genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28012238--28012288	17	2.7	20	77	22	56	27	15	15	41	1.88
28023111--28023250	42	3.3	42	78	14	144	35	25	17	22	1.95
28027850--28027887	20	1.9	20	88	0	58	23	7	18	50	1.73
28030462--28030537	38	2.0	38	100	0	152	28	18	7	44	1.78
28033407--28033531	37	3.3	37	77	10	135	24	13	19	42	1.87
28033264--28033571	77	4.0	77	83	4	379	24	15	18	41	1.89
28033378--28034243	194	4.5	194	73	10	534	25	17	15	41	1.89
28033552--28034188	77	8.3	77	79	2	602	26	16	15	41	1.88
28033560--28034159	305	2.0	306	81	4	717	26	16	15	41	1.88
28033285--28034048	40	19.9	40	70	10	340	25	16	17	41	1.89
28033983--28034216	37	6.2	37	66	17	113	29	17	11	41	1.84
28040555--28040803	32	7.8	33	75	6	183	36	22	20	20	1.95
28040804--28040857	26	2.1	26	92	0	90	35	18	22	24	1.96
28045453--28045533	43	1.9	42	85	7	110	27	23	1	48	1.59
28048495--28048526	16	2.0	16	100	0	64	12	0	25	62	1.30
28050128--28050177	24	2.0	25	88	3	75	62	8	6	24	1.46
28063700--28063739	20	2.0	21	85	14	57	30	5	15	50	1.65
28070187--28070222	14	2.6	14	91	4	56	33	11	22	33	1.89
28077687--28077753	6	12.0	6	77	17	56	62	2	2	31	1.25
28086754--28086932	45	4.0	45	84	1	225	29	20	11	39	1.88
28086810--28086881	21	3.3	21	68	11	63	27	19	12	40	1.88
28088626--28088656	5	6.2	5	100	0	62	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28092901--28092994	28	3.4	28	81	12	122	37	0	21	41	1.53
28092982--28093085	36	2.9	37	73	4	122	24	0	28	47	1.52
28093740--28093765	9	2.9	9	100	0	52	0	7	0	92	0.39
28096321--28096349	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
28096487--28096661	87	2.0	87	89	1	271	33	16	17	32	1.92
28096573--28096879	126	2.4	125	87	1	452	37	15	17	29	1.91
28100380--28100458	39	2.0	39	97	0	149	31	2	20	45	1.64
28100931--28101003	33	2.2	32	76	7	74	32	17	24	24	1.97
28107444--28107520	33	2.3	32	80	10	84	36	16	20	25	1.94
28111623--28111747	33	3.8	32	72	8	108	30	16	27	25	1.97
28111623--28111748	66	1.9	66	80	6	148	30	17	26	25	1.97
28118487--28118617	8	14.8	8	68	25	52	60	0	2	36	1.15
28118487--28118588	19	5.8	16	66	22	53	61	0	1	35	1.14
28118510--28118553	19	2.3	20	84	7	56	59	0	0	40	0.98
28118487--28118617	17	7.4	17	70	21	74	60	0	2	36	1.15
28118569--28118617	8	5.8	8	78	21	55	61	0	2	36	1.08
28118599--28118624	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
28118804--28118839	19	1.9	19	94	5	65	47	2	0	50	1.15
28119056--28119088	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
28119990--28120018	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
28120689--28120722	15	2.3	15	89	0	50	52	0	14	32	1.42
28122036--28122113	11	6.9	11	77	11	68	20	34	1	43	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28123390--28123439	23	2.2	22	82	10	57	32	4	4	60	1.34
28123464--28123494	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
28123464--28123498	11	3.1	11	91	4	52	65	0	0	34	0.93
28129908--28129938	16	1.9	16	93	0	53	38	19	0	41	1.51
28139039--28139213	50	3.5	50	85	3	235	25	14	26	34	1.94
28139039--28139184	25	5.8	25	65	10	84	24	13	26	36	1.92
28143231--28143327	42	2.3	42	85	0	131	20	26	23	28	1.99
28152575--28152618	22	2.0	22	100	0	88	27	9	13	50	1.72
28156044--28156319	27	10.2	27	90	0	410	42	20	16	20	1.89
28156638--28156715	28	2.9	27	77	7	77	23	24	23	29	1.99
28158237--28158284	25	1.9	25	100	0	96	39	16	8	35	1.79
28169574--28169697	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
28169584--28169691	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
28174267--28174360	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
28174277--28174354	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
28188479--28188504	13	2.0	13	100	0	52	38	15	23	23	1.92
28189743--28189792	26	1.9	26	84	8	66	8	14	0	78	0.97
28189776--28189816	14	2.9	14	85	0	55	4	17	0	78	0.93
28193934--28193975	20	2.1	20	100	0	84	35	26	9	28	1.88
28197409--28197607	41	4.9	40	85	6	213	27	20	25	27	1.99
28198592--28198639	20	2.5	20	86	3	71	35	25	20	18	1.95
28200129--28201027	294	3.1	288	78	7	859	37	11	14	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28203713--28203773	24	2.5	24	86	0	77	39	19	21	19	1.93
28203833--28203898	26	2.5	26	80	7	71	40	22	21	15	1.90
28206248--28206350	26	4.0	26	80	2	91	34	20	25	19	1.96
28206497--28206860	27	13.5	26	79	7	347	17	19	18	43	1.88
28206497--28206860	54	6.7	55	83	5	406	17	19	18	43	1.88
28206500--28206860	81	4.5	81	82	2	440	17	19	18	44	1.87
28212554--28212592	17	2.3	17	100	0	78	53	7	5	33	1.51
28214213--28214263	24	2.1	24	92	0	84	33	19	27	19	1.96
28219314--28219398	37	2.3	38	87	2	127	37	22	9	30	1.86
28222954--28223018	25	2.5	26	90	9	98	49	7	16	26	1.73
28223121--28223156	18	1.9	19	94	5	65	41	0	5	52	1.24
28223124--28223166	19	2.3	18	84	11	52	46	0	6	46	1.30
28228285--28228327	23	1.9	23	95	4	79	18	0	6	74	1.04
28228436--28228491	22	2.5	22	88	8	87	39	0	1	58	1.08
28228394--28228472	35	2.2	36	89	8	119	39	0	1	59	1.06
28228436--28228500	22	3.0	21	86	6	85	43	0	1	55	1.09
28228556--28228629	31	2.4	32	72	21	77	41	1	1	55	1.17
28228585--28228616	17	1.9	17	93	6	57	40	0	0	59	0.97
28232772--28232826	21	2.6	21	82	0	74	32	3	0	63	1.12
28232828--28232889	20	3.0	20	86	11	81	45	8	1	45	1.42
28232989--28233052	18	3.2	18	84	15	65	62	1	0	35	1.05
28232983--28233042	32	1.9	32	82	3	77	65	1	0	33	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28233001--28233053	18	2.5	22	85	14	69	62	1	0	35	1.06
28233112--28233150	20	1.9	20	94	5	69	58	0	2	38	1.12
28233111--28233165	20	2.6	21	80	11	67	60	1	1	36	1.18
28233121--28233200	35	2.4	32	80	14	90	61	1	2	35	1.18
28233156--28233229	21	3.6	21	68	17	55	56	2	1	39	1.22
28233108--28233190	21	4.4	20	68	23	63	62	1	1	34	1.11
28233108--28233197	19	4.8	19	72	20	66	63	1	1	34	1.09
28233263--28233322	23	2.5	23	84	10	77	73	3	5	18	1.16
28236185--28236217	15	2.2	15	94	0	57	75	0	3	21	0.93
28246683--28246795	53	2.1	54	81	4	131	23	29	0	46	1.59
28247969--28248002	12	2.8	12	86	0	50	50	17	17	14	1.79
28252545--28252715	73	2.4	71	89	2	243	25	22	26	26	2.00
28252615--28253038	229	1.9	227	90	1	677	25	20	27	26	1.99
28252615--28253038	114	3.7	114	91	0	661	25	20	27	26	1.99
28253047--28253125	41	1.9	41	92	0	131	17	17	35	29	1.93
28253373--28253417	15	3.1	15	87	6	65	22	0	42	35	1.54
28253376--28253421	14	3.2	14	90	3	65	26	0	36	36	1.57
28253672--28253703	15	2.1	15	94	0	55	31	0	28	40	1.57
28253742--28253817	22	3.5	22	75	8	68	21	0	42	36	1.53
28253273--28253818	297	1.8	293	85	6	769	28	1	29	40	1.66
28254305--28254341	18	2.1	18	89	0	56	72	0	2	24	0.97
28254315--28254350	18	1.9	18	88	5	54	72	5	2	19	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28256899--28256941	22	2.0	22	90	0	68	27	13	20	37	1.91
28257494--28257531	19	2.0	20	84	5	51	36	0	0	63	0.95
28257502--28257560	17	3.3	18	76	9	59	40	3	0	55	1.16
28257694--28257727	12	2.8	12	86	0	50	47	14	8	29	1.75
28257718--28257924	9	23.7	9	66	20	82	46	20	2	29	1.65
28257736--28257870	63	2.2	63	90	4	193	46	22	3	27	1.68
28257737--28257891	34	4.8	33	75	13	142	46	21	3	28	1.67
28257878--28257950	29	2.4	31	82	13	89	49	17	0	32	1.47
28260048--28260275	43	5.3	43	87	2	341	21	17	33	27	1.96
28262516--28262570	19	2.7	21	80	5	60	29	3	1	65	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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