genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26854268--26854334	7	9.6	7	96	0	98	35	0	14	49	1.44
26854908--26854945	18	2.1	18	90	0	58	21	26	10	42	1.85
26855213--26855252	21	1.9	21	84	0	53	30	45	20	5	1.72
26855445--26855484	7	5.9	7	85	14	57	47	0	0	52	1.00
26855501--26855718	33	6.3	33	67	22	108	44	33	0	21	1.56
26855516--26855599	21	3.8	21	78	18	98	44	33	0	22	1.53
26855510--26855613	27	4.1	26	82	16	137	44	32	0	23	1.54
26855543--26855629	15	6.2	15	68	24	73	44	29	0	25	1.54
26855560--26855743	101	1.9	97	87	8	275	44	33	0	21	1.56
26855700--26855728	15	1.9	15	100	0	58	41	31	0	27	1.56
26855525--26855769	101	2.6	92	79	15	257	44	33	0	21	1.58
26855822--26855979	77	2.1	76	89	3	237	44	6	9	39	1.64
26855969--26856009	16	2.6	16	96	0	73	46	4	2	46	1.37
26855983--26856032	22	2.2	23	89	3	75	46	2	2	50	1.24
26863698--26863929	44	5.3	44	68	8	139	25	28	24	21	1.99
26863728--26863865	43	3.2	43	71	4	141	25	25	26	22	2.00
26863684--26863928	88	2.8	88	91	0	391	26	26	24	22	2.00
26863923--26864475	44	12.6	44	88	2	720	29	21	25	24	1.99
26876013--26876050	18	2.2	18	86	9	53	68	2	7	21	1.28
26876458--26876489	17	2.0	17	88	11	50	40	0	3	56	1.15
26881599--26881671	27	2.7	27	86	0	110	31	24	27	16	1.96
26881772--26881939	23	8.2	19	70	22	60	30	0	15	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26881701--26881902	79	2.5	81	89	5	302	31	0	12	55	1.41
26881861--26881944	23	3.8	23	89	9	131	29	0	17	52	1.45
26881676--26881945	19	13.3	19	72	20	117	30	0	13	54	1.44
26881861--26881944	42	1.9	46	88	9	131	29	0	17	52	1.45
26881938--26882059	60	2.0	60	88	3	183	31	0	13	54	1.45
26882177--26882213	16	2.4	16	90	4	58	32	2	5	59	1.34
26889264--26889330	6	10.2	6	75	15	53	23	4	0	71	1.04
26890471--26890502	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
26891660--26891689	15	2.0	15	93	0	51	60	6	3	30	1.39
26892086--26892204	25	4.8	24	71	17	82	41	2	3	52	1.31
26899511--26899617	48	2.2	48	88	6	155	36	1	0	61	1.07
26899563--26899621	21	2.9	20	80	9	75	40	1	0	57	1.09
26899570--26899605	11	3.4	11	92	7	56	41	2	0	55	1.14
26899570--26899606	10	3.4	11	88	11	58	40	2	0	56	1.13
26899540--26899596	27	2.1	27	83	6	71	38	1	0	59	1.08
26899563--26899628	21	3.2	20	74	17	64	39	1	0	59	1.07
26904079--26904147	28	2.4	29	75	2	68	34	20	13	31	1.91
26904947--26904980	16	2.1	16	100	0	68	35	5	5	52	1.50
26907577--26907740	27	6.1	27	87	2	222	23	22	10	43	1.83
26910025--26910134	39	2.8	38	86	6	141	12	26	32	28	1.93
26918942--26918980	21	1.9	21	89	5	62	74	2	15	7	1.15
26921633--26921808	41	4.3	41	91	0	280	23	27	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26921639--26921808	82	2.1	82	98	0	331	23	28	18	29	1.98
26922020--26922056	19	1.9	19	94	0	65	45	18	0	35	1.50
26929272--26929447	41	4.3	41	91	0	280	23	27	19	29	1.98
26929278--26929447	82	2.1	82	98	0	331	23	28	18	29	1.98
26929659--26929695	19	1.9	19	94	0	65	45	18	0	35	1.50
26945159--26945223	32	2.0	32	96	0	121	33	21	9	35	1.85
26950229--26950286	29	2.0	29	100	0	116	41	10	6	41	1.66
26952068--26952199	68	2.0	68	89	5	207	28	24	18	28	1.98
26952790--26952831	13	3.2	13	82	0	57	30	7	16	45	1.74
26961332--26961371	13	3.1	13	81	0	53	37	27	5	30	1.78
26965809--26965976	51	3.3	51	94	1	293	32	13	24	29	1.94
26968906--26968940	16	2.1	17	89	5	54	57	5	0	37	1.23
26978029--26978077	25	2.0	25	100	0	98	36	24	16	22	1.94
26981345--26981380	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
26983234--26983274	21	2.0	21	85	0	55	68	4	26	0	1.10
26985622--26985720	13	7.4	14	69	13	55	35	20	3	41	1.68
26985623--26985733	40	2.8	40	80	5	143	34	19	4	41	1.72
26985786--26985851	25	2.6	25	80	0	78	33	22	16	27	1.96
26988286--26988315	11	2.6	11	94	5	51	36	3	0	60	1.14
26988297--26988354	28	2.1	28	100	0	116	25	3	0	70	1.03
26992178--26992215	20	2.0	20	94	5	69	36	0	10	52	1.36
26998164--26998188	13	1.9	13	100	0	50	56	0	12	32	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27013162--27013214	13	4.1	13	87	0	79	32	7	22	37	1.82
27014299--27014431	46	2.9	46	93	0	212	27	24	10	36	1.89
27016434--27016498	21	3.2	20	76	12	62	27	3	1	67	1.14
27016441--27016498	19	3.1	19	69	20	50	25	3	1	68	1.14
27021856--27021935	40	2.0	40	85	0	106	45	2	10	42	1.51
27023165--27023228	21	3.2	20	76	17	53	29	4	1	64	1.23
27023941--27023997	25	2.2	26	81	9	64	59	1	1	36	1.18
27025112--27025150	17	2.3	18	82	13	55	53	5	2	38	1.37
27025544--27025736	89	2.2	87	81	3	242	43	19	6	30	1.77
27025552--27025761	91	2.3	89	84	7	255	43	19	7	30	1.77
27025552--27025762	89	2.3	86	80	10	226	43	19	7	30	1.78
27026162--27026217	18	2.9	19	82	12	62	23	8	3	64	1.38
27026270--27026412	9	15.6	9	67	17	53	31	2	1	64	1.16
27026270--27026325	19	2.8	20	76	15	71	32	5	3	58	1.37
27026278--27026340	19	3.3	19	82	4	72	31	4	1	61	1.26
27026338--27026407	19	3.6	19	75	9	70	34	1	0	64	1.03
27026732--27026898	88	1.9	88	81	9	207	34	8	19	36	1.84
27038465--27038513	16	2.9	16	80	11	62	53	0	0	46	1.00
27045477--27045577	42	2.4	42	81	0	112	24	30	21	22	1.99
27046612--27046641	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
27048256--27048289	16	2.1	17	88	5	52	32	17	8	41	1.80
27060803--27060846	23	1.9	23	86	9	63	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27060883--27060965	27	3.1	27	80	3	96	19	22	33	24	1.97
27069677--27069713	16	2.4	16	90	4	58	54	5	5	35	1.47
27069831--27069952	60	2.0	60	88	3	183	54	12	0	32	1.44
27069945--27070022	27	2.8	28	80	3	95	56	15	2	25	1.52
27069995--27070193	19	10.4	19	67	25	109	57	12	0	30	1.39
27070018--27070183	48	3.2	48	71	20	143	57	10	0	30	1.37
27069938--27070117	97	1.9	97	81	6	222	57	13	1	27	1.44
27070017--27070214	109	1.9	105	86	8	287	57	13	0	28	1.40
27070035--27070253	102	2.1	103	79	14	243	57	11	0	29	1.38
27070322--27070373	13	3.6	13	75	22	50	0	23	0	76	0.78
27070496--27070557	27	2.3	27	80	0	70	17	25	25	30	1.97
27070827--27070888	27	2.3	27	85	0	79	22	33	27	16	1.95
27071420--27071465	17	2.7	17	86	0	65	39	2	0	58	1.10
27071431--27071545	42	2.7	42	90	4	176	37	2	0	59	1.18
27074415--27074489	30	2.5	30	89	2	107	53	9	13	24	1.68
27075370--27075440	26	2.8	25	81	10	81	59	4	1	35	1.26
27075538--27075582	22	2.2	22	84	11	60	37	15	24	22	1.93
27075584--27075623	16	2.5	16	80	15	55	32	0	0	67	0.91
27078866--27078917	18	3.0	18	80	8	54	61	3	7	26	1.41
27078944--27078975	9	3.6	9	91	0	55	68	25	0	6	1.12
27079930--27079989	25	2.4	25	86	8	79	58	6	16	18	1.59
27081560--27082347	390	2.0	390	96	0	1441	23	25	13	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27083583--27083622	18	2.2	18	86	0	53	65	2	7	25	1.32
27083595--27083647	18	3.1	18	81	10	58	62	3	7	26	1.39
27083667--27083736	6	11.5	6	90	3	50	65	24	1	8	1.29
27083674--27083726	3	17.7	3	96	0	97	67	30	0	1	1.01
27089288--27089332	18	2.3	20	85	11	58	0	15	8	75	1.03
27090152--27090217	24	2.8	24	74	2	71	25	10	9	54	1.64
27091084--27091110	12	2.2	12	100	0	54	40	18	14	25	1.89
27095887--27095930	22	2.0	22	90	0	70	25	29	11	34	1.91
27100477--27100581	45	2.3	45	85	1	147	43	22	15	18	1.87
27101968--27102012	9	5.1	9	82	15	58	53	2	0	44	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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