genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14903829--14903874	22	2.1	22	84	8	58	0	36	0	63	0.95
14904132--14904236	29	3.6	29	78	5	95	39	3	20	36	1.71
14904231--14904261	16	1.9	16	93	0	53	16	0	3	80	0.83
14904593--14904622	15	2.0	15	93	0	51	6	23	20	50	1.71
14904700--14904726	7	3.9	7	100	0	54	0	55	0	44	0.99
14905659--14905695	19	1.9	19	94	0	65	32	18	18	29	1.96
14907579--14907887	119	2.6	118	86	4	422	45	1	5	48	1.33
14907831--14907865	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14907831--14907885	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
14908101--14908152	16	3.2	16	94	0	95	38	34	0	26	1.57
14908755--14909093	176	1.9	177	89	6	524	40	12	16	30	1.86
14908930--14909285	104	3.4	105	92	4	571	38	14	16	30	1.89
14912305--14912459	58	2.7	58	100	0	310	29	23	16	30	1.96
14912440--14912469	14	2.1	14	100	0	60	20	16	20	43	1.88
14913696--14913977	118	2.4	119	89	4	435	44	1	4	49	1.33
14913921--14913955	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14913921--14913975	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
14913696--14914020	118	2.7	114	80	11	345	44	1	4	49	1.33
14915592--14915806	96	2.2	96	88	1	306	38	16	2	42	1.63
14927936--14927984	23	2.0	24	84	7	64	42	0	2	55	1.11
14933852--14933921	20	3.5	20	75	12	72	27	4	2	65	1.25
14936338--14936362	13	1.9	13	100	0	50	48	0	16	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14938996--14939070	38	2.0	38	89	0	114	32	10	17	40	1.84
14946699--14946749	18	2.8	18	91	5	77	39	1	1	56	1.22
14946898--14947003	44	2.5	41	77	18	126	34	31	3	30	1.75
14946911--14947003	44	2.1	46	91	4	154	36	30	4	29	1.77
14946985--14947037	16	3.3	16	83	0	70	24	30	3	41	1.72
14947707--14947752	22	2.1	23	84	8	60	43	2	6	47	1.41
14956010--14956067	29	2.0	29	96	0	107	51	12	10	25	1.70
14956010--14956131	29	4.3	29	71	14	101	54	9	8	28	1.61
14958368--14958471	49	2.1	49	87	0	145	30	8	9	50	1.65
14959839--14960101	120	2.3	115	87	7	378	44	1	3	50	1.27
14960228--14960334	44	2.5	43	78	14	123	37	28	3	30	1.75
14960248--14960335	46	2.0	46	88	4	135	39	29	4	26	1.76
14960315--14960352	16	2.4	16	90	0	67	26	34	2	36	1.71
14960419--14960479	10	6.1	10	82	3	70	77	0	22	0	0.78
14960404--14960474	26	2.8	25	83	8	81	73	0	26	0	0.84
14960413--14960499	10	9.1	10	78	12	58	70	1	28	0	0.95
14960404--14960499	20	5.0	20	75	12	76	69	1	29	0	0.95
14960411--14960489	36	2.2	37	86	6	117	70	1	27	0	0.95
14960404--14960542	46	2.9	48	75	13	135	66	0	31	0	1.02
14960885--14961337	153	2.9	155	87	3	632	49	7	10	32	1.66
14963598--14963639	8	5.4	8	80	5	50	47	26	2	23	1.64
14963855--14963910	23	2.6	23	81	10	66	35	3	16	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14963853--14963913	19	2.9	21	81	11	72	36	3	18	42	1.66
14964879--14964967	16	5.6	16	72	20	62	33	5	4	56	1.43
14964853--14964950	46	2.2	46	96	1	180	33	5	4	57	1.40
14964853--14965052	48	4.1	48	75	13	176	34	7	3	55	1.44
14964944--14965104	52	3.2	51	73	22	185	34	9	3	52	1.49
14964896--14965106	100	2.1	100	91	1	341	34	8	3	54	1.47
14964880--14965078	50	4.1	48	71	22	146	34	8	3	54	1.47
14965058--14965104	20	2.5	18	77	12	58	34	10	0	55	1.35
14964958--14965006	20	2.5	20	82	0	71	36	8	0	55	1.30
14966203--14966301	41	2.4	40	76	14	103	46	14	3	36	1.60
14966536--14966600	3	21.3	3	77	3	67	1	41	1	55	1.18
14967563--14967646	40	2.1	40	91	4	134	21	22	4	51	1.66
14967627--14967658	16	1.9	17	93	6	57	15	15	0	68	1.21
14967691--14967833	49	2.9	49	90	5	216	26	11	1	60	1.40
14970142--14970368	112	2.0	112	99	0	445	25	26	22	25	2.00
14976318--14976397	30	2.5	32	84	11	112	36	3	1	58	1.24
14977698--14977834	40	3.4	39	83	10	179	38	24	21	16	1.92
14977869--14978105	41	5.8	41	89	0	357	21	20	29	28	1.98
14979010--14979126	55	2.1	54	90	6	182	46	0	9	43	1.42
14979965--14979999	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
14983256--14983311	27	2.1	27	82	0	67	28	5	1	64	1.26
14983540--14983785	43	5.7	43	89	0	366	24	19	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14983544--14983785	129	1.9	129	93	0	421	24	19	32	23	1.97
14983944--14984013	28	2.5	28	90	2	115	25	0	28	45	1.54
14984038--14984167	34	3.8	34	75	13	140	40	0	16	43	1.48
14984226--14984623	126	3.2	125	87	3	532	36	15	17	29	1.91
14986172--14986228	25	2.3	23	81	18	71	52	7	0	40	1.28
14986616--14986669	18	2.9	18	86	2	72	38	9	31	20	1.84
14999764--14999833	24	2.9	24	74	6	70	28	12	15	42	1.84
15000617--15000668	27	1.9	27	100	0	104	25	25	11	38	1.89
15001500--15001653	41	3.8	41	96	0	290	25	27	21	25	1.99
15003612--15003636	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
15006454--15006495	19	2.2	20	86	4	59	50	16	16	16	1.79
15013825--15013862	19	2.0	19	89	0	58	39	5	5	50	1.48
15015175--15015223	20	2.5	19	80	6	62	2	20	2	75	1.00
15018253--15018305	21	2.6	21	84	3	63	35	1	7	54	1.40
15018330--15018369	15	2.6	16	84	4	55	25	2	7	65	1.32
15034635--15034666	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
15037198--15037351	42	3.7	42	75	6	125	39	16	23	20	1.92
15038782--15038807	12	2.2	12	100	0	52	15	7	50	26	1.71
15042022--15042146	50	2.5	50	77	0	124	21	26	23	28	1.99
15046907--15046935	13	2.1	14	93	6	51	75	0	24	0	0.80
15056587--15056654	30	2.3	30	79	5	75	47	7	7	38	1.60
15057210--15057263	27	2.0	26	83	16	67	48	1	14	35	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15060059--15060084	7	3.7	7	100	0	52	15	53	0	30	1.42
15071536--15071569	17	2.1	17	94	5	61	67	14	5	11	1.39
15075045--15075117	30	2.5	28	85	10	101	60	1	1	36	1.14
15077236--15077333	10	9.8	10	71	19	55	26	6	2	65	1.27
15077241--15077314	19	3.7	19	73	20	62	25	5	2	66	1.27
15077248--15077302	28	2.0	28	82	7	67	25	7	3	63	1.37
15105881--15105910	15	1.9	16	93	6	53	66	3	6	23	1.30
15108528--15108568	17	2.4	17	84	8	57	24	26	17	31	1.97
15113592--15113638	24	1.9	25	82	4	60	70	8	6	14	1.32
15116845--15116901	19	3.1	19	78	14	66	57	3	0	38	1.16
15116839--15116903	19	3.4	19	73	16	62	60	4	0	35	1.18
15116954--15117008	25	2.2	25	83	6	67	34	1	3	60	1.25
15128290--15128321	15	2.1	16	88	11	50	53	9	18	18	1.71
15128737--15128780	18	2.4	18	92	0	70	40	45	2	11	1.53
15129479--15129547	33	2.1	33	100	0	138	40	14	17	27	1.88
15129614--15129854	57	4.3	56	81	4	236	28	10	16	43	1.81
15129614--15129860	113	2.2	113	86	2	327	29	10	16	43	1.81
15129614--15129900	56	5.1	57	80	3	280	28	11	16	42	1.83
15132464--15132518	26	2.1	27	75	21	64	32	7	18	41	1.78
15132539--15132614	9	8.4	9	80	0	80	27	6	22	43	1.78
15132547--15132614	27	2.5	27	83	9	93	27	5	22	44	1.76
15135276--15135544	94	2.9	93	86	5	337	31	17	22	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15135913--15136053	64	2.2	64	93	0	246	49	18	4	27	1.66
15135913--15136054	32	4.4	32	80	12	157	49	19	4	27	1.66
15143049--15143101	18	2.9	18	85	2	70	41	47	1	9	1.47
15143252--15143320	27	2.6	27	83	0	93	26	7	21	44	1.78
15143251--15143319	9	7.7	9	82	6	77	26	7	21	44	1.78
15143618--15143718	51	2.0	51	96	0	184	36	27	7	27	1.85
15143889--15143963	33	2.3	33	86	4	98	22	46	2	28	1.65
15145415--15145792	44	8.3	44	67	15	166	33	16	21	29	1.95
15145455--15145956	94	5.4	93	68	16	216	34	16	20	28	1.95
15145401--15145864	138	3.4	137	86	5	657	33	16	20	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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