genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.126.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39161357--39161462	32	3.2	32	65	15	81	34	7	6	50	1.57
39178970--39179036	23	2.8	24	81	4	82	22	22	2	52	1.61
39179007--39179141	40	3.4	40	92	1	218	22	23	3	49	1.66
39179093--39179131	15	2.5	16	87	4	53	20	25	2	51	1.60
39179581--39179635	27	2.0	28	89	3	85	14	23	0	61	1.33
39183707--39183746	20	2.1	18	86	13	53	57	2	15	25	1.50
39183932--39184008	39	2.0	38	85	7	102	50	2	9	37	1.48
39184964--39185006	6	6.8	6	89	5	59	79	0	4	16	0.90
39185533--39185597	25	2.6	25	90	2	103	29	21	24	24	1.99
39187644--39187686	22	2.0	22	100	0	86	46	9	9	34	1.68
39188228--39188273	20	2.2	20	84	3	56	36	15	2	45	1.58
39201596--39201632	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
39201674--39201735	30	2.1	30	90	0	97	19	37	0	43	1.51
39201846--39201905	30	2.0	31	83	9	79	20	38	0	41	1.52
39201996--39202039	20	2.4	18	85	11	54	31	20	0	47	1.50
39203025--39203061	18	2.1	18	89	0	56	45	13	13	27	1.81
39204998--39205034	18	2.0	19	94	5	67	35	5	27	32	1.79
39205788--39205832	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
39208630--39208902	35	8.1	34	83	7	317	41	17	21	18	1.90
39208640--39208902	67	3.9	67	89	4	338	40	18	22	18	1.91
39208640--39208902	102	2.6	102	91	2	417	40	18	22	18	1.91
39209196--39209229	13	2.5	13	95	4	59	44	8	5	41	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39213550--39213594	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
39216392--39216665	35	8.1	34	83	6	308	41	17	21	18	1.90
39216392--39216665	67	4.0	67	87	4	331	41	17	21	18	1.90
39216402--39216665	102	2.6	102	90	3	410	40	17	22	18	1.91
39216957--39216990	13	2.5	13	95	4	59	44	8	5	41	1.60
39217066--39217099	13	2.5	13	95	4	59	41	5	8	44	1.60
39244333--39244414	27	3.1	27	76	16	91	42	0	12	45	1.41
39247950--39248132	40	4.6	39	81	8	201	25	22	27	24	2.00
39255990--39256173	40	4.6	40	80	6	187	25	23	27	23	2.00
39256043--39256206	79	2.1	78	80	8	181	26	21	27	23	1.99
39260478--39260517	21	1.9	21	84	0	53	45	37	10	7	1.66
39271332--39271380	24	1.9	26	88	12	75	67	0	2	30	1.02
39272788--39272830	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
39273269--39273364	27	3.4	28	86	2	122	29	13	26	31	1.94
39273297--39273380	27	3.0	27	84	5	78	30	11	23	33	1.91
39285776--39285827	23	2.3	22	80	9	59	11	36	7	44	1.70
39285902--39285958	30	1.9	30	96	0	105	22	24	12	40	1.88
39296801--39296963	41	4.0	40	85	1	209	22	30	15	31	1.95
39296799--39296984	82	2.3	82	83	1	239	22	29	16	31	1.96
39297261--39297296	14	2.6	14	91	8	56	19	8	16	55	1.66
39298445--39299188	16	46.3	17	66	19	266	46	14	3	35	1.63
39298514--39299155	9	70.6	9	67	17	176	46	15	3	34	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39298450--39298607	82	1.9	82	89	2	246	45	15	3	35	1.63
39298544--39299140	46	13.8	46	72	15	470	46	15	3	34	1.63
39298462--39298972	128	4.0	128	81	9	662	46	14	4	34	1.65
39298591--39299097	83	6.1	82	82	11	622	46	15	3	34	1.64
39298450--39298864	211	2.0	210	90	1	652	46	15	3	34	1.64
39299038--39299116	21	3.6	21	69	24	63	50	12	2	34	1.54
39298854--39299130	83	3.4	81	83	9	314	46	15	3	33	1.63
39298544--39299114	257	2.2	257	98	0	1090	46	14	4	34	1.64
39299355--39299565	9	24.8	9	78	11	221	45	21	1	31	1.61
39299355--39299565	34	6.2	34	73	18	170	45	21	1	31	1.61
39299359--39299561	25	8.0	25	84	5	207	45	21	1	31	1.61
39301462--39301532	21	3.4	21	86	0	106	33	15	45	5	1.70
39301927--39302093	43	3.9	43	83	4	203	28	17	27	26	1.97
39303450--39303526	36	2.1	37	80	7	86	46	2	6	44	1.43
39303656--39303705	10	4.8	10	78	9	55	66	2	4	28	1.21
39304014--39304058	21	2.1	21	84	8	56	37	2	2	57	1.23
39310583--39310680	48	2.0	48	98	0	187	41	20	5	32	1.74
39311264--39311319	5	11.2	5	100	0	112	39	19	0	41	1.52
39317884--39317957	37	2.0	37	100	0	148	29	10	18	40	1.85
39318971--39319032	30	2.1	30	100	0	124	38	3	11	46	1.56
39325382--39325438	17	3.5	17	68	20	50	57	1	3	36	1.26
39341081--39341126	14	3.4	14	76	11	51	73	0	26	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39343369--39343762	40	9.8	41	84	9	506	25	20	28	24	1.99
39343369--39343762	82	4.9	82	90	5	590	25	20	28	24	1.99
39347749--39347788	21	2.0	20	85	9	55	32	0	5	62	1.17
39348205--39348247	12	3.7	11	79	11	50	39	2	6	51	1.42
39349475--39349508	16	2.1	16	100	0	68	17	17	23	41	1.90
39349952--39349997	19	2.4	18	82	10	56	23	19	8	47	1.77
39354102--39355231	44	25.4	44	76	4	863	30	13	23	32	1.94
39354059--39355231	89	13.2	89	80	3	943	30	14	23	31	1.94
39354059--39355212	133	8.7	133	86	3	1058	29	14	23	32	1.94
39356774--39356813	21	2.0	20	85	9	55	32	0	5	62	1.17
39359551--39359597	19	2.5	19	75	24	55	36	10	0	53	1.36
39360548--39360602	19	2.8	19	75	5	56	61	1	0	36	1.06
39363383--39363438	25	2.2	25	80	0	67	32	21	25	21	1.98
39372865--39372960	25	3.8	24	80	6	93	33	22	28	15	1.95
39372914--39372994	26	3.2	25	83	10	78	37	22	22	18	1.95
39376402--39376434	16	2.1	16	88	11	50	39	6	0	54	1.25
39378918--39378947	15	2.0	15	93	0	51	30	6	13	50	1.67
39392959--39392987	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
39400790--39400845	29	1.9	29	88	0	85	48	12	10	28	1.74
39401853--39401900	22	2.1	24	84	7	64	64	0	4	31	1.12
39418236--39418312	14	5.6	14	67	6	59	32	18	1	48	1.56
39418233--39418314	27	3.0	27	87	0	119	32	20	1	45	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39418233--39418335	13	7.7	13	71	8	64	33	20	1	44	1.63
39418237--39418325	27	3.3	26	82	3	97	33	17	2	46	1.61
39422513--39422638	43	2.9	43	78	12	141	29	29	20	20	1.98
39423135--39423160	11	2.4	11	100	0	52	0	15	0	84	0.62
39423209--39423265	28	2.0	28	90	6	89	38	5	0	56	1.22
39429636--39429787	76	2.0	76	98	0	295	37	25	9	27	1.87
39431331--39431387	28	2.0	28	90	6	89	38	5	0	56	1.22
39438698--39438722	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
39440154--39440612	47	9.6	47	93	1	720	32	8	30	28	1.86
39440154--39440612	192	2.4	192	95	0	823	32	8	30	28	1.86
39443396--39443438	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
39443883--39444087	56	3.7	54	83	8	207	25	14	28	31	1.94
39443908--39444087	28	6.6	27	94	1	270	26	14	28	31	1.95
39451600--39451642	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
39452110--39452285	27	6.6	27	95	2	275	27	13	28	30	1.94
39456572--39456698	27	4.7	27	74	9	116	25	13	18	42	1.86
39468835--39469054	47	4.6	49	85	5	290	32	8	30	29	1.86
39471361--39471395	19	1.9	19	88	11	56	45	0	5	48	1.26
39482674--39482819	44	3.3	44	88	0	184	32	21	22	23	1.98
39482455--39483040	263	2.2	262	86	1	780	31	18	21	27	1.97
39482741--39485148	219	10.9	219	80	6	1804	33	18	19	28	1.96
39483415--39483517	44	2.3	44	89	0	161	32	21	23	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39482960--39483927	484	2.0	482	87	1	1382	33	19	19	27	1.96
39483185--39483730	263	2.1	264	85	1	745	32	20	20	26	1.97
39483929--39484253	175	1.9	175	89	1	508	32	16	19	30	1.94
39483933--39484307	175	2.1	174	83	5	461	33	16	19	30	1.94
39484507--39487855	613	5.5	611	72	10	2423	32	18	20	28	1.96
39484732--39485526	394	2.0	394	88	1	1182	33	18	19	28	1.96
39484945--39485304	175	2.1	175	86	1	506	32	16	20	30	1.95
39484947--39485358	175	2.4	174	81	5	438	33	16	20	30	1.95
39485996--39486412	175	2.4	175	87	1	568	31	19	20	28	1.97
39485122--39486183	219	4.8	219	88	1	1545	32	17	20	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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