genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24326770--24326799	6	4.8	6	95	4	51	16	30	0	53	1.44
24328498--24328584	41	2.1	41	86	0	129	35	17	28	18	1.93
24330448--24330601	77	2.0	77	94	0	272	51	13	13	20	1.75
24330776--24330863	30	2.9	30	91	0	131	14	30	34	20	1.93
24342513--24342632	26	4.6	25	77	6	87	22	18	22	36	1.95
24342539--24342650	52	2.2	52	85	3	145	21	16	25	37	1.93
24342562--24342680	26	4.6	26	80	0	130	19	15	29	36	1.92
24342539--24342680	52	2.7	52	81	4	144	21	16	26	35	1.94
24350372--24350456	26	3.3	26	70	9	84	23	11	24	40	1.88
24350420--24350496	26	2.9	28	81	12	76	19	12	27	40	1.88
24350352--24350479	51	2.5	50	78	3	139	22	14	26	35	1.93
24355008--24355250	124	2.0	124	88	3	364	30	15	23	31	1.95
24358471--24359170	52	13.3	57	75	17	295	29	0	24	46	1.59
24358680--24359336	23	26.7	23	78	14	593	28	0	22	48	1.54
24358525--24359357	23	32.5	27	74	18	477	28	0	23	47	1.57
24358610--24359336	126	5.8	125	84	9	834	28	0	22	48	1.55
24358658--24359336	149	4.6	146	86	7	908	27	0	22	48	1.54
24361495--24361528	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
24361725--24361766	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
24361738--24361796	30	2.0	30	96	0	109	32	0	35	32	1.58
24361768--24361859	22	4.2	21	84	8	121	39	0	28	32	1.57
24361716--24361818	52	2.0	51	83	9	129	33	0	33	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24365729--24365928	40	5.0	40	85	4	269	20	30	15	34	1.93
24365730--24365938	80	2.6	80	87	3	296	21	30	15	33	1.94
24370477--24370559	31	2.6	33	83	7	100	33	4	1	60	1.26
24383319--24383352	10	3.3	10	84	8	50	61	0	0	38	0.96
24383533--24383570	20	1.9	19	89	5	58	47	0	0	52	1.00
24387288--24387341	25	2.2	24	87	9	74	59	1	0	38	1.08
24387757--24387807	25	2.0	25	84	0	66	49	9	7	33	1.65
24394716--24394774	6	9.8	6	100	0	118	16	0	15	67	1.23
24402179--24402205	5	5.4	5	100	0	54	40	37	22	0	1.54
24402621--24402656	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
24403005--24403300	39	7.4	39	65	23	127	50	4	2	42	1.36
24403128--24403179	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
24403248--24403299	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
24403025--24403424	120	3.3	120	94	2	689	49	4	3	43	1.39
24403465--24403512	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
24403420--24403648	92	2.5	92	82	8	227	47	4	3	44	1.40
24406675--24406712	11	3.5	11	96	0	67	26	2	23	47	1.65
24406801--24407230	97	4.4	97	97	0	824	38	6	14	41	1.71
24414967--24415018	26	2.0	26	100	0	104	38	19	0	42	1.51
24416391--24416520	67	1.9	67	98	0	251	38	6	9	45	1.63
24419708--24419743	17	2.0	19	89	10	58	66	11	2	19	1.35
24419813--24419864	22	2.4	21	84	6	61	67	9	15	7	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24430746--24430774	13	2.2	13	100	0	58	37	6	20	34	1.80
24437541--24437621	36	2.2	36	82	0	90	48	18	6	27	1.72
24444530--24444563	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
24452103--24452148	5	8.0	6	81	13	53	82	2	15	0	0.76
24452919--24453228	153	2.0	153	94	0	539	24	20	10	45	1.81
24464137--24464188	25	2.1	25	96	0	95	32	17	21	28	1.96
24470931--24471290	27	13.4	27	82	4	363	46	18	16	18	1.85
24470931--24471290	81	4.5	82	84	4	421	46	18	16	18	1.85
24474171--24474369	99	2.0	99	100	0	398	38	13	18	30	1.89
24474889--24474958	35	2.0	35	83	5	88	22	18	25	32	1.97
24474896--24475026	70	1.9	70	85	0	181	24	19	23	32	1.98
24474899--24475010	35	3.2	34	71	18	86	24	20	22	33	1.97
24488450--24488496	17	2.8	16	76	20	51	36	29	19	14	1.92
24490965--24490998	17	2.1	16	94	5	59	61	17	8	11	1.54
24495664--24495724	30	2.0	30	100	0	122	59	21	6	13	1.57
24497734--24497775	19	2.2	20	86	4	59	33	7	9	50	1.62
24502845--24502903	20	2.8	20	73	14	57	62	0	0	37	0.95
24503195--24503225	15	2.1	15	93	0	53	38	0	6	54	1.26
24503386--24503436	26	2.0	26	88	0	75	33	3	1	60	1.26
24503364--24503457	45	2.1	43	80	9	100	37	2	2	58	1.22
24509407--24509522	59	2.0	59	92	0	196	19	18	28	33	1.95
24511024--24511097	22	3.3	22	71	14	78	20	10	6	62	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24511017--24511110	46	2.0	46	100	0	188	19	10	7	62	1.50
24511017--24511087	24	3.0	24	68	15	76	16	12	8	61	1.54
24511038--24511109	22	3.2	22	70	14	74	20	8	6	63	1.45
24513225--24513280	29	1.9	29	85	7	78	30	17	16	35	1.92
24523120--24523173	28	1.9	28	100	0	108	42	25	7	24	1.80
24527260--24527299	20	2.0	20	100	0	80	55	15	10	20	1.68
24530728--24530864	46	3.0	45	82	4	150	31	21	9	37	1.86
24535264--24535350	43	2.0	43	91	4	140	40	24	6	28	1.81
24535894--24535968	37	2.0	37	84	0	96	37	28	14	20	1.92
24538287--24538339	26	2.0	28	92	7	92	62	9	1	26	1.36
24546600--24546642	22	2.0	22	95	0	77	39	4	11	44	1.62
24552452--24552494	22	2.0	22	90	0	68	11	16	27	44	1.82
24552610--24552772	43	3.8	42	90	4	220	29	28	20	22	1.98
24552588--24552772	86	2.2	85	83	5	221	31	28	20	20	1.97
24552636--24552795	43	3.7	43	89	3	223	28	28	21	21	1.99
24552636--24552864	86	2.7	86	78	6	196	28	28	20	22	1.98
24552588--24552883	43	6.9	44	79	4	135	29	27	19	23	1.98
24552999--24553035	10	3.7	10	92	7	58	62	5	0	32	1.18
24552999--24553044	20	2.3	20	78	14	51	65	4	0	30	1.12
24553226--24553393	66	2.5	66	84	3	205	14	27	17	40	1.88
24558829--24558918	42	2.1	41	82	8	101	32	4	13	50	1.61
24558884--24558939	9	6.8	9	73	19	59	35	0	16	48	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24558881--24558930	16	3.2	16	94	2	84	36	0	16	48	1.46
24558884--24558990	43	2.7	40	80	12	121	40	0	11	47	1.46
24558910--24558985	24	3.4	24	65	20	65	40	1	10	47	1.46
24559585--24559620	15	2.5	15	95	4	65	63	5	19	11	1.46
24564029--24564121	41	2.3	41	83	3	125	21	23	24	30	1.99
24564092--24564285	41	4.7	40	82	5	219	31	22	24	21	1.98
24564346--24564445	40	2.5	40	87	6	132	18	19	21	42	1.90
24568778--24568823	12	3.8	12	76	0	56	0	32	32	34	1.58
24569842--24569926	35	2.5	33	74	7	80	37	22	17	22	1.94
24570429--24570654	85	2.7	83	84	8	278	31	22	22	23	1.98
24570429--24570699	42	6.4	42	81	7	280	31	21	21	25	1.98
24570429--24570699	85	3.2	83	81	8	271	31	21	21	25	1.98
24570429--24570698	127	2.1	127	82	6	323	31	21	21	25	1.98
24571137--24571205	21	3.3	22	82	8	81	2	40	20	36	1.67
24576655--24576793	9	15.9	9	76	16	107	30	1	20	47	1.59
24576655--24576758	25	4.1	25	80	4	127	30	1	21	46	1.62
24576655--24576793	25	5.3	26	75	12	117	30	1	20	47	1.59
24576726--24576762	16	2.3	16	90	0	56	29	5	13	51	1.63
24576743--24576793	19	2.7	19	88	11	86	31	0	17	50	1.46
24576778--24576804	12	2.2	12	100	0	54	33	0	14	51	1.43
24576829--24576958	37	3.3	36	68	21	98	28	3	15	53	1.57
24576865--24576892	12	2.3	12	100	0	56	32	0	14	53	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24576743--24577068	95	3.7	82	81	12	350	27	3	16	52	1.59
24576973--24577046	34	2.2	34	82	4	87	25	1	14	58	1.45
24577027--24577086	12	5.7	10	88	9	68	28	0	16	55	1.42
24577043--24577097	12	4.8	12	88	4	78	29	1	16	52	1.54
24577036--24577104	24	3.0	24	87	8	92	27	1	17	53	1.52
24577056--24577110	24	2.5	22	85	8	67	27	1	21	49	1.60
24577302--24577382	9	9.0	9	67	15	51	39	2	16	41	1.61
24577310--24577384	34	2.4	33	86	10	104	41	2	16	40	1.62
24577332--24577387	16	3.3	17	80	9	78	42	3	16	37	1.65
24577407--24577487	35	2.3	35	91	4	128	58	3	3	34	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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