genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14345105--14345713	43	14.6	43	73	12	400	27	15	25	31	1.96
14345103--14345455	129	2.7	128	92	3	552	28	15	25	31	1.96
14347753--14347796	22	2.0	22	82	8	54	34	6	2	56	1.38
14351976--14352008	16	2.0	17	88	5	50	30	3	0	66	1.06
14369741--14370101	180	2.0	181	93	0	616	43	9	13	32	1.77
14373926--14374016	41	2.2	40	90	1	137	53	7	5	32	1.52
14374157--14374195	14	2.8	13	85	14	51	30	2	10	56	1.46
14374494--14374545	20	2.5	20	78	15	52	69	5	1	23	1.20
14374695--14375005	150	2.1	152	97	1	590	47	9	7	36	1.63
14379761--14379790	4	7.5	4	100	0	60	0	76	0	23	0.78
14397758--14397792	3	11.7	3	93	0	61	0	31	2	65	1.07
14401430--14401463	17	2.0	17	100	0	68	29	11	0	58	1.33
14408573--14408665	18	5.2	18	93	0	150	31	16	24	27	1.96
14412973--14413031	30	2.0	29	83	9	75	42	6	3	47	1.46
14413768--14413799	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
14416066--14416104	18	2.2	19	86	9	55	56	17	0	25	1.41
14418900--14418962	32	2.0	32	93	0	108	33	11	22	33	1.89
14420571--14420614	22	2.0	22	95	0	79	31	20	13	34	1.92
14427040--14427538	259	1.9	260	88	1	750	30	14	21	34	1.93
14442110--14442186	14	5.0	15	72	20	61	44	14	7	33	1.74
14442126--14442165	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
14442114--14442180	34	1.9	35	93	3	118	47	13	7	31	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14445066--14445098	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
14455387--14455561	9	19.0	9	65	19	58	33	1	5	60	1.26
14475173--14475226	25	2.2	25	83	6	65	37	1	31	29	1.68
14476742--14476858	25	4.7	25	82	0	99	34	15	25	24	1.95
14476748--14476861	50	2.3	51	83	6	144	34	15	26	23	1.95
14477359--14477488	25	5.2	25	87	0	170	32	17	30	20	1.95
14481746--14481777	16	2.0	16	93	0	55	65	6	3	25	1.31
14483015--14483106	10	9.1	10	70	21	59	28	3	4	64	1.28
14484419--14484491	36	2.0	36	100	0	146	45	16	2	35	1.62
14484603--14484627	4	6.2	4	100	0	50	24	76	0	0	0.80
14493925--14494195	46	6.6	44	72	22	225	36	13	21	28	1.91
14493961--14494153	36	5.0	36	81	14	215	37	13	20	28	1.90
14493925--14494153	82	2.9	81	87	6	312	37	12	20	28	1.90
14493961--14494195	120	2.0	114	88	4	344	37	14	20	28	1.91
14501049--14501103	16	3.6	16	78	4	60	67	1	0	30	1.01
14503837--14503878	22	2.0	22	90	4	68	28	0	4	66	1.12
14503836--14503885	21	2.3	21	82	6	64	28	0	4	68	1.08
14503847--14503908	29	2.1	29	84	0	79	29	4	4	61	1.37
14505603--14505660	28	2.1	28	81	12	66	67	1	1	29	1.11
14505658--14505710	21	2.5	21	80	20	58	66	3	3	26	1.26
14505823--14505884	29	2.1	29	85	5	81	32	4	0	62	1.16
14505845--14505944	10	10.2	10	70	20	68	38	3	0	59	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14505845--14505944	29	3.4	29	77	13	82	38	3	0	59	1.13
14505806--14505916	48	2.3	48	80	12	120	33	4	0	62	1.16
14511956--14511999	23	1.9	23	81	9	54	52	4	11	31	1.57
14512126--14512355	10	23.8	9	66	21	60	58	4	2	34	1.33
14512252--14512307	21	2.7	21	83	5	60	62	5	1	30	1.28
14512247--14512317	31	2.3	31	82	4	90	59	4	1	35	1.26
14512251--14512356	10	10.9	10	71	15	62	58	3	1	35	1.27
14512874--14513119	10	25.7	9	65	21	67	33	2	4	60	1.29
14537783--14537855	26	2.8	26	78	15	89	42	8	16	32	1.78
14539439--14539484	14	3.3	14	93	0	83	41	0	2	56	1.11
14539614--14539645	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
14540830--14540894	21	3.1	21	86	2	87	13	24	26	35	1.93
14544257--14544346	42	2.2	42	93	2	155	27	16	13	42	1.86
14573551--14573579	7	4.1	7	100	0	58	86	0	0	13	0.58
14575241--14575302	24	2.6	25	75	17	67	53	0	4	41	1.22
14576288--14576337	18	2.8	18	96	0	91	14	52	8	26	1.68
14576288--14576346	18	3.5	16	88	6	66	13	54	8	23	1.66
14576626--14576898	135	2.0	135	98	0	528	27	28	20	23	1.99
14578150--14578189	20	2.0	21	90	5	64	60	2	0	37	1.11
14580556--14580623	2	34.0	2	96	0	118	47	50	2	0	1.16
14580689--14580862	48	3.6	48	88	0	186	23	30	19	26	1.98
14589506--14589782	87	3.2	87	96	0	518	20	42	10	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14602231--14602489	4	66.8	4	71	7	113	38	3	57	0	1.19
14602231--14602489	10	26.7	10	69	7	113	38	3	57	0	1.19
14602252--14602420	38	4.5	38	73	17	131	36	4	59	0	1.16
14602250--14602456	60	3.4	61	75	13	169	35	3	60	0	1.15
14604881--14604973	36	2.6	35	77	6	98	16	9	30	44	1.79
14605864--14605893	12	2.5	12	94	0	51	30	36	23	10	1.87
14607425--14607597	52	3.4	52	82	10	241	27	23	13	35	1.93
14607431--14607603	46	3.7	46	84	9	231	28	22	14	34	1.93
14610485--14610536	24	2.2	24	85	0	68	50	5	5	38	1.51
14611698--14611829	12	10.2	13	69	20	71	24	13	8	53	1.67
14611760--14611826	23	2.8	23	84	11	82	25	14	10	49	1.76
14613487--14613541	22	2.4	22	78	9	56	32	5	7	54	1.51
14615679--14615717	20	2.0	20	84	0	51	46	0	10	43	1.37
14618889--14618926	17	2.1	19	85	9	53	55	18	2	23	1.55
14621869--14621920	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
14622724--14622930	43	4.8	43	83	6	208	29	29	18	21	1.97
14622724--14622930	85	2.4	86	81	8	235	29	29	18	21	1.97
14628365--14628406	16	2.5	17	92	7	68	45	0	0	54	0.99
14628598--14628722	7	17.7	7	73	8	83	46	32	1	20	1.60
14628598--14628722	21	5.9	21	72	9	101	46	32	1	20	1.60
14628598--14628722	14	8.9	14	74	5	99	46	32	1	20	1.60
14628596--14628722	35	3.6	36	78	4	98	45	32	1	20	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14629029--14629262	42	5.7	41	87	4	337	27	31	20	20	1.98
14629029--14629269	41	5.9	41	88	4	360	27	31	21	19	1.98
14629029--14629263	83	2.8	81	91	5	373	27	31	21	20	1.98
14629308--14629437	40	3.2	40	92	2	208	20	23	22	34	1.97
14638859--14639696	249	3.4	249	80	1	953	28	18	23	28	1.98
14638709--14639780	50	21.5	50	70	2	547	29	19	23	28	1.98
14638720--14639754	100	10.4	100	83	0	1050	28	19	22	28	1.98
14639743--14639912	44	3.8	44	84	0	214	31	19	21	27	1.97
14639800--14640040	90	2.7	93	74	14	202	31	17	22	28	1.97
14641500--14641529	4	7.5	4	92	0	51	26	0	0	73	0.84
14646720--14646799	40	2.0	40	95	4	144	27	10	15	47	1.77
14647587--14647681	4	23.8	4	87	4	138	47	24	4	24	1.69
14648334--14648375	22	1.9	22	85	9	59	45	14	2	38	1.58
14649295--14649413	4	29.8	4	98	0	229	50	24	0	25	1.50
14651468--14651511	17	2.6	17	86	10	56	52	0	4	43	1.22
14656432--14656480	20	2.5	19	83	6	71	57	10	2	30	1.43
14656461--14656503	17	2.5	17	81	7	52	60	2	0	37	1.10
14662650--14662716	33	2.0	33	91	5	109	49	7	16	26	1.72
14669791--14669857	34	1.9	35	90	3	109	34	8	10	46	1.70
14670985--14671042	30	1.9	30	92	0	98	27	12	18	41	1.86
14683825--14683947	57	2.1	58	89	1	185	50	6	15	27	1.68
14688084--14688118	14	2.4	14	95	4	61	8	25	0	65	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14688064--14688108	19	2.5	18	83	16	58	6	26	0	66	1.16
14688747--14688839	41	2.2	41	98	1	177	24	2	33	39	1.67
14688834--14688893	19	3.1	19	88	9	68	30	5	25	40	1.77
14688847--14688893	19	2.4	19	96	3	85	29	4	21	44	1.71
14690660--14690691	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
14690684--14690896	61	3.4	63	69	17	194	41	2	6	49	1.41
14690646--14690938	120	2.4	120	92	2	482	42	2	5	50	1.36
14690767--14690801	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
14690887--14690921	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14690875--14691149	147	1.9	149	94	1	491	48	2	2	46	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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