genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21447664--21448735	238	4.5	238	94	1	1803	42	1	4	51	1.31
21448880--21448975	45	2.2	44	88	5	140	36	28	4	31	1.76
21448961--21448992	16	2.0	16	100	0	64	25	31	6	37	1.81
21457779--21457852	2	37.0	2	100	0	148	0	50	0	50	1.00
21484198--21484243	23	2.0	23	83	8	58	34	0	4	60	1.16
21487077--21487102	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
21487728--21487771	18	2.4	18	88	0	61	18	27	6	47	1.73
21488013--21488059	21	2.2	21	85	7	60	36	38	17	8	1.80
21488026--21488067	21	2.0	21	85	0	57	33	45	19	2	1.63
21490433--21490888	242	1.9	243	90	0	734	24	27	19	28	1.99
21491466--21491881	126	3.3	125	90	0	634	27	19	17	34	1.95
21491958--21492327	97	4.0	97	87	10	524	38	19	1	40	1.60
21493729--21493766	18	2.1	18	85	9	51	44	0	5	50	1.24
21493973--21494005	16	2.1	16	100	0	66	24	18	21	36	1.95
21494624--21494650	8	3.4	8	100	0	54	77	0	0	22	0.76
21494824--21494874	17	2.9	17	75	13	50	50	1	1	45	1.24
21494832--21494876	18	2.5	19	85	7	58	48	2	2	46	1.26
21494824--21494877	19	3.1	17	77	15	56	51	1	1	44	1.22
21495141--21495180	14	2.9	14	88	0	62	40	20	7	32	1.80
21498313--21498448	58	2.3	58	93	0	236	21	25	11	41	1.86
21499656--21499817	85	1.9	85	85	0	225	30	9	16	43	1.80
21502938--21502969	14	2.1	16	88	11	50	40	3	3	53	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21503548--21503586	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
21511307--21511343	16	2.3	16	90	9	58	64	0	8	27	1.21
21515334--21515358	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
21519591--21519850	51	5.1	51	90	0	396	29	21	15	33	1.94
21525571--21526013	227	1.9	228	90	1	710	23	20	26	29	1.99
21525588--21526013	114	3.7	114	92	1	694	24	21	26	28	1.99
21526256--21526289	14	2.3	15	90	5	52	35	0	29	35	1.58
21526312--21526356	14	3.2	14	90	0	63	20	0	44	35	1.51
21526323--21526357	7	5.0	7	96	0	61	17	0	54	28	1.43
21526323--21526373	21	2.4	21	83	0	57	21	0	49	29	1.50
21526459--21526488	14	2.1	14	93	0	51	23	0	43	33	1.54
21526408--21526634	88	2.7	82	73	13	208	31	1	24	42	1.63
21526476--21526630	82	1.9	83	86	4	224	29	1	25	42	1.66
21526682--21526735	21	2.6	21	72	21	51	50	1	5	42	1.36
21526730--21526772	9	4.7	9	83	16	61	58	0	9	32	1.30
21526725--21526769	19	2.6	18	89	10	67	57	0	8	33	1.30
21526725--21526758	8	4.2	8	89	10	52	55	0	8	35	1.31
21526738--21526781	19	2.3	19	88	7	63	63	2	6	27	1.31
21526775--21526821	18	2.6	18	90	10	69	82	2	2	12	0.84
21526810--21526905	46	2.1	47	80	7	117	44	8	1	45	1.40
21527101--21527264	75	2.2	74	83	11	203	28	13	22	35	1.92
21529026--21529084	7	8.3	7	92	3	100	1	13	13	71	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21529654--21529798	13	11.0	13	70	11	89	39	11	4	44	1.61
21529636--21529807	53	3.2	53	86	2	229	38	11	4	45	1.60
21529939--21530258	9	35.8	9	71	15	202	45	20	2	32	1.64
21530005--21530128	34	3.6	33	75	16	85	46	22	2	28	1.64
21530082--21530201	53	2.3	51	82	10	152	45	21	1	30	1.62
21530109--21530266	25	6.2	25	72	12	106	44	19	2	33	1.64
21530005--21530269	52	5.1	50	74	13	162	45	20	2	31	1.65
21535704--21535834	66	2.0	66	90	3	210	41	16	25	16	1.88
21535707--21535871	66	2.5	66	83	7	176	42	19	24	13	1.88
21536155--21536292	42	3.3	41	85	4	161	35	19	20	24	1.96
21539446--21539499	3	18.0	3	92	0	90	3	0	66	29	1.09
21539607--21539657	3	17.3	3	81	4	50	3	1	72	21	1.11
21545294--21545323	15	2.0	15	93	0	51	10	43	0	46	1.37
21549753--21550150	131	3.0	130	79	4	469	38	12	14	34	1.83
21557730--21557756	14	1.9	14	100	0	54	22	3	0	74	0.98
21561279--21561351	31	2.4	31	80	13	89	52	12	12	23	1.72
21563766--21563861	36	2.8	33	74	4	93	23	25	17	33	1.96
21567171--21567214	22	2.0	21	86	4	61	25	27	2	45	1.65
21583391--21583428	16	2.4	16	83	12	51	57	5	15	21	1.57
21589938--21589979	6	7.0	6	100	0	84	16	33	0	50	1.46
21598638--21598680	21	2.0	21	100	0	86	23	13	4	58	1.55
21613352--21613421	20	3.3	20	66	11	59	41	17	7	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21613338--21613423	43	2.0	43	100	0	172	39	13	9	37	1.78
21615614--21615643	8	3.8	8	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21615561--21615695	68	2.0	68	98	0	261	46	6	11	34	1.67
21615574--21615714	68	2.1	68	90	0	219	48	7	12	31	1.68
21624659--21624723	17	3.7	17	71	15	60	44	15	10	29	1.80
21629501--21629595	48	2.0	48	93	0	163	41	24	17	16	1.90
21630665--21630740	29	2.6	29	81	8	84	23	25	17	34	1.96
21630879--21631037	53	3.0	53	89	0	237	26	23	12	37	1.91
21650573--21650629	22	2.5	22	80	5	60	15	8	3	71	1.24
21650586--21650628	22	1.9	23	85	4	61	13	9	2	74	1.16
21655512--21655888	133	2.8	132	91	2	565	22	15	9	52	1.72
21655996--21656089	19	4.7	19	75	22	95	26	1	3	69	1.10
21656025--21656078	16	3.1	16	74	23	54	27	1	0	70	0.98
21655996--21656089	40	2.3	40	80	12	113	26	1	3	69	1.10
21656125--21656192	32	2.2	31	84	12	86	67	5	0	26	1.13
21656966--21657020	22	2.7	20	78	10	56	9	9	12	69	1.38
21663990--21664033	15	2.9	15	80	6	52	36	4	6	52	1.49
21668604--21668644	9	4.6	9	81	0	55	48	9	7	34	1.64
21668782--21668826	21	2.2	20	84	11	56	71	2	4	22	1.15
21669043--21669081	5	7.8	5	97	0	60	20	25	20	33	1.97
21673076--21673203	24	5.2	24	69	9	73	32	20	28	18	1.96
21673244--21673301	26	2.3	25	81	3	62	36	18	25	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21673306--21673354	25	2.0	25	83	0	62	42	16	24	16	1.87
21680607--21680640	13	2.5	14	85	4	52	0	5	8	85	0.75
21682042--21682070	12	2.3	13	94	5	51	51	0	31	17	1.45
21696539--21696613	23	3.2	23	69	3	60	48	16	10	25	1.78
21703251--21703280	15	2.0	15	93	0	51	33	30	13	23	1.93
21710978--21711098	40	3.0	40	89	2	163	35	15	30	18	1.92
21711000--21711064	20	3.2	20	72	12	62	29	16	36	16	1.92
21711019--21711084	20	3.3	20	72	8	71	33	18	34	13	1.90
21711099--21711139	21	1.9	22	90	5	66	51	4	2	41	1.36
21717012--21717046	17	2.1	17	100	0	70	57	22	5	14	1.59
21721342--21721424	42	2.0	43	97	2	159	20	30	24	25	1.99
21726322--21726404	41	2.0	42	85	4	114	33	15	2	48	1.58
21734991--21735050	26	2.3	26	88	0	93	40	11	15	33	1.83
21743425--21743472	13	3.6	13	80	5	51	4	4	8	83	0.90
21743901--21743951	6	8.2	6	79	16	50	74	0	3	21	0.98
21746263--21746302	21	2.0	20	85	5	53	2	5	10	82	0.91
21746733--21746783	6	8.2	6	79	16	50	74	0	3	21	0.98
21749089--21749160	29	2.4	29	81	4	81	25	12	13	48	1.78
21751767--21751855	44	2.0	44	95	0	160	29	14	20	35	1.92
21758804--21758854	16	3.1	17	75	16	54	70	1	9	17	1.24
21763105--21763166	11	5.5	11	86	7	72	22	30	3	43	1.69
21765762--21765825	29	2.3	27	86	5	83	53	0	1	45	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21766809--21766837	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
21768065--21768091	8	3.4	8	100	0	54	25	0	11	62	1.28
21771316--21771614	134	2.3	130	84	7	403	26	21	19	32	1.97
21776467--21776516	19	2.4	19	83	12	55	60	4	0	36	1.16
21776488--21776523	18	1.9	18	94	5	63	66	0	0	33	0.92
21776494--21776544	25	2.0	26	92	3	86	70	0	0	29	0.87
21779677--21779713	18	2.1	18	94	0	65	24	21	18	35	1.96
21779704--21779877	46	3.9	45	88	7	255	34	16	21	27	1.95
21782448--21782502	21	2.6	22	88	8	87	25	9	38	27	1.86
21786692--21786730	12	3.0	13	85	11	53	43	0	56	0	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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