genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18449009--18449047	21	1.9	20	89	5	60	41	0	5	53	1.23
18449636--18449673	16	2.2	17	86	9	51	68	2	5	23	1.23
18451187--18451232	17	2.7	17	82	0	56	36	0	6	56	1.25
18456490--18456541	24	2.2	24	92	0	86	30	1	11	55	1.46
18460073--18460143	29	2.5	28	77	20	69	46	5	2	45	1.41
18462258--18462362	49	2.1	49	94	0	183	31	7	10	50	1.65
18463738--18463784	21	2.3	20	79	13	51	34	2	8	55	1.42
18463800--18463874	10	7.9	10	73	11	68	42	0	2	54	1.14
18463800--18463848	20	2.5	20	100	0	98	40	0	4	55	1.19
18463837--18463886	26	2.0	26	92	4	84	44	0	0	56	0.99
18463767--18463981	56	3.7	54	71	20	157	43	0	4	51	1.27
18463749--18463987	119	2.0	118	91	4	392	42	0	4	51	1.28
18463867--18463913	23	2.0	24	84	15	64	40	2	4	53	1.32
18463879--18463950	37	1.9	37	83	10	94	45	1	5	47	1.34
18464126--18464232	45	2.4	44	83	7	119	37	27	5	29	1.80
18466099--18466139	22	1.9	21	85	5	55	36	9	7	46	1.65
18466952--18467108	63	2.5	63	82	4	183	34	30	6	28	1.82
18469587--18469641	28	1.9	28	85	10	76	18	45	0	36	1.49
18485630--18485822	98	2.0	98	93	0	332	27	10	24	36	1.88
18490595--18490644	25	2.0	25	96	0	91	60	2	36	2	1.20
18496049--18496170	45	2.7	45	80	13	153	27	20	26	26	1.99
18495888--18496170	44	6.5	44	73	13	162	27	19	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18495874--18496404	217	2.5	212	82	7	608	27	21	23	27	1.99
18496231--18496384	40	3.7	41	77	7	168	25	22	24	27	2.00
18496182--18496387	84	2.5	84	91	1	315	27	21	23	28	1.99
18495926--18496407	44	11.2	43	70	14	230	26	22	23	27	1.99
18496182--18496413	84	2.8	84	84	4	238	27	23	22	27	1.99
18498498--18498690	98	2.0	98	93	0	332	28	10	24	36	1.89
18508525--18508710	46	4.0	46	89	2	266	30	25	10	33	1.89
18509925--18509961	17	2.2	17	90	0	56	51	18	2	27	1.60
18514900--18515085	46	4.0	46	90	0	291	30	26	8	34	1.85
18516239--18516275	17	2.2	17	90	0	56	51	24	2	21	1.61
18520851--18520944	45	2.1	45	91	0	152	30	23	19	26	1.98
18520948--18521132	101	1.8	101	87	5	275	31	27	15	25	1.96
18525464--18525553	34	2.7	33	74	14	87	33	1	1	64	1.08
18530668--18530722	21	2.6	22	71	5	60	61	3	1	32	1.24
18532257--18532290	16	2.1	17	88	5	52	52	8	0	38	1.33
18535669--18535716	16	2.9	17	78	12	55	29	6	0	64	1.18
18535700--18535740	19	2.2	18	86	4	55	36	0	0	63	0.95
18544021--18544153	66	2.0	65	85	5	178	42	19	26	11	1.85
18545392--18545437	23	2.0	24	86	4	67	36	0	2	60	1.09
18555885--18555983	52	2.0	52	80	11	118	45	6	2	46	1.39
18555940--18555973	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
18555945--18555992	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18555989--18556167	54	3.1	54	65	22	137	41	2	7	49	1.43
18555985--18556172	61	3.1	61	68	14	190	41	2	6	49	1.41
18556033--18556067	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
18555982--18556204	120	1.9	120	97	0	419	42	2	6	49	1.40
18556153--18556187	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
18556016--18556201	54	3.2	54	66	21	142	43	1	4	50	1.33
18556141--18556412	144	1.9	147	94	3	487	47	2	3	46	1.34
18556297--18556331	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
18556493--18556587	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
18556566--18556598	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
18556579--18556621	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
18556876--18556953	31	2.6	30	78	15	90	67	6	2	23	1.26
18563188--18563247	31	1.9	31	93	0	102	26	20	40	13	1.89
18566567--18566668	25	4.4	22	83	13	84	40	21	21	16	1.91
18566607--18566668	25	2.5	25	97	0	115	41	22	19	16	1.89
18566567--18566657	44	2.0	44	81	10	103	39	21	20	17	1.92
18567622--18567675	8	6.5	8	83	12	56	50	1	0	48	1.11
18569611--18569636	7	3.7	7	100	0	52	57	0	42	0	0.98
18570503--18570583	25	3.2	25	84	3	101	17	23	18	40	1.91
18571516--18571546	16	1.9	16	93	0	53	61	12	3	22	1.46
18571811--18571893	32	2.6	32	86	1	114	2	36	0	61	1.09
18576551--18576585	14	2.6	13	91	8	61	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18577978--18578035	31	1.9	31	89	3	91	51	13	18	15	1.76
18579275--18579315	21	2.0	21	95	0	73	70	2	24	2	1.11
18595065--18595100	17	2.2	17	95	5	65	41	0	5	52	1.24
18595490--18595529	18	2.2	19	86	8	57	75	5	5	15	1.15
18598578--18598647	37	1.9	36	85	8	97	41	1	2	54	1.24
18599697--18599765	21	3.3	21	83	0	84	42	23	10	24	1.85
18601645--18601717	36	2.0	37	97	2	139	24	19	26	30	1.98
18605820--18605863	20	2.2	20	100	0	88	43	25	4	27	1.74
18605905--18605956	28	1.9	27	88	7	79	34	19	3	42	1.69
18605909--18605970	27	2.2	28	82	2	72	33	22	3	40	1.70
18607162--18607282	29	4.0	29	89	9	165	61	0	3	34	1.12
18607180--18607282	30	3.5	29	92	6	163	61	0	2	35	1.11
18607905--18607950	23	2.0	23	100	0	92	30	21	13	34	1.91
18610242--18610296	21	2.6	20	80	11	56	63	10	12	12	1.52
18615517--18615585	28	2.4	29	82	2	86	69	0	24	5	1.10
18622891--18622933	20	2.2	20	82	0	50	65	27	4	2	1.25
18623152--18623205	24	2.3	23	81	6	63	38	16	7	37	1.77
18630113--18630146	17	2.0	17	100	0	68	29	5	35	29	1.81
18630139--18630295	43	3.7	43	81	3	151	28	14	26	30	1.95
18635316--18635343	8	3.5	8	100	0	56	25	0	0	75	0.81
18636536--18636700	43	3.9	42	76	4	152	27	16	26	29	1.97
18642071--18642143	37	2.0	36	86	7	103	42	1	2	53	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18642660--18642753	45	2.0	47	87	4	138	52	1	3	43	1.24
18645079--18645190	38	2.9	38	73	5	109	30	10	21	37	1.87
18649795--18649956	85	1.9	86	87	3	238	30	23	20	25	1.98
18649906--18650231	165	2.0	165	91	0	526	28	18	19	33	1.95
18651685--18651727	22	2.0	22	86	9	61	39	4	20	34	1.74
18671121--18671285	86	1.9	84	88	2	249	26	14	23	35	1.94
18671738--18671783	23	2.0	23	83	8	58	39	19	4	36	1.72
18672988--18673044	28	2.0	28	96	0	105	21	21	19	38	1.93
18694946--18694985	17	2.4	17	91	0	62	35	2	2	60	1.24
18694943--18694984	14	2.7	16	82	10	52	35	2	2	59	1.23
18697021--18697129	54	2.0	54	92	0	182	39	21	10	29	1.86
18699254--18699728	237	2.0	237	99	0	941	45	17	11	25	1.82
18700280--18700320	21	2.0	20	90	4	64	19	7	31	41	1.79
18700833--18700886	18	2.9	19	83	10	67	29	1	1	66	1.12
18700835--18700892	19	3.0	20	82	12	68	32	1	1	63	1.14
18700894--18700949	19	3.1	17	74	23	51	37	3	8	50	1.51
18705694--18705737	3	14.7	3	95	0	70	34	4	0	61	1.16
18706669--18706810	61	2.3	62	78	6	155	43	10	4	41	1.58
18711565--18711695	65	2.0	65	90	0	208	38	9	12	38	1.77
18720069--18720121	27	2.0	27	96	0	97	20	24	28	26	1.99
18720073--18720336	33	7.8	33	69	21	138	20	20	27	31	1.97
18719960--18720299	102	3.3	102	87	0	491	21	19	27	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18720173--18720254	27	2.8	29	82	12	96	15	20	30	32	1.94
18722826--18722870	16	2.7	17	79	6	56	48	0	13	37	1.42
18729370--18729409	4	10.0	4	100	0	80	25	0	25	50	1.50
18730307--18730354	18	2.6	19	75	15	55	22	0	10	66	1.22
18733589--18733633	7	6.4	7	100	0	90	42	15	28	13	1.85
18742006--18742085	40	2.0	40	95	0	142	47	21	2	28	1.64
18747061--18747269	42	5.0	42	87	2	244	35	23	17	22	1.95
18755701--18755848	42	3.5	42	85	1	181	36	21	17	24	1.95
18755951--18755975	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18756817--18756883	30	2.2	30	97	2	125	26	23	16	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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