genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65743252--65743346	15	6.4	15	81	11	99	31	45	1	22	1.59
65743251--65743354	22	4.7	21	75	14	102	32	45	0	21	1.58
65743277--65743371	29	3.2	29	86	3	109	31	45	1	22	1.59
65743251--65743371	22	5.5	22	75	8	86	32	45	0	21	1.58
65744137--65744334	41	4.8	41	73	11	147	35	26	16	21	1.94
65744137--65744353	42	5.3	42	71	14	148	35	26	16	20	1.94
65751140--65751198	29	2.0	30	86	3	84	33	5	11	49	1.62
65767802--65767941	61	2.2	65	85	13	186	31	12	1	55	1.46
65771237--65771528	87	3.4	84	86	7	349	25	22	21	30	1.99
65771249--65771698	44	10.5	42	71	13	212	26	21	21	30	1.98
65771314--65771698	44	8.8	45	73	11	263	25	21	21	31	1.98
65793805--65793851	8	6.2	8	80	14	55	19	0	2	78	0.85
65793959--65794058	28	3.4	30	73	16	75	36	7	3	54	1.43
65806512--65806897	44	8.9	44	71	13	214	31	21	20	25	1.98
65806725--65806928	43	4.7	44	74	11	161	29	23	22	24	1.99
65806731--65806973	86	2.9	84	87	6	323	29	22	23	25	1.99
65808559--65808628	3	23.3	3	85	5	97	31	4	1	62	1.23
65808759--65808838	36	2.2	36	80	8	92	36	8	2	52	1.46
65809065--65809101	18	2.1	18	89	0	56	32	5	5	56	1.45
65809063--65809101	20	2.1	18	90	9	60	33	5	5	56	1.43
65817324--65817355	16	2.0	16	100	0	64	37	12	31	18	1.88
65821400--65821540	70	2.0	70	97	0	264	37	7	9	45	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65824707--65825118	134	3.1	134	94	0	725	29	23	19	27	1.98
65824843--65825039	45	4.4	46	69	12	140	30	24	17	26	1.97
65824812--65825005	46	4.3	46	68	15	152	32	24	17	25	1.97
65825064--65825760	86	8.1	86	92	0	1097	26	23	23	27	2.00
65825578--65825718	44	3.2	45	69	15	139	21	24	24	29	1.99
65826733--65826779	18	2.5	19	89	3	69	2	17	2	78	0.94
65827210--65827282	1	73.0	1	75	0	56	2	6	4	86	0.78
65827224--65827283	21	2.8	22	84	5	86	1	6	6	85	0.82
65841673--65841913	72	3.3	72	83	4	335	29	14	19	36	1.91
65846876--65847091	119	1.8	120	87	3	328	38	18	10	32	1.85
65850944--65851002	28	2.1	26	81	15	64	47	0	0	52	1.00
65854542--65854582	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
65858324--65858556	72	3.2	72	90	0	358	32	13	17	36	1.89
65865112--65865157	20	2.2	21	85	14	60	17	28	6	47	1.72
65867471--65867513	12	3.6	11	79	14	50	25	2	0	72	0.97
65867652--65867735	15	5.4	15	76	16	64	27	9	4	58	1.50
65867652--65867696	18	2.5	18	88	0	63	31	11	2	55	1.47
65868666--65868797	66	2.0	66	96	0	246	28	13	28	30	1.94
65871437--65871477	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
65876443--65876742	72	4.2	72	86	1	431	32	13	18	35	1.90
65876430--65876746	144	2.2	144	93	1	537	30	13	18	36	1.90
65884815--65884839	11	2.3	11	100	0	50	60	16	0	24	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65885533--65885577	22	2.0	22	95	0	81	8	15	24	51	1.72
65886091--65886120	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
65892189--65892221	15	2.1	16	88	5	50	72	3	0	24	0.98
65902765--65902804	16	2.5	17	80	19	50	35	5	0	60	1.19
65910915--65910953	21	1.9	20	84	5	51	43	2	0	53	1.14
65911367--65911407	7	5.7	7	91	5	64	36	2	0	60	1.10
65912170--65912208	16	2.5	16	91	4	62	17	7	0	74	1.05
65912169--65912206	15	2.4	17	82	13	53	15	7	0	76	1.01
65915014--65915128	23	5.0	23	67	13	76	39	4	2	53	1.34
65915095--65915128	15	2.4	14	90	5	50	32	2	0	64	1.08
65915817--65915894	17	4.5	17	79	9	68	53	2	0	43	1.14
65922963--65923090	65	1.9	67	84	4	170	37	8	3	50	1.49
65926868--65927027	72	2.2	72	95	0	302	35	18	13	32	1.89
65928364--65928435	37	1.9	37	94	0	126	36	22	2	38	1.69
65929273--65929316	18	2.4	18	92	0	70	40	40	2	15	1.60
65929318--65929358	21	2.0	21	95	0	73	60	4	2	31	1.30
65931192--65931270	29	2.6	31	82	7	83	36	7	21	34	1.82
65932137--65932203	34	1.9	35	93	3	118	32	7	11	47	1.68
65941740--65941789	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
65946379--65946428	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
65950713--65950765	25	2.2	23	83	12	63	26	11	3	58	1.49
65950833--65950881	23	2.1	23	88	7	73	16	6	12	65	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65954765--65954831	22	2.9	24	71	13	68	52	4	0	43	1.21
65958549--65958600	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
65961582--65961820	41	5.8	41	88	6	299	27	20	24	28	1.99
65969214--65969452	41	5.8	41	88	6	299	27	20	24	28	1.99
65975608--65975648	19	2.1	20	86	4	57	34	0	2	63	1.08
65975607--65975665	31	1.9	30	93	3	100	32	1	3	62	1.21
65975628--65975683	20	2.7	21	80	5	60	26	3	1	67	1.16
65976795--65976920	62	2.0	62	100	0	252	42	15	11	29	1.83
65980852--65981240	72	5.4	72	89	1	582	36	20	12	30	1.90
65982744--65982799	17	3.1	19	79	18	57	51	0	0	48	1.00
65982735--65982798	28	2.2	30	79	17	82	48	0	1	50	1.10
65982754--65982802	19	2.6	19	76	0	53	53	0	0	46	1.00
65993801--65993871	21	3.3	21	84	4	88	32	26	25	15	1.95
65993813--65993880	23	3.0	23	89	4	104	36	25	23	14	1.93
65994969--65995001	16	2.1	16	94	0	57	3	15	6	75	1.11
66000985--66001217	118	2.0	118	92	3	389	33	12	13	40	1.83
66001531--66001562	17	2.0	17	88	11	50	50	0	0	50	1.00
66004162--66004211	25	2.0	25	88	0	73	52	2	4	42	1.31
66005675--66005713	14	2.8	13	85	11	51	66	0	2	30	1.05
66012946--66013616	153	4.4	155	84	7	866	52	6	9	30	1.60
66013789--66013827	17	2.4	17	86	4	53	33	10	2	53	1.48
66016243--66016282	19	2.2	19	86	4	55	60	2	0	37	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66016232--66016319	26	3.1	28	73	11	65	57	5	1	35	1.29
66018510--66018576	34	1.9	35	84	3	91	29	8	16	44	1.78
66021803--66021835	17	2.1	17	88	11	52	36	0	6	57	1.23
66023489--66023525	16	2.3	16	100	0	74	43	5	18	32	1.73
66043438--66043474	19	1.9	19	88	0	56	35	10	0	54	1.36
66055488--66055517	15	1.9	16	93	6	53	33	6	6	53	1.53
66056700--66056746	22	2.1	22	84	7	60	38	2	4	55	1.31
66061437--66061499	31	2.0	31	84	6	83	38	9	14	38	1.78
66067769--66067817	22	2.2	22	81	0	62	57	0	2	40	1.10
66080981--66081029	24	2.0	24	96	0	89	36	14	16	32	1.89
66097954--66097992	21	1.9	19	90	10	60	38	7	30	23	1.83
66102616--66102708	18	5.2	18	81	0	114	33	13	22	30	1.93
66102616--66102708	36	2.6	36	84	0	132	33	13	22	30	1.93
66107458--66108452	19	51.3	19	66	24	241	31	0	12	55	1.40
66107533--66107684	27	5.4	27	76	13	153	34	0	11	54	1.36
66107523--66108433	46	20.0	47	69	19	330	31	0	12	55	1.40
66107458--66107783	107	3.0	107	80	11	357	32	0	12	55	1.40
66107483--66108114	88	7.5	80	88	8	518	31	0	12	56	1.38
66107730--66107845	27	4.3	27	66	22	73	27	0	11	61	1.30
66107896--66108433	54	10.0	52	72	17	219	30	0	13	55	1.42
66108030--66108132	34	3.2	34	68	18	112	31	0	10	58	1.32
66107483--66108229	256	2.8	256	82	10	820	31	0	12	56	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66108168--66108415	8	28.6	8	68	22	103	30	0	14	55	1.39
66108154--66108415	27	10.0	27	89	6	423	30	0	14	54	1.40
66108154--66108452	77	3.9	77	93	6	472	31	0	14	54	1.40
66108677--66108713	16	2.4	16	90	4	58	32	2	5	59	1.34
66108891--66108933	18	2.4	18	92	3	70	46	0	0	53	1.00
66109509--66109556	25	1.9	25	100	0	96	62	4	6	27	1.38
66109511--66109582	25	2.8	25	85	10	85	63	5	5	25	1.38
66109617--66109650	18	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
66111682--66111747	31	2.2	31	86	8	91	37	1	12	48	1.50
66120567--66120591	12	2.1	12	100	0	50	36	24	0	40	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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