genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   

This is table  228  of  240  ( 28759 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68592161--68592191	14	2.1	15	94	5	55	25	25	0	48	1.52
68595649--68595696	24	2.0	24	84	4	62	33	6	8	52	1.57
68604991--68605022	17	1.9	16	93	6	55	0	6	3	90	0.53
68607668--68607870	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
68607602--68607870	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
68607834--68607979	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
68609021--68609054	12	2.8	13	91	8	54	70	0	5	23	1.09
68609028--68609071	17	2.7	15	82	10	52	72	0	6	20	1.07
68617829--68617882	27	2.0	27	96	0	99	46	7	12	33	1.70
68619290--68619320	14	2.1	15	94	5	55	25	25	0	48	1.52
68631031--68631197	87	1.9	87	92	2	282	31	21	16	30	1.96
68632654--68632694	20	2.0	21	90	4	66	19	29	4	46	1.71
68632830--68632902	36	2.0	36	100	0	146	19	19	10	50	1.76
68633319--68633349	14	2.1	15	94	5	55	25	25	0	48	1.52
68648000--68648037	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
68652184--68652212	14	2.0	15	93	6	51	27	24	0	48	1.51
68662091--68662123	18	1.9	17	88	11	50	42	12	18	27	1.85
68665074--68665114	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
68668210--68668243	18	1.9	17	88	5	50	23	5	14	55	1.61
68669263--68669313	16	3.3	16	71	20	54	25	7	11	54	1.63
68669318--68669364	12	3.8	12	83	10	58	23	2	6	68	1.24
68669321--68669387	26	2.4	29	87	9	95	22	4	7	65	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68669261--68669390	64	2.0	67	90	6	212	23	6	8	61	1.47
68669291--68669383	23	4.3	21	65	28	52	23	6	8	61	1.48
68669253--68669387	30	4.4	30	80	12	166	23	5	8	62	1.45
68669541--68670088	157	3.5	155	86	5	753	54	8	8	28	1.60
68670109--68670179	27	2.6	27	77	0	79	8	29	33	28	1.86
68672275--68672325	18	2.8	18	93	0	93	39	31	5	23	1.79
68675977--68676010	17	1.9	18	94	5	61	32	38	29	0	1.58
68679294--68679322	14	2.0	15	93	6	51	27	24	0	48	1.51
68681554--68681609	27	2.2	25	90	6	85	42	3	0	53	1.18
68685615--68685667	27	2.0	27	85	14	74	39	0	1	58	1.09
68685627--68685713	38	2.3	38	81	13	99	40	3	2	54	1.30
68692206--68692256	24	2.1	25	79	17	63	29	0	1	68	1.00
68692212--68692261	24	2.1	24	85	7	66	32	0	2	66	1.03
68700347--68700413	35	1.9	35	100	0	134	29	16	2	50	1.60
68700352--68700433	35	2.3	35	83	4	85	30	19	4	45	1.71
68700824--68700855	15	2.1	16	94	5	57	68	3	0	28	1.04
68719909--68719947	19	2.1	18	95	4	69	43	15	2	38	1.60
68721773--68721840	6	11.3	6	93	0	118	0	19	0	80	0.70
68721836--68722252	111	3.7	111	95	0	699	34	23	11	30	1.91
68726885--68726989	45	2.3	45	91	0	174	40	20	19	20	1.91
68727945--68727976	16	1.9	17	93	6	57	0	25	0	75	0.81
68728350--68728399	9	5.6	9	77	15	50	52	2	2	44	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68730300--68730333	17	2.0	17	100	0	68	41	17	11	29	1.85
68748816--68748869	24	2.2	25	93	6	101	31	14	3	50	1.61
68750067--68750100	18	1.9	18	88	5	52	52	0	8	38	1.33
68750064--68750110	17	2.7	18	77	9	53	57	0	6	36	1.24
68755676--68755706	2	15.5	2	93	0	53	48	0	48	3	1.17
68763083--68763116	12	2.7	13	81	9	52	58	0	0	41	0.98
68774508--68774539	6	5.3	6	100	0	64	15	31	0	53	1.43
68778242--68778298	28	2.0	28	82	0	69	22	7	14	56	1.62
68779610--68779652	16	2.5	17	88	7	61	51	0	4	44	1.22
68779641--68779674	18	1.9	18	88	5	52	41	0	0	58	0.98
68780046--68780090	19	2.3	19	96	3	81	51	13	6	28	1.66
68780555--68780588	14	2.4	14	95	0	59	35	0	0	64	0.94
68787461--68787521	22	2.7	22	74	5	59	50	1	11	36	1.48
68787765--68787789	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
68788432--68788482	23	2.2	24	82	3	59	74	0	19	5	1.02
68790253--68790283	6	5.2	6	100	0	62	32	0	0	67	0.91
68796874--68796947	37	2.0	36	82	7	87	66	2	0	31	1.06
68799648--68799752	55	1.9	56	83	11	137	39	0	4	55	1.28
68799687--68799759	20	3.4	21	85	12	87	39	0	4	56	1.19
68801150--68801185	6	6.0	6	93	0	63	33	30	2	33	1.72
68803313--68803509	98	2.0	98	96	0	367	38	24	9	27	1.87
68804178--68804230	27	1.9	28	88	3	81	60	3	5	30	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68804861--68804929	19	3.8	19	88	7	101	37	17	7	37	1.77
68805576--68805652	24	3.3	23	73	12	59	33	0	3	62	1.14
68810682--68810711	16	1.9	15	93	6	51	53	0	6	40	1.27
68810871--68810896	9	2.9	9	100	0	52	69	7	0	23	1.14
68812817--68812855	21	1.9	20	84	5	51	30	2	25	41	1.69
68814360--68814435	39	1.9	39	89	0	116	26	11	30	31	1.92
68815141--68815404	132	2.0	132	96	0	492	39	17	13	29	1.87
68820889--68821426	113	4.8	111	90	4	816	41	15	16	26	1.88
68820889--68821426	114	4.8	112	90	4	829	41	15	16	26	1.88
68821740--68821768	10	2.7	11	94	5	51	10	0	3	86	0.69
68821457--68822091	115	5.6	113	83	8	757	26	16	14	42	1.87
68821411--68822025	230	2.7	226	86	6	836	27	15	13	43	1.84
68823157--68823223	29	2.3	30	82	12	77	53	7	5	32	1.53
68830989--68831017	15	1.9	15	100	0	58	65	0	13	20	1.26
68831883--68831907	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
68833362--68833410	5	10.2	5	86	8	75	40	0	0	59	0.98
68833367--68833418	16	3.2	15	77	22	52	42	0	0	57	0.98
68839257--68839312	19	2.9	19	73	7	51	46	1	0	51	1.11
68840819--68840858	20	2.0	20	95	0	71	30	2	10	57	1.45
68844771--68844812	21	1.9	23	85	9	61	30	2	0	66	1.04
68845088--68845134	21	2.2	22	84	3	60	8	4	12	74	1.19
68845088--68845187	33	3.1	32	77	13	96	13	10	11	66	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68846862--68846916	25	2.4	22	77	16	58	47	0	1	50	1.11
68846867--68846915	22	2.1	22	85	11	62	46	0	2	51	1.12
68846862--68846924	21	2.8	22	80	17	60	46	0	3	50	1.17
68847951--68848008	29	2.0	30	82	3	73	32	12	10	44	1.75
68847987--68848044	30	1.9	30	83	13	75	29	15	8	46	1.75
68861766--68861832	22	3.0	22	80	8	82	46	17	19	16	1.85
68875269--68876430	296	3.9	293	81	6	1127	35	14	10	39	1.81
68885961--68886001	17	2.3	18	84	12	50	12	19	2	65	1.36
68889722--68889751	15	2.0	15	93	0	51	70	0	30	0	0.88
68890767--68890804	18	2.1	18	85	9	51	81	0	7	10	0.87
68894352--68894388	7	5.3	7	93	0	65	54	13	18	13	1.71
68903703--68903788	5	17.2	5	92	0	145	39	19	1	39	1.60
68903904--68903948	23	2.0	23	90	0	72	24	4	24	46	1.71
68909708--68909759	16	3.2	16	83	5	68	9	25	0	65	1.23
68913017--68913074	29	2.0	30	89	3	91	27	22	12	37	1.89
68932710--68932742	16	2.0	17	94	5	59	60	0	0	39	0.97
68937461--68937512	25	2.0	27	85	14	74	32	0	9	57	1.31
68944311--68944356	23	2.0	23	100	0	92	43	13	4	39	1.63
68946443--68946486	23	1.9	23	90	9	72	31	0	15	52	1.44
68949323--68949631	155	2.0	155	93	0	528	29	20	30	19	1.97
68952514--68952882	153	2.4	153	91	3	584	24	20	16	38	1.92
68961459--68961499	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68986882--68986940	24	2.5	24	88	0	82	61	1	1	35	1.16
68991643--68991699	28	2.0	28	100	0	114	38	14	3	43	1.62
69003383--69003456	25	2.9	26	90	8	116	33	0	13	52	1.41
69008961--69009003	14	3.0	14	83	6	59	30	0	2	67	1.03
69011518--69011552	17	2.1	17	100	0	70	34	0	0	65	0.93
69011523--69011715	43	4.8	43	67	19	121	40	2	3	52	1.32
69011451--69011894	119	3.7	120	90	4	679	40	1	4	52	1.33
69011637--69011671	17	2.1	17	100	0	70	34	0	0	65	0.93
69011757--69011792	18	2.0	18	100	0	72	33	0	0	66	0.92
69011761--69011800	18	2.2	18	86	0	53	42	0	0	57	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240