genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20023028--20023074	18	2.6	18	89	0	67	38	25	8	27	1.85
20023033--20023074	9	4.7	9	87	0	66	38	26	9	26	1.87
20023087--20023136	12	3.8	13	81	7	57	22	2	10	66	1.32
20023082--20023136	19	2.9	18	81	8	56	21	1	9	67	1.28
20023164--20023207	18	2.4	18	84	0	61	11	4	45	38	1.61
20024650--20025050	199	2.0	200	96	0	741	39	25	13	20	1.90
20032875--20032917	14	3.0	14	79	3	50	44	0	4	51	1.22
20033645--20033929	43	6.7	43	86	3	389	25	29	18	25	1.98
20033645--20033929	85	3.4	85	87	4	405	25	29	18	25	1.98
20033673--20033912	126	1.9	126	90	2	383	26	30	18	25	1.98
20034031--20034077	13	3.6	13	72	11	51	53	4	4	38	1.40
20034033--20034085	26	2.0	26	100	0	106	49	7	3	39	1.49
20034033--20034104	26	2.7	26	89	2	90	50	9	2	37	1.50
20034459--20034513	21	2.6	21	100	0	110	34	18	18	29	1.94
20036937--20037050	57	2.0	57	87	3	167	27	22	14	35	1.94
20038673--20038699	14	1.9	14	100	0	54	29	48	0	22	1.51
20039603--20039718	41	2.8	41	88	7	173	31	23	23	21	1.98
20039756--20039881	39	3.2	39	77	5	137	23	21	19	35	1.96
20039768--20039892	41	3.1	40	79	2	144	24	20	18	37	1.94
20039897--20039922	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
20040698--20040742	19	2.3	20	77	14	58	35	0	0	64	0.94
20041218--20041248	16	1.9	16	93	0	53	58	3	6	32	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20042609--20042651	22	2.0	22	90	0	68	9	13	27	48	1.73
20042723--20042990	42	6.4	42	80	5	276	31	22	20	25	1.98
20042740--20042966	82	2.7	83	84	3	278	34	22	18	23	1.96
20043412--20043451	12	3.3	12	92	0	53	2	37	17	42	1.63
20043436--20043504	21	3.3	21	85	0	93	1	42	20	36	1.61
20048971--20049206	9	27.9	9	70	13	108	29	4	22	44	1.72
20048970--20049098	52	2.5	52	96	0	231	31	3	24	41	1.73
20049083--20049114	16	2.0	16	93	0	55	21	6	18	53	1.67
20048970--20049203	25	9.2	25	67	6	130	29	4	22	44	1.72
20050403--20050432	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
20050620--20050735	36	3.2	36	69	20	116	46	18	6	29	1.72
20050568--20050768	71	2.8	71	96	1	368	50	18	4	25	1.67
20051075--20051121	22	2.1	22	96	0	85	40	23	8	27	1.83
20052113--20052144	8	4.2	8	92	7	50	43	37	0	18	1.51
20052289--20052344	23	2.4	23	93	0	94	42	41	0	16	1.48
20052242--20052364	7	17.0	7	69	12	54	39	39	1	18	1.61
20052529--20053506	113	8.6	114	78	5	820	27	22	19	30	1.98
20052723--20053449	227	3.2	228	87	1	962	26	23	18	31	1.97
20052529--20053506	341	2.9	340	78	7	854	27	22	19	30	1.98
20055674--20055884	107	2.0	107	96	0	386	31	17	19	31	1.95
20060409--20060486	38	2.1	37	97	2	147	32	2	20	44	1.65
20069506--20069550	15	3.1	15	80	3	56	26	15	0	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20070953--20070982	16	1.9	15	93	6	51	20	0	0	80	0.72
20070955--20071006	14	3.9	14	77	7	54	21	5	1	71	1.17
20071063--20071110	23	2.0	24	84	11	64	16	10	6	66	1.41
20071063--20071110	24	2.0	24	88	4	71	16	10	6	66	1.41
20072762--20072807	19	2.3	21	85	10	62	19	6	6	67	1.36
20072784--20072824	18	2.2	19	86	4	57	26	2	7	63	1.33
20073810--20073866	21	2.6	22	77	2	62	59	3	3	33	1.31
20083720--20083746	14	1.9	14	100	0	54	29	7	44	18	1.77
20086236--20086480	45	5.5	45	86	2	332	40	18	19	21	1.91
20086460--20086486	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
20093399--20093464	13	5.1	13	76	7	71	34	6	22	36	1.79
20093397--20093464	26	2.6	27	75	9	79	36	5	22	35	1.78
20097160--20097225	33	2.0	33	96	0	123	42	12	13	31	1.81
20099373--20099417	17	2.7	17	83	13	58	46	26	2	24	1.64
20101452--20101630	28	6.4	28	81	5	175	22	18	6	51	1.68
20101455--20101630	56	3.2	56	80	3	194	22	18	6	52	1.68
20101452--20101630	83	2.1	84	83	5	229	22	18	6	51	1.68
20102389--20102435	21	2.1	23	88	7	71	40	0	2	57	1.11
20102405--20102454	24	2.1	23	82	10	57	36	2	4	58	1.29
20107889--20107962	21	3.6	21	75	15	66	51	2	0	45	1.15
20107925--20108003	35	2.2	35	78	14	81	51	5	1	41	1.31
20114703--20114737	18	2.0	18	94	5	63	11	31	45	11	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20115893--20116063	45	3.8	45	81	6	177	26	18	17	36	1.93
20115845--20116063	90	2.4	90	81	1	233	24	18	18	38	1.92
20116453--20116485	16	2.1	16	88	5	50	60	3	0	36	1.12
20121386--20121430	19	2.2	20	92	7	74	31	22	20	26	1.98
20122807--20122856	23	2.3	22	83	16	61	50	4	2	44	1.32
20130579--20130619	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
20138479--20138509	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
20150892--20151039	79	1.9	78	83	5	190	27	15	25	31	1.96
20151024--20151101	26	3.1	26	62	20	65	32	12	26	28	1.93
20150955--20151157	101	2.0	101	82	5	250	30	15	25	29	1.96
20151026--20151204	50	3.6	48	86	6	225	29	13	26	29	1.95
20153134--20153168	6	5.8	6	96	0	61	31	14	51	2	1.57
20155510--20155548	18	2.1	18	90	4	60	30	17	0	51	1.46
20157760--20157812	19	2.8	19	73	0	52	33	11	11	43	1.76
20163594--20163636	21	2.0	21	86	4	59	51	2	2	44	1.27
20164495--20164534	20	2.2	18	86	13	55	30	5	0	65	1.14
20164504--20164543	19	2.1	20	86	9	57	30	5	0	65	1.14
20167366--20167455	46	2.1	42	86	12	121	38	14	13	33	1.85
20170301--20170390	38	2.4	38	98	0	171	17	11	38	32	1.85
20171879--20171973	38	2.5	38	84	5	113	28	27	20	24	1.99
20173974--20174001	11	2.5	11	100	0	56	78	0	0	21	0.75
20174596--20174682	24	3.7	23	74	11	77	39	19	22	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20174740--20174790	26	2.0	26	92	0	84	39	23	19	17	1.92
20174748--20174807	26	2.3	26	82	5	68	40	25	20	15	1.90
20178577--20178622	4	11.8	4	84	13	60	0	19	0	80	0.71
20178577--20178622	11	3.9	12	81	13	60	0	19	0	80	0.71
20178576--20178622	19	2.4	20	85	3	69	0	19	0	80	0.70
20178567--20178624	23	2.5	24	85	2	82	0	22	0	77	0.77
20181519--20181560	21	2.0	22	85	4	59	40	9	16	33	1.81
20183902--20184113	63	3.4	63	83	1	246	25	27	20	27	1.99
20185284--20185327	19	2.3	19	92	0	79	36	20	15	27	1.93
20185957--20186023	28	2.3	29	82	12	77	26	0	1	71	0.94
20185957--20186046	27	3.2	28	80	14	80	26	2	2	68	1.12
20190784--20190831	10	4.7	10	87	7	62	29	0	0	70	0.87
20190840--20190895	27	2.1	27	83	12	71	33	3	5	57	1.39
20191543--20191579	17	2.2	17	95	0	65	29	2	16	51	1.58
20192801--20192986	46	4.0	46	93	0	318	33	8	28	29	1.86
20199836--20199955	60	2.0	60	100	0	240	36	11	15	36	1.83
20202063--20202119	29	2.0	29	92	0	96	10	38	14	36	1.80
20205599--20205678	18	4.4	18	98	0	142	32	13	12	41	1.82
20206103--20206275	72	2.4	73	90	2	271	25	5	14	54	1.62
20208900--20209200	47	6.4	47	92	0	467	33	8	29	28	1.88
20209319--20209397	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
20211957--20212004	3	16.0	3	77	0	51	29	6	37	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20211973--20212010	12	3.2	12	96	0	67	26	5	42	26	1.76
20212626--20212650	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
20214186--20214243	25	2.3	25	81	0	62	37	12	6	43	1.69
20214505--20214563	23	2.6	23	91	0	91	32	20	27	20	1.97
20219491--20219557	21	3.2	21	78	4	73	20	8	38	31	1.84
20219561--20219743	21	8.7	21	88	1	170	25	7	45	21	1.77
20219553--20219761	63	3.3	63	77	2	188	24	8	44	21	1.80
20219670--20219761	21	4.4	21	86	2	123	23	7	46	21	1.77
20219708--20219791	21	4.0	21	82	3	80	22	9	44	23	1.82
20219708--20219788	42	1.9	42	82	5	101	22	8	45	23	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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