.91
17170363--17170397	17	2.1	17	89	5	54	48	5	14	31	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17171049--17171251	41	5.0	41	82	8	227	20	17	27	34	1.95
17171049--17171251	82	2.5	82	82	6	250	20	17	27	34	1.95
17181126--17181161	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
17185091--17185117	14	1.9	14	100	0	54	51	7	18	22	1.70
17189935--17189961	14	1.9	14	100	0	54	51	7	18	22	1.70
17191873--17191907	3	11.7	3	93	0	61	31	0	65	2	1.07
17194850--17194882	17	1.9	17	93	0	57	24	3	6	66	1.28
17196302--17196407	53	2.0	53	100	0	212	32	22	11	33	1.90
17196882--17196976	43	2.2	43	88	0	136	14	24	34	26	1.94
17198375--17198494	43	2.8	42	83	1	132	26	14	29	30	1.95
17202054--17202096	21	2.0	22	86	13	63	44	0	13	41	1.44
17202054--17202097	20	2.1	21	84	12	56	45	0	13	40	1.44
17202166--17202342	64	2.8	64	84	6	220	33	9	18	39	1.82
17202462--17202564	41	2.5	41	90	0	161	23	17	22	36	1.94
17202462--17202580	41	2.9	41	87	2	150	21	17	24	36	1.95
17205341--17205397	25	2.3	25	93	0	96	35	22	26	15	1.94
17207927--17207960	15	2.3	15	94	0	59	35	0	8	55	1.31
17210714--17210875	44	3.5	44	82	11	216	30	15	24	29	1.95
17210719--17210879	51	3.3	51	83	11	246	32	14	23	29	1.95
17221124--17221166	3	14.3	3	90	0	68	60	0	4	34	1.17
17226826--17226893	34	2.0	34	100	0	136	44	8	14	32	1.76
17236881--17236973	30	3.0	32	76	10	86	40	4	8	46	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17238063--17238171	54	2.0	54	100	0	218	40	19	22	18	1.92
17240735--17240777	12	3.6	12	77	22	54	27	4	0	67	1.10
17240712--17240794	33	2.5	33	80	20	102	32	3	0	63	1.11
17240720--17240793	24	3.0	24	77	20	80	31	2	0	66	1.06
17247191--17247423	48	4.9	48	93	0	331	20	16	42	21	1.89
17257761--17257944	40	4.6	41	84	11	199	24	27	22	26	2.00
17257761--17257944	79	2.3	82	82	13	217	24	27	22	26	2.00
17260399--17260446	24	2.0	24	91	0	78	33	4	10	52	1.55
17262365--17262412	24	2.0	24	91	0	78	33	4	10	52	1.55
17265237--17265280	22	2.0	21	91	4	70	40	4	13	40	1.65
17265264--17265334	22	3.2	22	63	21	58	38	7	12	42	1.70
17265259--17265352	44	2.1	44	100	0	188	42	6	13	37	1.70
17266577--17266617	12	3.4	12	93	0	64	4	34	4	56	1.42
17270786--17270819	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
17270780--17270817	18	2.1	19	85	5	51	28	0	0	71	0.87
17270803--17270870	11	6.4	11	75	17	63	36	2	0	60	1.12
17270784--17270878	41	2.3	40	89	5	154	33	2	0	64	1.06
17270814--17270884	31	2.3	31	83	7	83	38	2	0	59	1.12
17270853--17270891	20	2.0	20	89	0	60	38	2	0	58	1.12
17270852--17270909	20	2.8	20	80	17	57	41	1	3	53	1.28
17271428--17271473	13	3.1	15	72	15	51	63	0	0	36	0.95
17278502--17278547	18	2.6	17	78	21	51	45	0	4	50	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17280094--17280177	42	2.0	42	83	0	105	23	7	25	44	1.79
17281908--17281996	25	3.6	25	75	3	72	28	22	28	21	1.99
17282032--17282095	25	2.6	25	82	7	76	28	18	29	23	1.98
17284439--17284471	15	2.1	16	88	5	50	66	3	0	30	1.06
17300844--17300899	15	3.6	15	73	17	60	41	0	1	57	1.09
17301207--17301337	41	3.2	42	84	3	176	41	15	25	17	1.89
17301192--17301331	41	3.4	41	85	2	172	41	15	25	17	1.88
17301979--17302013	18	1.9	18	88	0	52	54	2	2	40	1.30
17305264--17305402	26	5.4	26	68	22	89	43	0	3	51	1.24
17305249--17305496	102	2.5	100	88	4	363	42	0	3	53	1.22
17305424--17305463	17	2.3	17	91	4	62	37	0	2	60	1.11
17305424--17305476	18	2.9	19	88	5	74	41	0	1	56	1.10
17305711--17305762	16	3.2	16	78	10	52	28	23	5	42	1.77
17308873--17308906	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
17309118--17309166	21	2.4	20	83	6	62	26	2	28	42	1.66
17309187--17309246	28	2.1	28	87	6	86	18	8	33	40	1.80
17309234--17309279	21	2.2	21	84	7	58	15	4	36	43	1.66
17310826--17310937	31	3.4	32	78	9	109	59	0	2	37	1.11
17310801--17310944	76	1.9	76	82	7	184	61	0	2	36	1.08
17312124--17312167	17	2.6	16	82	7	52	31	2	11	54	1.48
17313061--17313113	26	2.0	26	88	0	79	28	0	11	60	1.31
17318449--17318512	13	4.9	13	75	7	67	31	7	25	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17321171--17321270	45	2.2	45	91	5	159	26	24	16	34	1.95
17321171--17321277	46	2.4	45	89	4	164	26	24	14	34	1.94
17321269--17321403	37	3.6	37	97	0	252	25	19	14	41	1.88
17325532--17325591	25	2.5	24	81	5	75	18	31	16	33	1.93
17325806--17325854	25	2.0	25	87	0	71	18	26	22	32	1.97
17328222--17328274	24	2.2	24	83	6	63	45	9	18	26	1.80
17328568--17328600	16	2.1	16	94	0	57	75	6	15	3	1.11
17332434--17332558	8	15.1	8	65	21	53	57	3	3	36	1.31
17332436--17332498	19	3.5	17	71	14	54	61	4	1	31	1.26
17341666--17342592	141	6.9	128	78	10	790	31	22	19	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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