genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
534134--534226	33	2.8	33	88	0	132	9	11	48	30	1.72
549647--549753	52	2.1	52	100	0	214	36	14	14	34	1.87
559846--559919	35	2.1	35	100	0	148	14	14	22	47	1.82
562868--562926	4	14.8	4	81	0	55	25	6	25	42	1.79
562872--562918	24	2.0	24	86	0	67	27	8	23	40	1.83
562865--562920	28	2.0	28	89	0	85	28	7	23	41	1.80
562869--562920	20	2.6	20	84	0	68	26	7	25	40	1.82
562869--562926	20	2.9	20	77	10	64	25	6	25	41	1.80
574071--574117	24	1.9	25	82	4	60	25	2	2	70	1.10
577594--577644	21	2.5	22	85	14	67	66	5	1	25	1.24
578013--578055	18	2.4	18	96	0	77	55	6	2	34	1.39
579299--579332	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
583939--583972	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
587263--587292	7	4.3	7	100	0	60	26	0	0	73	0.84
596627--596680	9	5.6	9	79	14	54	9	11	0	79	0.93
598739--598764	12	2.2	12	100	0	52	34	0	0	65	0.93
599693--599773	40	2.0	42	83	9	105	25	24	24	24	2.00
600030--600066	19	1.9	19	88	0	56	51	0	2	45	1.15
600385--600422	14	2.7	14	84	12	51	44	0	0	55	0.99
600540--600696	49	3.3	49	68	17	139	39	15	1	43	1.55
600581--600732	44	3.3	44	70	21	121	38	19	0	41	1.56
600512--600799	96	3.0	97	88	3	402	40	15	1	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
600905--600987	40	2.0	40	83	4	103	22	27	24	25	2.00
606852--607131	149	1.9	150	88	0	427	37	14	14	33	1.87
607919--607957	19	2.1	19	100	0	78	56	0	28	15	1.40
607922--607967	19	2.5	19	89	3	67	54	4	28	13	1.57
615487--615522	3	11.7	3	94	5	63	69	0	0	30	0.89
631303--631404	1	102.0	1	97	0	186	98	0	0	0	0.16
635106--635143	20	1.9	20	89	10	60	55	0	2	42	1.14
641171--641212	9	4.3	9	83	16	57	57	21	2	19	1.52
641173--641212	21	2.0	20	95	5	71	57	20	2	20	1.52
644646--644692	21	2.3	21	85	14	71	42	8	0	48	1.33
664868--664912	20	2.4	18	82	17	56	57	6	4	31	1.44
664997--665036	14	2.8	14	85	14	55	85	12	0	2	0.71
664985--665036	12	4.2	12	81	16	54	82	11	1	3	0.88
666361--666690	120	2.8	120	97	0	633	49	6	2	42	1.39
666584--666635	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
667492--667522	15	2.1	15	100	0	62	48	19	19	12	1.81
669092--669132	15	2.8	15	88	3	66	68	21	4	4	1.28
676724--676786	30	2.0	32	84	6	85	47	1	3	47	1.27
690327--690411	9	9.4	9	78	10	93	29	9	20	41	1.83
695069--695094	7	3.7	7	100	0	52	73	0	0	26	0.84
717239--717390	75	2.0	75	98	0	295	46	2	11	38	1.55
720600--720771	40	4.3	40	91	2	258	25	29	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
733253--733295	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
733276--733308	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
733287--733381	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
733543--733577	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
733501--733573	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
733462--733733	144	1.9	147	94	3	487	46	3	2	47	1.34
733687--733721	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
733702--733889	61	3.1	61	70	14	199	49	6	2	42	1.40
733670--733892	120	1.9	120	97	0	419	49	5	2	42	1.39
733807--733841	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
733882--733928	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
733901--733934	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
733967--734161	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
743046--743112	34	1.9	35	84	3	91	46	7	8	37	1.64
751333--751389	22	2.5	24	74	11	64	61	7	0	31	1.23
761410--761442	17	1.9	17	93	0	57	39	15	6	39	1.72
762089--762132	21	2.2	20	84	12	54	45	0	0	54	0.99
763921--764066	24	6.0	24	70	18	106	34	23	26	15	1.95
765942--765994	23	2.3	23	87	6	81	22	20	22	33	1.97
770706--770732	14	1.9	14	100	0	54	59	7	18	14	1.58
781665--781770	43	2.5	43	80	0	113	28	31	21	18	1.97
781964--782008	21	2.1	21	87	0	63	37	48	0	13	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781979--782179	89	2.3	88	82	6	255	44	29	1	24	1.63
782852--782986	40	3.4	40	76	8	134	20	22	20	37	1.95
793182--793227	21	2.2	21	96	0	83	19	13	0	67	1.23
802704--802734	15	2.1	15	93	0	53	22	32	38	6	1.80
804412--804454	21	2.0	21	82	8	52	58	2	0	39	1.11
806865--806923	29	2.0	29	86	3	82	52	11	6	28	1.63
807382--807420	5	7.6	5	82	5	51	25	0	0	74	0.82
807382--807425	15	2.8	15	82	6	52	29	0	0	70	0.88
809476--809504	7	4.1	7	100	0	58	27	13	44	13	1.82
813106--813135	5	6.0	5	92	0	51	80	0	16	3	0.85
822664--822706	22	1.9	23	85	4	61	46	2	4	46	1.36
822669--822714	22	2.1	22	83	0	56	50	2	6	41	1.40
828339--828376	20	2.0	20	89	5	60	65	2	0	31	1.06
835443--835472	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
835391--835454	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86
835681--835836	41	3.8	41	89	6	235	28	22	20	28	1.98
838731--838996	103	2.6	104	91	0	426	19	20	30	29	1.97
846298--846348	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
846400--846449	26	1.9	26	95	0	91	14	24	32	30	1.94
846219--846482	102	2.6	103	91	0	422	19	20	30	29	1.97
852858--852894	16	2.2	18	85	9	51	45	2	2	48	1.30
878487--878632	37	4.0	37	91	1	233	24	22	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878596--878962	46	7.6	46	83	10	428	29	22	13	34	1.92
878639--878956	52	6.3	52	85	9	444	29	22	12	35	1.91
878607--878962	98	3.6	98	94	0	586	30	21	13	34	1.92
890836--890876	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
896462--896510	21	2.3	21	100	0	98	34	42	0	22	1.54
900558--901431	178	4.9	178	91	3	1301	26	13	22	38	1.91
901136--901712	173	3.3	175	83	4	528	26	11	22	38	1.89
903597--904510	151	6.0	151	85	5	1066	51	7	10	31	1.62
903629--904510	301	2.9	305	84	4	1074	52	7	9	30	1.62
910953--910995	22	2.0	22	90	9	70	39	2	0	58	1.11
930275--930316	18	2.3	19	80	16	52	38	0	4	57	1.20
930210--930613	152	2.6	154	77	11	385	37	8	8	45	1.65
934970--935003	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
939494--939575	40	2.0	40	97	0	155	36	13	15	34	1.87
939980--940023	18	2.4	17	85	14	61	70	6	0	22	1.11
945293--945323	14	2.2	14	94	0	53	32	25	12	29	1.93
951687--951783	40	2.4	40	92	0	167	25	24	25	23	2.00
953528--953567	20	2.0	20	100	0	80	30	10	15	45	1.78
953650--953687	20	1.9	20	94	0	67	47	2	0	50	1.15
953842--953922	41	1.9	43	95	5	148	32	7	9	50	1.63
953842--953903	21	3.0	21	66	25	51	33	4	9	51	1.56
962603--962695	18	5.2	18	84	0	114	35	13	20	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
966844--966934	47	1.9	47	93	0	155	45	18	12	24	1.83
969336--969404	22	3.1	23	83	8	90	43	17	21	17	1.88
972789--972843	23	2.4	23	96	0	101	32	18	7	41	1.78
972959--973025	22	3.0	22	74	8	66	44	17	20	16	1.86
974499--974530	15	2.1	15	94	0	55	34	15	9	40	1.80
991041--991098	24	2.4	24	82	0	71	18	24	41	15	1.89
991906--991959	16	3.4	16	92	0	81	33	0	33	33	1.58
991938--992032	44	2.1	44	86	1	127	32	6	26	34	1.82
992192--992226	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
992861--992896	6	6.0	6	100	0	72	16	33	16	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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