genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27105040--27105083	21	2.1	21	83	8	54	36	4	0	59	1.18
27108354--27108392	19	2.1	19	100	0	78	15	10	38	35	1.81
27115076--27115114	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
27117818--27117853	16	2.2	16	95	0	63	27	0	33	38	1.57
27118089--27118123	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27118160--27118194	16	2.2	16	100	0	70	31	0	11	57	1.34
27118140--27118218	24	3.5	24	73	16	62	36	0	10	53	1.35
27118338--27118379	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
27118545--27118592	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
27118500--27118728	92	2.5	92	82	8	227	47	3	3	44	1.38
27126951--27126993	20	2.2	20	84	16	54	62	0	4	32	1.15
27129304--27129379	24	3.2	24	90	0	107	50	9	3	36	1.53
27135081--27135125	21	2.1	22	83	4	56	33	4	13	48	1.62
27140158--27140261	49	2.1	49	90	0	163	30	6	12	50	1.66
27141649--27141698	20	2.5	20	93	3	82	38	6	4	52	1.45
27141685--27142159	120	4.0	120	96	1	853	42	0	5	51	1.30
27142042--27142259	102	2.1	102	95	0	391	42	1	4	51	1.31
27142244--27142327	26	3.2	26	70	8	71	41	0	2	55	1.12
27145846--27145875	14	2.1	14	93	0	51	46	0	3	50	1.18
27153224--27153261	20	1.9	19	89	5	58	23	44	15	15	1.85
27154300--27154399	40	2.5	40	82	3	123	32	13	23	32	1.92
27156673--27156771	50	2.0	50	97	0	189	36	5	15	43	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27161030--27161281	103	2.5	103	87	2	364	18	21	28	30	1.97
27167279--27167401	52	2.3	53	83	6	151	28	6	15	49	1.69
27169232--27169260	6	4.8	6	100	0	58	68	0	0	31	0.89
27182207--27182356	40	3.8	40	82	7	187	28	23	22	26	1.99
27182777--27182856	22	3.7	22	74	15	58	26	2	28	42	1.68
27182826--27182863	15	2.6	14	88	8	58	21	0	36	42	1.53
27182918--27183010	7	13.0	7	78	8	80	18	0	37	44	1.50
27182915--27183010	50	1.9	50	87	4	140	18	0	36	44	1.50
27186294--27186719	114	3.7	113	79	10	415	28	16	19	34	1.94
27186294--27186772	229	2.1	229	80	9	516	28	16	20	34	1.94
27186294--27186767	114	4.1	114	77	10	396	28	16	20	34	1.95
27186916--27186975	28	2.1	28	81	3	66	8	43	0	48	1.33
27209109--27209200	17	5.4	17	67	23	50	42	2	4	51	1.34
27216408--27216442	13	2.7	13	90	0	61	34	42	14	8	1.76
27223681--27223729	26	2.0	24	91	0	62	46	10	2	40	1.49
27235347--27235377	13	2.4	13	94	0	53	38	0	3	58	1.15
27238707--27238851	50	2.9	49	80	6	132	18	28	20	33	1.96
27238767--27238863	50	1.9	50	83	4	124	18	25	21	34	1.96
27243835--27244021	50	3.8	48	85	2	250	25	21	34	18	1.96
27243839--27244021	97	1.9	99	88	3	280	25	21	34	18	1.96
27244444--27244559	45	2.6	45	83	5	128	30	10	23	36	1.88
27244546--27244636	45	2.0	45	83	12	116	25	18	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27246050--27246080	16	1.9	16	93	0	53	45	0	29	25	1.54
27246166--27246225	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
27246325--27246349	5	5.0	5	100	0	50	20	0	80	0	0.72
27246449--27246485	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
27248651--27248714	21	3.0	22	70	9	60	35	25	20	18	1.95
27249206--27249250	23	2.0	23	81	0	54	15	8	2	73	1.18
27255264--27255304	21	2.0	21	95	0	73	19	7	17	56	1.64
27256468--27256571	49	2.1	49	94	3	183	30	7	11	50	1.67
27257959--27258009	24	2.2	23	82	10	59	39	1	5	52	1.37
27258016--27258061	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
27257992--27258108	55	2.1	54	82	7	137	44	0	3	51	1.24
27258224--27258312	45	2.0	44	85	10	119	37	22	4	35	1.75
27258296--27258336	16	2.6	16	92	0	64	26	19	7	46	1.76
27258489--27258520	6	5.3	6	92	0	55	68	12	15	3	1.32
27258483--27258520	18	2.1	18	95	0	67	68	13	13	5	1.37
27261976--27262052	31	2.5	31	71	12	77	44	7	16	31	1.77
27265680--27265753	6	12.3	6	94	0	76	25	47	0	27	1.52
27276014--27276275	132	2.0	132	95	1	472	32	21	14	31	1.93
27277785--27277818	13	2.6	13	82	17	52	20	0	5	73	1.04
27283877--27283932	22	2.7	20	79	17	60	46	1	1	50	1.22
27283892--27283937	16	2.8	17	76	3	58	50	2	0	47	1.13
27292936--27292983	21	2.3	21	96	0	87	39	22	18	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27295623--27295670	25	1.9	25	95	0	87	31	8	16	43	1.78
27298753--27298791	19	2.0	21	90	10	64	35	7	7	48	1.61
27298687--27298834	74	2.0	76	82	2	183	34	13	5	46	1.66
27300836--27300921	28	3.0	28	83	5	100	27	19	24	27	1.99
27301272--27301722	27	16.7	27	85	5	565	17	18	19	43	1.88
27302622--27302664	18	2.3	19	80	4	52	72	9	18	0	1.11
27315033--27315192	45	3.6	45	86	3	207	46	14	18	21	1.84
27318873--27318934	27	2.3	27	94	0	106	37	8	27	27	1.85
27320705--27320773	22	3.2	22	72	12	72	24	17	10	47	1.78
27320705--27320758	20	2.6	20	76	5	54	27	18	7	46	1.76
27321338--27321388	25	2.0	25	100	0	102	50	11	11	25	1.72
27328894--27328946	23	2.2	24	87	9	74	58	1	0	39	1.09
27328894--27328948	24	2.5	22	81	18	69	60	1	0	38	1.08
27328997--27329067	31	2.2	33	85	10	92	19	30	18	30	1.96
27334621--27334662	12	3.4	13	77	12	52	28	0	21	50	1.49
27336606--27336678	26	2.8	26	87	0	101	19	17	27	35	1.94
27338139--27338303	43	3.9	41	69	13	111	32	23	13	30	1.93
27338226--27338312	43	2.0	44	86	2	122	32	25	14	27	1.95
27338141--27338303	85	1.9	84	82	3	202	31	23	14	30	1.94
27341875--27341922	25	1.9	25	86	0	69	41	22	14	20	1.89
27349927--27349973	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
27350605--27350884	81	3.5	80	84	3	346	43	21	15	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27350597--27350884	27	10.6	27	84	4	314	43	21	15	19	1.88
27357419--27357501	39	2.1	39	95	0	148	46	16	7	28	1.74
27359757--27359804	15	3.1	15	87	3	69	37	22	14	25	1.92
27359787--27359836	23	2.1	23	85	7	64	36	24	22	18	1.95
27359848--27359910	25	2.6	25	84	2	83	31	19	30	19	1.96
27362167--27362396	116	2.0	116	90	0	361	30	12	19	37	1.89
27364022--27364070	24	2.0	24	100	0	98	28	8	12	51	1.68
27365667--27365699	15	2.2	15	100	0	66	18	39	0	42	1.50
27371654--27371761	43	2.5	43	90	1	162	31	22	17	28	1.97
27371876--27371958	31	2.7	30	85	3	112	42	18	9	30	1.82
27377389--27377548	63	2.6	62	82	6	173	40	1	1	55	1.21
27377417--27377548	63	2.1	63	91	2	212	40	1	2	55	1.22
27381517--27381570	21	2.6	21	87	0	81	24	11	37	27	1.89
27384215--27384264	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
27388855--27388904	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
27391814--27391845	17	1.9	16	93	6	55	65	6	0	28	1.16
27392160--27392214	28	2.0	28	96	0	101	5	34	43	16	1.71
27392396--27392443	20	2.4	20	100	0	96	8	45	33	12	1.72
27393385--27394109	44	16.8	43	68	13	219	27	22	20	28	1.99
27393385--27394280	89	10.4	86	64	17	214	28	22	20	28	1.99
27393481--27393938	172	2.7	172	95	0	817	28	22	20	28	1.99
27393569--27393844	83	3.3	83	71	7	275	30	22	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27393355--27393754	217	1.8	217	84	5	549	28	23	20	28	1.99
27393741--27394154	216	1.9	216	91	1	686	28	22	20	28	1.98
27393369--27394370	388	2.6	388	92	2	1588	28	23	20	28	1.99
27393957--27394326	172	2.1	171	91	2	605	28	22	20	28	1.98
27393999--27394368	89	4.2	89	72	6	301	28	23	20	28	1.98
27393864--27394375	44	11.8	46	66	18	152	27	23	20	28	1.99
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27406945--27406979	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27407013--27407046	16	2.2	16	90	10	54	29	0	5	64	1.17
27407047--27407116	25	2.8	25	79	14	74	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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