genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54705851--54705884	17	2.0	17	88	0	50	64	2	2	29	1.22
54711952--54711991	21	2.0	20	90	5	62	50	5	5	40	1.46
54716468--54716737	143	1.9	143	83	0	351	28	19	14	37	1.91
54720770--54720934	43	3.9	42	79	3	168	29	26	15	29	1.96
54722204--54722260	22	2.6	22	88	0	87	15	17	38	28	1.91
54724988--54725038	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
54726584--54726964	50	7.5	50	87	3	494	23	30	19	26	1.98
54726527--54726922	150	2.6	150	86	3	512	22	30	19	26	1.98
54726938--54727030	48	1.9	48	84	0	123	24	29	21	24	1.99
54729629--54729673	23	2.0	23	86	0	63	31	8	17	42	1.80
54731843--54731926	22	3.8	22	76	10	82	36	17	27	17	1.93
54734893--54735166	39	7.1	39	82	4	340	38	18	14	28	1.90
54734893--54735166	77	3.5	77	87	0	395	38	18	14	28	1.90
54734903--54735166	116	2.3	116	82	5	327	38	18	14	28	1.90
54735298--54735408	19	5.8	19	88	0	168	38	9	14	37	1.78
54735305--54735408	38	2.7	38	96	0	190	39	8	13	38	1.75
54735734--54735778	21	2.1	21	84	8	56	22	6	0	71	1.09
54739618--54739662	7	6.7	7	89	5	58	88	2	8	0	0.58
54739616--54739663	10	4.9	10	82	12	55	87	2	10	0	0.62
54739614--54739662	17	2.8	17	87	6	71	87	2	10	0	0.62
54741181--54741507	44	7.4	45	65	16	130	29	17	24	29	1.97
54740961--54741596	132	4.8	132	94	0	1078	28	17	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54741922--54742032	19	5.8	19	86	0	168	39	9	12	38	1.75
54741929--54742032	38	2.7	38	96	0	190	40	8	11	39	1.72
54741922--54742058	19	6.9	22	81	10	99	38	8	13	39	1.75
54742359--54742403	21	2.1	21	84	8	56	22	6	0	71	1.09
54745287--54745320	12	2.8	12	86	0	50	17	32	17	32	1.94
54751885--54752272	133	2.8	136	84	3	476	28	18	14	38	1.90
54752013--54752271	143	1.8	143	88	0	401	27	18	14	38	1.90
54752176--54752384	98	2.1	99	80	0	240	33	15	13	37	1.87
54752277--54752686	133	3.1	132	82	3	484	30	18	13	37	1.90
54752335--54752748	133	3.1	132	80	4	316	31	18	13	36	1.89
54755999--54756069	35	2.0	35	91	0	115	35	9	23	30	1.88
54760572--54760612	21	2.0	21	90	9	66	46	0	24	29	1.53
54768301--54768393	45	2.1	45	100	0	186	26	29	6	37	1.81
54773649--54773724	23	3.3	22	85	7	107	22	21	26	30	1.99
54775982--54776023	19	2.2	20	86	4	59	66	4	0	28	1.12
54778503--54778543	21	2.0	20	86	13	57	63	2	0	34	1.08
54782831--54782878	7	6.9	7	95	0	78	14	10	14	60	1.59
54787676--54787720	22	2.0	24	86	8	67	33	0	11	55	1.35
54787726--54787773	20	2.5	19	80	9	53	29	2	12	56	1.48
54789078--54789304	67	3.4	68	80	7	266	31	18	25	24	1.97
54789134--54789317	68	2.7	67	83	1	251	33	20	22	23	1.97
54792476--54792561	42	2.0	42	86	4	120	17	31	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54818394--54818462	25	2.8	25	88	2	95	30	18	24	26	1.98
54818422--54818475	25	2.2	25	82	0	63	38	11	24	25	1.88
54826943--54827114	43	4.0	43	72	8	118	32	25	16	25	1.96
54834974--54835105	42	3.1	42	80	10	117	34	26	14	24	1.94
54841160--54841444	43	6.7	43	85	1	351	33	25	15	25	1.95
54841191--54841444	85	3.0	85	84	1	339	34	25	14	24	1.94
54841218--54841466	127	2.0	127	86	0	356	34	24	14	25	1.94
54852094--54852989	44	20.8	45	69	11	287	28	25	18	28	1.98
54852135--54853077	129	7.3	130	75	9	517	28	24	18	28	1.98
54852011--54852727	173	4.2	173	89	3	1029	28	24	18	28	1.98
54852011--54852985	173	5.7	176	86	4	881	28	24	18	28	1.98
54852351--54853073	302	2.4	301	92	0	1162	28	24	18	28	1.98
54852665--54853032	173	2.1	169	90	2	583	28	23	19	28	1.98
54857859--54857883	8	3.1	8	100	0	50	76	0	12	12	1.04
54860951--54860987	8	4.6	8	100	0	74	35	0	10	54	1.36
54865004--54865048	23	2.0	23	86	0	63	17	15	24	42	1.88
54865053--54865113	21	3.0	21	85	7	72	11	19	26	42	1.85
54865068--54865113	21	2.2	21	92	3	76	10	21	26	41	1.86
54869651--54869724	37	2.0	37	100	0	148	35	10	29	24	1.89
54874065--54874381	165	2.0	162	84	4	415	36	11	7	44	1.70
54874611--54874668	29	2.0	30	93	3	100	53	10	3	32	1.52
54874996--54875054	30	1.9	31	89	3	93	55	6	3	33	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54876428--54876543	34	3.4	33	82	4	133	42	1	13	42	1.55
54876644--54877288	126	5.1	124	86	2	781	38	17	16	27	1.91
54885081--54885115	15	2.3	15	85	0	52	20	11	14	54	1.70
54893116--54893174	24	2.5	24	72	10	66	42	1	1	54	1.20
54899825--54899879	20	2.5	23	77	11	62	34	0	3	61	1.13
54899820--54899879	21	2.7	23	75	15	63	36	0	3	60	1.14
54899816--54899865	20	2.6	19	78	9	57	34	0	2	64	1.05
54901372--54901413	22	1.9	22	90	9	68	28	9	2	59	1.41
54913383--54913487	44	2.4	45	83	4	124	28	18	23	29	1.98
54913520--54913681	40	3.8	40	70	17	128	31	18	17	32	1.94
54913468--54913677	91	2.3	90	88	3	303	33	17	16	32	1.92
54913660--54913776	44	2.7	44	82	4	128	29	15	27	28	1.96
54916581--54916633	19	2.7	19	82	11	63	41	1	9	47	1.47
54916810--54916839	14	2.1	15	93	6	53	26	6	3	63	1.35
54917756--54917821	28	2.3	30	84	5	82	34	15	7	42	1.75
54918209--54918238	14	2.1	14	93	0	51	50	0	0	50	1.00
54918535--54918667	23	5.8	23	72	15	96	25	0	5	68	1.15
54918536--54918678	48	3.1	48	74	12	147	25	2	5	67	1.24
54924483--54924520	20	1.9	20	88	0	58	57	2	7	31	1.41
54925716--54925758	22	2.0	22	90	0	68	55	4	9	30	1.52
54926450--54926480	13	2.3	14	94	5	55	51	12	0	35	1.40
54932546--54932591	23	2.0	24	82	4	58	32	26	2	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54932737--54932762	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
54933366--54933399	17	2.1	17	88	5	52	2	11	5	79	1.02
54933425--54933471	24	2.0	24	84	8	62	53	4	0	42	1.20
54948060--54948227	72	2.3	72	86	4	223	15	23	19	41	1.89
54948085--54948202	24	4.9	24	73	1	101	17	21	19	41	1.90
54948095--54948251	72	2.2	72	86	2	226	17	22	19	40	1.92
54950643--54950667	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
54951647--54951868	114	1.9	114	96	0	408	41	4	14	40	1.65
54952355--54952458	41	2.5	41	93	0	172	26	19	29	24	1.98
54954321--54954353	16	2.1	16	88	5	50	63	12	0	24	1.28
54955604--54955662	17	3.4	17	71	15	57	33	1	1	62	1.15
54955604--54955674	36	2.0	36	89	5	110	33	2	2	60	1.26
54972761--54972802	22	2.0	22	90	4	68	42	14	4	38	1.66
54978195--54978286	37	2.5	37	87	0	121	21	23	17	36	1.94
54978514--54978620	26	4.1	26	77	6	117	34	16	19	28	1.94
54978518--54978619	52	1.9	53	88	2	152	33	17	18	30	1.94
54989866--54990275	184	2.3	175	87	5	558	35	10	14	40	1.79
54992663--54992821	26	6.4	26	69	14	111	20	20	20	38	1.94
54992776--54992831	26	2.2	26	93	6	96	12	19	25	42	1.86
54993750--54993893	74	2.0	73	90	1	225	33	17	20	29	1.95
54994084--54994120	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
55004044--55004378	30	11.2	30	73	11	190	17	24	32	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55004007--55004318	90	3.5	89	74	8	247	17	24	31	26	1.97
55006744--55006916	90	2.0	86	90	8	273	41	8	8	42	1.65
55013702--55013800	48	2.1	48	94	0	171	52	3	15	29	1.57
55013712--55013788	25	3.2	25	68	20	72	51	1	15	31	1.51
55013726--55013799	25	3.0	24	69	21	64	51	2	16	29	1.58
55020108--55020186	31	2.6	30	78	13	81	43	11	11	34	1.77
55024515--55024690	74	2.4	75	81	4	189	34	14	13	38	1.85
55027873--55027918	16	2.6	17	80	19	51	45	0	32	21	1.52
55028269--55028305	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
55029841--55029902	30	2.2	29	85	8	83	61	4	6	27	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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