genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29812811--29812928	25	4.8	25	69	8	89	35	2	16	45	1.61
29812985--29813019	13	2.7	13	95	0	61	40	0	8	51	1.33
29813000--29813060	22	2.8	22	100	0	122	40	0	11	47	1.40
29813156--29813194	13	2.7	15	88	11	55	33	0	20	46	1.51
29813156--29813231	16	4.8	16	78	10	68	34	1	17	47	1.56
29815817--29815853	10	3.7	10	92	0	65	43	13	0	43	1.44
29816833--29816863	16	2.0	15	93	6	53	51	25	6	16	1.68
29817600--29817637	15	2.5	15	86	0	58	36	44	0	18	1.50
29820613--29820796	38	4.7	37	71	17	140	44	1	3	51	1.27
29820660--29820813	18	8.9	18	66	18	76	42	0	2	54	1.19
29820595--29821075	120	4.0	120	94	0	750	42	1	5	50	1.32
29820894--29820953	15	4.1	15	77	14	54	46	0	3	50	1.18
29821032--29821073	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
29821023--29821064	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
29821290--29821357	16	4.2	16	96	0	127	36	36	0	26	1.57
29821910--29822149	41	5.8	40	74	6	194	37	23	23	15	1.93
29821891--29822171	82	3.4	80	81	8	309	37	23	23	16	1.93
29833168--29833245	38	2.0	39	95	2	140	65	3	23	7	1.35
29835937--29835975	19	2.1	19	95	0	69	46	5	12	35	1.65
29838824--29838885	21	3.0	21	78	0	79	43	17	22	16	1.87
29838820--29838942	42	2.9	42	77	4	122	41	20	19	18	1.91
29840478--29840900	94	4.5	94	80	2	456	26	19	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29840835--29840942	44	2.5	44	84	6	130	27	18	20	33	1.96
29846007--29846077	34	2.1	34	100	0	142	43	18	0	38	1.50
29846170--29846311	29	4.9	29	82	1	131	23	26	13	37	1.91
29846170--29846311	59	2.4	58	83	3	169	23	26	13	37	1.91
29849151--29849177	14	1.9	14	100	0	54	44	3	22	29	1.70
29853961--29854040	10	8.6	9	75	15	56	35	3	1	60	1.23
29853961--29854040	19	4.3	18	70	19	65	35	3	1	60	1.23
29853962--29854086	19	6.8	17	69	17	56	32	3	1	62	1.21
29854177--29854393	89	2.5	88	81	8	248	35	8	19	37	1.82
29854512--29854542	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
29854700--29854738	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
29855480--29855509	15	2.0	15	93	0	51	23	6	46	23	1.75
29858869--29858899	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
29859057--29859095	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
29863848--29863937	45	2.0	44	86	2	126	33	4	27	34	1.77
29863848--29863954	45	2.5	43	82	8	123	34	3	28	32	1.75
29864080--29864123	16	2.8	16	82	10	54	50	2	0	47	1.13
29864117--29864424	61	5.1	61	69	13	260	49	6	1	42	1.39
29864085--29864489	120	3.4	120	96	0	747	49	5	1	43	1.35
29864201--29864252	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
29864441--29864532	15	5.8	16	71	18	59	51	3	0	45	1.17
29867736--29867761	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29869572--29869656	43	2.0	43	95	0	152	56	18	14	10	1.66
29885571--29885612	19	2.2	19	83	8	50	33	4	21	40	1.74
29887003--29887051	24	2.0	24	100	0	98	46	4	8	40	1.52
29887793--29887833	14	2.9	14	85	0	55	41	12	2	43	1.55
29888451--29888519	28	2.4	29	90	2	104	14	33	0	52	1.42
29889858--29890087	79	2.9	79	86	2	302	27	9	18	44	1.80
29890890--29890914	13	1.9	13	100	0	50	0	8	24	68	1.16
29893007--29893047	21	2.0	21	100	0	82	29	19	21	29	1.98
29895390--29895415	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
29898028--29898054	11	2.5	11	100	0	54	33	11	11	44	1.75
29905031--29905057	14	1.9	14	100	0	54	33	7	14	44	1.73
29911536--29911661	22	5.3	24	80	10	127	38	21	25	15	1.92
29912755--29912841	41	2.1	41	81	8	97	56	5	0	37	1.23
29918001--29918092	21	4.3	21	74	16	73	63	7	0	29	1.22
29918035--29918098	11	6.2	10	72	16	51	60	7	0	31	1.25
29922463--29922501	20	1.9	21	89	5	62	51	0	10	38	1.36
29931256--29931311	21	2.7	21	78	13	53	41	7	1	50	1.40
29931810--29931910	32	3.3	31	71	19	95	24	9	6	58	1.55
29932404--29932433	7	4.3	7	100	0	60	26	0	60	13	1.34
29936740--29936781	15	2.8	15	88	0	66	38	7	0	54	1.28
29938124--29938157	16	2.1	16	88	0	50	20	14	20	44	1.87
29946282--29947042	381	2.0	381	95	0	1380	34	13	25	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29949209--29949509	44	6.8	43	67	14	157	31	19	23	24	1.98
29949226--29949738	132	3.9	131	85	3	670	30	18	24	25	1.98
29949263--29949765	266	1.9	266	86	4	712	30	18	23	26	1.98
29951079--29951110	13	2.5	13	94	0	55	37	6	0	56	1.25
29962897--29962989	49	1.9	49	84	6	127	51	13	20	13	1.75
29970144--29970174	15	2.1	15	93	0	53	38	19	9	32	1.84
29987601--29987643	18	2.4	18	88	7	61	30	34	4	30	1.78
29990990--29991063	22	3.3	21	74	12	60	44	20	18	16	1.87
29991055--29991254	32	6.3	32	84	0	231	37	17	21	24	1.94
29991055--29991254	64	3.1	64	86	0	258	37	17	21	24	1.94
29991055--29991254	96	2.1	95	86	0	274	37	17	21	24	1.94
29991263--29991313	26	2.0	26	84	0	66	37	23	23	15	1.93
29991295--29991360	27	2.5	26	80	9	71	34	22	22	19	1.96
29991439--29991527	24	3.7	24	84	3	117	44	21	6	26	1.77
29991519--29991693	81	2.2	80	88	1	251	27	21	18	32	1.97
29991545--29991931	27	14.4	27	80	3	359	24	21	19	34	1.97
29991593--29991971	27	14.1	27	73	7	164	24	21	18	35	1.96
29991751--29991983	80	2.9	81	78	6	190	24	18	18	37	1.93
29991945--29992034	43	2.1	43	81	8	103	23	13	14	48	1.79
29991984--29992054	27	2.6	27	82	4	81	25	12	12	49	1.76
30002272--30002314	21	2.0	21	100	0	86	23	13	0	62	1.31
30003290--30003335	23	2.0	23	100	0	92	17	4	8	69	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30004974--30004998	13	1.9	13	100	0	50	40	0	20	40	1.52
30007837--30007933	50	1.9	50	89	0	149	16	27	15	40	1.89
30013170--30013206	17	2.1	18	90	5	58	43	5	5	45	1.49
30025724--30026653	49	19.4	49	68	10	530	31	25	21	21	1.98
30025711--30026652	96	9.9	96	89	3	1336	32	25	21	21	1.98
30027289--30027315	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
30028100--30028136	3	12.3	3	94	0	65	32	0	2	64	1.07
30028229--30028265	17	2.1	18	90	5	58	43	5	5	45	1.49
30031781--30032216	113	3.9	113	90	0	667	26	19	27	26	1.99
30032127--30032269	72	2.0	72	91	0	232	30	19	25	25	1.98
30032446--30032476	14	2.2	14	94	0	53	29	0	29	41	1.56
30032492--30032520	15	1.9	15	100	0	58	13	0	48	37	1.43
30032343--30032942	276	2.1	287	81	10	696	29	1	26	41	1.66
30032783--30032852	15	4.7	15	78	3	61	21	0	42	35	1.53
30033675--30033699	5	5.0	5	100	0	50	40	20	20	20	1.92
30033460--30033891	158	2.9	151	86	8	569	38	15	14	31	1.88
30037961--30038076	42	2.8	42	89	0	160	21	19	23	35	1.96
30038134--30038176	22	2.0	22	90	0	68	46	25	16	11	1.80
30050102--30050236	39	3.4	39	82	2	189	43	21	4	30	1.72
30055748--30055874	27	4.8	27	79	1	87	25	17	16	40	1.90
30055781--30055965	54	3.5	54	80	8	225	21	15	20	42	1.89
30055776--30055931	78	2.0	79	85	5	210	23	16	18	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30055781--30055978	27	7.4	27	83	4	204	20	15	20	43	1.88
30071374--30071412	15	2.5	16	83	4	53	43	23	2	30	1.67
30075370--30075685	27	11.7	27	80	5	273	24	20	9	44	1.81
30075366--30075675	81	3.8	81	79	4	322	24	21	10	43	1.83
30103293--30103373	3	27.0	3	80	9	76	62	1	4	30	1.24
30109892--30109942	21	2.4	21	73	0	57	23	15	37	23	1.93
30111290--30111415	62	2.0	62	98	0	243	42	18	13	26	1.87
30111738--30111831	22	4.5	22	74	15	74	39	28	17	14	1.89
30111760--30111853	38	2.5	37	85	1	116	39	28	18	13	1.89
30111771--30111853	37	2.2	38	86	2	114	40	28	18	12	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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