genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25850480--25850752	34	8.0	34	69	17	156	47	19	1	32	1.56
25850548--25850755	25	8.3	25	68	21	87	47	19	0	32	1.56
25856062--25856112	21	2.4	21	93	0	84	33	13	47	5	1.67
25856502--25856770	85	3.1	85	79	3	245	27	18	26	27	1.98
25856502--25856770	42	6.3	43	79	1	245	27	18	26	27	1.98
25860969--25861046	20	3.9	20	81	9	97	46	25	21	6	1.75
25873979--25874046	31	2.2	31	97	0	127	35	8	19	36	1.83
25877535--25877578	19	2.3	20	81	18	58	70	6	13	9	1.33
25877536--25877577	20	2.2	19	83	12	50	73	4	11	9	1.22
25879649--25879673	13	1.9	13	100	0	50	28	24	0	48	1.52
25882286--25882388	28	3.7	28	89	0	152	33	24	11	31	1.91
25882979--25883007	14	2.0	15	93	6	51	48	24	0	27	1.51
25887023--25887065	1	43.0	1	95	0	77	97	0	0	2	0.16
25894459--25894499	20	2.0	20	85	0	55	46	0	14	39	1.45
25907229--25907253	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
25909867--25909926	18	3.3	18	78	19	54	71	0	6	21	1.08
25909867--25909926	19	3.3	19	81	11	63	71	0	6	21	1.08
25913215--25913528	63	5.0	63	78	4	188	34	31	7	26	1.84
25916781--25916930	27	5.5	27	80	3	131	28	29	15	26	1.96
25916781--25916958	54	3.3	54	77	7	155	30	27	15	26	1.96
25916802--25916957	27	5.7	27	78	6	120	30	27	16	26	1.96
25924370--25924519	27	5.5	27	80	3	131	28	29	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25924370--25924547	54	3.3	54	77	7	155	30	27	15	26	1.96
25924391--25924546	27	5.7	27	78	6	120	30	27	16	26	1.96
25929490--25929528	15	2.8	13	85	14	60	35	15	2	46	1.60
25929490--25929527	14	2.7	14	88	11	60	36	13	2	47	1.56
25931983--25932062	42	1.9	41	84	2	106	33	27	21	17	1.96
25931960--25932086	41	3.1	41	77	2	128	32	27	20	19	1.97
25942123--25942189	25	2.7	25	88	0	107	35	16	17	29	1.92
25949759--25949785	14	1.9	14	100	0	54	29	14	7	48	1.71
25962370--25962432	20	3.1	20	82	11	83	34	22	31	11	1.89
25971091--25971129	16	2.4	16	83	12	53	23	0	10	66	1.22
25971588--25971627	21	1.9	21	85	10	55	20	7	7	65	1.43
25972882--25972911	15	2.0	15	93	0	51	23	10	13	53	1.69
26001952--26002014	20	3.1	20	82	11	83	34	22	31	11	1.89
26007095--26007128	17	2.1	16	89	10	52	38	0	5	55	1.24
26018106--26018134	14	2.0	15	93	6	51	0	37	0	62	0.96
26018311--26018367	4	11.8	5	82	17	52	19	1	1	77	0.95
26027755--26027906	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
26027755--26027906	55	2.8	55	93	0	250	30	28	13	26	1.94
26030378--26030456	29	2.8	29	83	11	94	25	18	16	39	1.91
26034882--26034919	13	2.8	14	80	19	53	65	5	5	23	1.34
26035285--26035374	28	3.1	28	73	20	87	60	4	2	33	1.29
26035706--26035753	3	16.0	3	95	0	87	64	0	2	33	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26037689--26037931	131	1.9	131	87	3	364	25	25	21	26	2.00
26037922--26038585	88	7.5	88	88	0	900	21	21	26	30	1.98
26045023--26045394	157	2.4	153	83	7	355	55	2	11	30	1.51
26045100--26045407	157	2.0	153	94	3	548	53	2	12	31	1.52
26045307--26045364	27	2.2	26	81	6	64	58	1	8	31	1.38
26045489--26045524	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
26047931--26047994	29	2.1	32	82	8	80	53	9	3	34	1.49
26050883--26051014	27	4.9	27	80	0	147	36	18	21	23	1.95
26055147--26055211	34	1.9	34	93	0	112	32	9	20	38	1.84
26061170--26061231	25	2.5	24	79	10	70	22	16	29	32	1.95
26072548--26072595	22	2.2	22	92	0	78	33	20	8	37	1.83
26074024--26074073	23	2.2	23	81	0	55	24	2	8	66	1.29
26075610--26075671	27	2.2	29	83	11	76	19	3	8	69	1.28
26086973--26087041	27	2.5	28	90	4	106	21	28	13	36	1.91
26088577--26088799	27	8.3	27	80	4	175	21	16	19	41	1.90
26088577--26088799	54	4.1	54	79	5	218	21	16	19	41	1.90
26088602--26088799	81	2.4	81	79	3	220	22	15	19	42	1.89
26093026--26093123	27	3.6	27	91	0	151	26	26	27	19	1.99
26097974--26098049	38	2.0	38	100	0	152	42	18	10	28	1.83
26114768--26114803	4	9.0	4	93	0	63	25	0	2	72	0.98
26117004--26117106	4	25.8	4	100	0	206	25	0	24	50	1.49
26121855--26121925	23	3.0	24	87	8	101	23	23	16	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26124919--26124956	12	3.5	11	86	13	53	5	13	5	76	1.13
26131826--26131932	49	2.2	49	91	0	169	32	19	25	22	1.97
26131810--26131922	25	4.6	25	79	8	133	30	21	26	22	1.99
26131929--26132728	404	2.0	404	90	2	1268	33	17	12	36	1.87
26144550--26144575	6	4.3	6	100	0	52	0	65	0	34	0.93
26151117--26151156	20	2.0	20	95	0	71	65	12	0	22	1.26
26153149--26153193	23	1.9	24	82	13	58	33	20	4	42	1.72
26161833--26161915	34	2.5	32	79	13	80	38	22	14	24	1.92
26169269--26169326	28	2.1	27	87	6	82	31	24	22	22	1.99
26169463--26169524	24	2.6	24	97	0	115	19	48	6	25	1.72
26169628--26169679	22	2.4	22	80	0	59	44	19	19	17	1.87
26169671--26169834	32	5.2	32	72	6	91	38	18	18	23	1.93
26169691--26169834	32	4.5	32	75	3	119	38	20	18	22	1.94
26169998--26170119	24	5.1	24	83	4	147	45	19	7	27	1.76
26169998--26170119	48	2.5	48	82	5	165	45	19	7	27	1.76
26170080--26170147	25	2.7	26	80	13	72	42	25	7	25	1.80
26170137--26170596	27	17.1	27	83	2	408	23	20	20	36	1.95
26173934--26174081	32	4.6	32	82	3	154	37	22	21	17	1.94
26174075--26174131	26	2.2	26	87	0	78	33	26	22	17	1.96
26174090--26174140	26	2.0	26	88	0	75	35	21	23	19	1.96
26174128--26174187	27	2.2	27	88	11	88	31	25	25	18	1.97
26174268--26174413	24	6.1	25	87	3	178	44	19	8	27	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26174256--26174413	48	3.3	48	86	1	201	44	20	8	27	1.79
26174256--26174413	72	2.2	72	85	2	201	44	20	8	27	1.79
26174430--26174792	27	13.5	27	78	2	320	25	20	18	35	1.95
26174433--26174749	81	3.9	81	86	1	395	25	19	18	35	1.95
26174780--26174899	54	2.2	54	89	2	179	21	20	18	39	1.93
26174780--26174911	27	4.9	27	75	9	126	21	19	19	39	1.93
26176796--26176922	64	2.0	64	87	0	182	27	22	12	37	1.90
26178333--26178391	22	2.7	21	80	12	73	32	3	20	44	1.68
26183395--26183453	22	2.7	21	80	12	73	32	3	20	44	1.68
26184946--26185166	50	4.3	50	79	7	153	25	27	18	28	1.98
26184978--26185166	50	3.7	50	80	5	191	24	29	18	26	1.98
26185793--26185846	6	9.2	6	87	4	74	3	12	16	66	1.38
26188272--26188657	102	3.8	101	85	5	453	29	15	26	29	1.96
26188272--26188657	51	7.7	50	79	7	390	29	15	26	29	1.96
26191078--26191432	120	3.0	120	97	0	674	42	0	5	51	1.28
26191097--26191418	56	5.4	58	69	20	238	42	0	5	51	1.29
26191577--26191669	44	2.1	44	82	9	109	37	24	3	34	1.72
26191661--26191706	16	2.9	16	90	0	74	26	30	4	39	1.75
26212112--26212183	25	2.9	25	80	0	81	27	19	19	33	1.96
26220487--26220725	43	5.6	43	74	7	146	42	20	14	22	1.88
26225231--26225352	8	13.7	9	76	13	103	29	1	0	68	1.05
26225230--26225548	27	11.3	28	68	18	137	30	3	2	63	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26225230--26225307	39	2.0	38	85	11	106	29	2	1	66	1.13
26225228--26225352	17	7.1	16	74	18	90	28	1	0	68	1.04
26225454--26225521	23	3.1	22	78	14	79	29	4	1	64	1.21
26225427--26225550	19	6.5	19	67	21	64	30	4	0	64	1.17
26225604--26225672	10	7.2	9	71	15	50	21	2	5	69	1.23
26225604--26225671	28	2.3	29	83	11	86	22	2	5	69	1.24
26225768--26225844	31	2.5	31	93	2	127	42	2	20	33	1.66
26232284--26232368	42	2.0	42	86	0	116	21	22	15	41	1.90
26242907--26242936	15	2.0	15	93	0	51	33	13	30	23	1.93
26244737--26244980	50	4.8	50	86	3	337	22	31	20	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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