genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26247652--26247684	16	2.0	17	88	5	50	33	3	0	63	1.10
26248487--26248519	16	2.1	16	100	0	66	12	6	18	63	1.48
26258988--26259154	45	3.7	45	77	4	167	41	16	20	21	1.90
26259291--26259481	13	14.6	13	66	10	68	42	2	18	36	1.64
26259287--26259388	26	3.9	26	70	14	75	40	1	21	36	1.65
26259330--26259436	40	2.7	40	79	0	115	46	3	18	30	1.67
26259384--26259444	27	2.2	28	80	8	72	50	4	13	31	1.62
26262368--26262413	21	2.2	21	85	11	60	56	2	0	41	1.11
26267851--26267877	13	2.1	13	100	0	54	48	22	14	14	1.81
26272542--26272608	35	1.9	35	84	3	91	17	5	28	47	1.71
26273673--26273817	70	2.0	72	88	5	215	29	8	17	44	1.78
26274518--26274648	43	2.9	46	82	8	171	32	7	13	46	1.72
26280449--26280617	41	4.1	41	80	4	171	18	20	27	33	1.96
26293614--26293804	51	3.8	50	79	5	215	31	28	16	24	1.96
26302022--26302145	54	2.3	53	86	5	169	26	26	29	17	1.98
26302086--26302115	12	2.5	12	100	0	60	26	40	26	6	1.81
26305999--26306168	24	6.9	24	70	13	105	17	24	20	37	1.93
26309516--26309594	40	2.0	40	100	0	158	45	10	15	29	1.78
26309703--26309775	36	2.0	36	91	0	119	32	21	6	38	1.80
26311353--26311389	11	3.4	11	88	0	56	24	2	40	32	1.69
26314463--26314505	21	2.0	21	90	0	68	27	34	16	20	1.94
26314817--26314862	13	3.5	13	90	3	65	17	13	0	69	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26327802--26328118	125	2.5	125	87	0	454	32	17	20	29	1.95
26331093--26331217	59	2.1	59	96	0	232	39	8	9	42	1.69
26331281--26331399	22	5.6	21	82	5	132	21	0	31	47	1.52
26331291--26331399	43	2.5	43	84	1	155	21	0	29	49	1.49
26331501--26331530	12	2.5	12	94	0	51	23	0	43	33	1.54
26331391--26331618	119	1.9	120	90	2	361	33	1	17	46	1.59
26333952--26334025	11	6.7	12	79	17	72	44	2	27	25	1.67
26334953--26334977	5	5.0	5	100	0	50	20	0	60	20	1.37
26335328--26335354	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
26338489--26338535	22	2.1	22	84	0	58	42	0	2	55	1.12
26340332--26340398	34	1.9	35	93	3	118	46	11	8	32	1.72
26345343--26345391	25	2.0	25	84	8	64	34	16	30	18	1.93
26346209--26346258	22	2.3	20	81	18	57	18	0	10	72	1.12
26346232--26346433	110	1.9	108	88	7	313	26	0	12	59	1.39
26346232--26346465	105	2.2	102	84	11	289	26	0	12	60	1.37
26347258--26347301	11	4.2	11	77	11	56	52	29	2	15	1.55
26347249--26347296	20	2.4	20	92	0	78	45	31	4	18	1.68
26349270--26349351	33	2.4	36	83	6	107	32	9	13	43	1.77
26353016--26353068	16	3.4	16	72	15	56	47	3	5	43	1.45
26364466--26364490	12	2.1	12	100	0	50	0	40	8	52	1.31
26368162--26368258	41	2.4	41	92	0	167	15	25	10	48	1.77
26369285--26369420	40	3.5	40	71	9	127	30	24	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26369576--26369632	24	2.3	24	82	17	73	50	15	0	33	1.44
26370281--26370320	15	2.7	15	88	0	53	0	15	7	77	0.98
26370372--26370451	42	1.9	42	85	10	110	45	3	1	50	1.28
26373400--26373443	22	2.0	22	86	0	61	54	18	4	22	1.61
26382904--26382938	16	2.1	17	89	5	54	37	0	51	11	1.38
26383990--26384022	13	2.7	13	90	9	52	36	12	15	36	1.84
26385223--26385510	51	5.7	51	79	5	314	28	14	27	30	1.95
26385223--26385517	102	2.9	102	90	0	439	28	14	26	30	1.95
26385230--26385549	152	2.1	153	79	5	353	29	13	26	30	1.94
26389926--26389963	20	1.9	20	89	10	60	60	5	0	34	1.19
26395124--26395202	39	2.2	34	82	15	88	65	8	10	15	1.45
26397928--26397985	24	2.4	24	100	0	116	55	0	6	37	1.27
26399696--26399746	24	2.1	25	85	3	68	35	1	5	56	1.35
26402723--26402755	17	2.0	17	88	5	50	48	6	3	42	1.43
26419455--26419608	42	3.7	42	94	0	254	29	33	21	16	1.95
26421924--26422121	50	3.8	50	87	4	252	27	21	27	23	1.99
26424688--26424779	47	2.0	47	93	0	157	34	9	4	51	1.55
26424746--26424809	31	2.1	31	82	11	78	40	10	4	43	1.61
26425238--26425270	16	2.0	17	88	5	50	45	3	0	51	1.16
26430217--26430249	14	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
26433480--26433517	3	12.7	3	94	0	67	31	2	0	65	1.06
26443300--26443346	2	23.5	2	95	0	85	2	0	46	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26452000--26452024	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
26455543--26455621	20	3.7	20	71	21	70	49	18	15	16	1.80
26455591--26455673	20	4.0	20	76	14	69	45	21	16	15	1.85
26459000--26459089	36	2.4	39	80	10	91	31	22	2	44	1.65
26459877--26459905	15	1.9	15	100	0	58	62	0	0	37	0.96
26459870--26459912	20	2.2	20	87	8	61	60	2	0	37	1.10
26459869--26459905	8	4.6	8	90	10	58	59	0	0	40	0.97
26463738--26463855	42	2.8	43	75	1	121	31	26	17	24	1.97
26465896--26465934	19	2.1	19	85	4	53	23	12	2	61	1.43
26467622--26467681	30	2.1	29	87	6	86	26	3	3	66	1.23
26475364--26475389	3	8.7	3	100	0	52	0	0	65	34	0.93
26477380--26477414	16	2.2	16	90	5	54	31	0	0	68	0.90
26478687--26478758	36	2.0	36	97	0	135	47	13	15	23	1.81
26482750--26482777	6	4.7	6	100	0	56	0	0	14	85	0.59
26486938--26487116	92	1.9	92	96	0	331	40	5	6	47	1.52
26487131--26487177	11	4.4	11	78	10	53	46	0	0	53	1.00
26487122--26487174	26	2.0	26	82	7	63	47	0	1	50	1.12
26486938--26487177	92	2.6	90	85	9	297	42	4	5	48	1.44
26490815--26490877	30	2.1	30	93	0	108	57	11	3	28	1.49
26490854--26490886	17	1.9	17	88	11	50	69	3	0	27	1.03
26491997--26492053	11	5.1	11	82	2	69	19	29	3	47	1.66
26491997--26492069	22	3.3	22	81	9	69	21	30	2	45	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26494059--26494101	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
26498591--26498625	3	11.7	3	93	0	61	37	0	62	0	0.95
26503097--26503158	31	2.0	31	100	0	124	41	19	9	29	1.83
26508693--26508747	21	2.7	21	86	8	69	3	9	14	72	1.23
26509258--26509317	31	1.9	31	100	0	120	41	15	10	33	1.80
26510186--26510336	50	2.9	51	77	14	134	62	5	3	29	1.33
26510373--26510397	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
26510431--26510512	29	2.8	30	85	10	116	36	2	6	54	1.38
26514597--26514646	23	2.2	24	82	10	61	66	6	2	26	1.26
26517617--26517659	21	2.0	21	95	0	77	34	34	9	20	1.85
26517633--26517663	15	2.1	15	93	0	53	35	32	9	22	1.87
26518856--26518921	28	2.4	27	75	12	62	36	6	3	54	1.41
26522599--26522644	23	2.0	23	100	0	92	26	26	0	47	1.52
26525050--26525083	14	2.5	13	86	9	50	26	20	2	50	1.63
26525058--26525084	14	1.9	14	100	0	54	29	14	3	51	1.60
26525366--26525450	43	2.0	43	100	0	170	20	18	32	28	1.96
26539373--26539404	16	2.0	16	93	0	55	40	40	6	12	1.68
26539908--26539955	22	2.1	23	84	3	62	72	2	4	20	1.11
26539895--26539957	24	2.7	23	77	5	63	74	4	3	17	1.12
26540065--26540094	14	2.1	15	93	6	53	0	50	0	50	1.00
26540061--26540115	19	3.0	18	80	17	60	0	50	0	49	1.00
26540075--26540129	23	2.5	22	75	3	56	0	41	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26558919--26559191	67	4.0	67	86	6	315	42	17	21	18	1.90
26558929--26559191	101	2.6	101	91	4	408	41	18	22	18	1.91
26560845--26562223	459	3.0	459	98	0	2643	36	16	16	30	1.91
26566739--26566795	25	2.2	25	84	9	71	64	10	1	22	1.34
26582334--26582414	38	2.0	41	86	6	114	50	7	3	38	1.48
26583711--26583977	43	6.3	43	85	0	304	27	29	17	25	1.98
26584244--26584330	43	2.0	43	88	0	129	43	11	11	33	1.77
26587152--26587335	41	4.5	41	86	3	246	29	25	20	23	1.99
26587397--26587517	40	3.1	39	77	5	118	21	17	22	38	1.93
26587419--26587519	40	2.5	40	83	3	123	20	15	21	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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